蓝舌病新疆分离株VP7蛋白编码基因序列分析及一步法RT-PCR方法的建立

【目的】分析蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,建立蓝舌病新疆分离株一步法RT-PCR方法,为新疆BTV分子流行病学调查及防控提供技术支持。【方法】采用二代测序技术获得新疆分离株S7基因序列,登陆GenBank对序列进行同源性Blast比对,用软件MEGA 5.0分析序列差异,根据蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,运用软件Oligo6.0设计引物,对蓝舌病新疆分离株S7基因进行RT-PCR扩增,并验证该方法的特异性及敏感性。【结果】蓝舌病中国新疆分离株编码VP7蛋白S7基因序列与哈尔滨报道BTV分离株S7基因片段相似度较高为89.64%,与中国云南报道BTV-29型分离株、蒙古国BTV分离株S7基因片段相似度分别为87.49%和87.39%;与德国BTV分离株S7基因片段相似度为80.70%,其余均无同源性序列。中国新疆分离株S7基因片段序列与4条同源序列间存在26处核苷酸差异,9处氨基酸差异。【结论】建立的蓝舌病中国新疆分离株S7基因片段一步法RT-PCR方法具有良好的特异性,仅BTV中国新疆分离株扩增获得目的条带,该方法的敏感性为4.0×10^(3)copies/mL。

3种方法检测禽网状内皮组织增殖病毒人工感染鸡胚孵化雏鸡的带毒比较

为比较血液和粪便等样品采用不同方法检测禽网状内皮组织增殖病毒(REV)的准确率,从而为制定禽网状内皮组织增殖病(RE)净化程序提供参考,利用鸡胚卵黄囊接种构建REV垂直传播感染雏鸡模型,分别采用DF-1细胞病毒分离、RT-PCR检测和荧光定量RT-PCR检测,对1日龄雏鸡血液和胎粪样品,7~70日龄鸡(每隔1周)的血液和泄殖腔棉拭子样品,进行REV检测和结果比较。结果显示:对1日龄出壳的SPF鸡血浆进行检测,荧光定量RT-PCR灵敏度最高,阳性检出率为100%(25/25),其次为病毒分离,阳性检出率为96%(24/25),RT-PCR检出率最低;对1日龄出壳的SPF鸡胎粪进行检测,荧光定量RT-PCR与病毒分离灵敏度一致,阳性检出率均为80%(20/25),RT-PCR检出率最低,为28%(7/25)。对7~70日龄鸡(每隔1周)进行血液和泄殖腔棉拭子检测,3种方法阳性检出率与1日龄检测情况总体相似,检出率从高到低依次为荧光定量RT-PCR、病毒分离和RT-PCR。结果表明,在同一检测时间点使用同一检测方法,胎粪/泄殖腔棉拭子REV阳性检出率基本低于血液检出率。本研究初步比较了不同方法检测REV人工感染鸡胚孵化雏鸡的带毒情况,为实施REV净化奠定了基础。

青花菜响应干旱胁迫基因挖掘

为挖掘青花菜抗旱关键基因,以台绿3号为试材,通过PEG模拟干旱胁迫,分析干旱胁迫对青花菜幼苗生物量及抗氧化酶活性的影响;利用转录组测序筛选抗氧化酶相关的差异表达基因,同时采用实时荧光定量PCR技术对筛选出的抗氧化酶相关基因进行定量表达分析。结果表明,干旱胁迫可显著抑制青花菜幼苗地上部生物量的积累,促进地下部根系的生长,提高POD、SOD、CAT、APX、GPX活性。转录组测序结果显示,干旱胁迫下青花菜幼苗差异表达基因共有6 513个,其中上调表达基因3 129个,下调表达基因3 384个;从中筛选出45个抗氧化酶相关的差异表达基因,均为上调表达,与荧光定量PCR验证结果基本一致;通过相对表达量分析筛选出上调幅度最大的POD、SOD、CAT、APX、GPX相关基因各1个,这些基因可能是青花菜抗旱的关键基因,为青花菜抗旱机制的研究提供了科学依据。

