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Optimization of SRAP-PCR System of Triticum aestivum——Based on Orthogonal Design 被引量:2
1
作者 艾鹏飞 武玉芬 魏景芳 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第3期366-368,374,共4页
[Objective] The aim was to optimize the technical procedure of SRAP-PCR in Triticum aestivum L. [Method] The orthogonal design L16(45) was used to optimize SRAP-PCR amplification system of wheat Fengyou 68 on five f... [Objective] The aim was to optimize the technical procedure of SRAP-PCR in Triticum aestivum L. [Method] The orthogonal design L16(45) was used to optimize SRAP-PCR amplification system of wheat Fengyou 68 on five factors (Taq polymerase,Mg2+,DNA template,dNTPs and primer) at four levels. [Result] Effects of the five factors on SRAP-PCR reaction system were Mg2+Taq polymerasedNTPsDNA templateprimer. Finally,an optimal SRAP-PCR system was established,that was the total 20 μl reaction system containing 2.0 μl 10×PCR Buffer,2.0 U Taq polymerase,2.0 mmol/L Mg2+,0.2 mmol/L dNTPs,40 ng DNA template and 0.6 μmol/L primer. [Conclusion] The optimum SRAP-PCR system had provided some technical foundations to conduct SRAP genetic analysis for wheat varieties. 展开更多
关键词 WHEAT srap orthogonal design optimization
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利用正交设计优化烟草SRAP反应体系 被引量:30
2
作者 陈万胜 王元英 +3 位作者 罗成刚 杨爱国 蒋彩虹 范静苑 《分子植物育种》 CAS CSCD 2008年第1期177-182,共6页
利用正交设计L16(45)对烟草SRAP-PCR反应体系的五因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)在四个水平上进行优化试验,PCR结果用统计软件SPSSV13.0分析,得出如下结论:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中Taq酶量影响最大;筛选... 利用正交设计L16(45)对烟草SRAP-PCR反应体系的五因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)在四个水平上进行优化试验,PCR结果用统计软件SPSSV13.0分析,得出如下结论:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中Taq酶量影响最大;筛选出各反应因素的最佳水平,建立烟草SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:Taq酶1.0U,Mg2+1.5mmol/L,模板DNA30.00 ̄120.00ng,dNTP0.1mmol/L,引物0.40μmol/L。最后,应用烟草SRAP-PCR最佳反应体系对PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了筛选,得出SRAP-PCR扩增以52℃退火温度、35个循环次数为最佳。这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对烟草进行基础研究提供了一个标准化的程序。 展开更多
关键词 烟草 srap 正交设计 优化
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正交设计优化假俭草SRAP-PCR反应体系及引物筛选 被引量:42
3
作者 郑轶琦 王志勇 +2 位作者 郭海林 薛丹丹 刘建秀 《草业学报》 CSCD 2008年第4期110-117,共8页
以假俭草叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg2+、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4种因素3个水平,对假俭草SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA对扩增效果的影响,建立了假俭草的SRAP最佳反应体系。结果表明,假俭草SRAP-PCR最佳... 以假俭草叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg2+、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4种因素3个水平,对假俭草SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA对扩增效果的影响,建立了假俭草的SRAP最佳反应体系。结果表明,假俭草SRAP-PCR最佳反应体系为:2μL 10×PCR buffer、60 ng模板DNA、Mg2+1.50 mmol/L、dNTP 260μmol/L、引物0.25μmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U,总体积为20μL。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以Mg2+浓度影响最大,Taq DNA聚合酶的影响最小。运用该体系对4份假俭草种源进行验证,证明该体系稳定可靠,并从45个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的26个引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为今后利用SRAP标记技术进行假俭草分子遗传学研究提供了科学依据。 展开更多
