动物戊型肝炎病毒(HEV)RT-nPCR检测方法的建立及应用

根据戊型肝炎病毒(HEV)的4个基因亚型,寻找其保守序列ORF2,成功设计了一套以Ⅰ、Ⅳ型为主兼顾Ⅱ、Ⅲ型的通用简并引物,摸索条件,建立检测动物戊型肝炎病毒反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)的方法,扩增片段为507 bp。该方法检测所需时间为5 h,灵敏度可达10 pg,特异性强、重复性好;经优化研制了动物戊型肝炎病毒RT-nPCR检测试剂盒,保存期半年以上,该试剂盒可用于动物粪便、胆汁HEV RNA的检测。

树鼩呼肠孤病毒RT-nPCR检测方法的建立及初步应用

目的建立树鼩呼肠孤病毒(TRV)RT-nPCR检测方法,为树鼩的质量控制提供检测方法。方法从三批野外来源的具有感染临床症状的树鼩粪便中分离得到三株病毒,经电镜观察和聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定为哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)。根据GenBank中已发表的MRV L1基因的保守区域,设计合成巢式引物,对所分离的三株树鼩呼肠孤病毒(TRV1、TRV2、TRV3)的RNA进行RT-nPCR扩增,优化反应条件,进行特异性、敏感性试验。应用RT-nPCR方法对25只野外来源的相同症状疑似病例样本进行检测。结果针对分离到的三株树鼩呼肠孤病毒的RNA进行RT-nPCR扩增,均得到513 bp的特异性目的片段,培养细胞及甲肝病毒、轮状病毒、单纯疱疹病毒阴性对照均未扩增出条带。敏感性试验结果显示可检测到的最小RNA模板浓度为0.01 pg/μL。25只树鼩粪便样本经RT-nPCR检测,有14只TRV阳性,其中死亡动物组10只,检出率为100%;存活动物组15只,检出率为27%。结论建立的TRV RT-nPCR检测方法特异、敏感、稳定,可用于TRV的常规检测。

ELISA联合RT-nPCR检测慢性丙型肝炎病毒感染者结果分析

目的对比酶联免疫吸附试验(ELISA)和逆转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)检测慢性丙型肝炎病毒感染者血清抗-HCV和HCVRNA结果。方法2005年5月对河北赵县某农村单采血浆还输血细胞HCV感染者133人及健康对照52人共185人采集空腹静脉血。该感染人群于1990年前单采血浆还输血细胞时感染、1993年被现场调查、血清生化指标及病原学标志检查确诊为HCV感染者、2002年追踪调查仍明确诊断者。用ELISA法检测抗-HCV,用RT-nPCR检测HCVRNA。结果①185份血清标本中,抗-HCV和HCVRNA均阳性者92份,占49.73%;抗-HCV阴性、HCV-RNA阳性者18份,占9.73%;抗-HCV阳性、HCV-RNA阴性者22份,占11.89%,两者均阴性53份,占28.65%。两种方法检测结果一致符合率为78.38%[(92+53)/185],检测不一致率差异无显著性(配对χ2=0.40,P>0.05);②ELISA法检测慢性HCV感染者的灵敏度为82.71%,特异度为92.31%,漏诊率为17.29%;RT-nPCR检测的灵敏度为81.20%,特异度为96.15%,漏诊率为18.80%,两种方法检测灵敏度差异无显著性(χ2=0.102,P>0.05);③并联试验检测其灵敏度为96.75%,特异度为88.76%,其灵敏度明显高于单一ELISA法82.71%(χ2=9.62,P<0.01)。结论单独用ELISA法检测抗-HCV约有17%的漏检率,同时用RT-nPCR检测HCVRNA,可明显提高HCV感染者的阳性检出率。

