小麦ArfGAP基因的克隆、半定量RT-PCR分析及原核表达

为明确小麦ArfGAP基因在非生物胁迫中所行使的功能,采用电子克隆技术分离普通小麦ArfGAP基因后对其在不同非生物胁迫下的表达特性进行了分析,并在大肠杆菌中表达了该基因。结果表明,从扬麦18号中克隆得到的TaArfGAP基因ORF全长为2 121bp。生物信息学分析表明,TaArfGAP蛋白氨基端方向存在一个典型的ArfGAP蛋白结构域,在亲缘关系上与山羊草、乌拉尔图小麦和短柄草较近,而与甘蓝等作物关系较远。半定量RT-PCR分析表明,TaArfGAP基因在干旱、PEG和NaCl胁迫下显著上调表达,但在高温条件下则显著下调表达。SDS-PAGE检测结果表明,IPTG终浓度为0.8~1.0mmol·L-1、诱导温度为24℃及诱导时间为10h时,在分子量大小为81kD左右可以得到较大的可溶性表达蛋白量,且与预期结果一致,说明TaArfGAP基因在原核表达体系中成功表达。

应用实时荧光定量RT-PCR检测急性髓系白血病患者aml1／eto融合基因的临床意义分析

本研究目的旨在构建实时荧光定量RT-PCR(RQ-RT-PCR)方法检测用的am l1/eto融合基因的RNA标准品,并以此作为工具监测急性髓系白血病M2患者微小残留病(MRD)的状态。应用定性的RT-PCR筛选患者标本中的am l1/eto融合基因,经体外扩增转录,得到1010拷贝数RNA标准品,并对37例患者骨髓/外周血标本进行了检测。结果表明:构建的RNA标准品具有线形良好的标准曲线,扩增效率较高,特异性较好;患者初诊组和复发组的目的基因am l1/eto的相对值的平均值高于完全缓解组(CR)(p<0.05);随访的患者中初诊时目的基因am l1/eto的相对值很高,完全缓解时降低,复发时明显升高。初诊和CR两个时间点目的基因am l1/eto的相对值相差2个数量级以上时,病人的复发危险性相对较小,如果am l1/eto基因的相对值持续升高,则提示患者的预后较差。结论:RQ-RT-PCR方法检测am l1/eto融合基因的敏感性和特异性比较高,可信度和稳定性较好;对am l1/eto融合基因阳性患者MRD定量动态监测有助于初步评价治疗效果,估计患者的复发危险度,因此有望成为确定强化治疗的时机、延长病人完全缓解期的重要手段。

不典型慢性粒细胞白血病bcr-abl融合基因的RT-PCR研究

应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对30例慢性粒细胞白血病(CML)患者的bcr-abl融合基因进行了检测,并结合临床、血液学、细胞化学和细胞遗传学等指标对4例Ph^-CML进行了分析,其中的1例t(7;22)(q22,q24)易位为国内外首次报道。结果表明,Ph^-/bcr^+CML和具有变异型Ph染色体的CML与Ph^+CML之间有较多相近之处,如白细胞与血小板数较多,N-ALP较低,脾肿大明显,发病年龄较轻,易发生急变;Ph^-/bcr^-CML与Ph^+CML之间差异显著,如发病年龄较高,脾中度肿大,白细胞数多者较少,急变较少见。

基于分段RTS平滑的凸组合航迹融合算法

针对凸组合航迹融合算法在过程噪声不为零的情况下性能下降的问题,引入了RTS平滑算法来提高融合性能。由于传统的RTS平滑算法是得到全部滤波结果之后才执行逆向平滑过程,造成输出延迟,为此,提出了分段RTS平滑算法,一方面可以提高航迹融合性能,另一方面能够保证融合过程中的实时性。在融合过程中,针对局部节点有无额外计算能力的不同情况,结合实施平滑步骤的时机,提出了基于分段RTS平滑的先平滑再融合和先融合再平滑两种改进的凸组合航迹融合方法。这两种方法在不同过程噪声水平下,性能表现都超过凸组合融合算法和最优融合算法。仿真结果表明了新算法的有效性和优越性。

