采用X射线衍射解析人鸟嘌呤核苷酸解离刺激因子(RalGDS)Ras结合结构域的空间结构

Ras结合结构域(RBD)是鸟嘌呤核苷酸解离刺激因子(Ral GDS)家族成员C-端的高保守区,通过它连接Ras和Ras相关蛋白。利用Red Wings和SGC-1 screens相关的悬滴法设盘结晶,按体积比1∶1加蛋白液到含1∶100胞内蛋白酶Glu-C(w/w)的结晶溶液(2 mol/L(NH4)2SO4,0.2 mol/L Na Ac,0.1 mol/L HEPES,5%MPD,p H 7.5)中,晶体3天长成可组装大小。利用X-射线晶体衍射技术解析了人Ral GDS的Ras结合域(Ral GDS-RBD)的晶体结构,对比鼠和人Ral GDS-RBD,主要是Ras结合区的C-端不同。人Ral GDS-RBD通过Glu838和Glu840在Ral GDS和Ras蛋白间形成氢键,而在同一位点,鼠Ral GDS-RBD通过Asp820和Asp822形成氢键。人Ral GDS-RBD结构中含ββαββαβ-型三维结构的泛素样构象,一个单体的C-端残基与相邻单体的β折叠形成平行βββββ结构。

非小细胞肺癌患者血浆 RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK、PTPRO 基因甲基化状态观察

目的观察非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆抑癌基因runt相关转录因子3(RUNX3)、ras相关结构域家族基因1A(RASSF1A)、3-0-硫基转移酶-2(3-OST-2)、死亡相关蛋白激酶(DAPK)、膜结合受体型蛋白酪氨酸磷酸酶O(PTPRO)等基因启动子区域的甲基化状态。方法采用甲基化特异PCR技术对63例NSCLC患者血浆中RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK、PTPRO基因是否甲基化进行观察,并以25例健康人作对照。结果 NSCLC患者血浆中甲基化RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK、PTPRO基因检出率分别为46.0%、50.8%、26.9%、34.9%、41.3%;健康人血浆中甲基化PTPRO基因检出率为12.0%,而甲基化RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK均未检出;两者甲基化RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK、PTPRO基因检出率相比,P均<0.05。NSCLC患者血浆中上述5种甲基化基因联合检测的敏感度为88.9%、特异度为88.0%。血浆甲基化RUNX3基因检出率与NSCLC的病理类型、临床分期以及分化程度有关(P均<0.05);甲基化RASSF1A基因检出率与NSCLC的分化程度有关(P<0.05)。结论 NSCLC患者血浆中甲基化RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK、PTPRO基因检出率明显高于健康人。联合检测血浆中甲基化RUNX3、RASSF1A、3-OST-2、DAPK、PTPRO基因有可能会有助于NSCLC的早期诊断及其生物学行为的判断。

猪δ冠状病毒RBD蛋白多肽抗体的制备与鉴定

【目的】设计合成猪δ冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)受体结合结构域(receptor binding domain,RBD)的抗原表位,制备并鉴定多克隆抗体。【方法】为了特异性检测PDCoV RBD抗原,应用生物信息学技术预测其潜在抗原表位,将表位氨基酸序列与δ冠状病毒属中的其他15株病毒株以及14株其他猪冠状病毒株进行相似性比对,将筛选的优势抗原表位与载体蛋白血蓝蛋白(keyhole limpet hemocyanin,KLH)偶联,合成多肽并免疫小鼠,制备PDCoV RBD特异性抗体。通过Western blotting试验对不同系统表达的PDCoV RBD以及PDCoV、TGEV和PEDV感染ST细胞表达的S蛋白进行鉴定,通过间接ELISA方法测定抗体效价。【结果】经序列比对,利用生物信息学技术预测合成的表位抗原与δ冠状病毒属中的其他15株病毒株(0~14.28%)以及14株其他猪冠状病毒株(0~7.14%)序列相似性非常低,具有良好的保守性;Western blotting结果显示,制备的多肽抗体1∶500、1∶1000、1∶2000倍比稀释后均能特异性识别转染pcDNA3.1-PDR-Strep的Expi293F表达的PDCoV RBD蛋白、杆状病毒感染SF9细胞表达的PDCoV RBD蛋白,1∶1000稀释后能够检测到PDCoV感染ST细胞表达的PDCoV S蛋白,而在TGEV和PEDV感染的细胞中未检测到特异性蛋白的表达;ELISA检测抗血清中多肽特异性抗体的效价可以达到1∶12800。【结论】利用生物信息学技术成功预测PDCoV RBD蛋白抗原表位,免疫后获得的抗体具有较好的特异性。