猪瘟病毒RT-nPCR检测方法的建立及陕西部分地区猪瘟病毒E0基因分子特征分析

【目的】建立一种基于E0基因高保守性的猪瘟病毒(CSFV)RT-nPCR检测方法,为临床诊断提供一种可靠方法,同时对获得的陕西猪瘟病毒E0基因进行序列分析,揭示猪瘟病毒基因的分子衍化特征,为防控猪瘟提供参考。【方法】根据GenBank中的猪瘟病毒参考序列,设计并合成了2对引物,建立猪瘟RT-nPCR检测方法,并对该方法的灵敏度和特异性进行检测。用该方法对采自陕西部分猪场的32份疑似猪瘟病料进行检测,并对获得的8株流行毒株E0基因进行测序及同源性分析。【结果】建立了猪瘟病毒RT-nPCR检测方法,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为6.7×10-5 ng/L,从BVDV、PRRSV、PCV-2、PRV和PPV等参考毒株中提取或反转录获得的DNA/cDNA中不能扩增出目的条带,提示方法灵敏度高、特异性强。对32份疑似猪瘟组织病料的检测发现,有12份呈现阳性,阳性率为37.5%。序列分析表明,8株流行毒株间E0核苷酸、氨基酸同源性分别在97.0%~99.3%和94.8%~98.5%。与参考毒株的核苷酸同源性为83.4%~95.4%,氨基酸同源性为85.8%~98.1%。流行毒株与我国疫苗毒株HCLV、C HVRI的核苷酸同源性仅为83.4%~85.1%,氨基酸同源性仅为86.1%~89.1%,呈现出较明显的远离疫苗株的变异趋势。进化树分析发现,8个流行毒株均属于基因Ⅱ群。首次发现了1株流行毒株(SXWN02株)E0Rnase活性基序位点第94位由E变异为K,其他位点未发生变异。【结论】建立的RT-nPCR检测方法灵敏度高、特异性强,可作为猪瘟病毒的临床诊断方法。陕西部分地区猪场猪瘟感染仍较严重,需要做好防控工作。流行毒株E0基因发生较大变异,尤其是在关键位点上出现变异毒株,需要密切关注。

猪戊型肝炎病毒RT-nPCR检测方法的建立及应用

猪戊型肝炎病毒（以下简称为SHEV）一般是正链的RNA病毒，能够使猪感染猪戊型肝炎。现如今，此类病毒在我们国家十分普遍，如果没能将其进行控制，则会造成更大的风险。

2018—2020年福建地区猪瘟病毒E0基因遗传变异分析

为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用RT-nPCR的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%~99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%~95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代表毒株在重要的Rnase活性位点高度保守,其中2株2.1亚型毒株与HCLV毒株相比,其在第35位非关键氨基酸残基上发生由G→E的突变。结果表明福建地区CSFV流行情况趋向多样化,提示仍需加强对CSFV流行及遗传变异的持续监测,为猪瘟的诊断及有效防控奠定基础。

牛病毒性腹泻病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用

参照多株不同基因型和基因亚型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR相对保守的基因序列,设计3对引物,其中1对能够扩增不同基因型BVDV 5′UTR片段(288 bp),另2对分别能够扩增BVDV-1型和BVDV-2型5′UTR片段(195 bp和116 bp)。扩增片段大小与预计片段一致。对PCR反应条件进行优化,建立了一种特异、敏感的RT-nPCR检测方法。敏感性试验表明,敏感性为10-2TCID50/mL。特异性试验表明,对猪瘟兔化弱毒疫苗株、牛轮状病毒、牛传染性鼻气管炎病毒的检测结果均为阴性。通过对新疆部分地区无BVD临床症状的牛场208份奶牛血样检测,阳性率为50.43%,表明该方法具有快速、简便、特异性强和灵敏度高等特点,可以作为BVDV隐性感染临床诊断的有效方法。