关键词 假俭草 srap标记 正交试验设计 体系优化 引物筛选
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油茶SRAP-PCR反应体系的优化 被引量:14
4
作者 郑婷婷 林萍 +2 位作者 王开良 姚小华 杨水平 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2010年第2期302-307,共6页
Camellia oleifera is one of the important oil tree species in south China,and C.oleifera industry is quickly developed with the support of the national policies in recent years.The disorder of C.oleifera varieties is ... Camellia oleifera is one of the important oil tree species in south China,and C.oleifera industry is quickly developed with the support of the national policies in recent years.The disorder of C.oleifera varieties is one of the key issues restricting the development of C.oleifera industry.Because of high polymorphism,good repeatability,less use of DNA and so on,SRAP as a new marker was used in identification of cultivars,analysis of genetic resources and genetic diversity in recent years.In this paper,the orthogonal design was used to optimize SRAP-PCR system for C.oleifera by 5 factors(Mg2+,dNTPs,primer,Taq polymerase,DNA template) and 4 levels,respectively.The data were analyzed by software SPSS V13.0.A suitable SRAP-PCR system(20 μL) was established as: 75 ng DNA template,1.5 mmol·L-1 Mg2+,0.15 mmol·L-1 dNTPs,1U Taq DNA polymerase,0.4 μmol·L-1 primer,1×PCR buffer.The result of optimal SRAP-PCR system will provide a foundation for the identification of C.oleifera cultivars. 展开更多
关键词 油茶 srap 正交设计 体系优化
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正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选 被引量:9
5
作者 周坤华 方荣 +2 位作者 陈学军 缪南生 王悟亮 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期595-600,632,共7页
以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:TaqDNA聚合酶0.75 U、Mg2+0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、... 以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:TaqDNA聚合酶0.75 U、Mg2+0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10μL。运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合。该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据。 展开更多
关键词 辣椒 srap 正交设计 体系优化 引物筛选
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结缕草属植物SRAP-PCR体系的建立和优化 被引量:17
6
作者 薛丹丹 郑轶琦 +3 位作者 王志勇 郭海林 陈宣 刘建秀 《草业学报》 CSCD 2008年第6期93-101,共9页