RT-PCR法检测外周原始神经外胚叶瘤石蜡包埋组织中EWS-FLI1融合基因

目的 研究嵌套式逆转录-聚合酶链反应(nestedRT- PCR)方法检测外周原始神经外胚叶瘤石蜡包埋组织中EWS -FLI1融合基因的可行性和临床意义。方法 收集12例外周原始神经外胚叶瘤及8例对照肿瘤标本,均为福尔马林固定石蜡包埋组织。EWS -FLI1融合基因检测方法采用嵌套式RT- PCR法。看家基因β-actin为内参照。结果 9例标本检测到β-actin片断, 6例检测到EWS FLI1融合基因表达,其中,“1型”4例,“2型”2例。8例对照肿瘤中未检测到EWS- FLI1基因。结论 在外周原始神经外胚叶瘤石蜡包埋组织中,用嵌套式RT- PCR检测EWS- FLI1融合基因是可行的方法,检测结果对肿瘤鉴别诊断和预后判断有意义。

多重RT-PCR检测儿童急性淋巴细胞白血病融合基因的临床研究

目的研究急性淋巴细胞白血病（ALL）患儿染色体畸变所致融合基因与临床危险度分层及治疗的关系。方法采用多重RT-PCR方法检测儿童ALL的常见融合基因,结合染色体核型分析、免疫表型及临床资料对152例ALL患儿进行临床研究。结果 152例ALL患儿中有43例（29.5%）具有9种常见融合基因表达,包括TEL/AML1、BCR/ABL（P190）、BCR/ABL（P210）、E2A/PBX1、MLL/ENL、MLL/AF9、TLS/ERG、CBF/MYH11、Hox11。TEL/AML1融合基因阳性23例,其中1例放弃治疗,1例因早期治疗反应不良,评估为高危,其他21例均早期治疗反应良好,目前停药10例（停药时间4～30个月）,11例仍为完全缓解（CR）,1例停药18个月后骨髓复发。E2A/PBX1融合基因阳性4例,其中3例评估为中危,目前均CR中,1例因早期治疗反应不良,评估为高危,化疗过程中复发死亡;BCR/ABL（P190）阳性5例,BCR/ABL（P210）阳性3例,其中5例行骨髓移植治疗（4例移植后数月骨髓复发,1例CR中）,1例选择高危方案化疗后骨髓复发,另外2例临床未缓解,放弃治疗;MLL基因阳性2例,均评估为中危,1例MLL/AF9,经强化疗后目前已停药18个月,1例MLL/ENL,在化疗过程中复发,放弃治疗;TLS/ERG融合基因1例,早期治疗反应不良,经强化疗后达CR,目前已停药20个月;Hox11融合基因阳性4例,均评估为中危,化疗后3例CR中,1例因复发放弃治疗。结论 TEL/AML1表达者化疗效果良好;BCR/ABL、MLL基因重排等化疗效果差,需骨髓移植或强烈化疗。采用多重RT-PCR方法可快速同时检测儿童急性白血病29种常见融合基因,完善白血病的MICM分型、指导临床个体化治疗。

应用多重RT-PCR结合寡核苷酸芯片方法检测儿童白血病常见融合基因

本研究探讨基因芯片在儿童白血病8种常见融合基因检测中的应用。采用多重巢式RT-PCR结合寡核苷酸芯片方法对84例临床收集的白血病标本进行融合基因检测。结果表明:此芯片可以从患者骨髓样本RNA中准确检测到阳性参照序列以及与融合基因相对应的特异基因片段。84例白血病患者骨髓标本中,31例(36.90%)具有8种染色体结构畸变产生的融合基因。包括tel/aml1、e2a/pbx1、bcr/ablp190、bcr/ablp210、mll/af4、aml1/eto、pml/rarα、cbfβ/myh11。芯片检测的敏感性及特异性和RT-PCR方法相当。结论:采用多重巢式RT-PCR结合寡聚核苷酸芯片方法,可快速并同时筛选出8种染色体结构畸变产生的融合基因,为儿童白血病危险分层、治疗选择、预后判断提供重要依据。此种方法应用于筛查初治白血病儿童融合基因表达时优缺点并存,具有一定临床实用价值。