O型、A型及Asia1型3个型口蹄疫病毒通用套式RT-PCR检测方法的建立

为了建立针对流行于我国及周边国家主要口蹄疫病毒(FMDV)血清型的检测方法,本实验设计2对特异性引物,通过对反应条件的优化,建立了能够同时扩增O型、A型及Asia1型FMDV VP1全基因的套式RT-PCR(RT-nPCR)方法。该方法能特异性检测O型、A型和Asia1型FMDV,对其它相关动物病毒的检测结果均为阴性;比FMDV多重RT-PCR商品试剂盒敏感约1 000倍。利用该方法对10份FMDV样品进行扩增检测,结合扩增产物的克隆测序技术,对所检样品进行了准确定型。实验结果表明,该方法通用型强,可用于3个血清型FMDV的检测和分子流行病学调查。

与人类关系密切的7种动物对戊型肝炎病毒易感性的初步研究

目的 用双抗原夹心法ELISA (DS -ELISA)和逆转录巢式PCR法 (RT -nPCR)研究与人类生活关系密切的猪、犬、山羊、鸡、鸭、鸽子和兔等 7种动物对戊型肝炎病毒 (HEV)的易感性。方法 用多基因型HEV重组蛋白建立检测HEV抗体的DS -ELISA ,并用于 5 91份猪、警犬、家犬、宠物犬、山羊、鸡、鸭、鸽子和兔等多种动物血清标本的HEV抗体检测 ;用HEV多基因型通用性引物RT -nPCR扩增 14 3份犬血清标本HEVRNA。结果 在猪、家犬和宠物犬血清标本中检测到HEV抗体 ,阳性率分别为 4 3 93%、15 19%和 4 6 5 % ,但在警犬、山羊、鸡、鸭、鸽子和兔血清标本中未检测到HEV抗体 ;14 3份犬血清标本用RT -nPCR未扩增出HEVRNA。结论 用多基因型HEV重组蛋白建立的双抗原夹心法ELISA适用于多种动物血清标本HEV抗体的检测 ;猪和犬对HEV易感 ,在HEV传播中可能起重要作用。

2016～2017年中国沿海省市虾类偷死野田村病毒(CMNV)分子流行病学调查

偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR (RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqMan RT-qPCR) 3种方法,对2016～2017年中国沿海省市CMNV及一种新型野田村病毒——行动障碍野田村病毒(MDNV)的流行、分布和变异情况进行了分析。结果显示,养殖凡纳滨对虾、中国明对虾、日本囊对虾、斑节对虾和罗氏沼虾等种类中均可检测到CMNV阳性;在河北、山东、浙江、福建、广东和海南等省市采集的患病对虾中均存在CMNV。基于RT-nPCR、RT-LAMP和TaqMan RT-qPCR的检测结果显示,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率依次分别为11.8%和7.8%,6.7%和3.9%,17.7%和12.4%;基于上述3种方法检测结果计算得出,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率分别为26.8%和16.3%;基于RT-LAMP的分析显示,2016年样品中MDNV的阳性检出率为9.4%。本研究表明,中国沿海省市养殖虾类中VCMD的流行和危害仍不容忽视,RNA依赖的RNA聚合酶基因不断变异导致前期基于该基因开发的CMNV检测方法可靠性下降,检出假阴性风险升高;同时,发病对虾中出现了新的野田村病毒株系且具有较高的流行率,其传播危害风险值得高度关注。

树状DNA杂交技术在戊型肝炎病毒检测中的应用

目的 研究树状DNA杂交 (DDH)技术在戊型肝炎病毒 (HEV)检测中的应用。方法 以逆转录巢式PCR法 (RT nPCR)检测筛选HEV阳性标本 ,逆转录产物进行DDH。研究DDH技术检测HEV病毒的敏感性和通用性。结果 2 5份HEV阳性标本的逆转录产物DDH检测均显阳性 ,HEV 5个不同基因型和亚型逆转录产物DDH检测也呈阳性。结论 RT

上海地区猪戊型肝炎病毒部分序列的克隆与分析

对上海地区几个猪场的戊型肝炎感染情况进行了调查,共采集粪便样品36份,通过RT-nPCR的方法应用通用引物对病毒基因组的ORF2部分片断进行扩增,36份样品中有5份RT-nPCR阳性,HEV RNA阳性率为13.9%,去除相同的序列,得到2株HEV的ORF2部分序列。序列分析表明,这两段序列与基因I、II、III、IV的遗传距离分别为0.183、0.207、0.230、0.102和0.177、0.226、0.240、0.108。系统进化分析显示,这两株病毒都属于基因Ⅳ型。

