鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。

基于Cortex-M4内核的RT-Thread上下文切换机制剖析

RT-Thread是源码公开的国产嵌入式实时操作系统。基于Cortex-M4内核,对RT-Thread通过底层PendSV中断进行上下文切换的过程进行了剖析,从指令级别对上下文切换的实现机制进行了研究,为深入理解内核调度机制的实现提供了参考,也为RT-Thread的应用与推广提供了技术基础。

基于轻量级改进RT-DETR边缘部署算法的绝缘子缺陷检测

随着新型电力系统的不断发展建设,输电线路绝缘子状态智能化巡检成为必然趋势。为方便“云-边-端协同架构”进行边缘部署,该文提出一种轻量级RT-DETR目标检测算法。首先,采用RT-DETR作为基线算法降低优化难度,提高鲁棒性;其次,选择轻量级EMO作为算法特征提取主干,充分学习绝缘子目标的长距离特征交互及缺陷小目标的局部特征交互,并提出基于轻量级注意力的尺度内特征交互模块和轻量级跨尺度特征融合模块设计轻量级高效混合编码器;再次,在轻量级高效混合编码器中引入定位信息补充分支、使用DIoU损失函数结合迁移学习训练技巧,缓解轻量化造成的算法精度下降问题;最后,构建多天气条件绝缘子数据集进行训练验证。实验结果表明,相较于基线算法,所提算法检测精度达到97.2%,只损失0.7个百分点,而参数量和计算量分别下降67.8%和71.2%,检测速度提升2.5倍,满足多天气条件下的输电线路绝缘子状态巡检准确率及边缘部署轻量化要求。

月季3种病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用

[目的]月季是我国重要的观赏花卉,李属坏死环斑病毒(prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、月季潜隐病毒1(rose cryptic virus 1,RCV1)是侵染月季的主要病毒,与其它病毒复合侵染月季时,对其生长和发育可造成严重影响。本文旨在建立灵敏、便捷地检测月季中这3种病毒的RT-LAMP检测方法。[方法]本研究以病毒CP基因为靶序列设计特异性引物,建立侵染月季的PNRSV、ASGV和RCV1的RT-LAMP检测方法,并对反应体系中Mg^(2+)浓度和dNTP使用浓度、反应温度和反应时间进行了优化,并对反应灵敏度和特异性进行了检测。[结果]该方法在恒温条件(61℃)下即可对目标病毒实现可视化特异性检测,检测体系中Mg^(2+)和dNTP最佳使用浓度分别为5.0 mmol/L和1.2 mmol/L;本研究所建立的RT-LAMP检测方法,RCV1、PNRSV和ASGV可以检测到病毒的最低浓度分别为3.19×10^(5)、6.44×10^(4)和4.04×10^(4)拷贝/μL,灵敏度是RT-PCR的100~1000倍,而且检测体系具有很好的反应特异性,与侵染月季的其它病毒之间不存在交叉反应;使用该RT-LAMP检测方法随机对田间19个样品进行检测,可通过颜色变化,能准确检测出样品中的目标病毒,而无需借助琼脂糖凝胶电泳或其它专门仪器。[结论]该方法可通过直接添加染料实现可视化,具有快速、便捷、特异性好特点,适用于侵染月季的PNRSV、ASGV和RCV1的快速诊断及田间监测。

牛阿卡斑病RT-PCR检测方法的建立

【目的】建立牛阿卡斑病(Akabane disease,AKAD)RT-PCR实验室快速检测方法,为该病的临床防控提供技术支撑。【方法】参考前期获得的阿卡斑病毒(Akabane virus,AKAV)S基因序列(OR791104.1),针对其保守区域设计特异性扩增引物,以构建的pMD-AKAV重组质粒为模板,建立RT-PCR检测方法,并对其扩增条件进行优化,进而对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评估,最后将所建方法对实验室保存的19份阳性和279份阴性牛血清临床样本进行符合性检测,验证该方法的准确性。【结果】所建方法的最佳反应条件为95℃预变性3 min;95℃变性15 s,55℃退火15 s,72℃延伸15 s,共37个循环;72℃延伸5 min。对牛蓝舌病病毒、多杀性巴氏杆菌、牛传染性鼻气管炎病毒和牛支原体等病原均为阴性,特异性良好;对阳性质粒检测最低限为2.5×10^(3) copies/μL,灵敏性高;重复性试验显示不同批次样本检测结果均一致,可重复性强;对实验室保存的298份(19份阳性、279份阴性)临床样本进行检测,其结果均与预期一致,符合率100%。【结论】建立的牛阿卡斑病RT-PCR检测方法特异性良好、灵敏性高、可重复性强。

