应用RT-nest-PCR法检测慢性髓细胞白血病非亲缘异基因骨髓移植后微小残留病变

目的:应用筑巢式RT—PCR(RT—nest—PCR)法检测慢性髓细胞性白血病(CML)患者非亲缘异基因骨髓移植(URD)后微小残留病变(MRD),并探讨它与复发的相关性。方法:分别采用RT-nest-PCR法和常规细胞遗传学方法检测bcr／abl融合基因和Ph染色体。结果:20例CML行URD患者术前Ph染色体和bcr／abl融合基因检测均为阳性,移植术后30 d Ph染色体皆转为阴性,bcr／abl融合基因完全转阴时间为1～3个月,中位时间2个月;在随防的18例CML患者中,有16例患者bcr／abl融合基因完全转阴后没再转为阳性。在1例复发的CML患者中可见到血型、Ph染色体和bcr／abl融合基因动态变化,另1例CML患者在移植成功后的21个月和36个月检测到bcr／abl融合基因,经随访未见临床和血液学复发征象。结论:检测ber／abl融合基因是目前观察CML患者非亲缘异基因骨髓移植后微小残留病变最敏感的方法之一,非亲缘异基因骨髓移植能最大限度地消除CML患者体内残留病变,患者能长期无病生存。

猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方法的建立

猪Linda病毒能引起仔猪先天性震颤,严重危害养猪业的发展,目前在我国暂未发现感染病例。本研究根据猪Linda病毒Core-E~(ms)基因序列,设计并合成巢式RT-PCR引物,通过对退火温度、引物浓度等进行优化,建立了猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方法。结果显示,该方法具有良好的特异性,与非洲猪瘟病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型均无交叉反应;敏感性好,对慢病毒阳性对照品的最低检出限为10~1 copies/μL,比普通RT-PCR灵敏10倍。使用该方法检测模拟病毒样品,发现最低检出限为10~1 TU/mL,与荧光定量RT-PCR方法一致。本研究首次建立了可检测猪Linda病毒的巢式RT-PCR方法,其特异性强、灵敏度高,为在口岸以及条件有限的场地对猪Linda病毒进行精准且快速的检测提供了有效技术手段,也为防范Linda病毒传入提供了有力技术支撑。

牛病毒性腹泻病毒巢式RT-PCR方法的建立及初步应用

为了建立牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)巢式RT-PCR方法,试验通过对我国近5年流行的BVDV毒株的全基因序列进行比对分析,选择BVDV的保守5′端非编码区(5′UTR)片段作为靶点,设计巢式RT-PCR引物,对内外套引物进行筛选,优化反应条件,并分析建立的巢式RT-PCR方法的敏感性和特异性,同时利用该方法对172份临床样品进行检测并与实时荧光定量PCR方法进行比较。结果表明:巢式RT-PCR方法的敏感性为1.8×10^(1)copies/μL,敏感性是仅使用一对引物进行一轮PCR扩增的100倍;该方法对BVDV具有较好的特异性,与水疱性口炎病毒(VSV)、猪瘟病毒(CSFV)、口蹄疫病毒(FMDV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)及蓝舌病病毒(BTV)均无交叉反应。从172份临床样品中共检出27份BVDV阳性样品,阳性率为15.70%,与实时荧光定量RT-PCR方法比较,符合率为81.82%。说明试验建立的BVDV巢式RT-PCR方法特异性、敏感性较好,可作为基层检测机构中诊断BVD的辅助检测方法。

