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基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究
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作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页
目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多
关键词 北苍术 关苍术 internal transcribed spacer 2(ITS2) sequence-related amplified polymorphism(SRAP) inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region dna(DAMD) sequence characterized amplified regions(SCAR)
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生姜二倍体与四倍体基因组DNA的RAPD和ISSR分析 被引量:7
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作者 王志敏 牛义 +1 位作者 汤青林 宋明 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期15-19,共5页
利用RAPD和ISSR标记对生姜二倍体和四倍体的遗传差异进行研究,结果表明:71个RAPD引物和14个ISSR引物对生姜二倍体和四倍体都扩增出了条带,其中有25个RAPD引物和7个ISSR引物在二倍体与四倍体之间扩增出了差异带,并且86%的ISSR引物序列为(... 利用RAPD和ISSR标记对生姜二倍体和四倍体的遗传差异进行研究,结果表明:71个RAPD引物和14个ISSR引物对生姜二倍体和四倍体都扩增出了条带,其中有25个RAPD引物和7个ISSR引物在二倍体与四倍体之间扩增出了差异带,并且86%的ISSR引物序列为(GA)或(AG)的简单重复序列.表明在用一定浓度秋水仙素诱导生姜体细胞染色体加倍过程中,会引起基因组DNA的核苷酸碱基序列的改变,并以腺嘌呤和鸟嘌呤组合的简单序列重复区间易形成新的结合位点. 展开更多
关键词 生姜 四倍体 RAPD ISSR 遗传差异
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42份高粱与苏丹草及其2个杂交种DNA指纹图谱的构建 被引量:15
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作者 詹秋文 李杰勤 +1 位作者 汪保华 李云飞 《草业学报》 CSCD 2008年第6期85-92,共8页
选用100个RAPD引物和95对SSR引物进行PCR扩增,旨在构建42份高粱和苏丹草品种资源及2份国审品种高粱-苏丹草杂交种的DNA指纹图谱。结果表明,从100个RAPD引物中筛选到9个多态性高、重复性好的引物,多态性条带比率为64.06%,利用4个核心RAP... 选用100个RAPD引物和95对SSR引物进行PCR扩增,旨在构建42份高粱和苏丹草品种资源及2份国审品种高粱-苏丹草杂交种的DNA指纹图谱。结果表明,从100个RAPD引物中筛选到9个多态性高、重复性好的引物,多态性条带比率为64.06%,利用4个核心RAPD引物可以为每份品种构建1张特定的数字指纹,并通过其中1个引物F-01构建了1张能鉴别2个杂交种的RAPD指纹图谱,不过该图谱不能区别皖草3号与其父本Sa。从95对SSR引物中筛选出多态性丰富的引物73对,多态性条带比率为86.06%,通过3对核心SSR引物就可以构建42份高粱和苏丹草的SSR数字指纹,同时利用其中1对SSR引物txp18,寻找到2个杂交种的互补带,从而构建了2个高粱-苏丹草杂交种的SSR指纹图谱,这张SSR指纹图谱不仅能鉴别皖草2号和3号,还可以把杂交种与其亲本区别开来。 展开更多
关键词 高粱 苏丹草 杂交种 RAPD SSR 指纹图谱
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Genetic analysis of selected Sargassum fusiforme (Harvey) Setchell (Sargassaceae, Phaeophyta) strains with RAPD and ISSR markers 被引量:3
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作者 YAO Jianting SHUAI Li +2 位作者 LI Shengyao XU Caolu WANG Xiuliang 《Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2019年第3期783-789,共7页
Since the 1980s,Sargassum fusiforme has been cultivated in Zhejiang,South China,and nowadays it becomes one of the important commercial seaweeds in China.With traditions of eating habits in the East Asian countries,th... Since the 1980s,Sargassum fusiforme has been cultivated in Zhejiang,South China,and nowadays it becomes one of the important commercial seaweeds in China.With traditions of eating habits in the East Asian countries,this brown alga is used as food,because it contained functional oligo/polysaccharides and chemical components,and was regarded playing roles in antioxidant activities and regulating immunology.Through over 15 years’selection,breeding and cultivation,we obtained three strains with good traits and testified their characters during the