基于RTS评分的创伤抢救小组模式在急诊多发伤患者救治中的应用研究

目的 探究基于修正创伤评分的创伤抢救小组模式在急诊多发伤患者救治中的应用研究。方法 按简单随机化分组法将2022年9月-2023年9月在广州市白云区第二人民医院急诊科就诊的急诊多发伤患者分为观察组和对照组,各57例。观察组予以基于修正创伤评分的创伤抢救小组模式的急救干预;对照组予以常规急救干预。比较两组患者的急救情况(患者存活率、急诊科停留时间、影像学检查时间、入院至手术时间)、病情恶化情况(感染、大量输血、短暂休克)、心理状况[创伤后应激障碍自评量表(Post-Traumatic Stress Disorder SelfRating Scale,PTSD-SS)]和患者出院时间。并比较两组护理人员伤情判断能力(院前急救护士岗位胜任力评价量表)。结果 观察组患者的存活率显著高于对照组(χ2=8.150,P<0.05),且观察组患者的急诊科停留时间、影像学检查时间、入院至手术时间和患者出院时间显著短于对照组(t=4.191、6.188、7.165、8.917,均P<0.05)。观察组患者的感染、大量输血和短暂休克等病情恶化情况和PTSD-SS评分显著低于对照组(χ~2=4.609、4.842、3.946,tPTSD-SS评分=5.174、4.940、6.619、3.083、3.090,均P<0.05)。观察组护理人员的院前急救护士岗位胜任力评价量表评分显著高于对照组(t=7.274、6.059、7.969、5.346、7.124、5.858,均P<0.05)。结论 基于修正创伤评分的创伤抢救小组模式的急救护理方案能够准确判断急诊多发伤患者伤情,使患者尽快获得救治,提高急救成功率,改善患者心理,使患者尽快出院。

基于改进RT-DETR的USB-C连接器外观检测模型

随着电子市场的发展,USB-C接口的产量增加,对其质量检测要求也越来越高。针对其表面缺陷种类多,传统视觉检测精度低的问题,提出一种基于改进RT-DETR的USB-C连接器外观检测模型。首先,通过工业相机实际收集图像并进行标注,构建一个包含3630张图片缺陷的数据集;其次选用RTDETR-r18作为基本模型,在主干部分BasicBlock模块中引入高效的多尺度EMA注意力机制,有利于增强并捕捉不同缺陷的特征,在Neck部分添加CGA模块融合来自不同层的特征图,增强特征表示能力,最后优化损失函数,从而提高检测精度。实验结果表明,改进的RT-DETR模型平均检测精度可达95.4%,检测速度FPS可达232,优于主流的YOLO系列模型。该检测模型对USB-C连接器的外观检测具有较大实际应用价值。

新型稠环嘧啶类HIV-1 NNRTIs的设计、合成、抗病毒活性与初步成药性研究

艾滋病(AIDS)是由人类免疫缺陷病毒(HIV)感染引起的全球重大流行性传染病。据世界卫生组织(WHO)的数据报道,截至2018年底,因感染艾滋病毒而死亡的人数达到了3200万,全球现存约有3790万艾滋病毒感染者,其中2018年新增感染人数约170万人,77万人死于艾滋病引起的并发症。逆转录酶(RT)在HIV-1的生命周期起着必不可少的作用,是开发抗HIV新药的重要靶点之一。非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)以其抗病毒活性强、选择性高、作用机制明确以及可与其它药物协同作用等特点而备受关注,成为高效抗逆转录病毒治疗(HAART)的重要组分之一,其中以上市药物Etravirine和Rilpivirine为代表的二芳基嘧啶类化合物(DAPYs)表现格外耀眼。尽管NNRTIs在HIV-1患者的治疗上取得了巨大成功,但是由于其变构作用机制和较低的遗传屏障,在临床应用中迅速出现了耐药株。