应用反转录-套式PCR方法检测肾综合征出血热病人血清中的汉坦病毒特异性RNA

采用５′端生物素标记汉滩病毒特异性寡核苷酸探针，结合磁性分离技术和异硫氰酸胍－酚一步法（胍酚法）提取病毒ＲＮＡ，进行反转录－套式ＰＣＲ，检测肾综合征出血热（ＨＦＲＳ）病人血清样本，胍酚法能检测血清中至少几个ＰＦＵ病毒的ＲＮＡ，比磁珠法敏感１０倍，整个检测过程在５小时完成。应用该方法对１３７份汉滩型和汉城型ＨＦＲＳ病人血清进行检测分型，总阳性率达６０．５０％。其中，病程在７日以内（急性期）的病人血清仍能检测到２２．７３％阳性率。扩增产物经打点杂交检测证实为特异性扩增，并能准确分型。与空斑减少中和试验（ＰＲＮＴ）分型的符合率为１００％。对２０份正常人及２４份非ＨＦＲＳ患者血清进行ＰＣＲ扩增，结果均为阴性。将全部试剂做成试剂盒，为基层单位早期诊断肾综合征出血热病人提供了操作简便、特异、敏感、快速、直接的诊断方法。

传染性法氏囊病病毒(IBDV)快速检测与分型技术

根据已发表的传染性法氏囊病病毒 (IBDV)核苷酸序列 ,在病毒结构蛋白 VP2编码基因的高变区两端外侧的保守序列内设计合成了 2条寡核苷酸引物 ,对各种不同致病性的 12株参考毒株进行了 RT- PCR检测。结果 :12个参考毒株均能扩增出约 6 79bp的目的片段 ,而对照的 5种鸡源性病原体 NDV、IBV、CAIV、E.coli、PM均未扩增到相应片段 ;对疑似 IBD的 34份临床病料进行检测 ,并同时在其扩增的片段内设计另 1对引物进行 Nested- PCR检测 ,结果基础 RT- PCR检测到 11份阳性 ,Nested- PCR检测到 2 3份阳性 ,后者的检出率大大提高。结果表明 ,建立的 RT- PCR诊断技术具有特异、快捷、敏感的特点。取限制性内切酶 Sac 和 Ssp 以及设计的 2条 vv IBDV(超强毒株 )特异性引物 ,分别应用 v VP2片段 PCR扩增产物的限制性内切酶分析和型特异性引物的 PCR扩增 2种方法 ,对 7个 IBDV分离参考毒株和 2 4个临床样品进行致病性分型。结果 ,确定 2 1株属于 c IBDV(经典毒株 ) ,8株属于 vv IBDV,2株未能确定 ;2种分型方法的结果基本一致 ,均可用于 IBDV的快速分型 ,型特异性引物的

肝炎患者中庚型肝炎病毒感染的PCR检测

应用逆转录套式ＰＣＲ法检测了４８例丙型肝炎、２６例乙型肝炎及１２例甲乙丙丁戊型肝炎病毒感染标志均阴性的肝炎患者血清中的庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）ＲＮＡ。结果表明，我国肝炎患者中存在ＨＧＶ感染；ＨＧＶ可单独感染或与其他肝炎病毒混合感染。丙型肝炎患者中，ＨＧＶＲＮＡ的检出率为１０．４％，乙型肝炎患者中的检出率为３．８％，而在甲乙丙丁戊型肝炎标志均阴性的肝炎患者中的检出率为３３．３％，ＨＧＶ与其他肝炎病毒的混合感染可加重肝脏的损害。在我国，ＨＧＶ感染是甲乙丙丁戊型肝炎标志均阴性肝炎的重要病因之一。

RT套式PCR检测血浆HCV RNA及与抗HCV检测的比较

应用微量血清热变性法提取核酸 ,逆转录套式聚合酶链反应 (RT nestPCR)检测血浆HCVRNA ,并与抗HCVELISA检测结果比较 ,对HCVRNA阳性标本进行HGVRNA的筛查。结果在 32例抗HCV阳性和 2 0例抗HCV阴性血浆中 ,HCVRNA分别检出 18例和 2例 ,总符合率为 70 % ,2 0例HCVRNA阳性者中有 2例合并感染HBV ,1例合并感染HGV。