production,which included the cultivars with high yield and other two good characters,either all the selected strains were applied in the Sargassum production.To avoid confusion during the selection and nursery,it was preferred to establish one fingerprint for distinguishing the Sargassum cultivars from different strains.Random amplified polymorphic DNA(RAPD)and inter-simple sequence repeat(ISSR)methods were adopted to analyze the genetic diversities of the selected S.fusiforme strains.With that,one fingerprint with RAPD markers was constructed,and one sequence characterized amplifi ed region(SCAR)marker to S.fusiforme was obtained.It is indicated that the applied fingerprint could be valid in S.fusiforme genetic and germplasm justification,and will be positive to molecular marker assistance in its selection and cultivation. 展开更多
关键词 SARGASSUM fusiforme random amplified polymorphic dna(RAPD) inter-simple sequence repeat(ISSR) sequence characterized amplified region(SCAR) genetic analysis
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Genetic diversity and differentiation of pedunculate ( Quercus robur ) and sessile ( Q. petraea ) oaks 被引量:1
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作者 Girmantė Jurkšienė Oleg YuBaranov +2 位作者 Dmitry IKagan Olja A.Kovalevič-Razumova Virgilijus Baliuckas 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2020年第6期2445-2452,共8页
This study was conducted to determine the parent-off spring genetic structure of the pedunculate oak(Quercus robur L.),sessile oak(Q.petraea[Matt.]Liebl.)and their hybrids.Forty half-sib Quercus families and their mat... This study was conducted to determine the parent-off spring genetic structure of the pedunculate oak(Quercus robur L.),sessile oak(Q.petraea[Matt.]Liebl.)and their hybrids.Forty half-sib Quercus families and their maternal trees originating from one tree stand in southern Lithuania were analyzed using SSR and RAPD markers.Based on a preliminary study of leaf morphological traits,the individuals separated into six groups.The studied halfsib oak families were also compared for allelic diversity,including group variations;genotypic structure;genetic diversity;and the degree of genetic subdivision and diff erentiation.The level of genetic variation and subdivision was lower in the hybrid families than in the families of the parental species.Genotypic analysis of the half-sibling off spring showed the asymmetric nature of interspecifi c hybridization processes of pedunculate and sessile oaks in mixed stands. 展开更多
关键词 Half-sib families interspecifi c oak hybrids Microsatellites Off spring simple sequence repeats(SSRs) randomly amplifi ed polymorphic dna(RAPD)
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Analysis of Genetic Diversity among Wild and Cultivated Chickpea Genotypes Employing ISSR and RAPD Markers 被引量:1
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作者 Pramod Kumar Singh Himanshu Sharma +1 位作者 Nidhi Srivastava Sameer S. Bhagyawant 《American Journal of Plant Sciences》 2014年第5期676-682,共7页