蓝舌病新疆分离株VP7蛋白编码基因序列分析及一步法RT-PCR方法的建立

【目的】分析蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,建立蓝舌病新疆分离株一步法RT-PCR方法,为新疆BTV分子流行病学调查及防控提供技术支持。【方法】采用二代测序技术获得新疆分离株S7基因序列,登陆GenBank对序列进行同源性Blast比对,用软件MEGA 5.0分析序列差异,根据蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,运用软件Oligo6.0设计引物,对蓝舌病新疆分离株S7基因进行RT-PCR扩增,并验证该方法的特异性及敏感性。【结果】蓝舌病中国新疆分离株编码VP7蛋白S7基因序列与哈尔滨报道BTV分离株S7基因片段相似度较高为89.64%,与中国云南报道BTV-29型分离株、蒙古国BTV分离株S7基因片段相似度分别为87.49%和87.39%;与德国BTV分离株S7基因片段相似度为80.70%,其余均无同源性序列。中国新疆分离株S7基因片段序列与4条同源序列间存在26处核苷酸差异,9处氨基酸差异。【结论】建立的蓝舌病中国新疆分离株S7基因片段一步法RT-PCR方法具有良好的特异性,仅BTV中国新疆分离株扩增获得目的条带,该方法的敏感性为4.0×10^(3)copies/mL。

地黄花叶病毒RT-LAMP快速检测方法的建立及应用

基于反转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)技术建立了针对地黄花叶病毒(Rehmannia mosaic virus,ReMV)的快速、特异、灵敏的RT-LAMP检测方法。根据ReMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因的核苷酸序列设计了3组LAMP引物,通过引物筛选确定最佳引物组合;利用电泳检测及可视化方法(加SYBR GreenⅠ显色剂)进行RT-LAMP温度优化、特异性检测、灵敏度比较。结果表明:本研究建立的RT-LAMP方法最适检测温度为60℃,优化后的LAMP方法能特异性检测ReMV,灵敏度是常规PCR的1000倍,可检测到1.2×10^(-1)拷贝/μL的模板浓度。对60份地黄样品的检测结果表明,RT-LAMP方法的阳性检出率为98.3%,高于常规RT-PCR方法(75%)。本研究建立的RT-LAMP检测技术为ReMV的准确检测提供了快速、高效的方法。

猪传染性胃肠炎病毒RT-CPA检测方法构建及初步应用

为开发一种猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)RT-CPA快速且准确的检测方法。本试验根据TGEV S基因的D序列,设计了3对引物,使用构建的重组质粒作为标准阳性对照,通过优化筛选条件并应用可视化核酸试纸条,成功建立了一种一步法TGEV RT-CPA检测方法。本实验筛选最优条件为:Mg^(2+)浓度1.0 mmol/L,dNTP浓度0.8 mmol/L,Betaine浓度1.0 mol/L,BstDNA聚合酶浓度8.0 U,反应温度63℃,反应时间60 min,AMV逆转录酶5 U。本研究的扩增产物通过凝胶电泳显示出梯形条带,证明了其对TGEV的特异性检测和重复性良好,灵敏度高达10拷贝/μL。初步应用显示,该方法与TGEV抗原快速检测试剂盒的符合率超过90%,显示了高灵敏度。TGEV RT-CPA方法免去了RNA提取和cDNA合成的步骤,能够完成一步检测,且该方法不需要特殊仪器,适用于现场快速检测TGEV,为快速诊断和防控猪传染性胃肠炎提供了新的技术选择。

猪流行性腹泻病毒微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法的建立

为了建立简便快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)荧光定量RT-qPCR检测方法,根据GenBank数据库公布的猪流行性腹泻病毒囊膜蛋白E基因,设计特异性引物和探针结合微芯片技术,建立微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法。该方法除对PEDV检测为阳性外,对与其同源性较近的致病病毒的检测均为阴性;最低检测限为1 copies/μL,常规荧光RT-qPCR检测限为10 copies/μL。批内、批间重复性试验表明,Ct值变异系数均在2%以内,可对PEDV临床样本进行检测。建立的检测方法特异性好、敏感性高、检测时间短且重复性好,适用于临床检测。

