实时荧光RT-PCR一步法检测番茄环斑病毒

根据番茄环斑病毒 (ToRSV)各株系RNA1聚合酶基因的保守序列 ,设计并合成 1对引物和 1条TaqMan荧光探针 ,建立了对ToRSV的实时荧光RT PCR检测方法。该方法利用TaqMan荧光探针实时监测目的基因的扩增 ,实现RT PCR扩增与探针检测同时进行 ,不需PCR后处理 ,消除了PCR产物的污染 ,不需电泳和EB染色 ,减少了检测步骤 ,节省了时间。这个方法具有“灵敏、准确、简便、快速”的特点适合于种传病害的快速诊断和口岸检验检疫运用。

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立及临床应用

为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法,并分析了该方法的特异性、敏感性和重复性;同时应用该方法检测采集自洛阳市的251份临床样品,并对不同地区、不同年份、不同养殖模式的检测结果进行比较分析。结果表明:优化后的退火温度为51℃,模板添加量为5μL,引物添加量为0.5μL;该方法对PEDV变异毒株能够扩增出550 bp特异性条带,而检测的PEDV经典毒株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均为阴性;对PEDV变异毒株RNA的最低检测限达到0.74 ng,对3份PEDV变异毒株阳性病料和3份PEDV变异毒株阴性病料重复检测3次的结果完全一致;检测采集于洛阳市251份临床样品的平均阳性率为29.48%,其中不同地区阳性率介于13.33%~44.44%之间,2018—2022年阳性率介于28.30%~31.58%之间,散养户和规模化猪场的阳性率分别为38.24%和19.13%。说明试验建立的PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法特异、敏感、稳定、准确,洛阳市PEDV变异毒株的流行特点为个别地区较严重的情况、近几年流行率基本持平、散养户流行情况较规模化猪场严重。

牛病毒性腹泻病毒、牛肠道病毒、牛轮状病毒、牛冠状病毒四重一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立与应用

为了建立一种能够同时、快速鉴别检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛肠道病毒(BEV)、牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCV)的方法,根据BVDV 5'UTR基因、BEV 5'UTR基因、BRV VP6基因、BCV N基因设计引物,建立了能够同时鉴别检测BVDV、BEV、BRV、BCV的四重一步法RT-PCR方法,该方法检测IBRV、BPIV-3、BRSV均为阴性,对BVDV、BEV、BRV、BCV的核酸检测下线分别为3.28、28.2、23.6、25.0 pg,与现有标准或商品化RT-PCR试剂盒的符合率均为100%,批内和批间重复性试验的检测结果均完全一致,检测222份临床样品的BVDV、BEV、BRV、BCV阳性率分别为15.32%、18.02%、6.31%和4.05%。说明四重一步法RT-PCR方法特异性好、灵敏度高、稳定性强,可用于BVDV、BEV、BRV、BCV的临床鉴别诊断、流行病学调查以及疫病防控。

基因2型鹅星状病毒EvaGreen荧光定量一步法RT-PCR的建立与应用

目的:建立快速、灵敏、特异的基因2型鹅星状病毒(Goose astrovirus 2,GoAstV-2)检测方法。方法:以GoAstV-2 ORF2基因为靶标,设计特异性检测引物并构建含目标基因的重组质粒作为阳性质粒标准品,以其为模板优化建立一种EvaGreen饱和染料荧光定量一步法RT-PCR检测方法。结果:所建立方法采用dUTP/UDG酶防污染体系,其标准曲线在2.58×10^(1)~2.58×10^(7) copies/μL质粒模板量呈现良好的线性关系,斜率为-3.413,相关系数(R^(2))为0.995,熔解温度T_(M)为(85.5±0.5)℃;该方法对质粒标准品检测灵敏度下限为25.8 copies/μL;该方法特异性检测GoAstV-2,而新城疫病毒(NDV)、H5型禽流感病毒(AIV-H5)、禽呼肠孤病毒(ARV)等11种常见禽传染病病原检测结果均为阴性。重复性试验显示,组内和组间变异系数均小于2%,表明其具有良好的重复性。GoAstV-2感染病死鹅组织定量检测显示,心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腺胃、胰腺、小肠、大脑和肌肉组织均可检测出GoAstV-2,其中肾脏病毒含量最高(2.58×10^(11) copies/g),大脑和肌肉组织含毒量较低。32份临床送检病死鹅组织样品的检测显示,9份存在GoAstV-2感染,阳性率为28.1%。结论:EvaGreen荧光定量一步法RT-PCR能高效检测GoAstV-2,可应用于禽类GoAstV-2感染的诊断和净化检测。