以SDS法提取的结缕草属植物叶片DNA为模板,分别采用单因子试验和正交设计试验2种方法,对影响结缕草属植物SRAP-PCR的Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA五个因素进行优化试验。单因子试验分别研究各因素在多水平条件下对SRAP-PC... 以SDS法提取的结缕草属植物叶片DNA为模板,分别采用单因子试验和正交设计试验2种方法,对影响结缕草属植物SRAP-PCR的Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA五个因素进行优化试验。单因子试验分别研究各因素在多水平条件下对SRAP-PCR反应体系的影响,得到最佳反应条件。正交设计采用L16(45)方案,综合考虑各因素间的相互作用,通过直观分析法获得各影响因素的最佳反应水平。根据4对引物对6份结缕草属植物材料扩增结果的验证比较,2种方法所获得的最佳反应体系存在一定的差异。通过综合比较和分析2种方法的优化体系扩增出的条带数、多态性条带数及多态性比率,最终建立了结缕草属植物SRAP-PCR的最佳反应体系:Mg2+2.00 mmol/L、dNTP 220μmol/L、引物0.20μmol/L、Taq DNA聚合酶0.50 U、模板DNA 60 ng、2μL 10×buffer,总体积为20μL。这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术进行结缕草属植物遗传多样性、种质鉴定、遗传连锁图谱及亲缘关系分析等方面的研究提供了科学的依据。 展开更多
关键词 结缕草属植物 srap标记 单因子试验 正交设计 体系优化
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苦瓜SRAP反应体系的建立与优化 被引量:19
7
作者 郭大龙 吴正景 +2 位作者 郑玉萍 韩璐 齐庆智 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第18期7583-7585,共3页
[目的]分子标记技术的快速发展为在DNA水平上估计苦瓜种质的遗传差异提供了更准确、更高效的方法。[方法]采用正交试验设计,对影响苦瓜SRAP反应体系的5种因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq聚合酶及模板DNA)4个水平进行优化筛选。[结果]确立... [目的]分子标记技术的快速发展为在DNA水平上估计苦瓜种质的遗传差异提供了更准确、更高效的方法。[方法]采用正交试验设计,对影响苦瓜SRAP反应体系的5种因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq聚合酶及模板DNA)4个水平进行优化筛选。[结果]确立了适合苦瓜SRAP分析的优化反应体系,即1×buffer,1.0 ng/μl模板DNA,1.5 mmol/L Mg2+,0.3 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L引物,0.075 U/μlTaq聚合酶,总体积20μl。[结论]优化的SRAP-PCR反应体系的建立为利用SRAP技术进行苦瓜种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。 展开更多
关键词 srap 苦瓜 正交设计 优化
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苦楝SRAP-PCR反应体系的建立及优化 被引量:7
8
作者 陈丽君 刘明骞 +2 位作者 廖柏勇 邓小梅 陈晓阳 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期104-108,共5页
【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、dNTPs、Mg^2+、引物和TaqDNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.【方法】采用单因素试验... 【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、dNTPs、Mg^2+、引物和TaqDNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.【方法】采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平,确定浓度范围后进行L16(4^5)正交试验设计,并对结果进行打分,确定优化体系.【结果和结论】SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高,有一个较宽的浓度适宜范围;dNTPs在0.1~0.2mmol·L^-1范围内,能扩增出条带基本相同的清晰谱带;Mg^2+为2.0mmol·L^-1左右时扩增条带较清晰且数量多;引物介于0.48~0.64μmol·L^-1均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带;TaqDNA聚合酶在0.50~2.00U范围内可以得到清晰的带型.根据正交试验设计16个处理的得分,确定优化的反应体系为:模板DNA 30ng、dNTPs0.125mmol·L^-1、Mg^2+ 2.25mmol·L^-1、引物0.48μmol·L^-1、TaqDNA聚合酶0.75U,反应总体积25μL. 展开更多
关键词 苦楝 srap-PCR 体系优化 正交试验设计
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SRAP在西藏木瓜属种质资源研究中的应用 被引量:8
9
作者 夏永秀 曾秀丽 +3 位作者 廖明安 潘光堂 龚君华 次仁卓嘎 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1014-1018,共5页
利用正交设计,首次对西藏木瓜属植物SRAP-PCR反应体系中的引物浓度、Taq酶、dNTPs、模板DNA、Mg2+在4个水平上进行优化,建立了木瓜属植物SRAP-PCR反应的最佳体系:25μL反应体系中,含10×buffer2.5μL,引物浓度0.4μmol·L-1,Taq... 利用正交设计,首次对西藏木瓜属植物SRAP-PCR反应体系中的引物浓度、Taq酶、dNTPs、模板DNA、Mg2+在4个水平上进行优化,建立了木瓜属植物SRAP-PCR反应的最佳体系:25μL反应体系中,含10×buffer2.5μL,引物浓度0.4μmol·L-1,Taq酶1.0U,dNTPs浓度0.3mmol·L-1,模板DNA70ng,Mg2+浓度2.0mmol·L-1。用引物组合M1E7和M3E18检验上述优化体系,结果显示该体系具有较高稳定性。在此基础上,用筛选的28对SRAP引物组合对21份西藏野生木瓜资源总DNA进行SRAP-PCR扩增,共检测出420个位点,其中多态性位点数363个,多态性位点百分率为86.67%。为此,SRAP分子标记可用于木瓜属植物遗传多样性的研究。 展开更多