Chickpea (Cicer airetinum L.) is an important and most preferred food legume in many parts of the world especially in the Indian sub-continent. Molecular analysis of chickpea using DNA technology has been carried out ... Chickpea (Cicer airetinum L.) is an important and most preferred food legume in many parts of the world especially in the Indian sub-continent. Molecular analysis of chickpea using DNA technology has been carried out to identify the diverse genetic base of the cultivars for selected preferential introductions as efficient edible elements. A few of these genetic stocks have been documented here to tap their genetic diversity. The status shows that the level of polymorphism in this species is low. Using PCR based markers, marker assisted selection of polymorphy is one of the established techniques. Here, this procedure has been employed to expedite gene/QTL pyramiding in the chickpea. The study presented here includes analysis of 12 germplasms of chickpea. Standard CTAB method has been performed, with certain modifications, to get better intensity and resolution of DNA bands. Extracted DNA, amplified with 41 RAPD and 21 ISSR primers are thereby tested to determine genetic diversity. The presentation discusses the results of chickpea germplasm diversity on the basis of these observations. 展开更多
关键词 CHICKPEA randomly amplified polymorphic dna and inter simple sequence repeats Genetic Diversity
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Genetic Variation in Picea mariana ×P. rubens Hybrid Populations Assessed with ISSR and RAPD Markers
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作者 Ramya Narendrula Kabwe Nkongolo 《American Journal of Plant Sciences》 2012年第6期731-737,共7页
Interspecific hybridization can result in significant shifts in allele frequencies. The objective of the present study was to assess the level of genetic variation in populations of P. mariana × P. rubens hybrids... Interspecific hybridization can result in significant shifts in allele frequencies. The objective of the present study was to assess the level of genetic variation in populations of P. mariana × P. rubens hybrids derived from artificial crosses. Progenies from backcross populations created through a series of controlled pollinations among P. mariana and P. rubens trees across the hybridization index were analyzed. Several Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) primers were used to amplify genomic DNA samples from each population. ISSR primers produced from 30% to 52% polymorphic loci. The level of polymorphism was higher with RAPD markers, ranging from 57% to 76%. Overall, the two marker systems generated similar levels of polymorphic loci for P. mariana and P. rubens populations. No significant differences were found among the P. mariana × P. rubens populations analyzed and between the hybrids and the parental populations regardless of the molecular marker used. This confirms the genetic closeness of P. mariana and P. rubens species. 展开更多
