柑橘3种病毒类病原多重RT-PCR检测技术的建立及应用

【目的】建立柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid,HSVd)的多重RT-PCR检测体系。【方法】设计多重RT-PCR引物,分析其特异性,确定其最佳浓度比、最适退火温度及灵敏度,在此基础上对福建地区的柑橘样品进行检测。【结果】确定了CYVCV-F/R、CTV-F/R和HSVd-F/R等3对引物的最佳浓度比例为1∶1∶2,最适退火温度为52.9℃,灵敏度结果显示该体系可检测模板稀释到10^(-2)的阳性样品。应用该体系对采自福建部分地区的157份柑橘样品进行检测,结果发现,CYVCV、CTV和HSVd的检出率分别为47.1%、56.7%和22.9%。【结论】成功建立了柑橘CYVCV、CTV和HSVd病原的多重RT-PCR检测方法,为该类病害的检测提供准确、快速的检测方法。

多重PCR检测技术和传统培养法在食源性致病菌检测中的应用分析

本文通过应用多重PCR检测技术及传统的细菌培养法检测食源性致病菌中常见病原菌特异性基因,分析非标法多重PCR技术和国标传统细菌培养法的阳性检出情况,进而探讨多重PCR检测技术联合传统培养法检测对提高食品中致病菌检测效率所发挥的作用。该研究结果表明,传统培养法食源性致病菌总检出率为2.67%,多重PCR法总检出率为8.00%,多重PCR反应技术的食源性致病菌检出率略高于细菌培养法(P<0.05),因此联合应用多重PCR检测技术和传统细菌培养法可提高食源性致病菌检测效率。

西番莲3种病毒多重RT-PCR检测方法的建立与应用

【目的】西番莲是一种具有很高经济价值的热带和亚热带水果,但无性繁殖方式导致病毒病成为西番莲产业发展的严重威胁。为了更好地监控田间西番莲病毒病的发生,特开展本研究,以期建立针对西番莲夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV)、东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)和黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)的多重RT-PCR检测方法。【方法】根据已在GenBank上登记的3种病毒CP基因的保守序列,分别设计了针对TeMV、EAPV和CMV的3对特异性检测引物,通过试验确定了引物浓度、循环数、退火温度等条件,从而获得优化的多重RT-PCR反应体系,并验证了多重RTPCR的检测灵敏度,然后应用优化体系对广西田间采集的40个西番莲叶片样品进行3种病毒的检测。【结果】通过优化筛选,在20μL的PCR反应体系中实现了西番莲TeMV、EAPV、CMV 3种病毒的多重检测,最优反应条件是引物体积TeMV和EAPV各2μL、CMV3μL,循环数35次,退火温度54.9℃;验证结果表明,检测灵敏度最高可达10^(4)拷贝/μL。检测结果表明,3对特异性检测引物的扩增产物大小分别为496 bp、279 bp、157 bp。对西番莲叶片样品病毒进行检测的结果表明,TeMV、EAPV和CMV的检测结果分别是97.5%(39/40),95%(38/40)和2.5%(1/40),而用单一RT-PCR的检测结果分别是100%(40/40),95%(38/40)和2.5%(1/40),多重RT-PCR检测结果和单一RT-PCR检测结果的符合度为99.16%(119/120)。同时,TeMV和EAPV倾向于复合侵染,其复合侵染率高达95%(38/40)。【结论】本研究建立了西番莲病毒多重RT-PCR检测的优化体系,能够同时快速、灵敏和可靠地检测TeMV、EAPV和CMV,为这3种西番莲病毒田间控制、检疫规划和诊断提供了基础。

液相芯片多重检测技术在临床检验应用的研究进展

液相芯片多重检测技术是一种利用混悬在液相中的分类编码微球作为反应及信号检测载体的多重检测技术,它充分利用发展成熟的流式细胞术检测原理,能对临床大多数生物分子(如核酸、蛋白质等)进行高通量分析。该技术目前已在医学检验应用研究中广泛使用。本文着重归纳了液相芯片多重检测技术在呼吸系统、消化系统、生殖系统、神经系统、内分泌系统、泌尿系统、运动系统等各大系统疾病与核酸、蛋白质检测方面的临床检验应用研究,发现其性能高,有可观的应用前景。此外,将液相芯片多重检测技术与ELISA法、PCR法等传统方法进行比较后,发现液相芯片多重检测技术具有线性范围好、高通量、检测速度快、灵敏度高、特异性强、准确性高等优点,表明该技术更适用于临床疾病指标的筛查。

