多重套式RT-PCR检测患者凝血块中登革病毒RNA(英文)

目的建立简便、灵敏、适合于全部血清型登革病毒核酸检测的多重套式RT-PCR体系,检测临床样品中登革病毒RNA,作为实验室辅助诊断的依据。方法利用登革病毒标准株核酸,建立多重RT-PCR检测方法。提取患者凝血块总RNA,分别用一步法RT-PCR及多重套式RT-PCR检测。结果通过对检测体系进行优化,多重RT-PCR能够同时检测4种血清型登革病毒核酸。采用多重套式RT-PCR方法,从8例登革热患者凝血块中有4例检测到病毒RNA,而其它核酸检测方法仅检出1例阳性。结论多重套式RT-PCR的方法能够从临床凝血块样品中检测到登革病毒核酸,并同时进行血清学分型,简化了登革病毒核酸检测步骤,有利于对临床样品开展病毒核酸检测。

伊氏锥虫HGPRT基因的RT-PCR扩增及克隆

参照布氏锥虫次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶 ( HGPRT)基因的核苷酸序列 ,设计合成了 1对引物 ,引物间距为 63 0 bp,包含完整的 HGPRT基因。以伊氏锥虫湖北水牛株总 RNA为模板进行 RT-PCR扩增 ,琼脂糖凝胶电泳显示 ,获得 1条长约 63 0 bp的特异性条带 ,符合设计要求。扩增片段克隆于 p GEM-T Easy载体 ,经筛选鉴定 ,证明已获得了 HGPRT基因阳性克隆。核苷酸序列分析表明 ,克隆的 HGPRT基因在重组质粒中的连接向位和阅读框架是正确的。二级结构和疏水性分析表明 ,HGPRT基因产物具有复杂的空间结构 。

牛病毒性腹泻病毒1型和2型双重RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank已发表的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因1型和2型毒株的5′端非编码区(5′-UTR)保守序列的差异,设计2对特异性引物,并以牛GAPDH基因为内标,设计1对特异性引物,建立牛病毒性腹泻病毒分型与内标三重RT-PCR检测方法。3对引物可分别扩增出的片段大小为127、94、152bp,与预期大小相符。经反应条件优化,该方法的灵敏度为10°TCID50,与不加内标检测灵敏度相当。经临床样品检测验证,该方法具有较好的特异性和重复性,可用来对牛病毒性腹泻病毒分型进行快速准确的检测。

牛病毒性腹泻病毒内标双重RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了对BVDV-1和BVDV-2进行同步检测,针对不同基因型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因组高度保守的5′-UTR核苷酸序列设计特异性引物(扩增长度为288bp)。为了指示假阴性结果,以牛GAPDH基因为内标基因,设计特异性引物(扩增序列长度为152bp)。通过反应条件的优化,建立了BVDV通用型内标双重RT-PCR检测方法,该方法可以监测RNA提取与RT-PCR反应过程,指示假阴性结果的发生。该方法的检测灵敏度约为100TCID50/mL,且具有较好的特异性和可重复性。通过对566份临床样品检验,检测到阳性样品19份,阳性率3.36%。该方法可用于临床样品中BVDV检测,并可对检测结果进行质量控制。

应用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测TGF-β1诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞中PAI-1mRNA表达

目的应用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测转化生长因子-β1（transforming growth factor betal，TGF-β1）诱导瘢痕疙瘩成纤维细胞（keloid fibroblasts，KFS）中纤溶酶原激活物抑制剂-1（plasminogen activator inhibitor1，PAI-1）mRNA的表达。方法体外分离培养KFs，应用不同浓度（1．25～20pmol·L-1）TGF-β1刺激KFs3h或TGF-β1（10pmol·L-1）刺激KFs不同时间（0．5～6h），采用SYBRGreenI荧光实时定量RT—PCR法检测，以B—actin基因作为内参，计算各组PAI-1mRNA的相对表达量。结果与空白对照组相比，TGF-β1能明显诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，10、20pmol·L-1浓度组表达比值分别增至4．19及4．44倍（P〈0．01）；TGF-β1（10pmol·L。）的1、2h时问组表达比值分别增至2．29及2．41倍（P〈0．05），3、6h时间组分别增至4．19及5．83倍（P〈0．01）。提示，TGF-β1诱导KFs中PAI=1mRNA表达的最适浓度为10pmol·L-1、最适时间为3h。结论利用SYBR荧光实时定量RT—PCR法检测TGF-β1诱导KFs中PAI-1mRNA的表达，为进一步研究瘢痕疙瘩中TGF-β1信号通路的靶基因调控机制，以及开发治疗瘢痕疙瘩的新药提供了基础。