PCR技术在猴免疫缺陷病毒(SIV)感染模型中的应用

目的(1)建立RT PCR方法,定性测定SIV感染猴血浆中病毒RNA,比较其与传统血浆病毒分离方法的敏感性;(2)建立DNA PCR方法,检测SIV感染猴外周血淋巴细胞(PBMCs)中的前病毒DNA。(3)检验DNA PCR和RNA PCR方法在猴SAIDS模型应用中的实用性和可操作性。方法用SIVmac251静脉感染恒河猴,定期采血,从血浆中提取病毒RNA,以RNA为模板通过RT PCR法扩增,凝胶电泳定性;从感染猴PBMC中提取带有整合的SIV前病毒DNA的细胞基因组DNA,巢式PCR扩增,凝胶电泳定性。结果DNA PCR和RNA PCR经两轮扩增后均得到一长度为477bp的特异条带,测序鉴定确为目的片段。9只实验猴感染SIV后7d,RNA PCR结果为79阳性,DNA PCR结果为100%阳性,而血浆病毒分离只有59阳性;此后一直到感染后的42d,RNA PCR和DNA PCR的结果一直为100%阳性,而血浆病毒分离阳性率在感染后35d下降到49,到42d时下降为零。结论PCR方法比病毒分离方法的敏感性高。尤其是DNA PCR,既可检测具有活跃病毒复制的受感染细胞,又可检测那些携带病毒处于转录休眠期的细胞,所以在感染的早期和中后期———血浆病毒水平较低的情况下或病毒处于潜伏感染的阶段,它作为猴艾滋病(SAIDS)模型病毒学指标之一有其必要性和重要性。这个指标的检测方法应该是较血浆病毒RNA检测更为敏感。

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-Ⅰ快速检测的逆转录套式PCR方法(RT-nested-PCR),采用该方法对DHV-ⅠA66弱毒株和R85952强毒株进行了检测。结果显示,均能扩增到304 bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100 pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高105倍。表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎(DVH)的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。

猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR的建立及其对人工感染猪体内猪瘟病毒的检测

本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在10^8-10^1范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10拷贝/μL的病毒核酸,与本实验室建立的RT-套式PCR（RT-nPCR）具有相近的敏感性,二者对152份不同样品检测符合率达94.7%。应用本方法对人工感染10^6TCID50猪瘟石门强毒的猪只感染后0-14 d全血中猪瘟病毒RNA进行了定量检测,揭示了猪瘟病毒在猪体内复制的动态变化,证实了感染猪临床表现与病毒滴度存在明显的时间相关性。此外发现,在同居感染猪出现猪瘟临床症状前3-4 d可从其全血中检出病毒RNA。

猪瘟病毒RT-nested PCR检测方法的优化和应用

为了优化猪瘟病毒的RT-nested PCR检测方法,对福建省猪瘟流行情况进行了调查。根据GenBank上发表的猪瘟病毒Shimen株基因序列设计并合成了2对引物,优化了猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)的RT-nested PCR检测方法,并对所优化的RT-nested PCR特异性进行了检验。结果表明,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为1×10-7ng/mL,只有CSFV扩增出了272 bp的目的条带,从猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪流感病毒(SIV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪细小病毒(PPV)阳性毒和健康猪脾、肝组织及阴性PK-15细胞均未扩增出特异性条带,说明该方法特异性强。应用此方法对福建省133份病料进行检测,结果有60份病料为阳性,阳性率为45.1%。结果提示优化的检测方法灵敏度高,特异性强;福建省猪群CSFV感染率高,需要加强CSF预防控制工作。

江门成人散发急性腹泻者星状病毒的检测及毒株型别分析

目的研究江门地区成人腹泻者星状病毒感染情况及型别特点。方法收集江门地区病毒性腹泻流行期散发成人腹泻患者粪便标本,经胶体金法、RT-PCR法分别检测轮状病毒和诺如病毒后,运用实时荧光PCR进行星状病毒检测,并对阳性标本进行RT-nestedPCR测序,鉴定型别。结果56份成人病毒性腹泻粪便标本中,荧光PCR法测出3份星状病毒株(5.4%),经RT-PCR测序1份,序列分析鉴定为HAtsV-4型。结论江门成人散发病毒性腹泻者存在星状病毒感染,型别为HAstV-4,未发现多致泻病毒混合感染。