多重聚合酶链式反应-毛细管电泳技术检测5种食源性致病菌

目的利用多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)-毛细管电泳技术,构建一种快速检测沙门氏菌、大肠埃希氏菌O157:H7、单核细胞增生李斯特氏菌、金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌的方法。方法针对5种食源性致病菌,选择保守性较好的致病基因设计特异性多重PCR引物,利用毛细管电泳成像分析多重PCR产物。通过对PCR及电泳条件进行优化,建立5种食源性致病菌的多重PCR-毛细管电泳检测方法,并对其特异性、灵敏度进行研究。结果5对引物特异性良好,均未出现非特异性扩增,多重PCR最佳引物浓度为0.2μmol/L,最佳退火温度为56.0℃,毛细管电泳最佳分离模式为AM900,灵敏度较高,检测灵敏度可达到5×10^(-3) ng/μL。结论本研究建立的多重PCR-毛细管电泳方法用于检测5种食源性致病菌,操作简便、特异性和灵敏度高,在食源性致病菌检验中具有较好的实用价值。

4种食源性致病菌多重PCR检测体系的建立及其在乳品检测中的应用

食源性致病菌是通过食物进入人体引起食物中毒和诱发疾病的有害微生物,严重威胁着人类健康和环境安全,为了预防和控制食源性疾病的发生,有效对策之一是对食品中的病原微生物进行安全检测。本研究采用一种多重聚合酶链式反应法(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)快速检测乳品中4种食源性致病菌,结果表明,选取单核细胞增生李斯特氏菌prfA基因、蜡样芽胞杆菌gyrB基因、鼠伤寒沙门氏菌invA基因、大肠埃希氏菌O157∶H7 stx2A基因的保守序列设计4对引物,在优化的PCR反应体系和退火温度58℃下,PCR扩增表现出良好的特异性,分别扩增出274、221、482、108 bp条带,无非特异性扩增,4种病原菌检出限达到10~100 CFU/mL;对17份人工染菌牛奶样品进行检测,检出结果与国标培养法完全一致。该研究结果为快速、高效、准确地检测出乳品中单核细胞增生李斯特氏菌、蜡样芽胞杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、大肠埃希氏菌O157∶H7提供了一种实用方法,也为其他食源性致病菌的快速检测提供了思路。

葡萄病毒病多重RT-PCR检测技术体系优化分析

在确立葡萄卷叶病毒Ⅲ和扇叶病毒RT-PCR优化体系基础上,研究了多重PCR的主要成分:dNTPS、TaqDNA聚合酶、MgCl2对PCR反应的影响,从而确立了GLRaVⅢ、GFLV的多重RT-PCR检测体系。研究结果表明,多重PCR反应体系中TaqDNA聚合酶的用量较单重PCR反应体系要低,而且可降低成本和缩短检测时间。

马铃薯病毒PVY,PVS和PLRV多重RT-PCR检测

病毒是马铃薯生产过程中危害较大的一类病原,为快速检测出云南省马铃薯主要病毒种类,依据病毒外壳蛋白基因序列设计合成了马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯S病毒(PVS)、马铃薯卷叶病毒(PLRV)的特异性引物,从退火温度、最低检测浓度、热反应循环条件、病毒间的模板及引物间的最佳组合浓度进行优化,建立了三重RT-PCR反应体系。结果表明:该优化体系可同步扩增出上述3种病毒,分别得到480 bp(PVY)、187 bp(PVS)、336 bp(PLRV)大小的扩增片段。优化的三重RT-PCR反应体系可快速、灵敏、简便的检测到单一或复合侵染的马铃薯病毒,有利于马铃薯病毒病的早期检测和防治,将为云南省马铃薯种苗脱毒、继代、田间植株的高产栽培等有重要实践作用。

马铃薯种苗复合感染病毒多重RT-PCR同步快速检测

基于马铃薯病毒ssRNA的快速制备方法,根据马铃薯病毒CP基因序列设计PVX、PVS、PVY和PLRV特异性引物对、P1基因序列设计PVA特异性引物对,建立了多重RT-PCR快速检测体系,可以同步检出复合侵染马铃薯种苗主要病毒,灵敏度比传统的ELISA至少高100倍.结合生物活性稳定剂研制的固相化检测试剂盒,已用于四川和重庆等省区的15个县市田间与苗圃248个马铃薯显症或无症样品的实际检测,表明四川和重庆地区2～3种马铃薯病毒往往复合侵染(PVX、PVA和PVS三种病毒复合侵染或PLRV和PVY二种病毒复合侵染).