南京地区戊型肝炎病毒基因型鉴定和变异分析

为了解南京地区戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因型的分布以及变异状况,本研究采用逆转录套式聚合酶反应(RT-nPCR)的方法检测南京地区40份急性散发性戊型肝炎患者的粪便标本,对PCR产物进行测序,利用生物信息学软件比较核苷酸的同源性、遗传距离,进行基因分型和变异分析。40份粪便标本中检测到14份阳性HEV、RNA,检出率为35%,基因分型均为HEV IV型,且分属2个不同的亚型;利用生物信息学软件对国内I型和IV型毒株加以比较,发现HEV IV型毒株比I型变异程度高,不同年份的HEV IV型毒株变异更大,有新的亚型出现,且变异有随时间推移而增大的趋势。

检测猪戊型肝炎病毒的荧光定量PCR方法的建立

根据GenBank中猪戊型肝炎病毒的ORF2核苷酸序列的保守区域设计合成一对特异性引物,建立了一套SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测猪源戊型肝炎病毒(swHEV)的方法,并评价了该方法的灵敏度、稳定性和特异性,同时与常规的RT-nPCR进行对比分析。结果表明,建立标准曲线的相关系数为0.998,斜率为-3.039,Ct值变异系数(CV)在0.17%～1.41%之间,有良好的稳定性。同时在检测猪群常见病中显示出很好的特异性,并且比RT-nPCR更灵敏,适合于swHEV的检测。

猪瘟病毒感染仔猪接种猪瘟疫苗后抗原的跟踪检测

为了解猪瘟病毒感染仔猪免疫猪瘟疫苗后带毒情况,并比较实验室几种猪瘟抗原检测方法的适用性,采用(CSFV)RT-nPCR、猪瘟兔化弱毒疫苗荧光定量RT-PCR(HCLV-FQ-PCR)和CSFV实时荧光定量RT-PCR(CSFV-FQ-PCR)3种检测方法对田间感染CSFV仔猪疫苗免疫前后带毒情况进行定期跟踪检测。结果显示:本实验室建立的CSFV-FQ-PCR灵敏度高于CSFV-RT-nPCR;猪瘟疫苗免疫48 d后,采用HCLV-FQ-PCR方法检测不到血液中的HCLV;猪瘟病毒感染猪免疫疫苗后仍存在持续带毒现象,因此对猪瘟病毒感染猪必须彻底淘汰。

甲状腺癌中ret/ptc癌基因表达的研究

目的探讨ret原癌基因活化形式ret/ptc癌基因在甲状腺癌发病机制中的作用和判断其生物学行为。方法应用RTnPCR方法检测了37例甲状腺癌ret/ptc癌基因的表达,包括乳头状癌为26例,滤泡癌8例,髓样癌2例,未分化癌1例。结果26例甲状腺乳状癌中有11例表达为阳性,阳性率为42.3%,8例滤泡癌、2例髓样癌和1例未分化癌均表达为阴性。组织学观察显示,ret/ptc阳性组病例多伴有淋巴细胞浸润(63.6%),显著高于阴性组病例(20.0%,P<0.05),临床病理资料显示,患者发病年龄平均为28.9岁,显著低于阴性组病例的45.9岁(P<0.05),而与患者性别,肿瘤大小,淋巴结转移无显著相关性,随访结果表明在复发病例中无ret/ptc阳性表达病例。结论我们认为ret原癌基因的活化与甲状腺乳头状癌的发生有关,具有ret/ptc癌基因阳性表达的患者一般发病年龄较小,肿瘤恶性程度不高,患者预后相对较好,可作为临床上诊断及判断其生物学行为的参考指标。