关键词 木瓜 srap 反应体系 正交设计 优化
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正交优化芒果SRAP扩增体系及引物筛选 被引量:8
10
作者 应东山 罗海燕 +4 位作者 王明 李莉萍 王琴飞 朱敏 陈业渊 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第4期700-705,共6页
利用正交实验设计,对芒果SRAP-PCR反应的5因素(Mg2+、dNTPs、模板DNA、引物和Taq DNA聚合酶)4水平的扩增效果进行研究,确立适合芒果SRAP-PCR反应的最佳体系。总体积25μL的SRAP-PCR优化的最佳反应体系中含有:2.5μL 10×buffer、20... 利用正交实验设计,对芒果SRAP-PCR反应的5因素(Mg2+、dNTPs、模板DNA、引物和Taq DNA聚合酶)4水平的扩增效果进行研究,确立适合芒果SRAP-PCR反应的最佳体系。总体积25μL的SRAP-PCR优化的最佳反应体系中含有:2.5μL 10×buffer、20 ng模板DNA、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、0.4μmo1/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U。并运用该体系从153对引物组合中初步筛选出50对SRAP引物组合。建立的SRAP标记可为芒果遗传多样性、分子标记及辅助育种等提供研究基础。 展开更多
关键词 芒果 srap 正交设计 体系优化
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荷花SRAP-PCR反应体系的优化与确立 被引量:15
11
作者 孙祖霞 刘兆磊 +3 位作者 陈素梅 陈发棣 楼望淮 郭海林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期53-58,共6页
以荷花(Nelumbo nucifera Gaertn)品种‘新红’叶片为材料,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素进行了优化,并确立了适用于荷花SRAP-PCR的最佳反应体系。结果表明:荷花的... 以荷花(Nelumbo nucifera Gaertn)品种‘新红’叶片为材料,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素进行了优化,并确立了适用于荷花SRAP-PCR的最佳反应体系。结果表明:荷花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应总体积10μL,包含2.0 mmol.L-1 Mg2+、300μmol.L-1 dNTPs、0.5 UTaqDNA聚合酶、4μmol.L-1上下游引物、50 ng DNA及10×PCR Buffer。各因素水平变化对反应体系影响由大到小依次为:TaqDNA聚合酶、Mg2+、引物、dNTPs、DNA。用48个荷花品种对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了条带清晰、多态性丰富的扩增图谱,证实了该体系的稳定性和适应性。 展开更多
关键词 荷花 srap-PCR 正交试验设计 反应体系优化
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桃SRAP-PCR反应体系的建立与优化 被引量:13
12
作者 史红丽 韩明玉 赵彩平 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第B10期201-204,共4页
建立适宜桃基因组DNA的SRAP-PCR扩增体系,为桃基因图谱的构建和分子标记打下基础。以桃基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从dNTPs、Mg2+、Taq酶、引物、模板5种因素4个水平对桃SRAP-PCR反应体系进行优化,所建立的体系为25μL:dNTPs为0.... 建立适宜桃基因组DNA的SRAP-PCR扩增体系,为桃基因图谱的构建和分子标记打下基础。以桃基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从dNTPs、Mg2+、Taq酶、引物、模板5种因素4个水平对桃SRAP-PCR反应体系进行优化,所建立的体系为25μL:dNTPs为0.12 mmol/L,Mg2+为4 mmol/L,Taq酶2 U,引物为0.3 mmol/L,模板DNA50ng。PCR反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性l min,35℃复性l min,72℃延伸l min,5个循环;94℃变性l min,50℃复性l min,72℃延伸l min,35个循环,72℃延伸10 min。 展开更多
关键词 srap 优化 正交试验
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花生SRAP-PCR反应体系的正交设计优化 被引量:6
13
作者 邹小云 邹晓芬 +4 位作者 陈伦林 李书宇 张建模 陈志才 宋来强 《分子植物育种》 CAS CSCD 2010年第4期822-826,共5页