不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒的动态监测

为明确鸡群经不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒(REV)的排毒动态,本试验通过设立无特定病原体(SPF)鸡胚6胚龄卵黄囊感染组、1日龄SPF鸡腹腔感染组以及对上述两组SPF鸡分别加入感染鸡的卵黄囊感染同居组和腹腔感染同居组,建立SPF鸡感染REV模型,同时设置空白对照组,在不同日龄记录各组鸡的体重和死亡情况,并综合运用反转录PCR(RT-PCR)、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和间接免疫荧光试验(IFA)3种检测方法对各感染组进行REV的动态监测。结果显示:(1)与空白对照组相比,腹腔感染组和卵黄囊感染组SPF鸡体重增长在感染后第21~70天均受到显著抑制(P<0.05),卵黄囊感染组SPF鸡的死亡率在感染后第49和63天显著升高(P<0.05),腹腔感染组SPF鸡的死亡率在感染后第42天显著升高(P<0.05),卵黄囊感染组SPF鸡血浆中REV病毒载量在感染后第21天显著高于腹腔感染组(P<0.05);(2)卵黄囊感染组SPF鸡自出壳即可检测到病毒血症阳性,并在感染后第21天时达到排毒高峰,腹腔感染组SPF鸡在感染后第14天时达到排毒高峰;(3)卵黄囊感染同居组的10只SPF鸡在感染后第7天时即检测到2只鸡呈病毒血症阳性,腹腔感染同居组SPF鸡在感染后第21天时检测到1只鸡呈阳性;(4)3种检测方法中,RT-qPCR和IFA检出REV效果更好。本试验通过分析不同途径感染REV后鸡群血浆中的带毒状态,为REV感染的科学防控和净化提供参考数据。

南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析

病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明:在9个市(县)的142份样品中检测到STV,早在2015年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从2015年(8.82%)到2021年(22.45%)呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组,长度均为3446 nt,包含2个部分重叠的ORFs,ORF1(147~1280 nt)和ORF2(1048~3336 nt)分别编码p42蛋白(377 aa)和RdRp蛋白(762 aa),5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明,4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%~100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%~99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树显示,80个STV分离物被明显分为2个组(组Ⅰ和组Ⅱ),组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物;组Ⅱ中除1个亚洲分离物外,其他均为欧洲分离物;4个海南分离物被分在组Ⅰ,STV分离物的分组与地域呈一定的相关性,而与寄主无相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于881~1061 nt和1521~1721 nt,与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于2041~2241 nt和2761~2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南省首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性,为病害防控提供科学依据。

河南郑州桃园桃病毒T的RT-PCR检测

通过选取河南省郑州市周边桃园生长不正常的树体叶片,进行RT-PCR检测桃病毒T的感染。结果表明,18份样品中检测到了6份样品存在病毒感染,检出率为33.3%。检出病毒的桃树样品分布在新郑市多个乡镇的果园,共有5个品种检出病毒;来自巩义市的样品未检测出桃病毒T。检出病毒的桃品种既有生产上的老品种,又有近几年栽植的新品种。结合多个桃园的病毒检出,说明病毒T已在生产中存在较长时间,并在局部区域呈扩散趋势。

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立及临床应用

为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法,并分析了该方法的特异性、敏感性和重复性;同时应用该方法检测采集自洛阳市的251份临床样品,并对不同地区、不同年份、不同养殖模式的检测结果进行比较分析。结果表明:优化后的退火温度为51℃,模板添加量为5μL,引物添加量为0.5μL;该方法对PEDV变异毒株能够扩增出550 bp特异性条带,而检测的PEDV经典毒株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均为阴性;对PEDV变异毒株RNA的最低检测限达到0.74 ng,对3份PEDV变异毒株阳性病料和3份PEDV变异毒株阴性病料重复检测3次的结果完全一致;检测采集于洛阳市251份临床样品的平均阳性率为29.48%,其中不同地区阳性率介于13.33%~44.44%之间,2018—2022年阳性率介于28.30%~31.58%之间,散养户和规模化猪场的阳性率分别为38.24%和19.13%。说明试验建立的PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法特异、敏感、稳定、准确,洛阳市PEDV变异毒株的流行特点为个别地区较严重的情况、近几年流行率基本持平、散养户流行情况较规模化猪场严重。

