枣疯植原体rp基因和secY基因序列分析

【目的】基于核糖体蛋白基因(rp)和运输蛋白基因(secY),明确了陕西、山西及山东3省枣疯植原体的亚组分类地位。【方法】采集陕西、山西及山东3省枣产区的枣疯病样品,提取样品总DNA;设计引物对rpF1、rpF2、rpR1和secF1、secF2,对枣疯植原体的rp基因和secY基因进行PCR扩增及核苷酸序列测定与系统发育分析。【结果】获得枣疯植原体的rp基因和secY基因,大小分别为1 196和1 421bp。序列比对结果表明,陕西、山西及山东3个省枣疯植原体的rp基因和secY基因序列均一致;系统发育分析表明,这3省的枣疯植原体与樱桃致死黄化植原体(CLY5)和桃树黄化植原体印度株系(PY-In)的亲缘关系最近。【结论】以rp和secY基因作为植原体16SrRNA基因分类系统的辅助分子证据,将陕西、山西、山东的枣疯植原体归属到16SrⅤ-B亚组,明确三省内枣疯植原体的亲缘关系。

桔梗科rps2基因簇断裂对进化速率的影响

保守的rps2基因簇(rps2-atpI-atpH-atpF-atpA)在桔梗科的叶绿体基因组中发生了断裂。为探究该基因簇断裂后,相关基因的进化速率是否发生变化,本研究选取50种桔梗科植物和2种睡菜科植物的叶绿体基因组序列进行系统发育关系的构建,对rps2基因簇相关基因的进化速率、选择压力以及适应性进化过程进行分析。结果显示,桔梗科中rps2基因簇发生断裂的物种均来自风铃草亚科,且在系统发育树上组成单系分支;与未断裂物种相比,断裂物种中相关基因的进化速率均值降低;基因间的非同义替换速率存在显著差异。适应性进化分析中,位点模型在atpI和rps2基因中检测到正选择位点。本研究结果表明基因簇断裂可能具有系统发育意义,基因簇断裂后进化速率会发生改变,不同基因也经历了不同的进化历程。

枣疯病植原体tuf和rp基因的克隆与序列分析

【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本研究旨在明确北京及河北地区枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病在亚组水平上分类提供一定的参考依据。【方法】利用植原体通用引物fTufu/rTufu和rp(v)F1A/rp(v)R1A对北京和河北地区枣疯病植原体延伸因子tuf基因和核糖体蛋白基因(rp)进行PCR扩增并进行核苷酸序列测定及相似性分析。【结果】获得北京地区JWB-XFSZ株系、JWB-XFDO株系以及河北地区JWB-TXSZ株系的tuf基因片段均为824 bp;北京地区JWB-XFSZ株系的rp基因片段为1196 bp。经序列相似性比较表明:tuf基因与16SrV组的葡萄黄叶病(Flavescence dorée)相似性最高,为92.84%,而与已经公布的其它地区(陕西杨凌)的枣疯病植原体tuf基因相似性较低,为57.29%;关于rp基因,北京地区枣疯病JWB-XFSZ株系与16SrV组的枣疯病泰山株系(JWB-Taishan)以及大麻丛枝病植原体(HFWB)相似性最高,均为99.83%,与16SrV组的成员相似性均在96%以上。【结论】北京与河北地区枣疯病植原体具有较高的相似性,而在tuf基因水平上,与陕西地区枣疯病植原体具有较大的差异;本研究中北京与河北两地区枣疯病植原体归属于16SrV组。

来源于湖北省枣疯病植原体分离物16S rDNA和rp基因的序列分析

以田间采集的来源于我国湖北省枣树产业主产区随州市随县种植的表现为"枣疯病"症状的枣树分离株为试材,对其16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因采用Nested-PCR进行扩增以及序列分析。结果表明,湖北JWB-Hubei植原体分离物16S rDNA基因的核苷酸序列与我国山东、河南等地的分离株一致率均为99%以上,在进化树中位于同一亚组的不同进化分支;虚拟RFLP图谱分析表明,JWB-Hubei属于16SrV-B亚组一个成员,与其进化树分组结果一致。JWBHubei分离株rp基因的核苷酸序列也与我国山东、陕西等地区的分离株一致率均为99%以上,在进化树中聚为同一亚组,与报道的基于RFLP分类属于rpV-C亚组的中国枣疯病分离物(JWB)聚集于同一亚组不同分支。该研究结果明确了湖北省枣疯病植原体的分类地位以及与来源于我国不同地区枣疯病分离株之间的遗传进化关系,为进一步研究植原体的株系划分、基因遗传变异研究提供了理论基础。