本研究利用正交设计L16(45)对花生SRAP-PCR反应体系的5因素(引物,Taq酶,Mg2+,模板DNA和dNTP)在4水平上进行优化试验,结果表明,各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中引物浓度的影响最大;最佳反应体系20μL包含:引物0.4μmol... 本研究利用正交设计L16(45)对花生SRAP-PCR反应体系的5因素(引物,Taq酶,Mg2+,模板DNA和dNTP)在4水平上进行优化试验,结果表明,各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中引物浓度的影响最大;最佳反应体系20μL包含:引物0.4μmol/L,Taq酶1U,Mg2+2.5mmol/L,模板DNA30ng,dNTP0.2mmol/L,不足部分以ddH2O补足。这一体系的建立为今后利用SRAP标记技术对花生进行分子遗传学基础研究提供了有力的支持。 展开更多
关键词 花生 srap 正交设计 体系优化
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苦瓜抗白粉病SRAP标记筛选的PCR体系优化与验证 被引量:6
14
作者 米军红 尚小红 +6 位作者 周生茂 车江旅 黄如葵 梁任繁 文俊丽 郭元元 梁和 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期898-902,共5页
【目的】优化苦瓜抗白粉病SRAP标记的PCR体系,为获得苦瓜抗白粉病的SRAP分子标记、加快苦瓜抗白粉病新品种的选育提供参考。【方法】采用正交设计L16(45),在已有SRAP-PCR扩增程序基础上,以苦瓜抗、感白粉病的父母本及其杂交后代基因组DN... 【目的】优化苦瓜抗白粉病SRAP标记的PCR体系,为获得苦瓜抗白粉病的SRAP分子标记、加快苦瓜抗白粉病新品种的选育提供参考。【方法】采用正交设计L16(45),在已有SRAP-PCR扩增程序基础上,以苦瓜抗、感白粉病的父母本及其杂交后代基因组DNA为模板,用4对SRAP引物对模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物、TaqDNA聚合酶等5个因素浓度进行优化组合和验证。【结果】提取的苦瓜基因组DNA纯度较好,无蛋白质、RNA等物质污染,其纯度和完整性较好。利用引物对ME9-EM11进行PCR扩增,16个不同因素组合处理在苦瓜父本MC18和母本MC1-2的基因组DNA间的扩增结果有明显差异,其中以处理3的SRAP-PCR体系(20.0μL:DNA5.0ng/μL、dNTP0.05mmol/L、Mg2+2.5mmol/L、引物0.6μmol/L、TaqDNA聚合酶0.088U/μL)获得较清晰、较多的扩增条带。用4对引物对验证优化的SRAP-PCR体系,其重复性好,不同苦瓜材料间无明显的多态性。【结论】优化的SRAP-PCR体系适用于苦瓜抗白粉病SRAP分子标记的筛选。 展开更多
关键词 苦瓜 srap-PCR 体系优化 筛选 验证
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利用正交设计优化番茄SRAP-PCR反应体系 被引量:6
15
作者 郭彩杰 侯丽霞 +1 位作者 崔娜 韩明利 《中国蔬菜》 北大核心 2011年第2期48-52,共5页
以番茄耐低温材料抗寒0号和不耐低温番青的F2为材料,利用正交试验设计对SRAP-PCR反应体系中的5因素(模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶)在4个水平上进行正交优化试验。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大... 以番茄耐低温材料抗寒0号和不耐低温番青的F2为材料,利用正交试验设计对SRAP-PCR反应体系中的5因素(模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶)在4个水平上进行正交优化试验。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:引物>TaqDNA聚合酶>dNTPs>模板DNA>Mg2+。建立番茄耐低温SRAP-PCR的20μL最佳反应体系为:模板DNA为15ng、引物浓度0.75μmol·L-1、Mg2+浓度2.0mmol·L-1、dNTPs浓度0.125mmol·L-1、TaqDNA聚合酶1.0U。 展开更多
关键词 番茄 正交设计 优化 srap
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利用正交设计优化一品红SRAP反应体系 被引量:9
16
作者 姜维华 陶俊 +1 位作者 冯立国 苏家乐 《苏州科技学院学报(自然科学版)》 CAS 2009年第1期48-52,共5页
运用L16(45)正交设计对影响一品红SRAP反应的5个因素(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用DPSV3.01软件分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>引物>dNTPs>DN... 运用L16(45)正交设计对影响一品红SRAP反应的5个因素(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用DPSV3.01软件分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>引物>dNTPs>DNA模板>Taq酶;一品红SRAP反应最佳体系为:50μL的PCR体系中含有Mg2+2.5mmol·L-1、引物500pmol·L-1、dNTPs0.20mmol·L-1、DNA模板100ng、Taq酶1.0U;应用最佳反应体系对PCR程序中的退火温度进行优化,得出SRAP-PCR反应适宜的第一步退火温度为36℃,第二步退火温度为50℃。 展开更多
关键词 一品红 srap 正交设计 优化
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药用菊花SRAP-PCR反应体系的优化 被引量:11
17
作者 邵清松 郭巧生 房海灵 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期820-824,共5页