关键词 PICEA MARIANA PICEA RUBENS interSPECIFIC Hybrids inter simple sequence Repeat Random amplified polymorphic dna
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Sprouted Sorghum Extract Elicits Coleoptile Emergence, Enhances Shoot and Root Acclimatization, and Maintains Genetic Fidelity in indica Rice
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作者 Subramanian Radhesh KRISHNAN Pandiyan MUTHURAMALINGAM +3 位作者 Subramani PANDIAN Ramachandradoss BANUPRIYA Gunasekar CHITHRA Manikandan RAMESH 《Rice science》 SCIE CSCD 2018年第2期61-72,共12页
The high growth-stimulating effect of plant extract has urged the plant biotechnologists to use natural supplements in the culture media instead of synthetic phytohormones. We advocated the effect of sprouted sorghum ... The high growth-stimulating effect of plant extract has urged the plant biotechnologists to use natural supplements in the culture media instead of synthetic phytohormones. We advocated the effect of sprouted sorghum extract(SSE) on emergence, in vitro acclimatization, and genetic fidelity in coleoptile derived callus of indica rice variety ADT36. The use of SSE with Murashige Skoog medium efficiently acclimatized the root and shoot apical systems. A higher mat and seminal roots(3.4 g biomass) with an efficient shoot primordium elongation were observed with an increase in the concentration of SSE. Seeds treated with SSE medium showed higher germination and earlier coleoptile maturation about 48 h compared to untreated seeds, and there was a higher expression of e EF-1α with an increase in coleoptile length. B5 medium was effective on inducing embryogenic and nodular callus from 3-day-old coleoptile with 3.0 mg/L 2,4-dichlorophenoxyacetic acid and further proliferated effectively with 0.8 mg/L kinetin with a fresh weight of 180 mg. Highly significant regeneration was observed with combination of 2.5 mg/L 6-benzylamino purine and 3.0 mg/L α-naphthaleneacetic acid. The metabolic and genetic profiles of in vitro and directly cultivated plants were the same, examined through Fourier-transform infrared spectroscopy, random amplified polymorphic DNA(RAPD), inter-simple sequence repeat(ISSR) and R-ISSR(combination of RAPD and ISSR) markers, respectively, and thus confirming the significant efficacy of the SSE incorporated medium. Disarmed T-DNA was transformed to coleoptile derived callus through Agrobacterium tumefaciens LBA4404 and confirmed by GUS assay. The T-DNA integration was confirmed by DNA blot analysis using DNA from transient GUS-expressed explants. Thus, SSE can be used as a natural and organic supplement for organogenesis and efficient acclimatizations of shoot and root apical meristems in regenerated plants. 展开更多
关键词 CALLUS induction COLEOPTILE Oryza sativa random amplified polymorphic dna inter-simple sequence repeat regeneration tissue culture
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应用ISSR与SRAP分析烟草种质资源遗传多样性及遗传演化关系 被引量:29