实时定量RTPCR监测儿童AML患者AML1/ETO融合基因的临床价值

为了探讨实时定量RT PCR(real timeRT PCR)监测儿童AML患者AML1 ETO融合基因的临床价值 ,筛选出AML1 ETO阳性患儿 14例 ,以连续稀释的AML1 ETO质粒作为标准品建立标准曲线 ,应用实时定量RT PCR监测其初治及随访期 5 8份骨髓中AML1 ETO融合基因 ,用SPSS软件进行统计学分析研究其和临床的关系。结果显示 :实时定量RT PCR监测AML1 ETO基因的敏感度可达 10 - 5,重复性好。 12份初治标本的AML1 ETO∶GAPDH比值平均为 0 .6 4 8,该比值与骨髓中幼稚细胞数的比值无相关性。微小残留白血病 (MRD)定量水平检测发现 ,化疗 1个月时 6例患儿AML1 ETO的量无明显下降 (高于 5× 10 - 2 ) ,其中 3例早期复发 ,1例晚期复发 ;另 4例患儿有明显下降 (低于 10 - 2 ) ,均长期存活。化疗 3个月时 5例高于 5× 10 - 3者中 3例复发 ;另 6例低于 5× 10 - 3者中 1例复发。 6个月后持续高于 10 - 3者 3例均复发。MRD定量水平动态检测发现 ,在化疗中MRD持续在高水平 (>5× 10 - 3)者 4例全部临床复发 ,复发时间在 3个月到半年 ;4例持续低于 10 - 3,维持在 10 - 4- 10 - 6 ,一直处于骨髓缓解期 ;1例化疗中从 10 - 5上升到 10 - 3,5个月后临床复发。 3例持续缓解超过 9个月的患儿仍可检测到融合基因 ,约 10 - 5- 10 - 6 。结论 :实时?

多重巢式RT-PCR对骨髓增殖性肿瘤中PDGFRα融合基因的快速检测

本研究旨在探讨多重巢式RT-PCR在骨髓增殖性肿瘤(MPN)中快速检测血小板衍生生长因子受体α(platelet-derived growth factor receptor alpha,PDGFRα)融合基因的应用价值。利用多重巢式RT-PCR方法对146例MPN患者的骨髓或外周血标本进行PDGFRα融合基因的快速检测。结果表明,146例MPN患者的骨髓或外周血标本中,有6例出现PDGFRα融合基因,其阳性率为4.11%,其中4例患者服用酪氨酸激酶抑制剂伊马替尼治疗,均获疗效。结论:本研究建立的多重巢式RT-PCR方法具有灵敏度高、特异性好、检测快速等优点,可以准确快速确定MPN的分子类型,并为该病提供诊断和治疗的理论依据。

多重RT-PCR检测儿童急性淋巴细胞白血病融合基因的临床意义

目的探讨儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)染色体畸变所形成的融合基因与MICM分型及临床诊断、治疗、预后的关系。方法采用多重巢式RT-PCR方法联合染色体核型、免疫表型、临床患儿资料对53例儿童ALL进行研究。结果53例儿童ALL中18例(33·96%)具有11种克隆性基因重排,包括SIL/TAL1D、E2A/PBX1、TEL/AML1、MLLex7/AF9、MLLex8/AF9、MLLex8/AF10、MLLex8/AFX、MLLex9/AF6、MLLex9/ELL、MLLex7/AF4及TLS/ERG。9例患儿有HOX11原癌基因活化。TEL/AML1表达者预后良好;B-ALL合并HOX11活化近期疗效好;T-ALL合并HOX11预后不良;有MLL基因重排的预后极差。结论采用多重RT-PCR方法可快速同时检测儿童急性白血病29染色体畸变所形成的融合基因,完善白血病的MICM分型及指导临床个体化治疗。

RT-PCR法快速鉴别新城疫强弱毒株的试验

通过对大量不同毒力NDVF基因核苷酸序列的分析,根据强弱毒株F0裂解位点的序列差异设计合成了三对引物,建立了快速诊断新城疫并能鉴别其强弱毒株的反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,整个试验过程可在5h内完成。试验表明,该方法具有快速特异和操作简便的特点,不仅适用于对鸡胚毒的检测,而且适用于对病鸡组织匀浆液的检测,是新城疫鉴别诊断和流行病学调查的颇具潜力的分子诊断方法。

实时定量RT-PCR技术检测白血病融合基因的临床应用价值

目的评估实时定量RT-PCR技术检测白血病融合基因在辅助白血病临床诊断和药物疗效判定方面的价值。方法56例慢性粒细胞白血病(CML)患者,其中男性31例,女性25例,中位年龄54(18～80)岁;9例急性早幼粒细胞白血病(APL)患者,其中男性4例,女性5例,中位年龄47(2～64)岁。另有22例非CML或APL患者(男性12例,女性10例,年龄6～55岁)。应用实时定量RT-PCR技术检测临床患者骨髓或外周血单个核细胞中白血病融合基因M-bcr/abl或PML/RARα的表达,结合临床资料进行分析。结果①56例CML患者的M-bcr/abl融合基因检测阳性率为96.4%(54/56);9例APL患者的PML/RARα融合基因检测阳性率为77.8%(7/9)。②5例CML患者应用甲磺酸-伊马替尼治疗后定量检测M-bcr/abl融合基因的拷贝数较治疗前明显降低或转阴(4/5),伊马替尼治疗CML效果优于应用羟基脲和干扰素治疗的患者。结论实时定量RT-PCR技术操作简便,检测白血病融合基因的准确性高,在辅助临床诊断和白血病患者药物疗效判定方面都有较大的应用价值。