应用逆转录套式PCR检测猪流行性腹泻病毒

根据已发表的猪流行性腹泻病毒(PEDV)N基因核苷酸序列,设计合成2对引物,其中外引物扩增片段长度为297bp,内引物扩增片段长度为212bp,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了检测PEDV的套式RT-PCR检测方法,该方法较普通RT-PCR更加灵敏、可靠,能有效降低假阳性和污染,可用于PEDV的快速诊断和流行病学调查。

云南某农村猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查

目的了解云南农村散养猪群HEV感染情况,为HEV防控提供理论依据。方法利用逆转录巢式聚合酶链反应(RT-nested PCR)技术,对所采集云南猪群78份粪便样品进行HEV ORF2基因部分片段扩增,经琼脂糖凝胶电泳后对目的条带进行回收纯化及克隆测序。序列利用DNAStar和MEGA4.0软件进行同源性比较和系统进化树构建。结果 RT-nested PCR方法扩增出了350bp目的基因序列,该序列与GenBank中HEV各型的同源性在77.4%～97.4%之间,与基因4型同源性最高(97.4%),与3型同源性最低(77.4%)。系统进化树显示测定的序列与基因4型聚为一支,表明该序列属于基因4型。本次实验共检测了78份猪粪便样品,其中8份为阳性,阳性率为10.26%。结论云南农村人群存在感染HEV的风险,应该加以防控以免HEV暴发流行。

树状DNA杂交技术在HCV检测中的应用

目的 建立一种敏感性、特异性、重复性较好的 ,适于病原体群体筛查的检验方法。方法 通过RT PCR DDH ,RT nested PCR和HCVRNA DDH 3种方法检测HCV核酸 ,推断RT PCR DDH技术检测病毒核酸的特异性、敏感性和稳定性。结果 4 7份ELISA检测HCV抗体阳性血清标本 ,RT nested PCR检出阳性标本 33例 (70 .2 1% ) ,RT PCR DDH检出阳性标本 39例 (82 .98% )。结论 RT PCR DDH技术在逆转录病毒核酸检测的应用中具有较好的特异性、敏感性和稳定性 ,而且成本较低 ,操作安全简便 。

传染性法氏囊病快速诊断技术的建立及其应用

根据已发表的IBDV各致病型毒株的序列,在病毒结构蛋白VP2编码基因的高变区(VP2variabledo-main,vVP2)两端外侧的保守序列内设计合成了2条寡核苷酸引物,对各种不同致病型的12株参考毒株进行逆转录酶—聚合酶链式反应(RT-PCR)的检测.结果12个参考毒株均能扩增出约679bp的目的片段,而对作为阴性对照的常见5种鸡病病原NDV、IBV、CAIV、E.coli、pM均没有扩增出任何片段;应用建立的技术对疑似IBD的34份临床病料进行检测,并同时在基础RT-PCR扩增的片段内设计另一对引物进行Nested-PCR检测.结果基础RT-PCR方法检测到11份阳性,Nested-PCR检测到23份阳性.研究的结果表明建立的IBD的RT-PCR诊断技术具有特异、快捷、敏感的特点.在此基础上设计的Nested-PCR则大大提高了阳性检出率(提高52.1%).

新型黄病毒在种鹅中垂直传播的研究

【目的】证实新型黄病毒在种鹅中是否存在垂直传播,为控制该病提供可靠的流行病学依据。【方法】采用巢式RT-PCR和病毒分离技术,对患病种鹅病料、不同孵化阶段死胚、出雏蛋壳内部冲洗液、弱雏样品进行黄病毒分离及基因检测。【结果】在患病种鹅、孵化过程中死亡鹅胚尿囊液、出雏蛋壳内壁洗液和雏鹅中均能检测和分离到黄病毒,其中患病种鹅病料的黄病毒阳性率为100.0%,孵化死亡鹅胚黄病毒阳性率为39.6%,出雏蛋壳内部冲洗液黄病毒阳性率为45.0%;1日龄和15日龄弱雏黄病毒阳性率为80.0%。【结论】黄病毒可以通过鹅胚传到下一代,即新型黄病毒在种鹅中存在垂直传播的现象。