云南芝麻丛枝和花变叶植原体16S rRNA和rp基因序列分析

本研究通过对表现出丛枝和花变叶症状的芝麻感病植株总DNA进行植原体16S rRNA和rp基因的PCR扩增、克隆、测序及序列分析,明确了两种病株的病原均为植原体,并将其命名为云南元谋芝麻丛枝植原体(SEWB-YNym)和云南元谋芝麻花变叶植原体(SEP-YNym)。两个株系的16S rRNA基因片段长度均为1248 bp,并且碱基序列完全一致。通过与其他地区报道的芝麻植原体株系16S rRNA基因序列比对后发现这两个株系与来自缅甸的株系不存在位点差异,而与泰国、中国台湾、印度的株系分别存在3~6个位点差异。同时,还从两个株系中获得了长度均为1171 bp并且碱基序列也完全一致的SEWB-YNym和SEP-YNym的rp基因序列。此rp基因序列包括全部rpl22基因(nt90-476)和部分rps3基因(nt550-1170),分别编码128和206个氨基酸。通过对16S rRNA和rp基因的序列进行同源性比对、构建系统进化树等分析,表明两个株系与候选种‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’相关,为16SrII-A亚组成员,并归属于植原体rp-iii亚进化支。

杨树叶绿体3′rps12基因,rps7基因和ndhB基因片段的克隆及序列分析

通过烟草叶绿体相关序列设计引物 ,从杨树的叶绿体基因组中克隆出 2个相邻的DNA片段 .经分析发现 ,这 2个DNA片段包含核糖体蛋白 3′rps12、rps7基因和NADH脱氢酶第二亚基ndhB基因片段 .利用DNAMAN等软件 ,将扩增到的杨树叶绿体DNA片段与烟草、拟南芥、玉米和黑松的相关序列进行比较 ,证实所扩增的片段具有较高的保守性 ,尤其是在这 3个基因的编码区 ,同源性均在 90 %以上 .插入或缺失常发生在基因间隔区 ,同源性在 80 %左右 ;对其编码区所推导的氨基酸序列进行了比较 ,同源性均在 92 %以上 .首次克隆了杨树叶绿体的部分DNA序列 ,详细报道并分析了杨树 3′rps12、rps7基因和ndhB基因片段及其边界序列信息 .所报告的基因序列均已登录GenBank .

蕨类植物叶绿体rps4基因的适应性进化分析

在原核生物和植物叶绿体中,RPS4(ribosomal protein small subunit4)在核糖体30S小亚基形成起始过程中发挥重要作用;该蛋白在植物中由叶绿体rps4基因编码。为验证蕨类植物在白垩纪适应被子植物兴起而发生分化的观点,本文以23种蕨类植物为研究对象,利用分支模型、位点模型和分支位点模型对其叶绿体rps4基因进化适应性进行分析。分支模型检测到4个可能存在正选择的分支;位点模型和分支位点模型虽然没有检测出正选择位点,但是位点模型检测出了85个负选择位点。通过研究我们仅仅得出a、b两个代表水龙骨类的分支处于正选择压力下,这与水龙骨类在白垩纪发生辐射式演化的理论相一致。同时rps4基因处于强烈的负选择压力这一事实表明该基因的功能与结构已经趋于稳定。