长距离RT-PCR非特异性扩增的鉴定与排除

根据已经测定的乙脑病毒WHe株全基因组序列(GenBank EF107527),设计1对引物扩增基因组全长cDNA和2对特异性的鉴定引物。经RT-PCR技术扩增后,得到约9 kb的产物,经过反复实验,鉴定为外源性污染核酸扩增产物,并加以有效的排除,初步的研究表明该产物可能是由外源性污染核酸自身反向部分互补扩增所致。

竞争RT-PCR方法检测Ctr1基因mRNA变化的内参构建

构建定量逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)的内参标准 ,用以检测铜代谢过程中Ctr1基因mRNA表达的变化情况。采用双引物 ,经 2次克隆将 4 0 0bp左右的外源基因片段插入到 5 30bp目的片段的单酶切位点中 ,构建成突变型DNA阳性竞争重组质粒。结果 ,成功构建了 930bp左右的竞争模板重组质粒。

牛病毒性腹泻病毒内标双重TaqMan荧光RT-PCR方法的建立及初步应用

为建立牛病毒性腹泻病毒（BVDV）内标双重TaqMan荧光RT-PCR方法,本研究根据BVDV 5＇-UTR区序列设计引物和荧光标记探针,通过重叠延伸PCR（SOE-PCR）扩增获得内标模板,经体外转录得到可以作为内标物的cRNA。经反应条件的优化,建立了BVDV内标双重TaqMan荧光RT-PCR检测体系。结果表明：当cRNA浓度为103拷贝/μL时,二者均有较好的扩增曲线;该方法对I型BVDV的检测灵敏度为0.25 TCID50,对II型BVDV的检测灵敏度为2.5 TCID50;利用该方法对猪瘟病毒等其他相关核酸的检测结果均为阴性;重复性检测Ct值变异系数为0.54~4.73。对506份临床样品检测,结果有23份样品为阳性,阳性样品检出数量和编号与不含内标的单一荧光RT-PCR方法完全一致,表明该方法可以用来对BVDV进行准确、快速检测,并且可以对检测结果进行质量监控。

RT-PCR检测乳腺癌患者外周血表皮生长因子受体和细胞角质蛋白-19mRNA的表达

目的 探讨逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR )方法检测乳腺癌患者外周血表皮生长因子受体(EGFR)mRNA作为乳腺癌循环肿瘤细胞标志的可能性及意义。方法 以转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,分别对40例乳腺癌患者和30例健康人静脉血进行EGFRmRNA检测,同时与目前研究较多的循环上皮细胞标志:细胞角质蛋白CK-19的mRNA做比较。结果 在30例健康人外周静脉血中没有发现EGFRmR NA的表达( 0% ),但有8例CK-19阳性( 26. 7% )。而40例乳腺癌患者检测出13例EGFRmRNA阳性(32. 5% ),与正常人相比P<0. 01,两组间存在显著性差异;CK-19的mRNA阳性例数为14 (35. 0% ),与正常人相比P>0. 05,两组间无统计学差异。通过免疫组化检测到25例( 62. 5% )的肿瘤组织中EGFR阳性,所有外周血中EGFRmRNA阳性的病例,相应的原发肿瘤病灶中EGFR蛋白均为阳性,组织中EGFR蛋白高表达的患者外周血EGFRmRNA检出率也高(P<0. 01)。26例初治患者中5例EGFRmRNA阳性(19. 2% ),14例复治患者中8例EGFRmRNA阳性(57. 1% ),两组相比P<0. 05,存在显著性差异。6例曾使用过紫杉醇类药物挽救化疗的转移性患者中1例EGFRmRNA阳性(16. 7% ), 8例未使用过紫杉醇类药物挽救化疗的转移性患者中7例EGFRmRNA阳性(87. 5% ),两组相比P<0. 05,存在显著性差异。

