北京汉族和约鲁巴人群ROR2基因单核苷酸多态性的比较研究

目的:比较北京汉族人群(CHB)和尼日利亚约鲁巴人群(YRI)ROR2基因单核苷酸多态性(single nucleo-tide polymorphisms,SNPs)和单体域特征,为两组人群病因学研究中SNPs的确定和分析提供依据。方法:用Haploview 4.2软件对HapMap数据库中CHB和YRI人群ROR2基因SNPs数据进行分析和比较,两人群共同标签SNPs的确定由SPSS 13.0软件辅助完成。结果:HapMap计划在CHB和YRI人群分别测定了404和403个ROR2基因的SNPs,两人群均有5个SNPs分别位于第6或第9外显子区,其中rs10761129和rs10820900等位基因的变化可导致错义突变。全部所测SNPs中,纯合基因型SNPs在CHB和YRI均为101个(25.6%),其中66个(65.3%)SNPs在两人群相同。YRI纯合基因型SNPs中,有两个SNPs(rs1135150、rs2230577)在CHB为合格SNPs且位于第9外显子区。CHB未测定的9个SNPs在YRI均为合格SNPs,YRI未测定的10个SNPs中,6个在CHB为合格SNPs。非纯合基因型SNPs中,排除各自不符合研究条件的36个和10个SNPs后,CHB和YRI均测定的293个SNPs中合格SNPs分别为257和283个。CHB和YRI人群214个共同合格的SNPs中有177个最小等位基因相同,其中最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)差值相对比<20%的为30个,占全部合格SNPs的11.4%和10.3%。214个共同合格SNPs在CHB和YRI中分别构建了18和26个单体域,除1个单体域在CHB和YRI完全重叠,CHB和YRI分别有2个和1个独立单体域外,其余单体域在两人群部分重叠。两人群各自合格SNPs中确定了44个共同标签SNPs,分别占各自标签SNPs的57.1%(CHB)和35.2%(YRI)。结论:ROR2基因纯合基因型SNPs在HapMap所测CHB和YRI人群数据中占相当的比例。CHB和YRI人群ROR2基因SNPs在等位基因组成、MAF和单体域构成等方面以独特性为主,与人群地域和种族属性相一致。

1个导致B1型短指的ROR2基因新突变的鉴定

目的对湖北省一个B1型短指(趾)家系进行基因突变分析。方法采集家系成员的外周血并提取基因组DNA,对先证者进行全外显子组测序,根据ACMG指南判定位点的致病性,发现疑似致病位点后对家系患者和未受累亲属的该突变位点进行Sanger测序验证。结果家系中所有患者临床表型符合BDB1的特征,c.2239C>T(p.R747X)这一杂合致病突变在家系中与BDB1共分离。这一突变产生了部分结构域缺失的ROR2截短蛋白,检索人类基因突变数据库(HGMD)、EXAC等多个数据库均未收录,是此前未发现的新的ROR2基因变异位点。进一步对R747及其上下游序列进行保守性分析,发现其在多个物种中高度保守。结论首次报道B1型短指(趾)ROR2基因c.2239C>T突变,丰富了ROR2基因突变谱,结合我们报道的另一个ROR2终止突变,提示ROR2基因的终止突变可能是湖北省BDB1疾病的主要致病基因突变。

ROR2基因新变异所致B1型短指/趾畸形一个家系的遗传学分析

目的通过全外显子组测序(WES)明确1个B1型短指/趾畸形(BDB1)家系的遗传学病因。方法选取2021年6月25日于青岛大学附属妇女儿童医院就诊的1个BDB1家系作为研究对象。收集该家系的临床资料,运用WES技术对先证者进行检测,筛选候选变异,并通过Sanger测序技术对先证者及其父母和姐姐进行家系验证。结果WES及Sanger测序结果显示先证者及其父亲均携带ROR2基因c.2257delT变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,判定其为可能致病性变异(PVS1_Strong+PM2_Supporting+PP4)。结论ROR2基因c.2257delT变异既往未见报道,丰富了BDB1的基因变异谱。上述结果为该家系的临床诊断和遗传咨询提供了重要的依据。