以18S rRNA为内参照的多重RT-PCR检测3种百合病毒

本研究对多重PCR体系各成分和循环参数进行了摸索和优化,建立了以18S rRNA为内参照的同时检测3种百合病毒的多重RT-PCR体系,所检测的3种病毒是黄瓜花叶病毒(CMV)、百合斑驳病毒(LMoV)和百合无症病毒(LSV)。它们为侵染我国百合的主要病毒。在RT反应体系中加入3种病毒和18S rRNA的特异性反向引物的混合物,使反应体系中各反向引物终浓度均为0.5μmol/L,反转录酶(AMV)反转录合成各病毒和18S rRNA的互补第一链cDNAs。多重RT-PCR条件实验显示:将标准RT-PCR体系中的TaqHS DNA聚合酶量改为0.100 U/μL,Mg2+浓度改为4.0 mmol/L,各引物浓度选择0.2μmol/L,那么25个循环反应以上就能在一个反应管中以18S rRNA为内参照同时检测百合中的3种常见病毒。用该体系检测了10个百合样品,同时与32P同位素标记膜杂交检测作对照,结果显示,该检测体系检测灵敏度更高。

应用多重RT-PCR检测草莓斑驳病毒和草莓轻型黄边病毒

建立了多重RT-PCR同时检测草莓斑驳病毒(SMoV)和草莓轻型黄边病毒(SMYEV)的技术体系,对草莓田间植株和试管苗都可以有效进行检测。多重PCR引物根据引物之间的互补性及引物的Tm值进行筛选。适宜的PCR缓冲液的浓度为2×,退火温度为57℃,延伸温度为66℃。分别利用单一PCR和多重PCR对微茎尖培养获得的草莓品种宝交早生的11个株系进行了脱毒效果鉴定。

烟草中TMV、CMV和PVY多重RT-PCR检测体系的建立与应用

利用DNAMAN软件对GenBank数据库中已登录的烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaicvirus,CMV)和马铃薯Y病毒(Potato virusY,PVY)全基因组序列进行序列比对,选择最保守的区域,进行相应病毒的引物设计,建立了多重RT-PCR检测烟草中TMV、CMV和PVY的技术体系。对3条扩增片段进行回收、测序和BLAST比较,结果表明多重RT-PCR所扩增的片段序列均与预期设计序列相符,同源性均在98%以上。利用多重RT-PCR对广西区132个烟草病毒病样品进行检测分析,结果表明TMV检出率为91.7%,CMV检出率为18.2%,PVY检出率为55.3%。较单一的RT-PCR,具有简便、快速和经济的特点。与酶联免疫吸附法(Enzyme Linked Immunosorbent Assay,ELISA)相比,其检测限度高出ELISA的检测限度104级数,具有更高的特异性与准确性。该方法可以同步快速、特异地检测出烟草中TMV、CMV和PVY病毒的侵染。

柑橘黄龙病、裂皮病和衰退病病原的多重RT-PCR检测

建立了一种同时检测柑橘黄龙病病原类细菌(CandidatusLiberibacterasiaticus,HLB)、柑橘裂皮类病毒(Citrusexocortisviroid,CEVd)、柑橘衰退病病毒(Citrustristezavirus,CTV)的多重RT-PCR技术体系。运用根据3种病原核苷酸保守区序列设计的特异性引物,成功的对同一样品中的HLB、CEVd、CTV进行多重RT-PCR扩增,得到1160bp、371bp、273bp3条特异性大小与试验设计相符的条带。就影响多重PCR的主要因素引物浓度和退火温度进行了一系列优化,建立了能同时检测HLB、CEVd、CTV的多重RT-PCR技术体系。该体系最低能从10pg总RNA中检测出黄龙病类细菌和柑橘裂皮类病毒,从1pg总RNA中检测到柑橘衰退病毒。对采自田间37份材料的实际检测表明:存在两种或3种病原的复合侵染。