梅花鹿DLX5基因克隆及表达分析

为研究梅花鹿(Cervus nippon)DLX5基因的结构和功能,进一步探究其与梅花鹿茸角骨化机制间的关系,采用RT-PCR技术对梅花鹿DLX5基因进行克隆,获得包含全部编码区的c DNA序列,对该基因的氨基酸序列进行生物信息学分析并构建系统进化树,通过KEGG富集分析其信号通路,运用实时荧光定量RT-PCR检测该基因在鹿茸生长不同时期的表达情况。结果表明:梅花鹿DLX5基因编码区长为870 bp,共编码289个氨基酸。DLX5蛋白为可溶性的不稳定蛋白,有2个保守结构域,主要定位于细胞核。梅花鹿DLX5蛋白与许多不同物种来源的DLX5蛋白氨基酸序列有较高相似度,比较保守。DLX5蛋白二级结构中无规则卷曲占比最大(78.89%),其后依次是α-螺旋、延伸链,占比分别为16.96%和4.15%。DLX5基因主要的作用通路为TGFβ信号通路、MAPK信号通路和Wnt信号通路等。实时荧光定量RT-PCR结果表明,DLX5基因在鹿茸生长后期(三杈茸)表达量显著增高,这种上调表达暗示了其在鹿茸骨化过程中发挥重要作用,说明其可能是鹿茸骨化相关候选基因。

建立检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2的mRNA相对表达水平的RT-qPCR方法

目的本研究旨在建立一种实时荧光定量PCR方法,用于检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2(adenosine triphosphate-binding cassette transporter protein G2,ABCG2)mRNA的基因转录水平。方法使用NCBI上GenBank数据库猕猴(Macaca mulatta)的ABCG2核苷酸序列号NM_001032919.1及内参GAPDH核苷酸序列号NM_001195426.1,借助Primer premier 5.0软件设计PCR引物。提取猕猴新鲜肾组织的总RNA,并反转录合成cDNA。接着,利用PCR引物进行实时荧光定量PCR扩增,并根据反应体系中荧光的变化情况定量分析ABCG2的mRNA相对表达水平。结果PCR产物测序结果显示,扩增的ABCG2和GAPDH核苷酸序列与NCBI上猕猴的序列同源性分别为90.91%和91.14%。ABCG2和GAPDH的扩增效率均达到80%~120%,实时荧光定量PCR标准曲线的熔解曲线为单峰,R2接近1。结论本研究建立的检测猕猴ABCG2 mRNA实时荧光定量检测方法,为研究高尿酸血症的发病机制以及新药开发奠定基础。

1例牛肠道病毒的诊断与防治报告

为确定广西百色市那坡县某牛场发病犊牛的病原体,收集腹泻犊牛的粪便样本,并进行逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)检测、产物序列扩增及同源性分析等一系列实验室诊断。RT-PCR扩增结果表明,临床病例样本为牛肠道病毒阳性;序列分析揭示,所检测的病毒属于E2亚型肠道病毒,未观察到其他病毒的混合感染。基于以上诊断结果,可以确认该牛场出现牛肠道病毒感染。因此,对患病犊牛实施隔离、补液和消毒等一系列综合防控措施,有效控制疫情的进一步蔓延和发展。该文通过对广西百色1例牛肠道病毒病的鉴别诊断及防治措施进行概述,为广西地区牛肠道病毒进一步研究提供参考。

基于多重生物信息学数据库分析Mis18β在膀胱癌组织中的表达及其临床意义

目的:探讨Mis18β基因在膀胱癌组织中的表达、临床意义及在疾病过程中的作用。方法:通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库获得膀胱癌患者Mis18β mRNA测序数据及临床资料数据,通过基因表达综合(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库获得膀胱癌Mis18β表达数据,分析Mis18β在膀胱癌组织和癌旁组织中mRNA表达差异及与患者临床病理参数的相关性并进行生存分析,利用基因本体论(Gene Ontology, GO)功能分析以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes, KEGG)通路富集分析探索Mis18β在膀胱癌发生发展中可能的信号通路。收集膀胱癌患者及健康对照者外周血标本,RT-PCR方法验证Mis18β mRNA表达水平的差异。结果:TCGA数据库和GEO数据库分析显示膀胱癌组Mis18β的表达量明显高于对照组(P<0.05)。生存分析提示Mis18β高表达组膀胱癌患者的总生存期明显低于低表达组(P<0.05)。功能富集分析显示Mis18β主要参与细胞有丝分裂,调控细胞周期及DNA复制等过程。膀胱癌患者外周血有核细胞中Mis18β的含量明显高于对照组(P<0.05)。结论:Mis18β在膀胱癌中呈高表达,其表达水平与患者年龄、病理类型、总生存期等临床病理特征存在相关性,为揭示膀胱癌发生发展的分子机制及寻找新的诊断、预后标志物提供了理论基础。