北京汉族人群ROR2基因SNPs等位基因及单体型频率研究

目的为病因学研究中ROR2基因SNPs的确定和分析提供依据。方法利用Hap loview软件对HapM ap数据库中北京汉族人群(CHB)ROR2基因SNPs基因型数据进行分析。结果和讨论ROR2基因404个SNPs中,103个(25.5%)SNPs为纯合基因型,在中国人群中进行研究时,应避免选择这些SNPs作为遗传标记。263个合格SNPs中,MAF高于10%的SNPs为189个,占71.9%,有足够的标记可供选择。利用263个合格SNPs,本研究共确定77个标签SNPs,构建了5个单体域,各单体域均以前两种单体型为主,累计频率在68.1%-92.3%之间。结论对北京汉族人群ROR2基因SNPs数据进行的全面分析,为该人群中基因与相关疾病的病因学研究打下了基础,也为其它基因的初步研究提供了方法。

北京汉族和西北欧洲后裔人群ROR2基因单核苷酸多态性比较研究

目的分析比较北京汉族(CHB)和西北欧洲后裔人群(CEU)ROR2基因单核苷酸多态性(SNPs)和单体域的特征,为两人群病因学研究SNPs的确定和分析提供依据。方法用Haplov-iew软件对HapMapCHB和CEU人群ROR2基因SNPs数据进行分析和比较。结果 HapMap计划在CHB和CEU均测定的ROR2基因SNPs为396个,其中纯合基因型SNPs数目相同,均为102个(25.8%)。两人群206个共同合格SNPs中,189个(91.7%)微效等位基因相同,MAF差值相对比<20%的占39.2%。206个共同合格SNPs在CHB和CEU分别构建了18和14个单体域,两人群各有一个独立单体域,三个单体域在两人群完全重叠,其余在两人群部分重叠。两人群各自合格SNPs中确定了31个共同标签SNPs。结论 CHB和CEU人群ROR2基因SNPs在等位基因组成、MAF和单体域构成等方面共性和独特性并存。本研究为ROR2基因共性位点及单体域在合并人群的分析,以及特异位点及单体域在各自人群的单独分析提供了基础。

国人B1型短指/趾家系ROR2基因罕见的突变

目的确定中国人B1型短指/趾家系的致病基因。方法采取外周血提取DNA,LM-PCR反应,产物直接高通量测序。结果在先证者中发现ROR2基因上一个杂合移码突变:c.2310del C(P.Ser771Alafs*3)。结论本文首次报告中国人B型短指/趾家系的致病基因突变,迄今为止国内外未见关于该突变的报道。

中国人遗传性B型短指(趾)家系中ROR2基因突变的鉴定

目的 确定一个中国人 B型短指 (趾 )家系中是否存在 ROR2基因突变。方法 从一个中国人B型短指 (趾 )家系的患者外周血中提取基因组 DNA,PCR扩增 ROR2基因外显子 8和部分外显子 9,PCR产物直接测序 ;同时进行 PCR产物 TA克隆和插入片段测序。结果 在患者中发现 ROR2基因第 9外显子1398～ 1399ins A杂合突变 ,与国外发现的致病性突变一致。结论 本文首次报告中国人 B型短指 (趾 )中的 ROR2基因突变。

非综合征型唇腭裂患者父母ROR2基因多态性分析

目的分析和比较中国山东、武汉2地区汉族非综合征型唇/腭裂(NSCL/P)病例父母受体酪氨酸激酶样孤立受体2(ROR2)基因单核苷酸多态性(SNPs)的最小等位基因频率(MAF)及单体域。方法采用Haplov-iew软件对Hardy-Weinberg平衡且各地区间最小等位基因相同的非纯合SNPs进行MAF及频数分布的分析,用MAF差值相对比指标比较地区间MAF水平的异同;并对2地区基因型测定率>80%的非纯合SNPs进行单体域及单体型频率分析及比较。结果 2地区所测101个SNPs中,89个非纯合SNPs的最小等位基因相同,MAF差值相对比<20%的占76.4%,≥50%的占4.5%,且均位于第1内含子区;与山东地区比较,基因型测定率>80%的94个非纯合SNPs在武汉地区形成了1个位于第1内含子区的独立单体域。结论山东和武汉地区研究人群所测SNPs的特征以共性为主,MAF差值相对比≥50%的SNPs和武汉地区的独立单体域均位于第1内含子区。