江西部分地区猪粪便戊型肝炎病毒核酸检测及序列分析

采集江西省A猪场2-3月龄猪粪便40份,B猪场2-3月龄猪粪便40份,利用反转录套式聚合酶链方法（RT-nPCR）,检测戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）RNA,结果表明,A猪场7份样品为阳性,阳性率17.5%。B猪场10份样品为阳性,阳性率25.0%。总阳性率21.3%。对4份PCR扩增阳性产物进行纯化并测序,利用生物学软件进行序列分析和进化树绘制,4个分离株ORF2 348 bp同源性为92.1%-97.5%,为同一基因型,与HEV1、HEV2、HEV3同源性分别为70.7%-77.4%、72.5%-75.7%和71.6%-76.8%,与HEV4型的同源性79.2%-83.9%。4个分离株与HEV4型的代表株T1在同一分支上,属基因4型。与中国大陆6株猪源HEV比较,同源性为79.0%-87.3%,提示中国大陆猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV 4型。

肝炎病人血清外周血单核细胞及肝脏中GBV-C/HGV负链RNA的检测

目的：研究27例肝炎病人血清、外周血单核细胞（PBMC）及肝脏中GBV－C／HGV正链及负链RNA（复制中间体）的存在状况。方法：应用逆转录-巢式多聚酶链反应技术检测GBV－C／HGV正、负链RNA。结果：27例病人中21例病人血清、7例PBMC、10例肝组织中检测到GBV－C／HGV正链RNA，其中2例单一GBV－C／HGV感染者肝组织中检测到负链RNA，在27例病人血清及PBMC中均未检测到负链RNA。结论：GBV－C／HGV是一种嗜肝病毒，肝脏可能是其复制的主要场所之一，但GBV－C／HGV与HCV混合感染对，在PBMC及肝脏中尚未发现该病毒复制的证据。

上海地区猪群中戊型肝炎病毒的流行情况

猪戊型肝炎是一种人畜共患病，为了异清上海地区猪群中戊型肝炎的流行情况，评估其感染人的风险，于不同季节调查上海地区不同区（县）规模化猪场中不同月龄猪戊型肝炎病毒的感染状况。试验应用逆转录-巢式聚合酶链法（RT-nPCR）对9个区（县）51个猪场（次）的猪粪便标本和1个生猪屠宰中心的127份猪胆汁标本进行HEV RNA检测，结果为51个猪场次中31场次为阳性，阳性率为60．78％。1699份猪粪便标本中201份为HEV RNA阳性，阳性率为11．83％；阳性标本季节分布明显，以夏秋季为主，平均阳性率为14．63％，而冬春季平均阳性率为5．91％；1月龄以内的仔猪感染率低于10％，为8．60％，其他均在10％～15％左右；9个养猪的区（县）中均存在戊型肝炎病毒的感染，但差异也较大，最高为18．30％，而低的只有0．61％。127份猪胆汁标本中有9份为阳性，阳性率为7．09％。结果说明上海地区的猪群中存在着较为广泛的猪戊型肝炎病毒的感染，提示密切接触者存在感染的风险。

HGV/GBV-C与HCV混合感染者HGV/GBV-C复制中间体的研究

目的关于HGV/GBV C组织亲和性的研究尚无结论性资料。我们研究了HGV/GBV C与HCV混合感染者PBMC和肝脏中HGV/GBV C复制中间体 (负链RNA)的存在状况。方法应用逆转录 巢式PCR技术 ,检测了32例肝炎患者HGV/GBV C和HVC正、负链RNA。结果有26例HGV/GBV C与HCV混合感染者PBMC和肝脏中均未检测到HGV/GBV C负链RNA ;而在9份PBMC和15份肝脏标本中检出HCV负链RNA。结论HGV/GBV C与HCV混合感染时 ,在PBMC和肝脏中尚未发现该病毒复制的证据 ,提示在肝炎病毒混合感染患者中 ,PBMC和肝脏可能不是HGV/GBV C复制的场所。