猪腹泻病毒一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法的建立及应用

【目的】建立一种可同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株、猪A群轮状病毒(GARV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪阿尔法冠状病毒(SADS-CoV)及猪捷申病毒(PTV)5种猪腹泻病毒的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法。为猪腹泻病的快速诊断和流行病学调查提供高效灵敏的工具。【方法】对PEDV多个基因型毒株ORF3基因比对分析,以PEDV野毒株为模板,对疫苗株ORF3基因稳定缺失区域设计特异性探针,并在两端保守区域设计上下游引物;在靠近GARV G3、G4、G5和G9型NSP5基因5′端保守碱基区域设计引物及探针,并加入简并碱基。同时,分别选择PDCoV M基因、PTV 5′UTR序列、SADS-CoV N基因等保守基因设计特异性引物及探针,用于多重荧光定量PCR方法的建立。对引物、探针浓度和退火温度进行优化;用RStudio参照代码绘制ROC曲线,确定检测方法的敏感度值、特异度值及曲线下面积AUC,并计算Youden指数,最终确定检测临界值;从阳性核酸中扩增靶基因,并克隆至pEASY-T1载体。通过体外转录,获得5种标准品分别命名为:cRNA-PEDV、cRNA-GARV、cRNA-PDCoV、cRNA-PTV和cRNA-SADS-CoV。对检测方法的敏感性、特异性和重复性等进行评估;并与同类方法对临床样本的检测符合率进行比较。【结果】得到了5种病原检测的最佳引物、探针浓度和最佳退火温度。根据ROC曲线确定PEDV、GARV、PDCoV、PTV和SADS-CoV临界CT值分别为:35.78、34.25、34.98、34.60和35.70;5种病原的检测下限均可达到1×10^(2) copies/μL,标准曲线线性关系良好,扩增效率在96.3%-104%之间;该方法对PEDV CV777疫苗株、PEDV AJ1102疫苗株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)、猪霍乱沙门氏菌(S.choleraesuis)、多杀性巴氏杆菌(P.multocida)、大肠杆菌(E.coli)、猪链球菌(S.suis)和葡萄球菌(S.aureus)等多种菌毒株均不检出,具有良好的特异性;经重复性检验,组内变异系数在0.22%-3.08%之间,组间变异系数在0.89%-4.0%之间;对242份临床样本检测并与同类方法的检测结果进行比较,符合率分别为:PEDV 97.9%、GARV 98.8%、PDCoV 100%、PTV98.3%和SADS-CoV100%,Kappa值均大于0.9。对PEDV野毒株的检测准确性高于同类方法。此外,对临床样本检测结果显示,当前四川省腹泻猪群中尚无SADS-COV检出;但PEDV、GARV、PDCoV和PTV仍持续流行,其总体阳性率分别达到:10.7%(26/242)、13.6%(33/242)、18.2%(44/242)和14.5%(35/242),且各腹泻病原之间存在不同形式和程度的混合感染,使感染猪腹泻病情加剧。故需进一步加强几种猪腹泻病毒在本地区猪群中流行情况调查和遗传变异规律研究,为制定更具针对性的防控措施提供依据。【结论】本研究成功建立了一种同时检测PEDV野毒、PDCoV、SADS-CoV和GARV、PTV多基因型的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR,为猪腹泻病的快速鉴别诊断和流行病学调查提供了一种高效灵敏的工具。