新疆某规模化肉牛场牛病毒性腹泻病毒分离与基因型鉴定

新疆许多规模化牛场存在牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的感染,且因病毒基因型具有多样性,给该病的防控、疫苗选择、净化带来了一定的困难,开展新疆地区规模化牛场BVDV基因分型鉴定,对BVDV防控具有重要的指导作用。采集BVDV胶体金抗原检测卡确定为阳性的犊牛抗凝血样品并分离淋巴细胞,在MDBK单层细胞上进行病毒分离,盲传5代,提取培养物RNA,以BVDV5′-UTR、N^_(pro)特异性引物进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测分析。结果显示,获得BL分离株1株,属于BVDV-1m亚型,研究结果丰富了新疆南疆地区规模牛场BVDV分子流行病学数据库。

广州地区259例丙型肝炎病毒患者HCV基因分型研究

目的 了解广州地区丙型肝炎病毒患者的HCV基因型分布情况,为该地区丙型肝炎病毒的预防和诊疗提供依据。方法 选择自2019年9月至2023年4月共259例丙型肝炎病毒患者的HCV基因分型的结果,分析比较不同年龄、性别和年度各基因型感染率的差异。结果 共纳入259例患者,最常见的基因型为6a型和1b型,占42.47%和42.08%,与其他亚型差异有统计学意义(P<0.05)。其余依次为3a型占6.18%,2a型占4.63%,3b型占4.25%,2b型占0.39%,未发现亚型混合感染。1b型,青年人群(41.86%)、中年人群(31.447%)分别低于老年人群的71.93%;6a型,青年人群(44.186%)、中年人群(51.572%)分别高于老年人群的15.789%,差异有统计学意义(P<0.05)。女性1b型63.077%、2a型10.769%分别高于男性的35.052%和2.577%,女性6a型18.462%低于男性的50.516%,差异有统计学意义(P<0.05)。不同年度各基因型感染率差异无统计学意义。结论 广州地区丙型肝炎病毒患者HCV基因分型以6a型、1b型为主。1b型多见于60岁以上的老年人群和女性,6a型多见于中青年人群及男性。

山羊地方性鼻内肿瘤病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在,对山羊养殖业造成严重的经济损失。为建立快速、准确且能定量分析ENTV-2的检测方法,本研究根据GenBank上发布的ENTV-2 env基因(MT254061.1)保守区域设计引物和TaqMan探针,建立ENTV-2 TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性、重复性与临床检测效果进行验证。结果显示,重组质粒标准品模板浓度为6.30×10^(2)~6.30×10^(7) copies·μL^(-1)呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.996 5,扩增效率为110%,线性方程的斜率为-2.953,最低检测限度为6.30×10^(1) copies·μL^(-1);组内变异系数和组间变异系数均小于2%,重复性好;与口蹄疫病毒((foot-and-mouth disease virus, FMDV)、小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus, PPRV)、蓝舌病毒(bluetongue virus)、羊内源性逆转录病毒(endogenous retroviruses)等均无交叉反应,表明该方法具有很好的特异性。利用本研究所建立的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法对29份临床样品进行检测,该方法较普通PCR方法的检出率更高。综上表明,本研究成功建立了ENTV-2 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法,为ENTV-2的快速诊断和流行病学调查提供技术手段。

鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。

梅病毒A新疆蟠桃分离物的全基因组序列分析与侵染性克隆构建

【目的】梅病毒A(mume virus A,MuVA)是新发现的感染桃树的病毒,其全基因组序列分析研究甚少,国内尚无报道。本研究旨在探明MuVA在我国新疆蟠桃中的感染情况,分析MuVA pp分离物的基因组、系统进化及致病性,为MuVA的防治提供科学依据。【方法】使用RT-PCR方法对田间蟠桃样品进行MuVA检测,采用5′/3′cDNA末端快速扩增(RACE)技术确定MuVA pp分离物的全基因组序列,并运用生物信息学软件分析MuVA pp分离物的基因组序列特征和系统进化关系。利用Gibson组装策略构建该分离物的基因组全长cDNA克隆,并通过农杆菌介导的方法对其侵染性进行接种测试。【结果】RT-PCR检测结果表明,30份疑似病毒病样本中有10份感染了MuVA,不同蟠桃品种感染率由高到低分别为‘七月蟠’(4/9)、‘八一蟠桃’(5/13)、‘中熟八一’(1/8);MuVA pp分离物基因组全长为7 647 nt,基因组由5′非翻译区(5′UTR)、3′UTR和两个重叠的开放阅读框(ORF)组成,编码甲基转移酶(Met)、RNA解旋酶(Hel)、RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)、外壳蛋白(CP)和运动蛋白(MP);序列分析结果显示,MuVA pp分离物与已报道的MuVA pm14分离物基因组的核苷酸和多聚蛋白氨基酸序列一致性分别为80.8%和82.7%,两者的多聚蛋白存在406个氨基酸残基的差异,分布在Met(21个)、Hel(29个)、RdRp(19个)、CP(18个)和其他(319个)。与MuVA pm14分离物显著不同的是5′UTR,核苷酸序列一致性仅为74.6%,编码的蛋白质中,MP变异最大,氨基酸一致性为80.9%,RdRp最保守,氨基酸一致性最高,为94.0%;系统发育分析结果显示,MuVA pp分离物与MuVA pm14分离物的亲缘关系最近,且MuVA有宿主和地理特异性的趋势,李子分离物与梅分离物聚集成簇,而桃分离物单独成支;构建的pCB301-MuVA侵染性克隆可以系统侵染苋色藜,并未引起症状,导致三生烟接种叶产生过敏性坏死,但不能引起系统侵染,也不能侵染昆诺藜、心叶烟、西方烟、本氏烟、番茄、黄瓜和南瓜。【结论】成功获得了蟠桃MuVA pp分离物的全基因组序列,其基因组为单链正义RNA,大小为7 647 nt,不含3′端poly(A)尾,编码两个ORF;通过摩擦接种证实MuVA不能侵染草本植物;构建了具有侵染活性的MuVA pp分离物的全长c DNA侵染性克隆载体pCB301-MuVA,可系统侵染苋色藜,且无明显症状,导致三生烟接种叶产生过敏性坏死,未引起系统侵染,这为进一步研究MuVA的致病分子机理提供了参考依据。

猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方法的建立

猪Linda病毒能引起仔猪先天性震颤,严重危害养猪业的发展,目前在我国暂未发现感染病例。本研究根据猪Linda病毒Core-E~(ms)基因序列,设计并合成巢式RT-PCR引物,通过对退火温度、引物浓度等进行优化,建立了猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方法。结果显示,该方法具有良好的特异性,与非洲猪瘟病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型均无交叉反应;敏感性好,对慢病毒阳性对照品的最低检出限为10~1 copies/μL,比普通RT-PCR灵敏10倍。使用该方法检测模拟病毒样品,发现最低检出限为10~1 TU/mL,与荧光定量RT-PCR方法一致。本研究首次建立了可检测猪Linda病毒的巢式RT-PCR方法,其特异性强、灵敏度高,为在口岸以及条件有限的场地对猪Linda病毒进行精准且快速的检测提供了有效技术手段,也为防范Linda病毒传入提供了有力技术支撑。

百合斑驳病毒在卷丹顶端分生组织中的分布

【目的】百合斑驳病毒(lily mottle virus,LMoV)是危害重要食药用百合卷丹的主要病毒之一,每年给百合种植业造成数十亿的损失。通过原位杂交技术明确LMoV在卷丹顶端分生组织中的分布,为百合脱毒培养提供支撑。【方法】采用种植于贵州省清镇市的栽培卷丹作为试验材料,利用RT-PCR并于NCBI网站下载不同地方LMoV分离物构建进化树鉴定卷丹所携带的病毒种类,据检测结果选取LMoV为对象,基于LMoV基因组序列设计并制备RNA荧光探针,开展卷丹茎尖和根尖石蜡切片组织的RNA原位杂交,观察卷丹茎尖和根尖中LMoV的分布。【结果】RT-PCR检测表明卷丹材料侵染了LMoV,构建进化树发现本实验分离物与吉林和辽宁的LMoV分离物关系最近,原位杂交进而表明卷丹茎尖中LMoV杂交信号主要分布在顶端分生组织下方0.15-0.2 mm的组织中,靠近紧挨分生组织叶原基的初生叶基部有较弱的病毒杂交信号,靠近初生叶的成熟叶顶端中病毒荧光信号强烈,感染LMoV的卷丹分生组织中心纵切面无毒区大小为(0.4-0.6)mm×(0.15-0.2)mm;在根尖0.25 mm×0.2 mm分生组织中无杂交信号分布,在皮层细胞中信号最强烈,在根冠和根伸长区信号较弱。【结论】卷丹顶端分生组织及最接近顶端的一个叶原基[大小约(0.4-0.6)mm×0.2 mm]未发现病毒信号,可作为茎尖脱毒的起始材料。根顶端分生组织外侧根冠有较强病毒信号,不适合作为卷丹脱毒培养的外植体。