闪光放射治疗(Flash-RT)技术的研究进展

经过多年发展,精准放射治疗技术已广泛应用,但现有技术仍受限于正常组织耐受剂量的限制,无法实现肿瘤治疗的最佳目标。闪光放射治疗(Flash-RT)是一种以超高剂量率射束(UHDR)进行照射的放射治疗技术,能够在显著降低正常组织辐射损伤的同时,最大限度地治疗肿瘤。但直到目前,Flash-RT的生物学机制、关键物理参数及触发机制等尚不明确,其原理及临床转化应用仍处于研究阶段。本综述通过归纳Flash-RT相关研究,阐明Flash-RT研究的技术进展及临床转化应用。

改进RT-DETR的液晶面板喷墨打印表面缺陷检测

液晶面板喷墨打印表面缺陷检测中存在目标小、样本少、纹理背景干扰等问题,应用传统图像处理算法检测精度低、泛化性差,针对以上问题提出了一种改进RT-DETR(real-time detection transformer)的目标检测算法。改进RT-DETR算法通过将主干网络ResNet模型替换为特征提取性能更优的ConvNeXt模型,提高算法整体检测精度。设计了基于通道注意力的增强通道压缩模块,使算法更有效地消除背景干扰专注于定位缺陷目标,加快算法收敛,提高小目标检测精度。在构建的喷墨打印缺陷数据集训练实验上,改进RT-DETR算法检测平均精度mAP(mean average precision)为80.58%,较原始RT-DETR算法提升了2.89%,较原始DETR算法提升了15.88%,检测速度达到20 FPS(frames per second),改进RT-DETR算法的综合检测性能更优。改进RT-DETR算法在小目标检测数据集VisDrone训练实验上表现出良好的通用性,为其他工业场景下的表面小目标缺陷检测提供了参考价值。

河南郑州桃园桃病毒T的RT-PCR检测

通过选取河南省郑州市周边桃园生长不正常的树体叶片,进行RT-PCR检测桃病毒T的感染。结果表明,18份样品中检测到了6份样品存在病毒感染,检出率为33.3%。检出病毒的桃树样品分布在新郑市多个乡镇的果园,共有5个品种检出病毒;来自巩义市的样品未检测出桃病毒T。检出病毒的桃品种既有生产上的老品种,又有近几年栽植的新品种。结合多个桃园的病毒检出,说明病毒T已在生产中存在较长时间,并在局部区域呈扩散趋势。

基于RT-Thread的液压支架监控分站的设计

为提高煤矿生产的安全性和效率,降低生产成本,设计了基于嵌入式实时操作系统RT-Thread的液压支架监控分站。该分站通过CAN总线将综采工作面液压支架的工作数据上传到主站并接收主站下达的指令;此外,通过支架控制器可以实现对液压支架的远程控制。软件设计利用信号量和事件集进行线程间通信同步;同时采用多线程优先级抢占调度机制,实现任务的并发运行。实验证明,该分站具有精度高、可靠性强和实时响应等特点,达到工程实际应用需求。

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立及临床应用

为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法,并分析了该方法的特异性、敏感性和重复性;同时应用该方法检测采集自洛阳市的251份临床样品,并对不同地区、不同年份、不同养殖模式的检测结果进行比较分析。结果表明:优化后的退火温度为51℃,模板添加量为5μL,引物添加量为0.5μL;该方法对PEDV变异毒株能够扩增出550 bp特异性条带,而检测的PEDV经典毒株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均为阴性;对PEDV变异毒株RNA的最低检测限达到0.74 ng,对3份PEDV变异毒株阳性病料和3份PEDV变异毒株阴性病料重复检测3次的结果完全一致;检测采集于洛阳市251份临床样品的平均阳性率为29.48%,其中不同地区阳性率介于13.33%~44.44%之间,2018—2022年阳性率介于28.30%~31.58%之间,散养户和规模化猪场的阳性率分别为38.24%和19.13%。说明试验建立的PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法特异、敏感、稳定、准确,洛阳市PEDV变异毒株的流行特点为个别地区较严重的情况、近几年流行率基本持平、散养户流行情况较规模化猪场严重。