内标多重荧光RT-PCR同时检测肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型

[目的]为对当前爆发的手足口病进行快速准确的检测。[方法]本研究建立了含内标的同时检测EV71和CA16的多重荧光RT-PCR方法，对该方法的特异性、灵敏度等进行评估，并对400多份临床样品进行了检测。[结果]实验结果表明，该检测方法特异性强，对10株EV71病毒、8株CA16病毒和25株其他人类病毒进行了检测，特异性为100%；该检测方法对EV71和CA16的检测灵敏度分别达到0.1 TCID50和1 TCID50；将0.1-104TCID50/mL EV71和CA16样本进行重复性实验，其变异系数分别为0.9%-2.0%和0.9%-2.3%。对400多份临床样品分别进行荧光RT-PCR检测和传统方法检测，结果显示，荧光RT-PCR对EV71和CA16的阳性检出率平均为46.1%和14.2%，比传统方法（34.5%和12.8%）的阳性检测率高。另外，实验数据显示，在粪便、直肠拭子、咽喉拭子样本中，PCR抑制物存在的比例为1.8%-3.4%，表明内标对监控PCR抑制物的存在具有重要作用。[结论]本方法能同时对EV71和CA16进行快速检测，并且灵敏度高，特异性好，由于加入了内标，能有效地监控假阴性的出现，适合于手足口病的临床检测。

多重荧光RT-PCR同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒方法的建立

目的建立可同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的双重荧光RT-PCR快速检测方法,并应用于临床标本的检测。方法使用针对GI型和GⅡ型诺如病毒各亚型代表株保守序列设计的特异性引物和TaqMan探针,通过调整引物、探针浓度优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系。对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行评估,并对临床粪便标本进行检测,与已有的单重荧光RT-PCR方法进行比较。结果实验结果表明,该检测方法特异性强,对GⅠ型、GⅡ型诺如病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、甲型肝炎病毒进行检测,均无交叉反应;对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达1pg/mL和10pg/mL,并且重复性好;对101份临床标本分别用已有的单重荧光RT-PCR和本文建立的多重荧光RT-PCR进行检测,结果显示本文建立的多重荧光RT-PCR方法对GⅠ型诺如病毒的检测能力优于前者。结论本研究建立的多重荧光RT-PCR方法能同时对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒进行快速检测,并且灵敏度高,特异性好,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速检测。

不同外植体对草莓病毒脱除效果及病毒的多重RT-PCR检测

以草莓茎尖和花药为外植体,多重RT-PCR为检测方法研究了不同培养材料对3种草莓病毒,即斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、轻型黄边病毒(strawberry mild-yellow edge virus,SMYEV)和镶脉病毒(strawberry vein-band virus,SVBV)的脱除情况。结果表明,花药愈伤组织再生苗途径对3种病毒的脱除率为100%。而不同大小茎尖脱除病毒效果不同:0.2mm茎尖可完全脱除3种病毒,但成苗率低;0.5mm茎尖可有效脱除SMoV和SVBV,但对SMYEV脱除不彻底;0.5mm茎尖成苗率明显高于0.2mm茎尖,但较难脱除SMYEV。综合病毒脱除率和成苗率,对花药再生频率较高的草莓基因型(如红颊)可以采用花药愈伤组织再生途径进行病毒脱除,而对于花药再生困难的基因型可以考虑选用茎尖分生组织途径获取脱毒苗。

库尔勒香梨主要病毒多重RT-PCR检测技术研究

利用nad5基因作为内标系统,研究建立了库尔勒香梨上苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎沟病毒(ASGV)等的RT-PCR检测技术,在此基础上研究建立了库尔勒香梨多重RT-PCR内标检测系统。并对回收的特异片段进行了克隆、鉴定和测序。测序结果表明:库尔勒香梨上的ACLSV与GenBank中D14996序列(日本苹果上的 ACLSV分离物)中的6860-7536 bp片段有116个碱基的差异,序列相似性为83．75％;库尔勒香梨上的ASPV与GenBank 中D21828序列(德国梨脉黄病毒相关分离物)中的8869-9238 bp片段有72个碱基的差异,序列相似性为79．5％;库尔勒香梨上的ASGV与GenBank中AB004063序列(日本ASGV分离物)中的6039-6311 bp片段有21个碱基的差异,序列相似性为92．3％。