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作者 祁建民 梁景霞 +5 位作者 陈美霞 徐建堂 牛小平 周东新 王涛 陈顺辉 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1425-1434,共10页
应用ISSR与SRAP两种分子标记,研究国内外96份烟草种质的遗传多样性及不同栽培类型种质的遗传演化关系。表明烟属种间具有丰富的遗传多样性,种间的遗传相似性(GS)在0.28~0.58之间,遗传分化系数(Gst)为0.83。普通栽培种品种间遗传多样性... 应用ISSR与SRAP两种分子标记,研究国内外96份烟草种质的遗传多样性及不同栽培类型种质的遗传演化关系。表明烟属种间具有丰富的遗传多样性,种间的遗传相似性(GS)在0.28~0.58之间,遗传分化系数(Gst)为0.83。普通栽培种品种间遗传多样性水平较低,品种间的遗传相似性在0.61~0.99之间,栽培种内的遗传多样性为烤烟>晒晾烟>白肋烟>香料烟。当相似系数在0.67作切割线时,基于2种标记的96份烟草种质资源的聚类结果显示:(1)普通烟草栽培品种材料91份聚在同一大类,而黄花烟、黏烟草、浅波烟草、哥西氏烟草、香甜烟草5个种也分别为单独的个类,同普通烟草栽培种类群完全区别开来;(2)从进化上看,烤烟和晒晾烟间的遗传进化关系最近,香料烟和黄花烟之间的亲缘关系较远;普通烟草栽培种中国内外来源的烟草品种亲缘关系极其相近,遗传分化现象甚微;(3)2种分子标记虽然原理不同,但分析结果趋势相近(r=0.68,P=1.000)。 展开更多
关键词 烟草 ISSR SRAP 遗传多样性 遗传演化
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石蒜属植物遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较研究 被引量:18
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作者 袁菊红 孙视 +2 位作者 彭峰 冯煦 夏冰 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1555-1561,共7页
目的研究石蒜属4种植物的种间亲缘关系和同一种内不同采集地材料的遗传多样性,为其种质资源评价和合理开发利用提供分子佐证。方法用ISSR和RAPD标记分别对不同采集地的37份石蒜属植物(石蒜18份、中国石蒜10份、换锦花5份、忽地笑4份)的... 目的研究石蒜属4种植物的种间亲缘关系和同一种内不同采集地材料的遗传多样性,为其种质资源评价和合理开发利用提供分子佐证。方法用ISSR和RAPD标记分别对不同采集地的37份石蒜属植物(石蒜18份、中国石蒜10份、换锦花5份、忽地笑4份)的基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果(1)16条ISSR和17条RAPD引物分别扩增出229和215条带,多态比率分别为85.59%和69.77%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(2)ISSR和RAPD标记检测同组供试材料种间或种内的Nei′s遗传相似系数范围分别为0.5459~0.9345,0.6419~1.0000,平均为0.6836,0.7428。两者相关系数r=0.8582,达极显著水平。(3)ISSR和RAPD标记的分子聚类结果相近,两种标记均能准确地把不同来源的材料先按种聚类,种间的分子分类结果与传统经典分类相符;种内不同采集地材料间存在一定的遗传差异,其遗传多样性较为丰富。(4)用POPGENE3.2分析的种间基因分化系数(Gst)与用AMOVA进行的遗传变异巢式方差分析所得结果基本一致。结论两种标记均可用于石蒜属植物种间亲缘关系与种内的遗传多样性研究,虽然ISSR标记在种间遗传多样性检测上分辨力较RAPD标记低,但ISSR标记能检测到更高的种内遗传差异性,更适合种下水平的遗传多样性研究。 展开更多
关键词 石蒜属 RAPD ISSR 种间差异 遗传多样性
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基于RAPD和SSR分子标记的家蚕部分实用品种多态性及其亲缘关系分析 被引量:11
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作者 姜振 蔡明文 +2 位作者 徐世清 房丽秀 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期157-164,共8页
分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位... 分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位点比例72.96%,品种间的遗传距离在0.157~0.352之间。采用32条SSR引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的片段数为86条,其中多态性带80条,多态性位点比例93.02%,遗传距离在0.214~0.600之间。对12个家蚕品种的2种分子标记的单独聚类结果表现出一定差异,但均把12个品种分为中系、日系两大类,其中7532和湘晖、871和57B的亲缘关系较近,而传统分类于中系品种东34却聚类于日系,但又独立于其余6个日系品种。结合RAPD标记和SSR标记的12个品种间的遗传距离与聚类结果,更能准确地从分子水平上反映品种间的亲缘关系及其来源,是家蚕杂交育种亲本选择的依据。 展开更多
关键词 家蚕实用品种 dna多态性 随机扩增多态性dna 简单重复序列
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四倍体栽培棉种产量和纤维品质性状的QTL定位(英文) 被引量:22
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作者 吴茂清 张献龙 +1 位作者 聂以春 贺道华 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期443-452,共10页