SARS-CoV-2广谱中和抗体性质鉴定

目的:对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)广谱中和抗体XMA09进行性质鉴定,探究其广谱中和突变株的潜在机制,为SARS-CoV-2的疫苗设计与广谱中和抗体筛选提供参考。方法:通过ExpiCHO真核表达系统与Protein A层析柱表达纯化XMA09蛋白;冷冻电镜技术确定XMA09识别的受体结构域(RBD)上的关键氨基酸位点;间接ELISA与表面等离子共振(SPR)技术检测XMA09对SARS-CoV-2及其突变株Spike蛋白的亲和力;采用基于水疱性口炎病毒(VSV)的假病毒系统检测XMA09对SARS-CoV-2野生型及突变株的中和能力。结果:本研究发现XMA09识别的表位较为保守,对多种突变株Spike蛋白均具有强结合能力,能广谱中和关切突变株(VOCs),包括广泛流行的Omicron亚突变株BA.4/5。结论:XMA09是SARS-CoV-2广谱中和抗体,具有作为SARS-CoV-2治疗性抗体的潜力,并可为SARS-CoV-2的广谱疫苗设计与抗体药物开发提供参考意义。

RBD+ODC及其突变体融合表达质粒的构建和表达验证

目的构建RBD+ODC及其突变体融合表达质粒,并进行验证。方法选取Ras下游效应分子Raf-1中能够与K-Ras蛋白相互作用的RBD+CRD氨基酸片段作为结合结构域,以ODC蛋白分子全长作为功能结构域。以正常人胰腺组织的c DNA为模板扩增相应的目的基因片段,应用分子克隆的方法通过在引物中引入GS片段使结合结构域和功能结构域相连并通过双轮PCR法在ODC功能位点引入突变,所获得的核苷酸片段均连入pc DNA3.1真核表达载体中。结果与结论经测序和Western Bolt验证,成功构建了RBD+ODC及突变体RBD+ODC的重组质粒,2种质粒均能够在人HEK293T细胞中正常表达。

用酵母单杂交系统筛选人IL-2Rα基因NIRS元件结合蛋白的cDNA

目的筛选与白细胞介素2受体(IL2R)α基因NIRS元件相互作用的结合蛋白。方法采用酵母单杂交体系从HTLV1转化的人外周血淋巴细胞MATCHMAKERcDNA文库中筛选与NIRS相互作用的蛋白。结果经过筛选并排除假阳性后有9个阳性克隆仍保持His+表型和βgal活性;测序后分析发现它们分别属于4个不同蛋白的cDNA克隆。其中一个是已知的反式作用因子Ku抗原,另一个是RNA聚合酶Ⅰ的转录终止因子。它们的C末端分别含有SAP和SANTDNA结合结构域。结论在Jurkat细胞中存在与NIRS元件相互作用的结合蛋白,相关的研究正在进行中。