3种苹果病毒实时荧光定量RT-PCR检测体系的建立

苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)和苹果坏死花叶病毒(Apple necrotic mosaic virus,ApNMV)对果树的生长发育危害严重,而且复合侵染几率较高,为快速、灵敏和高效的检测3种病毒,本研究根据ASPV、ASGV和ApNMV基因组保守序列设计特异引物建立了3种病毒高灵敏度的实时荧光定量PCR检测体系(Real-time fluorescence quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR)。结果表明:引物ASGV-qF/qR-1、ASPV-qF/R-2和ApNMV-qF/R-3有较高的特异性,最适宜的退火温度分别为60℃、58℃和58℃,ASGV、ASPV和ApNMV 3种病毒的RT-qPCR体系比常规RT-2 PCR检测体系灵敏度高100倍,最低检出限分别为82.6、1.49×10^(2)和13.3 copies/μL。检测体系的Ct值的变异系数均小于5%,组间的变异系数在5%以内。河北农业大学果园中经RT-PCR确定带毒的88棵苹果树RT-qPCR检出率为100%,表明建立的RT-qPCR方法的可靠性和稳定性高,适用于田间果树3种病毒的检测,为苹果病毒的准确诊断提供了技术支撑。

2021—2022年虾类偷死野田村病毒(CMNV)流行情况调查

由偷死野田村病毒(covert mortality nodavirus,CMNV)引起的虾类病毒性偷死病(viral covert mortality disease,VCMD)使对虾养殖产业遭受了严重的损失。为掌握近年CMNV在我国主要养殖虾类中的流行情况,本研究2021—2022年间在全国主要虾类养殖地区开展了CMNV流行病学调查和样品采集工作,利用分子生物学、组织病理学和电镜分析等方法对所采集的样品进行了系统分析。期间,从天津、山东、江苏、海南、湖北及新疆等地共采集1299份样品,样品种类包括凡纳对虾(Penaeus vannamei)、罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)、日本对虾(P.japonicus)、中国对虾(P.chinensis)和克氏原螯虾(Procambarus clarkia)等主要养殖虾类以及养殖池塘中的共生生物。采用TaqMan探针实时荧光定量PCR(TaqMan RT-qPCR)对所采集的样品进行CMNV检测,结果表明,凡纳对虾、罗氏沼虾和日本对虾等主要养殖虾类中均可检测到CMNV阳性,阳性样品采集地包括山东、江苏、海南、新疆、广西和天津等省市;除养殖虾类外,采集的虾类鲜活饵料以及虾类养殖池塘共生生物包括沙蚕(Perinereis aibuhitensis)和卤虫(Artemia sinica)中也可检测到CMNV阳性。2021年和2022年所采集样品中CMNV阳性检出率分别为10.04%(69/687)和11.44%(70/612)。流行病学调查发现,室外池塘养殖对虾中CMNV感染会引起一定程度的累计死亡,室内养殖对虾中CMNV感染主要引起对虾甲壳软化和生长缓慢,通常不会导致其大量死亡。对TaqMan RT-qPCR检测呈阳性的样品进行组织病理和原位杂交分析,患病虾肝胰腺和前中肠盲囊组织中可见嗜酸性病毒包涵体,附肢神经可见空泡化病理损伤,这些发生病理损伤的组织中均有明显CMNV RNA探针紫色杂交信号。本研究结果表明,我国多地养殖虾类以及养殖池塘共生生物中仍存在较高的CMNV阳性检出率,该病毒的流行危害风险仍然较高。建议在甲壳类养殖过程中加强CMNV检测与监测预警,进一步降低其扩散和流行的风险。