陆地棉和海岛棉是两个不同的四倍体栽培种 ,但在生产上各有其特点 ,陆地棉丰产性强 ,海岛棉纤维品质优良 ,利用其种间杂交群体定位产量和品质性状的QTL ,对于分子标记辅助的海岛棉优质纤维向陆地棉转移很有意义。以SSR和RAPD为分子标记 ... 陆地棉和海岛棉是两个不同的四倍体栽培种 ,但在生产上各有其特点 ,陆地棉丰产性强 ,海岛棉纤维品质优良 ,利用其种间杂交群体定位产量和品质性状的QTL ,对于分子标记辅助的海岛棉优质纤维向陆地棉转移很有意义。以SSR和RAPD为分子标记 ,陆地棉与海岛棉杂种 (邯郸 2 0 8×Pima90 )F2 群体为作图群体 ,构建了一张含 12 6个标记的遗传图谱 ,包括 6 8个SSR标记和 5 8个RAPD标记 ,可分为 2 9个连锁群 ,标记间平均距离为 13 7cM ,总长1717 0cM ,覆盖棉花总基因组约 34 34% ;以遗传图 12 6个标记为基础 ,对F2 :3 家系符合正态分布的 10个农艺性状及纤维品质性状进行全基因组QTL扫描 ,结果发现 2 9个QTL分别与产量和品质性状有关。其中与衣指、籽指、皮棉产量、子棉产量、衣分等产量性状相关的QTL分别有 1、3、5、6和 1个 ,与纤维长度、整齐度、强度、伸长率和马克隆值等品质性状相关的QTL分别有 2、4、2、4和 1个。各QTL解释的变异量在 12 4 2 %~ 47 0 1%之间。其中比强度有关的 2个QTL能够解释的表型变异率分别为 34 15 %和 13 86 %。 展开更多
关键词 陆地棉 海岛棉 SSR RAPD 连锁图 QTL
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用SSR-PCR和RAPD技术研究中国不同地域旋毛虫株的遗传变异 被引量:17
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作者 李莉 牛安欧 +1 位作者 刘蓉 方正明 《中国人兽共患病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第9期757-761,共5页
目的 对中国不同地域的旋毛虫株基因组DNA进行多态性分析 ,并为其种及种下分类提供依据。方法 采用微卫星锚定PCR(SSR PCR)及随机扩增多态性DNA技术 (RAPD)对我国 6旋毛虫株基因组DNA进行PCR扩增 ,根据扩增产物电泳条带情况进行SAS分... 目的 对中国不同地域的旋毛虫株基因组DNA进行多态性分析 ,并为其种及种下分类提供依据。方法 采用微卫星锚定PCR(SSR PCR)及随机扩增多态性DNA技术 (RAPD)对我国 6旋毛虫株基因组DNA进行PCR扩增 ,根据扩增产物电泳条带情况进行SAS分析 ,计算遗传距离并构建进化树。结果 T3、T7与国内各地域株间遗传距离均大于 0 85 ;湖北株与天津株、黑龙江株与云南株之间的遗传距离均小于 0 2。河南株与前 4株的遗传距离在SSR PCR小于 0 3,在RAPD小于0 6。结论 中国 6株旋毛虫在基因水平可分为不同层次的 3类 :a 湖北株、天津株为一类 ;b 黑龙江株、云南株为一类 ;c 不明株与河南株归为一类或者不明株归为a类中。国内 6株归属于T1。此外 ,国际标准株T3。 展开更多
关键词 旋毛虫 遗传变异 RAPD SSR-PCR 种株
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11份山茶属植物亲缘关系的ISSR分析 被引量:18
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作者 刘海龙 马锦林 +4 位作者 张日清 王东雪 覃子海 汪灵丹 叶航 《经济林研究》 北大核心 2012年第4期87-90,共4页
为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距... 为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距离为0.42时,11份山茶属植物可分为4类,第1类为5个普通油茶的无性系,即:湘林27、桂无5号、赣190、岑软2号和岑软24号;第2类为宛田红花油茶;第3类为陆川大果和博白大果油茶;第4类为香花油茶。根据研究结果可以推测香花油茶不属于普通油茶。 展开更多
关键词 山茶属 亲缘关系 简单重复序列区间(ISSR) 扩增多态性
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四川省不同地区梁山慈竹RAPD与ISSR遗传多样性研究 被引量:9
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作者 蒋瑶 胡尚连 +4 位作者 陈其兵 卢学琴 李益 曹颖 孙霞 《福建林学院学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期276-280,共5页
应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列区间(ISSR)对四川省6个不同地区梁山慈竹进行遗传多样性分析。研究表明,筛选出的6个RAPD引物扩增出多态性条带57条,多态性高达95%;筛选出的6个ISSR引物扩增出多态性条带34条,多态性为58.64%... 应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列区间(ISSR)对四川省6个不同地区梁山慈竹进行遗传多样性分析。研究表明,筛选出的6个RAPD引物扩增出多态性条带57条,多态性高达95%;筛选出的6个ISSR引物扩增出多态性条带34条,多态性为58.64%。利用Popgen32软件进行聚类分析,结果表明,聚类结果可区分不同地区的梁山慈竹,其遗传距离分别为0.2657-0.9589和0.1092-0.5639,且树状聚类图分类总体趋势一致,表明RAPD和ISSR分子标记结合是一种在DNA水平上有效地检测梁山慈竹遗传结构的优良方法。 展开更多
关键词 梁山慈竹 遗传多样性 RAPD ISSR 四川
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山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较 被引量:12
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作者 李元春 沈林 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期505-512,共8页
以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mm... 以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。 展开更多
关键词 经济林学 山核桃 相关序列扩增多态性(SRAP) 随机扩增多态性dna(RAPD) 简单序列重复区间(ISSR)
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西藏近缘野生大麦RAPD和ISSR分子标记的遗传多样性 被引量:15