两个BDB1家系基因突变分析和产前诊断

目的:对两个B1型短指(趾)(BDB1)家系进行基因突变分析和产前诊断。方法:提取两家系成员的外周血基因组DNA,应用PCR产物直接测序法对致病基因ROR2的第8外显子和一部分第9外显子进行突变筛查。提取两例孕妇血浆胎儿游离DNA和羊水细胞DNA,对胎儿进行产前诊断,超声检查评估胎儿表型。结果:两家系中发现同一杂合截短突变c.2273C>A(p.S758X)。无创产前筛查的结果表明,家系1中的Ⅲ3胎儿不携带c.2273C>A杂合突变,家系2中的Ⅲ4胎儿携带c.2273C>A杂合突变,该结果与羊水细胞DNA检测、超声检查的结果一致。结论:c.2273C>A杂合突变为两个BDB1家系的致病原因,推荐综合使用多个指标进行产前诊断。

一个中国B1型短指家系致病基因的突变分析

文章收集了一个中国B1型短指家系,通过连锁分析,发现该家系疾病的致病基因与ROR2基因连锁。PCR扩增ROR2基因突变热点区域后直接测序,在家系患者中发现一个c.2265C>A的杂合突变,该突变在蛋白质水平导致p.Y755X的改变,从而产生缺失部分结构域的截短ROR2蛋白,而在家系正常人以及家系外正常人中均未发现此突变。文章是国内首次报道B1型短指家系ROR2基因c.2265C>A突变,丰富了中国人ROR2基因突变谱。

一个B1型短指/趾畸形家系的临床特征及基因突变分析

目的:研究一个B1型短指/趾畸形家系的临床特征及基因突变类型。方法:对该家系成员进行临床检查,采集3例正常亲属和5例B1型短指/趾畸形患者的基因组DNA,对先证者进行2742个基因靶向捕获二代测序,发现基因突变位点后对家系患者及正常亲属进行Sanger测序验证。结果:该家系患者的手足外观均可见双手大拇指宽大畸形,2~5指短小、末节指骨明显缩短或缺失,中、末节指骨关节处皮肤纹理消失,畸形指/趾的指甲小而且发黑;所有患者足部均有受累;X线片显示双手大拇指末节指骨发育畸形,第2~5指骨末端缺失,部分中节指骨发育不良及中、末节指骨融合;双足X线片显示双足第2~5趾均有中节趾骨缺失,部分末节趾骨发育畸形。在该家系所有患者中均发现受体酪氨酸激酶样孤儿受体2(ROR2)基因上c.2290delG(p.A764fs*10)杂合突变,而在正常亲属中未发现此突变。结论:ROR2基因的c.2290delG突变可能为该家系的致病性突变。

陕西地区一个B1型短指家系ROR2致病基因的突变分析

目的分析一个陕西短指家系的临床分型及探讨其分子遗传学机制。方法收集家系成员的外周血并提取基因组,对先证者进行靶向捕获的高通量测序,发现基因突变后对先证者、先证者母亲及先证者姑姑的突变位点进行PCR扩增和一代测序验证。结果在家系患者中发现一个c.2273C>A的杂合突变,该突变在蛋白质水平导致p.S758X的改变,从而产生缺失部分结构域的截短ROR2蛋白,而在家系正常人中未发现此突变。结论本研究是首次报道西北地区Bl型短指家系ROR2基因c.2273C>A突变,为进一步明确ROR2基因的致病性提供了依据。