一个中国视网膜色素变性家系的RP3基因突变

目的探讨一个中国视网膜色素变性(RP)家系的突变基因位点。方法在获得知情同意后对该家系成员进行病史采集、眼部检查和病情追溯,绘制家系图,并对其中26例采血,进行DNA提取、聚合酶链反应、RP3基因外显子ORF15测序。结果该家系共有成员57名,其中直系42名(含21例患者)。患者表现为夜盲、近视、眼底色素沉着、血管细、视盘淡,视野向心性缩窄甚至呈管状,暗视视网膜电图(ERG)显示a波、b波振幅明显下降甚至记录不到。家系特点为男性患者的女儿全部患病、男性患者的母亲均是患者,符合X连锁显性遗传特征。经PCR反向测序,发现突变位点位于ORF15+1339delA。结论该家系患者病变由RP3基因外显子ORF15+1339delA位点突变所致。

小鼠RPS20基因miRNA干扰载体的构建及鉴定

目的构建小鼠RPS20 miRNA干扰载体,进行载体质粒的提取及鉴定,以进行细胞转染实验。方法针对小鼠RPS20基因miRNA序列,设计合成阴性对照及4对目标基因oligo,采用载体构建试剂盒进行重组克隆,经过退火、连接及转化后,进行测序及质粒提取鉴定。结果测序结果提示序列构建完全正确,电泳结果提示质粒大小正确,纯度较高。结论成功构建了针对于小鼠RPS20基因的miRNA干扰载体,测序及电泳结果提示,所构建序列可用于后续转染实验。

猪RPS3基因的克隆和表达分析

RPS3在体内具有多种功能,为了进一步揭示其结构与功能的关系,探索其编码区作为系统发育标记的可行性,本研究应用生物信息学、RT-PCR和3-′RACE方法首次克隆了猪RPS3基因(GenBank登录号:DQ660373)并进行了序列分析,同时利用半定量RT-PCR方法分析了RPS3基因的时空表达规律。序列分析表明RPS3开放读码框全长为732 bp,编码243个氨基酸残基的多肽链,含有核糖体蛋白S3标签,构建的系统发育树显示聚类结果与动物学上的分类一致。半定量RT-PCR分析表明RPS3在所检测的10种组织中均有较高水平的表达,心脏中的表达量最高,肺脏中的表达量最低,其它组织间差异不大;在仔猪中表达量高,随着日龄的增加表达量不断下降,在3月龄以后的猪中表达量趋于平稳。以上结果说明RPS3基因CDS适合构建种间的系统发育树,mRNA的表达水平与细胞的生长代谢速度有关。

110例视网膜色素变性患者RP1基因突变的检测分析

背景视网膜色素变性（RP）是一组常见的单基因遗传性、致盲性眼底病变，目前尚无有效的治疗方法。目的研究RP1基因在宁夏地区RP患者中的突变频率及特征，进一步探讨其在RP发病机制中的潜在作用。方法收集宁夏回族自治区110例RP患者，其中包含35例常染色体显性遗传性RP（ADRP）患者和75例散发患者为RP患者组，同时收集100例健康成年人为正常对照组，2组均采集外周静脉血3～5ml，应用聚合酶链反应（PCR）和直接测序法进行RP1基因全编码区及邻近剪切位点内含子区域序列突变的检测。运用多因素Logistic回归方法和基于网络的评分软件PolyPhen、Sorting Intolerantfrom Tolerant（SIFT）对研究结果进行分析。结果RP患者组和正常对照组RPl基因共检测出11个变异位点，P．Lysll52Lys和C．＊247A〉C为新发现的突变。RP患者组第3内含子C．788—92T〉C的突变频率与正常对照组比较差异有统计学意义（χ2=9．12，P〈0．01）；3’-侧翼序列区c．＊247A〉C的突变频率高于正常对照组，差异有统计学意义（χ2=12．77，P〈0．01），且与RP发生呈显著正相关（r=1．11，P〈0．05），其余位点突变均证实为RPl基因的多态性。RP患者组P．Gln1725Gin的突变率显著高于正常对照组（χ2=42．09，P〈0．01），但其与RP的发生无关（r=1．74，P〉0．05）。1例散发患者发现了P．Lysll52Lys的突变。在83例RP患者中发现有P．Arg872His、P．Alal670Thr和P．Serl69lPro突变的同时出现，PolyPhen分析显示，三者均为保护性突变，评分分别为1．11、0．74、0．22；SIFT分析显示，这3个突变均对RP表现为保护作用，评分分别为0．07、0．60、0．22；携带这3个突变的RP患者夜盲出现的平均年龄为30．54岁，27例未携带这3个突变的RP患者夜盲出现的平均年龄为21．06岁；携带这3个突变的RP患者平均最佳矫正视力为0．50±0．38，未携带者的为0．40±0．33，差异有统计学意义（t=2．11，P〈0．05）。结论在宁夏回族自治区RP患者中，RPl基因的致病突变率低于中国其他地区的人群。P．Arg872His、P．Alal670Thr和P．Serl691Pro突变的协同出现可能对RP起到一定的保护作用，同时也可能降低了RPl基因致病突变的发生率。