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作者 汪爱华 丁毅 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期723-730,共8页
采用随机扩增多态性分析(RAPD)和简单序列重复区间分析(ISSR)分子标记对110份青藏高原近缘野生大麦材料进行了遗传多样性分析.分别选取30条RAPD引物和10条ISSR引物进行PCR分析.结果表明30条RAPD引物共扩增出195条带,其中多态性位点比率... 采用随机扩增多态性分析(RAPD)和简单序列重复区间分析(ISSR)分子标记对110份青藏高原近缘野生大麦材料进行了遗传多样性分析.分别选取30条RAPD引物和10条ISSR引物进行PCR分析.结果表明30条RAPD引物共扩增出195条带,其中多态性位点比率为93.33%;10条ISSR引物共扩增出93条带,其中多态性位点比率为98.92%;研究证明ISSR标记能检测出比RAPD标记更多的遗传多态性.利用POPGNEN32软件对RAPD和ISSR结果进行遗传一致性系数分析,表明各居群的遗传相似性较高.利用算术平均的非加权成对分组法(UPGMA法)对RAPD标记和ISSR标记结果构建西藏近缘野生大麦聚类树状图,可将7个供试大麦居群聚为2组:一组包含所有来自西藏的居群,在ISSR树状图中阿里地区除外;而青海地区的聚为另外一组.结果表明,西藏地区近缘野生大麦具有较高的遗传多样性,为进一步证明西藏是大麦的起源中心之一的理论积累了有益的资料. 展开更多
关键词 西藏近缘野生大麦 RAPD ISSR 遗传多样性 起源中心
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高羊茅单株耐热性相关分子标记的筛选及其与越夏性的关系研究 被引量:10
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作者 陈群 袁晓君 何亚丽 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期84-95,共12页
筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性... 筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性和越夏性鉴定。运用简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)分子标记技术,采用改良的集团分离分析法(modified bulked segregant analysis,BSA),从800个RAPD和100个ISSR分子标记中筛选与耐热性相关分子标记,并研究其与单株越夏性的关系。结果表明,单株的耐热性与越夏性的相关程度较低(决定系数为3.4%);引物351扩增的750bp条带(351-T750)与耐热性显著相关,而引物138扩增的950bp条带(138-T950)则与耐热性和越夏性均显著相关。可以推论,耐热性强和/或越夏性强单株材料需要分别在人工高温和夏季田间自然条件下加以鉴定筛选;351-T750可应用于耐热性强单株的辅助选择,而138-T950则可以用于耐热性强与越夏性强单株的辅助选择。 展开更多
关键词 高羊茅 耐热性 越夏性 简单重复序列区间分子标记(ISSR) 随机扩增多态性dna(RAPD) 集团分离分析法(BSA)
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23株酿酒酵母ISSR指纹图谱分析及SCAR标记的建立
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作者 栾春艳 李晓玲 +2 位作者 郑国斌 姚娟 王健 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期163-167,共5页
目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据... 目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据。方法:在简单重复序列间多态性(inter-simple sequence repeat,ISSR)指纹数据分析基础上进行聚类分析并对菌种进行分类鉴定,同时将酿酒酵母菌株9号和15号中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR分子标记。结果:构建23株酿酒酵母的ISSR指纹图谱,并在相似系数为0.85水平上将23个供试菌株分为3大类,其中,1、2、4、7、15、16、17、19、20、21、23聚为第一类;10、11、12、13、14、18号菌株聚为第二类且10号和11号菌为同一菌株;3、5、6、8、9、22号菌聚为第三类且属于同一菌株。此外,利用所获得的2个特异性条带成功转化为序列特异性扩增区分子标记。结论:在生产上酿酒酵母菌株遗传背景差异不大,常存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR分子标记技术快速鉴定酿酒酵母菌株在工业生产上具有重要意义。 展开更多
关键词 酿酒酵母菌 简单重复序列间多态性 dna指纹图谱 序列特异性扩增区
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温度对相同引种地三个秋茄居群遗传多样性的影响 被引量:2
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作者 杨娟 马小伟 +5 位作者 章宏琼 周云 宋佳楠 朱忆思梦 张洪勤 施孟如 《杭州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第6期544-549,共6页
秋茄是世界分布最北的红树植物,研究温度对其遗传多样性的影响有助于阐明其抗冻机制.文章同时应用RAPD和ISSR分子标记技术,对3个不同纬度地区秋茄居群的遗传多样性和遗传分化进行分析,根据RAPD和ISSR数据计算遗传距离并进行聚类分析.2... 秋茄是世界分布最北的红树植物,研究温度对其遗传多样性的影响有助于阐明其抗冻机制.文章同时应用RAPD和ISSR分子标记技术,对3个不同纬度地区秋茄居群的遗传多样性和遗传分化进行分析,根据RAPD和ISSR数据计算遗传距离并进行聚类分析.2种方法均显示3个居群分为2大支:西门岛和象山港两居群之间遗传距离最小,两者之间的遗传一致度最大,首先聚为一类;漳江口和象山港居群之间的遗传距离最大,两者之间的遗传一致度最小,因此单独为一支.由于温度的原因对引种的秋茄进行了筛选,导致遗传多样性减少. 展开更多
关键词 秋茄 RAPD ISSR 遗传多样性
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