晶状体上皮细胞mRNA定量分析中内部参照标准β-肌动蛋白RT-PCR反应条件的研究

目的 探讨晶状体上皮细胞mRNA定量分析中内部参照标准β-肌动蛋白RT-PC反应条件。方法 从培养的人晶状体上皮细胞中提取mRNA，应用设计的引物RT-PCR检测β-肌动蛋白，电泳分析53.2℃、53.9℃、55℃、56.2℃、57.4℃、58.6℃、59.8℃、60℃、62℃、62.7℃不同的退火温度的扩增产物。结果 各退火温度条件下，β-actin扩增产物均形成长度为302bp片段，且未见非特异性扩增产物条带。退火温度为58.6℃时，β-actin扩增产物的条带最清晰。结论 采用本实验中所设计的引物联合58.6℃退火温度等实验条件所扩增的长度为302bp片段，清晰稳定，是晶状体上皮细胞mRNA定量分析中良好的内部参照标准。

颌骨肿瘤中骨形成蛋白-2基因扩增的RT-PCR研究

目的探讨颌骨肿瘤中骨形成蛋白(BMP)-2基因的扩增与颌骨肿瘤的发生、发展及生物学行为之间的关系。方法采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术检测9类87例新鲜颌骨肿瘤标本中BMP-2基因扩增结果。结果含肿瘤性硬组织的全部42例颌骨肿瘤(骨肉瘤、软骨肉瘤、牙源性纤维瘤、骨化性纤维瘤、化牙骨质纤维瘤)和部分颌骨成釉细胞瘤(27/31)均显示人BMP-2特异性扩增条带,而不含肿瘤性硬组织的其他颌骨肿瘤(牙源性钙化上皮瘤、纤维肉瘤、脂肪肉瘤)均未见特异性扩增条带。结论颌骨肿瘤中BMP-2基因扩增存在差异,BMP-2基因扩增与肿瘤性硬组织的形成有关,与某些颌骨肿瘤的发生、发展及生物学行为之间存在一定关系。

实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值

目的研究实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值。方法回顾性分析106例疑似手足口病患儿的临床资料。所有患儿均进行实时荧光RT-PCR检测、实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测,以临床表现、实验室检查、血清和病原学的综合诊断结果为临床诊断金标准,比较不同检测方法的诊断结果及效能。结果实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测EV通用型、EV71、CoxA16的窗口期及平均用时均短于实时荧光RT-PCR检测,诊断效能均优于实时荧光RT-PCR检测,阳性综合诊断率高于实时荧光RT-PCR检测(P<0.05)。结论实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术在检测手足口病中具有快速、高效、诊断效能高等优势,临床推广应用价值高。

RT-PCR克隆人纤溶酶cDNA大片段

目的:以人胎儿肝脏总RNA为模板,克隆人纤溶酶(plasmin)cDNA大片段。方法:采用异硫氰酸胍一步法提取总RNA,RT-PCR技术获取目的基因。结果:成功地扩增出1.74kb的人纤溶酶基因,并研究了扩增人纤溶酶cDNA大片段的特定实验条件。结论:为克隆cDNA大片段研究提供了简便、快速的方法。

甲肝病毒减毒株(H_2)RNA的全长RT-PCR扩增

通过ＲＴＰＣＲ技术扩增了甲肝病毒减毒株（Ｈ２）全长ＲＮＡ，并对长片段ＲＴＰＣＲ扩增进行了方法学上的探讨．采用抗血清特异沉淀病毒；盐酸胍酸性酚、氯仿一步法分离纯化病毒ＲＮＡ，可得到高质量的ＲＮＡ样品；以此ＲＮＡ为模板，在无ＲＮＡ酶的逆转录酶作用下，合成单链ｃＤＮＡ；继续以此ｃＤＮＡ为模板，利用３２ｍｅｒ寡核苷酸引物，在Ｔａｑ和ＤｅｅｐＶｅｎｔＤＮＡ多聚酶的作用下进行ＰＣＲ扩增。

鹌鹑肝组织胱硫醚β-合酶基因RT-PCR的实验研究

[目的]建立一种有效的鹌鹑肝组织胱硫醚β-合酶(CBS)RT-PCR,为实现CBS Real-time PCR提供条件。[方法]采取一步法,改进一步法,异硫氰酸胍法(重复抽提)和异硫氰酸胍法(一步法)四种方法提取总RNA,以CBS cDNA共有序列设计鹌鹑CBS引物,进行CBS RT-PCR引物筛选。[结果]除改进一步法外,其他三种方法提取的总RNA完整性好;除异硫氰酸胍法(一步法)外,其他三种方法提取的总RNA的A260/A280都在1.8以上纯度。异硫氰酸胍法(重复抽提)提取的总RNA极少残留DNA。[结论]四种方法都能较好地扩增CBS片段,一步法最省时。但异硫氰酸胍法(重复抽提)抽提得到的RNA质量较好.