结直肠癌组织中RREB1和ANKRD1的表达与临床病理特征和预后的相关性研究

目的探讨结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织ras反应元件结合蛋白1(ras-responsive element binding protein 1,RREB1),ankyrin重复结构域1(ankyrin repeat domain 1,ANKRD1)的表达及与临床病理特征和预后不良的关系。方法选取2013年1月~2016年12月复旦大学附属中山医院厦门医院收治的105例CRC患者,应用免疫组织化学SP法检测CRC患者癌组织和癌旁组织RREB1和ANKRD1蛋白表达,分析RREB1和ANKRD1蛋白表达与患者临床病理特征的关系,患者均随访5年,比较不同RREB1和ANKRD1表达患者的预后情况,并分析CRC患者预后不良的影响因素。采用Spearman相关系数分析RREB1与ANKRD1表达的相关性。结果CRC癌组织RREB1蛋白阳性率(59.05%)显著高于癌旁组织(27.61%),差异有统计学意义(χ^(2)=21.120,P=0.000)。CRC癌组织ANKRD1蛋白阳性率(31.43%)显著低于癌旁组织(60.95%),差异有统计学意义(χ^(2)=18.410,P=0.000)。TNM分期Ⅲ期、淋巴结转移N1~N2患者RREB1蛋白阳性率高于TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、淋巴结转移N0患者,差异有统计学意义(χ^(2)=4.263,8.199,均P<0.05)。TNM分期Ⅲ期、淋巴结转移N1~N2患者ANKRD1蛋白阳性率低于TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、淋巴结转移N0患者,差异有统计学意义(χ^(2)=5.515,7.411,均P<0.05)。RREB1高表达组5年生存率(54.84%)低于RREB1低表达组(74.42%),差异有统计学意义(χ^(2)=5.459,P=0.020);ANKRD1高表达组的5年生存率(78.79%)高于ANKRD1低表达组(55.56%),差异有统计学意义(χ^(2)=5.130,P=0.024)。RREB1高表达(HR=2.437,95%CI:1.113~4.684)、ANKRD1低表达(HR=0.573,95%CI:0.185~1.952)、TNM分期Ⅲ期(HR=2.202,95%CI:1.357~4.215)和淋巴结转移N1~N2(HR=1.247,95%CI:1.532~4.368)是CRC患者预后不良的危险因素(均P<0.05)。Spearman秩相关分析结果,CRC癌组织中RREB1与ANKRD1表达呈负相关(r=-0.389,P=0.036)。结论CRC癌组织中RREB1表达升高,而ANKRD1表达降低,二者共同参与CRC的发生发展,有望成为评估CRC患者预后的组织肿瘤标志物。

脓毒症急性肺损伤患者RhoA/ROCK1和NF-κB/NLRP3信号通路及其下游信号分子的变化

目的 分析Ras同源基因家族成员A(RhoA)/Rho激酶1(ROCK1)、核因子κB(NF-κB)/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)信号通路及其下游信号分子在脓毒症患者急性肺损伤(ALI)中的变化。方法 回顾性分析海口市第四人民医院2018年1月-2020年12月122例脓毒症患者临床资料,其中41例并发ALI(ALI组),81例无ALI(非ALI组),并纳入32名健康体检者作为对照组。脓毒症患者均于入院24 h内收集外周静脉血标本,对照组则收集体检当日外周静脉血。比较3组外周血单个核细胞(PBMCs)NF-κB、NLRP3信使核糖核酸(mRNA)表达水平,并记录NF-κB/NLRP3信号通路上游基因(RhoA、ROCK1)、下游基因[半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶-1(caspase-1)]mRNA表达水平及下游炎症因子[白细胞介素-1β(IL-1β)、IL-18];根据肺损伤预测评分(LIPS)将41例并发ALI的脓毒症患者分为LIPS≥7分组,LIPS<7分组,比较两组上述基因mRNA、炎症因子水平,并评估脓毒症并发ALI患者LIPS评分与上述基因mRNA、炎症因子表达水平的相关性。结果 ALI组LIPS评分高于非ALI组(P<0.05)。ALI组与非ALI组PBMCs NF-κB、NLRP3、RhoA、ROCK1、caspase-1 mRNA相对表达水平及血清IL-1β、IL-18高于对照组(P<0.05),ALI组高于非ALI组(P<0.05)。脓毒症并发ALI患者中,LIPS≥7分组PBMCs NF-κB、NLRP3、RhoA、ROCK1、caspase-1 mRNA相对表达水平及血清IL-1β、IL-18高于LIPS<7分组(P<0.05);Pearson相关性分析显示,LIPS评分与上述各基因mRNA及炎症因子均呈正相关(r=0.389、0.472、0.511、0.539、0.518、0.469、0.457,P均<0.05)。结论 Rho/ROCK、NF-κB/NLRP3信号通路及其下游信号分子可能共同参与了脓毒症ALI的发生发展,临床可针对该发生机制探寻治疗新方向。