犬瘟热病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

【目的】建立一种犬瘟热病毒(CDV)RT-nested PCR检测方法。【方法】根据CDV弱毒株Onderstepoort的核衣壳蛋白(NP)基因序列设计套式引物,进行特异性、敏感性、重复性实验。【结果】特异性试验表明,该方法可以特异扩增出CDV NP基因片段,但从RNA病毒狂犬病病毒(RV)、DNA病毒犬细小病毒(CPV)以及正常Vero细胞中均未扩增出该条带。敏感性试验表明,RT-PCR可以扩增10-3稀释度的病毒RNA,而建立的RT-nested PCR可以扩增10-6稀释度的病毒RNA,后者的敏感性明显高于前者。重复性实验表明,不同情况下的3次重复实验,结果相同。用RT-nested PCR对石河子地区疑似感染CDV的病料进行检测,结果表明,该研究建立的RT-nested PCR不仅能有效的检测CDV感染,而且能够检测不同组织的样品。【结论】建立的RT-nested PCR检测方法,适用于动物CDV的快速诊断和流行病学调查。

应用巢式RT-PCR结合RFLP、SSCP对山东肾综合征出血热病人血清中HV基因检测和分型研究

目的探讨山东肾综合征出血热重疫区病人血清中HV分子生物学特征,同时寻找准确、简便、迅速的HV检测与分型方法,从而为制定防治决策提供科学根据。方法从山东肾综合征出血热重疫区临沂市费县收集病人早期血清,应用巢式RT-PCR对病人血清中的HV进行基因扩增,采用RFLP、SSCP分型,并进行序列测定与分析。结果48份临床和ELISA检测确诊的HFRS病人血清经巢式RT-PCR扩增后,41份阳性,阳性率85.42%。41份阳性标本巢式RT-PCR产物经HindIII、HinfI酶切后,呈现2种不同的RFLP图谱:33份显示与R22株相似的酶切图谱,应属SEOV型;另外8份显示出与HTN76-118株相似的图谱,属HTNV型,这8份HTNV型标本均为10-12月间收集的病人血清。41份阳性标本巢式RT-PCR产物经SSCP分析,亦呈现2种不同的图谱:33份具有与R22株相似的SSCP图谱,应属SEOV型;而另8份则与HTN76-118株具有相似的SSCP图谱,属HTNV型。对部分扩增产物序列采用系统进化树分析也得出类似的结果:sdp1、sdp2、sdp3与HTN型76-118株亲缘关系相近,属同一簇,而sdp22、sdp37与SEOV型Z37、R22株亲缘关系相近,属另外一簇,这与RFLP和SSCP获得的结果相一致。结论山东肾综合征出血热重疫区病人基因型以SEOV型为主,但在秋冬季节也存在HTNV型。巢式RT-PCR结合RFLP、SSCP法可对HV准确分型,而且简便、迅速,适合于大规模流行病学调查。

戊型肝炎血清HEV-RNA的动态变化及其意义

目的 :探讨戊型肝炎患者血清 HEV - RNA的动态变化及其意义。方法 :用逆转录 -巢式聚合酶链反应检测 32例戊型肝炎患者系列血清 HEV- RNA。结果 :发病后 0～ 7d,8～ 14d,15～ 2 1d,2 2～ 2 8d患者血清 HEV-RNA阳性率分别为 96 .6 % ,84.4% ,43.8%和 9.4%。病后 1周内 ,血清 HEV- RNA阳性率明显高于抗 - HEV Ig M(P <0 .0 5 )和抗 - HEV Ig G阳性率 (P <0 .0 1)。病后 2周后 ,抗 - HEV Ig M和抗 - HEV Ig G阳性率均明显高于血清HEV- RNA阳性率 (P <0 .0 1)。结论 :大部分戊型肝炎患者血清 HEV- RNA阳性持续至病后 2周 ,少部分持续至病后 3周以上。病后 1周内 ,检测血清 HEV- RNA作为早期诊断指标最敏感。但病后 2周由于血清 HEV- RNA部分阴转 ,抗 - HEV阳性率增加 ,作为诊断指标抗 - HEV比 HEV- RNA敏感。