比格犬IFN-α和IFN-β mRNA SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为检测比格犬α和β-干扰素(CaIFN-α和CaIFN-β),本研究根据GenBank中登录的IFN-α和IFN-β基因序列,分别设计合成特异性引物,以犬3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)mRNA为内参,建立SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。通过RT-PCR分别扩增IFN-α、IFN-β和GAPDH的基因片段,并克隆于pMD19-T载体中制备标准品,建立荧光定量RT-PCR标准曲线。结果表明:IFN-α和IFN-β和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102拷贝/μL^1×108拷贝/μL内均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.994。组内组间变异系数均小于3%,特异性和重复性较好。同时采用常规RT-PCR方法与本研究建立的方法对30份临床样品检测,结果显示IFN-α和IFN-β的阳性符合率分别为96.43%和96.55%。本研究建立的检测方法为比格犬IFN mRNA的定量分析提供了有效手段。

高通量实时荧光定量RT-PCR方法验证FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物处理的差异表达基因

目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185个目标基因的相对表达水平。结果BPDE处理组相对DMSO对照组,51个基因表达有差异,12个基因表达上调,39个基因表达下调,(n=3,P<0.05),涉及细胞增殖,分化,凋亡调控基因,转录调节基因和代谢酶基因等。结论高通量实时荧光定量RT-PCR可迅速对微阵列数据进行验证,差异表达谱有助于研究BPDE的毒理机制和细胞的应答反应。

脾源鸭γ-干扰素基因的RT-PCR扩增、序列分析及表达

从丝裂原刺激的鸭脾淋巴细胞中提取基因组 RNA,采用 RT-PCR 扩增鸭干扰素γ基因并进行了序列分析。序列分析结果表明,鸭干扰素γ基因序列全长477bp,开放阅读框架内401个核苷酸,共编码132个氨基酸。将鸭γ-IFN 基因定向克隆到原核表达载体pBV220中,重组质粒经酶切鉴定后,转化到宿主菌 DH5a 中,温度诱导表达,SDS-PAGE 分析,表达产物与标记抗鸡干扰素抗体出现 Dot-ELISA 阳性反应。

鸡PD-1及其配体实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为了建立并应用鸡相关免疫抑制性受体及其配体的检测方法，试验根据GenBank中程序性死亡因子-1（PD—1）及其配体PD—Ls（PD—L1、PD—L2）的基因序列分别设计特异性引物，建立这3种基因的SYBRGreenI实时荧光定量RT—PCR检测方法，并对鸡法氏囊病毒（IBDV）感染雏鸡7d的外周血单核细胞（PBMC）中3种基因mRNA表达水平进行检测。结果表明：建立的检测方法在1×10^1～1×10^8copies／μL模板范围内具有良好的线性关系，相关系数均大于0．990，重复性试验的组内及组间变异系数均小于3％；应用所建立的方法对临床样品进行检测，IBDV感染组PBMC中PD-1、PD—L1和PD—L2mRNA表达量与对照组相比均显著升高（P〈0．05）。说明所建立的检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性。

对虾病毒DNA/RNA的实时荧光定量RT-PCR同步检测方法研究

为建立同步检测对虾DNA/RNA病毒的实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法,提高检验检疫工作效率,探索了一种新的实时荧光定量PCR扩增反应程序。结果显示,应用优化的实时荧光定量RT-PCR检测4种对虾病毒(白斑综合症病毒、传染性皮下及造血器官坏死病毒,桃拉综合征病毒、黄头病毒)DNA/RNA,扩增曲线形态典型,扩增效率理想(E值分别为1.06、1.07、0.92、0.92),标准曲线线性良好(r=1),重复性一致(标准差0.05～0.46,变异系数0.26%～1.62%),灵敏度高,且与实时荧光定量PCR相比差异不显著(平均Ct值误差0.04～0.40,t值0.53～2.50,P>0.05),检测时间约1h。优化的荧光定量RT-PCR可以用于4种对虾病毒DNA/RNA的快速定量检测。