实时定量RT-PCR检测急性早幼粒细胞白血病PML-RARa融合基因

本研究旨在建立用实时定量RT-PCR检测急性早幼粒细胞白血病(APL)PML-RARa mRNA的方法,探讨APLPML-RARa融合基因表达水平与疗效的关系。用RT-PCR扩增培养的NB4细胞的PML-RARa融合基因,取1μgNB4细胞的总cDNA进行10倍的梯度稀释,作为标准品,建立荧光定量RT-PCR方法,对方法的灵敏性、稳定性、重复性进行了测定。定量检测4例急性早幼粒细胞白血病(APL)患者治疗前后骨髓内PML-RARa融合基因转录本水平,并对1例经治疗完全缓解后又复发的患者PML-RARa转录本水平(拷贝数)进行动态监测。结果表明:用本研究建立的实时定量RT-PCR方法可检测出10-5μgNB4细胞cDNA中的PML-RARa融合基因,其重复性的CT值,管间、批间变异系数(CV)分别为2.1%、3.8%。4例患者初治骨髓PML-RARa基因转录本水平的分别为1884、5533、1803、4677拷贝,平均为3475拷贝。经ATRA+化疗治疗后其PML-RARa基因转录水平下降至40、135、79、229拷贝,平均为121拷贝。还有1例患者治疗前PML-RARa基因转录本水平为8600拷贝,经过4个月治疗,虽然此时患者处于完全缓解期,但其转录水平拷贝数仍有730。3个月后患者出现复发,转录本水平升至为11000拷贝。经过ATRA+化疗治疗后转录本水平又逐渐下降至1200拷贝。结论;建立的实时定量RT-PCR灵敏、重复性好。治疗后APL患者的PML-RARa融合基因转录本水平明显下降,复发时基因转录本水平又升高。融合基因表达水平的改变与临床疾病进展关系一致,这有助于监测白血病微小残留病,评价疗效及判断预后。

改进的RT-PCR检测PML/RARα融合基因快速诊断急性早幼粒细胞白血病

在急性早幼粒细胞白血病 (APL)细胞中迅速、准确检出PML/RARα融合基因对于及时应用全反式维甲酸 (ATRA)或亚砷酸 (As2 O3 )提高诱导缓解率、减轻出血导致的早期死亡至关重要 ,但目前临床上采用的嵌套式RT PCR方法繁琐且费时 ,亟待改进以满足临床APL快速、准确诊断的需要。本研究采用TRIZOL 快速提取高质量的细胞总RNA ,随机引物反转录 ,热启动单轮PCR ,适当控制MgCl2 及引物浓度和Taq酶用量 ,4条引物 ,3个体系 ,相同循环参数 ,对 4 0例初诊APL患者骨髓标本同时扩增PML/RARα融合基因及内对照RARα。结果显示 ,4 0例APL患者标本均扩增出特异条带 ,非APL标本无特异扩增产物 ;阳性扩增片段清晰易辩、断裂点类型易于确定 ,检测可在 6小时内完成。结论 :此改进的RT PCR检测PML/RARα融合基因快速、特异、简便 。

RT-PCR方法检测白血病中NUP98-HOX融合基因的初步研究

为了研究白血病患者体内是否有NUP98 HOXA、NUP98 HOXB、NUP98 HOXC、NUP98 HOXD融合基因 ,提取了骨髓中单个核细胞总RNA ,用甲醛变性电泳检测其完整性 ;反转录合成cDNA第一链并设计了 17对引物 ,以巢式PCR法 (nested PCR )扩增NUP98 HOXA融合基因 ;一步法扩增NUP98 HOXB、NUP98 HOXC和NUP98 HOXD融合基因 ,4 12bpGAPDH作为内参照引物 ,2 %琼脂糖凝胶电泳判断PCR结果。结果表明 :所提RNA完整 ,反转录后PCR扩增每个样本中均有内参照GAPDH的表达 ,但是未发现有NUP98 HOXA、NUP98 HOXB、NUP98 HOXC、NUP98 HOXD融合基因。结论 :在本研究所取新疆白血病人群中没有检测到NUP98 HOXA、NUP98 HOXB、NUP98 HOXC和NUP98 HOXD融合基因。

