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甘蓝型油菜RPD3/HDA1基因家族鉴定及早熟相关基因挖掘
被引量:
6
1
作者
张玉玲
张超
+3 位作者
蒋唤唤
梁峰豪
肖华贵
曾兵
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期901-911,共11页
该研究运用生物信息学方法鉴定甘蓝型油菜RPD3/HDA1基因家族,检测了其在‘黔油早2号’和‘中双11’中的表达水平及2个品种在低温(4℃)和ABA胁迫下该家族基因的表达特征,以探讨RPD3/HDA1基因在甘蓝型油菜中的潜在功能,为早熟油菜抗逆性...
该研究运用生物信息学方法鉴定甘蓝型油菜RPD3/HDA1基因家族,检测了其在‘黔油早2号’和‘中双11’中的表达水平及2个品种在低温(4℃)和ABA胁迫下该家族基因的表达特征,以探讨RPD3/HDA1基因在甘蓝型油菜中的潜在功能,为早熟油菜抗逆性遗传改良提供理论基础和候选基因。结果表明:(1)在甘蓝型油菜全基因组中共鉴定到28个RPD3/HDA1基因,将其命名为BnHDA1~BnHDA28,聚类为4个亚家族,同一亚家族成员的基因结构较为相似;在该基因家族中共检测到16对复制基因,均为片段重复。(2)顺式作用元件预测统计中共发现675个元件与植物激素、环境胁迫和光响应有关。(3)qRT-PCR分析显示,RPD3/HDA1基因在‘黔油早2号’中的表达量均高于‘中双11’;低温胁迫下,‘黔油早2号’和‘中双11’中RPD3/HDA1基因呈差异表达,与‘中双11’相比,RPD3/HDA1基因在‘黔油早2号’中的下调幅度较大;ABA处理后,RPD3/HDA1基因在2个品种中表达模式不一致,‘黔油早2号’中大部分RPD3/HDA1基因表达量较‘中双11’下调幅度小。研究认为,RPD3/HDA1基因可能在油菜开花中发挥调节作用,而且可能通过激素信号通路和防御信号通路参与油菜的生长发育和防御反应的调节。
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关键词
甘蓝型油菜
rpd
3
/hda
1家族
早熟
胁迫
表达分析
下载PDF
职称材料
小麦RPD3/HDA1基因家族的全基因组鉴定及其对热胁迫的响应
被引量:
3
2
作者
郑文杰
党仁美
+2 位作者
丁宁
刘媛媛
闻珊珊
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期362-370,共9页
RPD3/HDA1是组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDACs)家族中最大的亚族,已知的HDAC家族基因在拟南芥、水稻等植物的生长发育和非生物胁迫方面都发挥着重要作用,但小麦中对HDACs的研究却较少。为探究小麦中 RPD3/HDA1家族基因对热...
RPD3/HDA1是组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDACs)家族中最大的亚族,已知的HDAC家族基因在拟南芥、水稻等植物的生长发育和非生物胁迫方面都发挥着重要作用,但小麦中对HDACs的研究却较少。为探究小麦中 RPD3/HDA1家族基因对热胁迫的响应,本试验利用生物信息学方法,从小麦全基因组中鉴定出36个小麦 RPD3/HDA1基因,并对其基因结构、进化关系、顺式作用元件和热胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:除3A和4A外,其余小麦染色体均含有该家族基因,其基因结构中外显子和内含子的数目差异明显。该小麦家族基因在不同组织和不同逆境胁迫中存在差异表达, TaHDAC-Ⅱ-3a、 TaHDAC-Ⅱ-3b和 TaHDAC-Ⅱ-3d在叶片中的表达量明显高于其他组织, TaHDAC-Ⅰ-2d、 TaHDAC-Ⅰ-2a和 TaHDAC-Ⅰ-2b在热胁迫后表达量有明显上调。进一步研究发现,不同基因在同一生育时期的热胁迫下响应不同,同一基因在不同生育时期对热胁迫的响应也不同,并且相对于35℃而言,多数基因对42℃胁迫响应更显著。这些结果对寻找小麦 RPD3/HDA1家族候选耐热基因具有重要的参考价值。
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关键词
小麦
rpd
3
/hda
1家族
全基因组鉴定
热胁迫
实时荧光定量PCR
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职称材料
题名
甘蓝型油菜RPD3/HDA1基因家族鉴定及早熟相关基因挖掘
被引量:
6
1
作者
张玉玲
张超
蒋唤唤
梁峰豪
肖华贵
曾兵
机构
贵州省农业科学院贵州省油料研究所
贵州金瑞农业科技有限公司
出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期901-911,共11页
基金
早熟杂交油菜新品种黔油早2号中试与示范项目(黔科合成果[2020]1Y052)