羊驼核糖体蛋白S5(RPS5)基因与绒毛生长发育的研究

利用southern blotting技术从羊驼皮肤cDNA文库中筛选出核糖体蛋白S5(RPS5)基因,对该基因进行测序,通过对羊驼RPS5基因的序列结构特点及编码氨基酸与其它哺乳动物的进行比较分析,从而发现羊驼RPS5基因的特性;并对序列进行生物信息学分析,确定基因发挥功能的特殊结构域,进而对羊驼RPS5基因的功能进行分析研究,为以后的相关研究奠定基础。

RPS6基因多态性与汉族人原发性卵巢功能不全的相关性研究

目的探讨核糖体蛋白S6(RPS6)基因多态性与汉族人原发性卵巢功能不全(POI)易感性的关系。方法采用基质辅助激光解析质谱仪检测148例POI患者和226例正常对照者RPS6基因rs2277151位点的基因型,使用SPSS13.0软件对所得数据进行统计分析。结果该位点基因型和等位基因频率在病例组和对照组间的差异均无统计学意义。结论 RPS6基因多态性与汉族人POI易感性不相关。

基于叶绿体rps4基因序列的部分苔藓植物的亲缘关系

以小叶苔为外类群,利用ClustalX2.0和MEGA4.1软件对12种苔藓植物的rps4基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明:叶绿体rps4序列长度变异范围为669～677 bp,排序后总长度为683 bp,其中变异位点200个,信息位点122个。遗传距离为0.008～0.202,平均遗传距离为0.122。利用UPGMA法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中6种丛藓科(Pottiaceae)植物聚为一组,3种青藓科(Brachytheciaceae)植物聚为一组,3种灰藓科(Hypnaceae)植物聚为另一组。序列分析结果与形态学结果一致,表明rps4序列可用于苔藓植物的亲缘关系分析。

大熊猫核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的cDNA克隆及序列分析

为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps26基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基基因rps26的异同,以大熊猫的肌肉组织为材料,根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,成功地克隆了核糖体蛋白亚基基因rps26的表达序列,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫rps26亚基基因的表达序列长为413 bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为13.025 2×103,等电点为11.61.拓扑预测显示该蛋白含有3个功能位点:1个N-糖基化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ蛄姿峄?位点和1个核糖体蛋白S26e signature位点.进一步分析发现,大熊猫rps26基因与已报道的人、西藏黄牛、野猪、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列其编码的氨基酸序列具有很高的相似性:编码序列同源性分别为90.23%、91.67%、92.82%、87.36%和86.78%;氨基酸序列同源性均为99.86%.

云南蔓草虫豆丛枝植原体rp基因序列分析及结构预测

为了从亚组水平上明确云南元谋县的蔓草虫豆丛枝植原体的分类地位,本研究以rp(II)F1/rp(II)R1为引物,利用PCR对感病蔓草虫豆总DNA进行rp基因扩增。扩增产物进行序列分析和编码蛋白特性预测,并通过生物信息学软件对rp基因编码的rpl22、rps3蛋白特性进行分析。结果表明,PCR扩增测序得到1171 bp的特异性片段,该片段包括全部rpl22基因和大部分rps3基因,两基因相互重叠,分别编码128和237个氨基酸。通过同源性比对及系统进化树分析,从亚组水平明确了蔓草虫豆丛枝植原体是16SrII-A亚组成员,且归属于rp-iii亚进化支。预测rp基因所编码的rpl22和rps3蛋白均为脂溶性蛋白,且二级结构包括螺旋、卷曲和折叠。本研究结果可为深入研究蔓草虫豆丛枝植原体蛋白跨膜运输的分子机理提供一定的理论参考。