实时定量RT-PCR检测PML-RARα融合基因诊断APL的临床价值

目的探讨一步法实时定量RT-PCR(RQ-RT-PCR)技术在急性早幼粒细胞白血病(APL)患者诊断及微小残留病(MRD)检测中的临床价值。方法应用一步法RQ-RT-PCR、Taqman探针技术检测42例APL初诊患者和30例完全缓解(CR)患者骨髓PML-RARα融合基因的两种常见异构体转录本mRNA的表达。同时采用多参数流式细胞术(FCM)对部分患者骨髓MRD进行检测,并比较两种检测方法的一致性。结果①42例APL初诊患者的PML-RARα融合基因转录本中位标准拷贝数(NCN)为61%(13%～284%),其中L型34例,S型8例。L型和S型异构体中位NCN分别为56%(28%～278%)和70%(13%～284%),两者比较,P>0.05;②30例APL患者经标准诱导治疗CR后PML-RARα融合基因转录本中位NCN为4.00%(0.00%～8.26%);③一步法RQ-RT-PCR和FCM同时检测结果有较好的一致性(χ2=0.278,P=0.598),总符合率83.3%。结论一步法RQ-RT-PCR具有操作简便、特异性好、灵敏度高、结果可靠、直观等特点,有利于对APL的诊断和MRD检测。

危重患者急救中心电图RT融合的危险性

目的分析危重患者急救过程中的心电图RT融合现象对预后的影响。方法选取218例危重患者描记心电图,按ST段是否消失,分为RT融合组和RT不融合组;另根据患者心率差异细分为心动过速组、正常心率组、心动过缓组。比较各组QRS波宽度、QT间期、QTc间期以及死亡率的差异。结果在心动过缓与心率正常的患者,RT融合组与RT不融合组的QRS波宽度、QT间期、QTc间期、死亡率间的差异均有统计学意义(P均<0.05)。而心动过速患者中,融合组与不融合组QRS波宽度、QT间期、QTc间期均无明显差异(P均>0.05),但死亡率差异有统计学意义(P<0.05)。结论危重患者急救中心电图出现RT融合现象实质是心肌严重缺血,心室率由快到慢反映心肌缺血程度的进展趋势。

骨髓涂片微量融合基因RNA的RT-PCR分析

探讨利用常规储藏的骨髓涂片进行ＲＮＡ分析的可能性。利用ＲＴ－ＰＣＲ法对６例具有不同融合基因的白血病患者的ＲＮＡ转录本进行检测。６例标本均获阳性结果。因此。

多重RT-PCR检测儿童急性髓细胞性白血病融合基因的临床与实验研究

目的研究儿童急性髓细胞性白血病(AML)染色体畸变所形成融合基因的临床和实验关系。方法采用多重巢式RT_PCR方法对38例儿童AML的融合基因联合染色体核型分析、免疫表型、临床资料进行研究。结果38例儿童AML中有23例(60.53%)具有4种融合基因:MLLex7/AF9、TLS/ERG、AML1/ETO、PML1RARα。8例患儿有HOX11原癌基因活化,7例为单纯表达HOX11原癌基因活化,1例同时伴有其他融合基因表达。伴AML1-ETO、PML-RARα的20例患儿中接受化疗的11例全部达CR,且无复发。结论基因分型是儿童AL最精确的分型方法,为临床化疗提供方向:AML表达HOX11者预后不良;伴MLL基因重排者预后极差。采用多重RT-PCR方法可快速同时检测儿童急性白血病29种染色体畸变所形成的融合基因,完善白血病的MICM分型、指导临床个体化治疗。

应用RT-nest-PCR法检测慢性髓细胞白血病非亲缘异基因骨髓移植后微小残留病变

目的:应用筑巢式RT—PCR(RT—nest—PCR)法检测慢性髓细胞性白血病(CML)患者非亲缘异基因骨髓移植(URD)后微小残留病变(MRD),并探讨它与复发的相关性。方法:分别采用RT-nest-PCR法和常规细胞遗传学方法检测bcr／abl融合基因和Ph染色体。结果:20例CML行URD患者术前Ph染色体和bcr／abl融合基因检测均为阳性,移植术后30 d Ph染色体皆转为阴性,bcr／abl融合基因完全转阴时间为1～3个月,中位时间2个月;在随防的18例CML患者中,有16例患者bcr／abl融合基因完全转阴后没再转为阳性。在1例复发的CML患者中可见到血型、Ph染色体和bcr／abl融合基因动态变化,另1例CML患者在移植成功后的21个月和36个月检测到bcr／abl融合基因,经随访未见临床和血液学复发征象。结论:检测ber／abl融合基因是目前观察CML患者非亲缘异基因骨髓移植后微小残留病变最敏感的方法之一,非亲缘异基因骨髓移植能最大限度地消除CML患者体内残留病变,患者能长期无病生存。