贵州山区特色油料资源利用研究及实验平台建设项目(黔科中引地[2020]4012号)
+1 种基金
贵州省油菜产业技术体系项目(GZCYTX2018-08)
油菜优质高产宜机收新品种选育项目(黔科合支撑[2022]重点031)。
文摘
该研究运用生物信息学方法鉴定甘蓝型油菜RPD3/HDA1基因家族,检测了其在‘黔油早2号’和‘中双11’中的表达水平及2个品种在低温(4℃)和ABA胁迫下该家族基因的表达特征,以探讨RPD3/HDA1基因在甘蓝型油菜中的潜在功能,为早熟油菜抗逆性遗传改良提供理论基础和候选基因。结果表明:(1)在甘蓝型油菜全基因组中共鉴定到28个RPD3/HDA1基因,将其命名为BnHDA1~BnHDA28,聚类为4个亚家族,同一亚家族成员的基因结构较为相似;在该基因家族中共检测到16对复制基因,均为片段重复。(2)顺式作用元件预测统计中共发现675个元件与植物激素、环境胁迫和光响应有关。(3)qRT-PCR分析显示,RPD3/HDA1基因在‘黔油早2号’中的表达量均高于‘中双11’;低温胁迫下,‘黔油早2号’和‘中双11’中RPD3/HDA1基因呈差异表达,与‘中双11’相比,RPD3/HDA1基因在‘黔油早2号’中的下调幅度较大;ABA处理后,RPD3/HDA1基因在2个品种中表达模式不一致,‘黔油早2号’中大部分RPD3/HDA1基因表达量较‘中双11’下调幅度小。研究认为,RPD3/HDA1基因可能在油菜开花中发挥调节作用,而且可能通过激素信号通路和防御信号通路参与油菜的生长发育和防御反应的调节。
关键词
甘蓝型油菜
rpd
3
/hda
1家族
早熟
胁迫
表达分析
Keywords
Brassica napus L.
rpd3/hda1 family
precocity
stress
expression analysis
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
Q789 [生物学—分子生物学]
S565.4 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
小麦RPD3/HDA1基因家族的全基因组鉴定及其对热胁迫的响应
被引量:
3
2
作者
郑文杰
党仁美
丁宁
刘媛媛
闻珊珊
机构
西北农林科技大学农学院
出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期362-370,共9页
基金
引进人才科研启动费(Z111021401)~~
文摘
RPD3/HDA1是组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDACs)家族中最大的亚族,已知的HDAC家族基因在拟南芥、水稻等植物的生长发育和非生物胁迫方面都发挥着重要作用,但小麦中对HDACs的研究却较少。为探究小麦中 RPD3/HDA1家族基因对热胁迫的响应,本试验利用生物信息学方法,从小麦全基因组中鉴定出36个小麦 RPD3/HDA1基因,并对其基因结构、进化关系、顺式作用元件和热胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:除3A和4A外,其余小麦染色体均含有该家族基因,其基因结构中外显子和内含子的数目差异明显。该小麦家族基因在不同组织和不同逆境胁迫中存在差异表达, TaHDAC-Ⅱ-3a、 TaHDAC-Ⅱ-3b和 TaHDAC-Ⅱ-3d在叶片中的表达量明显高于其他组织, TaHDAC-Ⅰ-2d、 TaHDAC-Ⅰ-2a和 TaHDAC-Ⅰ-2b在热胁迫后表达量有明显上调。进一步研究发现,不同基因在同一生育时期的热胁迫下响应不同,同一基因在不同生育时期对热胁迫的响应也不同,并且相对于35℃而言,多数基因对42℃胁迫响应更显著。这些结果对寻找小麦 RPD3/HDA1家族候选耐热基因具有重要的参考价值。
关键词
小麦
rpd
3
/hda
1家族
全基因组鉴定
热胁迫
实时荧光定量PCR
Keywords
Triticum aestivum L.
rpd3/hda1 family
Genome-wide identification
Heat stress
Real-time PCR
分类号
S512.1 [农业科学—作物学]
S330 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
甘蓝型油菜RPD3/HDA1基因家族鉴定及早熟相关基因挖掘
张玉玲
张超
蒋唤唤
梁峰豪
肖华贵
曾兵
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
6
下载PDF
职称材料
2
小麦RPD3/HDA1基因家族的全基因组鉴定及其对热胁迫的响应
郑文杰
党仁美
丁宁
刘媛媛
闻珊珊
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
3
下载PDF
职称材料
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