应用多重RT-PCR检测甘蔗黄叶病毒和高粱花叶病毒

建立了多重RT-PCR同时检测甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,ScYLV)和高粱花叶病毒病毒(Sorghummosaic virus,SrMV)的技术体系,该体系可有效地对甘蔗田间植株和试管苗进行检测。根据引物之间的互补性及引物的Tm值筛选多重PCR引物。确定适宜的PCR缓冲液的浓度为1×,退火温度为53℃,延伸温度为72℃。

3种甜樱桃病毒PNRSV、PDV及LChV-2的多重RT-PCR检测方法的建立与应用

【目的】建立可同时检测李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、樱桃小果病毒2(Little cherry virus-2,LChV-2)的多重RT-PCR检测方法。【方法】以复合感染3种病毒的甜樱桃病株叶片为材料,采用CTAB法提取样本总RNA,选用随机六聚体引物对植物样本总RNA进行反转录,所得cDNA作为多重RT-PCR的扩增模板。根据GenBank中PNRSV、PDV、LChV-2基因组序列共设计6对特异引物,分别通过单一RT-PCR和多重RT-PCR筛选出可用于同时检测3种甜樱桃病毒的引物组合。对多重RT-PCR的退火温度及循环数进行优化,以筛选出各引物组合的最适扩增条件。分别以单一感染PNRSV、PDV、LChV-2、复合感染3种病毒、单一感染樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)及甜樱桃无毒苗为样本,对多重RT-PCR引物的特异性进行分析。选取复合感染3种病毒的甜樱桃总RNA的反转录产物为初始模板,按照梯度稀释法依次将模板稀释为2、22、23、24、25倍,在相同PCR反应体系及反应条件下分别对各引物组合的灵敏度进行分析。多重RT-PCR的扩增条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接至pMD18-T vector,克隆测序,以验证多重RT-PCR检测的准确性。并应用该方法对山东泰安地区甜樱桃生产园中间隔栽培的中国樱桃进行检测。【结果】筛选到2个可以应用的引物组合,组合1"PNRSV-S1/A1、PDV-S2/A2、LChV2-S1/A1"可分别特异性地扩增733、467、337 bp的片段。组合2"PNRSV-S1/A1、PDV-S3/A3、LChV2-S1/A1"可分别扩增得到733、265、337 bp的片段。扩增产物大小与预期相符。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度52℃、35个循环条件下,2个引物组合的检测效果均较为理想。特异性分析结果显示,2个引物组合均能特异性检测其各自的靶病毒。灵敏度分析结果显示,2个引物组合在cDNA的23×稀释液中仍能特异性扩增,但扩增条带的强度稍有差异,其对植物总RNA的反转录产物的最低检测浓度为107.9 ng·μL-1。克隆测序及序列分析表明,2个引物组合对各自靶病毒的检测结果可靠。应用该方法对9个中国樱桃样本进行检测,结果显示,测试样品均至少感染了2种病毒,其中5个样品复合感染了3种病毒,2个样品同时感染PDV和LChV-2,2个样品同时感染PNRSV和LChV-2。【结论】应用建立的多重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏的同时检测单一或复合侵染的3种甜樱桃病毒。

侵染甘薯的SPCSV、SPVG、SPFMV多重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立可同时检测甘薯褪绿矮化病毒（SPCSV）、甘薯G病毒（SPVG）和甘薯羽状斑驳病毒（SPFMV）多重RT-PCR检测方法,本文根据SPCSV热激蛋白基因（hsp70）及SPVG、SPFMV外壳蛋白基因（CP）基因核苷酸序列的保守区域设计特异性引物,通过引物筛选,优化多重RT-PCR反应条件,建立了能同时检测SPCSV、SPVG和SPFMV 3种病毒的多重RT-PCR检测方法。该体系能有效扩增出大小为304、433、601 bp 3个特异性片段。测序结果表明3种病毒与参考序列的一致性达94%-99%。应用建立的多重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏地同时检测单一或复合侵染3种甘薯病毒,为甘薯脱毒和病毒病诊断奠定基础。