柑橘黄脉病毒一步法RT-PCR快速检测技术探究

本研究通过对柑橘黄脉病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)的三基因盒基因、病毒外壳蛋白基因及23 K基因序列分析并设计出7对引物,对引物特异性和灵敏度进行比较,筛选出能够应用于实验室一步法RT-PCR快速检测CYVCV的引物,由此建立起针对CYVCV一步法RT-PCR快速检测体系。结果表明:引物对TGB1-F/R能从柑橘总RNA稀释160000倍(0.004 ng·μL^(-1))的稀释液中检测出CYVCV,利用该体系对607份田间随机样品进行检测,CYVCV的感染率为10.05%,说明该体系可靠稳定,适用于实验室里的大量检测;一步法RT-PCR获得CYVCV的TGB1、TGB2、TGB3、CP和23 K的特异性片段,片段序列长度分别为678、327、183、978和669 bp,通过克隆和测序结果比对显示,各片段与已报道的CYVCV病毒序列具有较高的同源性,同源性均在99%以上。

牛病毒性腹泻病毒分型一步法RT-PCR检测方法的建立及应用

为了建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型检测方法,并掌握长春地区BVDV的流行规律。本研究根据BVDV-1型和BVDV-2型的5’-UTR基因序列差异设计鉴别检测引物,经一步法RT-PCR反应条件的优化,建立了BVDV分型一步法RT-PCR检测方法,并应用该方法对长春地区采集的380份样品进行检测。结果表明:该方法最佳退火温度为51℃,最佳模板含量为5.7μg,检测牛肠道病毒(BEV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛轮状病毒(BRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)均为阴性;对BVDV-1型和BVDV-2型的检测灵敏度可以分别达到0.58 ng RNA和0.51 ng RNA,相对于病毒分离方法的符合率为92.31%,长春地区BVDV阳性率为24.21%,其中BVDV-1和BVDV-2阳性率分别为15.53%和7.37%。以上结果表明,本研究建立的BVDV分型一步法RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和准确性,长春地区BVDV的流行优势基因型为BVDV-1型。

一步法RT-PCR检测禽呼肠孤病毒的研究

根据已发表的禽呼肠孤病毒 (ARV)S1 1 3 3株S1基因序列 ,设计合成了一对扩增跨幅为 5 3 2bp的引物。这对引物对ARV标准株、分离株以及人工感染SPF鸡跗关节组织抽提的核酸进行一步法RT_PCR扩增 ,即将反转录和PCR反应在一个PCR反应管中一次性完成。结果该方法对ARV 4个标准株和 5个分离株的扩增均获得了与预期大小一致的RT_PCR产物 ,而对照样品的扩增全为阴性 ;该方法最低可检测到 0 .1 6ng的ARVRNA ,还可以直接从感染鸡关节组织抽提的核酸中检测到ARVRNA。表明该一步法RT_PCR对于ARV的检测是可行的。

鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR检测方法的建立和应用

鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)是一种新发现可引起鸭产蛋下降的新型黄病毒,建立一种病原学检测方法对于疫病的诊断和流行病学研究具有重要意义。在对DTMUV序列的比对分析的基础上,设计了1对特异性引物,通过优化PCR反应条件,建立了DTMUV的一步法RT-PCR检测方法。该方法具有特异、快速、敏感、准确等特点,可以检出1.82个TCID50的病毒核酸。对2010年至2011年6月份前的106份产蛋下降鸭群临床病料进行了检测,结果显示样品阳性率为46.2%,表明DTMUV在浙江及其周边省份的产蛋鸭群具有较高的感染率。

利用一步法RT-PCR检测柑橘裂皮病类病毒

柑橘裂皮病(CEVd)是限制柑橘产量的一种重要类病毒病害,国内外已经建立了多种方法检测该病害的病原。本研究初步建立了快速灵敏检测CEVd的一步法RTPCR技术。经过与生物学鉴定和双向聚丙烯酰胺凝胶电泳(sPAGE)方法的比较检测,表明该RTPCR方法检测周期短,灵敏度高,有利于对类病毒在春季和冬季浓度低时进行快速准确的检测。应用该技术对大量田间寄主进行了检测。

鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立鸭坦布苏病毒(DTMUV)的检测方法,本研究根据GenBank中登录的DTMUV E基因保守区域设计引物和探针,建立了检测DTMUV的一步法RT-PCR和荧光定量RT-PCR方法,并比较了两种方法的敏感性和特异性。结果显示,荧光定量RT-PCR标准曲线的相关系数(R^2)为0.999,DTMUV RNA在10~2拷贝/μL^10~7拷贝/μL范围内与Ct值呈现良好的线性关系;两种方法均仅对DTMUV RNA具有特异性扩增,而对其他常见鸭病原核酸的扩增均为阴性,具有较强的特异性;一步法RT-PCR对鸭胚纯培养病毒RNA的检测下限为10~3拷贝/μL,而荧光定量RT-PCR的检测下限为10~2拷贝/μL;重复性试验的变异系数均小于1.5%。对20份模拟临床样品的检测结果表明,一步法RT-PCR的阳性率为75%(15/20),而荧光定量RT-PCR的阳性率为90%(18/20)。本研究表明所建立的DTMUV荧光定量RT-PCR特异性强、重复性好、敏感性更高,更适用于DTMUV的临床诊断和流行病学调查。

猪瘟病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

本研究根据NCBI公布的猪瘟病毒石门毒株的E2基因序列,设计、合成了1对检测猪瘟病毒E2基因的RT-PCR引物。自疑似猪瘟病料及接猪瘟F114毒的PK-15细胞中提取总RNA,经一步法RT-PCR扩增E2基因。建立了猪瘟病毒E2基因RT-PCR检测方法,RT-PCR从26份疑似猪瘟病料中检出阳性病料24份,阳性检出率为92.3%;结果表明,建立的RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于CSFV的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。

小反刍兽疫一步法RT-PCR检测方法的建立

为储备小反刍兽疫疫情防控技术,根据GenBank公布的小反刍兽疫病毒N基因序列设计合成特异性引物,以小反刍兽疫弱毒疫苗为材料,建立小反刍兽疫病毒一步法PT-PCR检测方法,并对所建方法进行条件优化和性能评价。结果显示,建立的方法能有效扩增大小约447bp目的基因片段。该一步法RT-PCR最佳模板质量浓度为6.76×10-3 g/L,最佳退火温度60℃。该一步法RT-PCR检测方法性能评价结果显示,其最小模板检出质量浓度为6.76×10-6 g/L,且方法具良好的特异性和临床应用性,可用于小反刍兽疫多种样本的检测。

牛流行热病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

根据NCBI上公布的牛流行热病毒G基因序列设计、合成了一对检测牛流行热病毒G基因的RT-PCR引物,以牛流行热疫苗为模板,建立了牛流行热的RT-PCR检测方法,经扩增得到大小799bp的片段。该方法具有良好的特异性、敏感性,能扩增出含量为9.576pg的BEFV RNA。从17份疑似牛流行热病毒感染的牛全血中检测出阳性病例5份,经测序后证明为牛流行热病毒G基因片段。结果表明,建立的一步法RT-PCR方法简便易行,可用于牛流行热的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。

H6亚型禽流感病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

为快速检测临床样品中的H6亚型禽流感病毒(AIV),本研究通过分析流感数据库中H6亚型的HA基因,在HA保守区设计一对引物,建立一种用于扩增H6亚型禽流感病毒HA基因的一步法RT-PCR检测方法,扩增片段为327 bp。采用该方法对H6亚型AIV的尿囊液10倍倍比稀释样品进行检测,结果显示最低检出量为102.5EID50/mL。用该方法检测其他亚型AIV和鸡新城疫病毒等病原均为阴性,具有良好的特异性。对H6 AIV人工感染鸡的咽喉、泄殖腔棉拭子样品进行一步法RT-PCR检测,并与病毒分离进行比较,显示该方法对棉拭子的检测极限可达102.5EID50/mL,同时利用该方法及病毒分离对临床样品进行检测,两者检测结果一致。实验结果表明该RT-PCR方法具有较好的特异性、敏感性,可以应用于临床样品的实验室检测。

猪流行性腹泻病毒一步法RT-PCR检测方法的建立与初步应用

猪流行性腹泻（PED）在全球的大流行给养猪业造成重大经济损失,为快速特异地检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）,本研究根据PEDV N基因保守序列设计合成引物,通过对RT-PCR反应体系和反应条件优化,建立了一步法RT-PCR检测PEDV的方法。结果显示,该方法检测敏感性达2 016拷贝/μl;对猪传染性胃肠炎病毒、猪A群轮状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒等检测结果均为阴性,具有良好的特异性;批内变异系数为1.14%~2.15%,批间变异系数为2.46%,具有良好的重复性。应用该方法对辽宁省93份临诊病料进行了检测,样品阳性率为69.89%（65/93）,为PED的快速诊断和流行病学调查提供了有效的技术手段。