基于改进RT-DETR的路面坑槽检测模型

路面坑槽对驾驶的舒适性和安全性有很大影响。针对路面图像中坑槽尺寸小和特征信息匮乏导致检测精度低的问题,提出一种基于RT-DETR的路面坑槽检测模型Pavement Pothole-DETR(PP-DETR)。其主干网络使用SPDRSFE模块进行特征提取,可保留更多特征信息,提高小目标检测精度;引入渐进特征金字塔网络实现特征融合,避免多级传输造成的信息丢失,以解决坑槽特征信息主要集中在中、底特征层的问题;使用结构重参数化模块Conv3XCC3进行特征再提取,在提高网络表达能力的同时又不增加计算量。实验结果显示,相比原RT-DETR模型,PP-DETR的精确率与召回率分别提升了2.9和5.4个百分点,mAP达到76.9%。本文提出的改进方法有效提升了网络的特征提取和特征融合能力,在路面坑槽检测任务上的表现明显优于YOLO系列模型。

建立检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2的mRNA相对表达水平的RT-qPCR方法

目的本研究旨在建立一种实时荧光定量PCR方法,用于检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2(adenosine triphosphate-binding cassette transporter protein G2,ABCG2)mRNA的基因转录水平。方法使用NCBI上GenBank数据库猕猴(Macaca mulatta)的ABCG2核苷酸序列号NM_001032919.1及内参GAPDH核苷酸序列号NM_001195426.1,借助Primer premier 5.0软件设计PCR引物。提取猕猴新鲜肾组织的总RNA,并反转录合成cDNA。接着,利用PCR引物进行实时荧光定量PCR扩增,并根据反应体系中荧光的变化情况定量分析ABCG2的mRNA相对表达水平。结果PCR产物测序结果显示,扩增的ABCG2和GAPDH核苷酸序列与NCBI上猕猴的序列同源性分别为90.91%和91.14%。ABCG2和GAPDH的扩增效率均达到80%~120%,实时荧光定量PCR标准曲线的熔解曲线为单峰,R2接近1。结论本研究建立的检测猕猴ABCG2 mRNA实时荧光定量检测方法,为研究高尿酸血症的发病机制以及新药开发奠定基础。

甘薯褪绿矮化病毒西非株系RT-RPA-LFD检测方法的建立与应用

【目的】利用逆转录酶重组酶聚合酶扩增(reverse transcriptase recombinase polymerase amplification,RT-RPA)结合侧向流层析(lateral flow dipstick,LFD)试纸条技术,建立甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(west African strain,WA)的RT-RPA-LFD检测方法。【方法】根据SPCSV-WA外壳蛋白基因和热激蛋白基因的保守序列设计并筛选扩增效果好、特异性强的引物和探针。然后对引物和探针的浓度、扩增体系、温度、反应时间等条件进行优化,建立SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法。利用该方法对SPCSV-EA、甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯潜隐病毒(sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯G病毒(sweet potato virus G,SPVG)等常见的甘薯病毒进行检测,验证方法的特异性;将感染SPCSV-WA甘薯叶片样品总RNA进行10倍梯度稀释,分别采用RT-PCR和RT-RPA-LFD进行检测,比较RT-PCR和RT-RPA-LFD方法的灵敏度;对采自田间的甘薯样品和试管苗样品进行RT-RPA、RT-RPA-LFD和RT-PCR检测,验证该方法的实用性。【结果】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,最适引物为CSV357F/R,探针CSV-CP-Probe(47 bp),引物和探针工作浓度分别为0.2和0.06μmol·L^(-1),温度为42℃,时间5 min。该方法可对SPCSV-WA进行特异性检测,与甘薯上其他常见病毒无交叉反应。RT-RPA-LFD最低可检测到总RNA稀释至10^(-4)溶液,而RT-PCR最低检测到总RNA稀释至10^(-3)溶液,RT-RPA-LFD灵敏度是RT-PCR的10倍。田间采集的22份甘薯样品经RT-PCR、RT-RPA和RT-RPA-LFD检测,均检出11份阳性样品,3种方法检测结果一致。28份试管苗样品的检测结果表明,RT-PCR和RT-RPA-LFD检测结果一致,均检出5份阳性样品。【结论】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,该方法具有快速、简便、特异、灵敏、可视的特点,既可用于甘薯脱毒试管苗样品的病毒检测,也适用于基层单位田间甘薯病毒样品的现场快速检测。