油菜叶绿体核糖体蛋白基因rps7的克隆和序列分析(英文)

从甘蓝型油菜 (Brassicanapuscv .H1 65)叶绿体基因组克隆得到了编码核糖体蛋白的基因rps7。经序列分析得知 ,该基因编码区包含 468个核苷酸 ,编码一个分子量为 2 0 1 0 9D、由 1 55个氨基酸组成的蛋白质。该基因的核苷酸和编码的氨基酸序列与烟草对应基因的同源性皆高达 97% ;而与水稻对应基因的同源性分别为 90 %和 84%。该基因不含内含子 ,没有典型的SD序列 ,但在 5’端 - 2 5～- 2 2位发现一个与烟草psbA基因的顺式作用元件RBS2完全相同的TGAT框。与烟草和水稻的同源序列比较 ,该基因在 3’端非编码区变异较大 ,发生了多次插入和缺失。构建了包含该基因在内的一个 1 .0kbDNA的限制性内切酶图谱。所报告的基因序列已登录GenBank。

羊驼核糖体蛋白S5(RPS5)全长基因的筛选及其序列分析

本研究利用southernblotting技术从羊驼皮肤cDNA文库中筛选出核糖体蛋白S5(RibosomalproteinS5,RPS5)基因,测序结果表明该片断大小为436bp,含有一个完整的ORF。并利用生物信息学方法对该基因进行了分析,发现该基因编码的氨基酸在第1到88位之间含有一个典型的CARD结构域,即六个反平行的螺旋结构形成的结构域,该结构域对RPS5基因功能的体现起决定作用。

小鼠RPS20基因miRNA干扰对CT26细胞生长的影响

目的构建4对小鼠RPS20(ribosomal protein S20,RPS20)miRNA质粒载体,采用RNA干扰的方法干扰CT26细胞RPS20基因,观察干扰后对CT26细胞RPS20 mRNA、蛋白表达及细胞增殖的影响。方法采用荧光定量PCR及Western-Blot检测干扰后RPS20 mRNA及蛋白的表达,采用MTT法和3-H胸腺嘧啶核苷(3-HTdR)法检测干扰后细胞增殖能力的改变。结果 RNA干扰RPS20基因后,CT26细胞RPS20 mRNA表达水平下降,蛋白表达水平降低,肿瘤细胞生长受到一定程度的抑制。结论 CT26细胞RPS20基因的部分缺失,依然可以抑制细胞的正常生长,进一步提示了RPS20在生命活动中的重要作用。

RPS14基因重组慢病毒载体的构建及其在MUTZ-8细胞中的表达

目的构建携带人RPS14基因重组慢病毒载体获得稳定产毒的细胞,并观察其在人MDS细胞株MUTZ-8细胞中的表达。方法通过反转录方法,获得目的基因RPS14;将目的基因克隆入慢病毒表达质粒pGC-FU Vector,构建含有RPS14基因的重组慢病毒载体pGC-FU RPS14,经PCR、酶切及测序鉴定其正确性;在Lipofectamine 2000介导下,将成功构建的质粒pGC-FU RPS14与慢病毒包装质粒pHelper 1.0、pHelper 2.0共转染293T细胞,通过实时定量PCR法测定病毒滴度,并将获得的重组慢病毒载体pGC-FU RPS14转染人MDS细胞株MUTZ-8,用流式细胞仪检测转染效率,RT-PCR检测靶细胞内RPS14 mRNA的表达。结果含有RPS14基因的重组慢病毒载体经PCR、酶切和测序鉴定构建正确,且测定的病毒滴度为2.0×109 TU/ml。流式细胞仪检测其转染效率为68.41%,RT-PCR检测到转染后RPS14 mRNA在靶细胞中的稳定表达。结论构建了携带人RPS14基因的慢病毒载体,转染人MUTZ-8细胞株后能够稳定表达RPS14基因。