RT-PCR和实时荧光RT-PCR一步法检测大豆中菜豆荚斑驳病毒

针对进口大豆的菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)检测,建立了一步法RT-PCR和一步法实时荧光RT-PCR检测方法。依据BPMV的外壳蛋白编码基因设计了特异引物和特异Taqman探针,特异引物的扩增片段约为500bp,阳性质粒的实时荧光PCR方法的检测下限为20fg/μL,是一步法RT-PCR方法的100倍,检测时间由约8 h缩短至4 h。种脐灰色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阳性,种脐黑色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阴性。

运用一步法RT-PCR检测柑橘鳞皮病毒及其在橘橙不同部位中的全年分布

2005年5月到2006年4月逐月采样,运用一步法RT-PCR检测Citrus psorosis virus(CPV)在Dweet橘橙苗木叶片和枝皮中的分布。保存在控温温室中的Dweet橘橙病株中老叶、老皮、嫩叶和嫩皮全年都可以检测出CPV;保存在网室中的Dweet橘橙病株中老叶、老皮全年均能检测到CPV,而夏梢的嫩叶、嫩皮不能稳定地检测出CPV,春、秋梢的嫩叶、嫩皮均可检测到CPV,表明一步法RT-PCR检测CPV最佳取样部位为老叶和老皮。

H5亚型禽流感病毒一步法复合RT-PCR检测方法的建立

针对近年来H5亚型禽流感(AI)频发的严峻形势,本研究通过分析GenBank中AI的221个HA基因和M基因序列,在保守区内用Oligo4.0软件设计合成2对引物,建立了能同时鉴别AIV型与亚型的一步法复合RT-PCR,其扩增的目的片段大小分别为372、229 bp。通过对AIV尿囊液和棉拭子浸出液进行不同稀释倍数检测,结果病毒在尿囊液最低检出量为10-4稀释。用病毒分离和该方法同时检测不同脏器、口咽及泄殖腔棉拭子样品,结果该方法检测灵敏度比病毒分离低10~100倍。用该方法检测H1~H15亚型AIV和鸡新城疫病毒等其他14种禽病毒,结果所有AIV均有M基因229 bp的目的条带,且仅H5亚型AIV有372 bp的特异性条带,而其他14种禽病毒无任何目的条带。

基因1型狂犬病病毒一步法荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的在我国狂犬病均由基因1型狂犬病病毒(rabies virus,RV)引起。本研究针对RV N基因保守序列设计并合成了一套简并引物和Taqman探针,在优化反应条件的基础上,建立了检测RV核酸的一步法荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法。方法与结果该方法能特异检测基因1型,不能检测基因2-7型和犬瘟热病毒(CDV)、犬细小病毒(CPV)、犬腺病病毒(CAV)、水泡性口炎病毒(VSV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)等5种非狂犬病病原体,其检测灵敏度可达到4.68个TCID50的病毒含量。用该方法对29份新鲜和5份腐败的临床犬脑组织样品进行检测,并与国际金标准确诊方法狂犬病荧光抗体染色法(FAT)和乳鼠脑内接种试验(MIT)及本实验室建立的套式RT-PCR方法进行比较。结果表明所建立的qRT-PCR与套式RT-PCR的符合率为100%,二者均检测出12份阳性的新鲜样品和5份阳性的腐败样品,而FAT只检测出12份阳性的新鲜样品和1份阳性的腐败样品,MIT只检测出12份阳性,未检测出阳性腐败样品。检测中FAT和MIT确诊的所有阳性样品在qRT-PCR检测均是阳性,而在FAT检测为阴性的4份腐败样品在qRT-PCR为阳性,说明所建立的qRT-PCR方法准确性达到了FAT和MIT的水平,而且灵敏度更高,更适合于腐败样品的检测。结论研究结果表明该qRT-PCR方法特异性好、灵敏度高、污染率低、操作简单,在我国动物狂犬病临床诊断上具有巨大的应用价值。