基于方差分析方法,利用正交试验从Taq酶、Mg2+、dNTP、引物和模板DNA等5因素4水平对药用菊花反应体系进行优化。结果表明:药用菊花SRAP-PCR的最佳反应体系为:在20μl的反应体系中,模板DNA60ng,Taq酶1.00U,Mg2+2.00mmol/L,dNTP0.20mmol/L... 基于方差分析方法,利用正交试验从Taq酶、Mg2+、dNTP、引物和模板DNA等5因素4水平对药用菊花反应体系进行优化。结果表明:药用菊花SRAP-PCR的最佳反应体系为:在20μl的反应体系中,模板DNA60ng,Taq酶1.00U,Mg2+2.00mmol/L,dNTP0.20mmol/L,引物0.40μmol/L。Taq酶、Mg2+、dNTP和引物对SRAP反应结果有显著影响。所建立的药用菊花SRAP反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力较强、重复性好等特点,可用于药用菊花的遗传多样性研究。 展开更多
关键词 药用菊花 srap反应体系 正交设计 方差分析 优化
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利用正交设计优化牡丹SRAP-PCR反应体系 被引量:21
18
作者 王燕青 季孔庶 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第1期199-203,共5页
利用正交设计L16(45)对牡丹SRAP-PCR反应体系的五因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)在四个水平上进行优化试验,得出如下结论:各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次为:Taq酶,引物,dNTPs,Mg2+,模板DNA;筛选出各反应因素的最佳水平... 利用正交设计L16(45)对牡丹SRAP-PCR反应体系的五因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)在四个水平上进行优化试验,得出如下结论:各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次为:Taq酶,引物,dNTPs,Mg2+,模板DNA;筛选出各反应因素的最佳水平,建立牡丹SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:Taq酶0.5U,Mg2+2.0mmol/L,模板DNA50ng,dNTP0.2mmol/L,引物0.30μmol/L。这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对牡丹进行相关研究提供了帮助。 展开更多
关键词 牡丹 srap 正交设计 优化
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光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系建立与引物筛选 被引量:7
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作者 张飞 王炜勇 +3 位作者 张智 葛亚英 沈福泉 郁永明 《中国农学通报》 CSCD 2012年第10期173-178,共6页
为了建立光萼荷属植物(Aechmea)SRAP-PCR反应体系,为今后光萼荷属植物种质资源研究提供技术支持,通过L16(45)正交试验设计,对光萼荷属植物SRAP反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA浓度等5个因素进行优化试验,并筛选... 为了建立光萼荷属植物(Aechmea)SRAP-PCR反应体系,为今后光萼荷属植物种质资源研究提供技术支持,通过L16(45)正交试验设计,对光萼荷属植物SRAP反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA浓度等5个因素进行优化试验,并筛选多态性SRAP引物组合。结果表明,光萼荷属植物的最佳SRAP反应体系为1.50 mmol/L Mg2+、400μmol/L dNTPs、1.5 U Taq DNA聚合酶、15μmol/L引物、30 ng模板DNA及1×PCR buffer。各因素对SRAP-PCR扩增反应结果影响的差异较大,依次为模板DNA>Taq DNA聚合酶>dNTPs>引物>Mg2+。从56对SRAP引物组合中筛选出51对扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合,多态性引物比率达90%以上。通过不同光萼荷属植物和不同引物组合对该反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明本研究建立的光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系稳定可靠。 展开更多
关键词 光萼荷属 srap 正交试验设计 反应体系优化 引物筛选
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马铃薯SRAP-PCR反应体系优化及验证 被引量:7
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作者 张旭 赵兴奎 +2 位作者 耿淑娟 彭锁堂 段永红 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期993-1000,共8页
为建立马铃薯最佳的SRAP-PCR反应体系,以马铃薯基因组DNA为模板,采用单因素和正交试验相结合的方法,对影响SRAP-PCR反应体系的5个因素(引物浓度、Mg2+浓度、模板DNA用量、d NTPs浓度和Taq DNA聚合酶用量)进行优化,建立马铃薯优化的SRAP-... 为建立马铃薯最佳的SRAP-PCR反应体系,以马铃薯基因组DNA为模板,采用单因素和正交试验相结合的方法,对影响SRAP-PCR反应体系的5个因素(引物浓度、Mg2+浓度、模板DNA用量、d NTPs浓度和Taq DNA聚合酶用量)进行优化,建立马铃薯优化的SRAP-PCR反应体系。结果表明:马铃薯SRAP-PCR最佳反应体系中模板DNA用量为60 ng,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,d NTPs浓度为0.25 mmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为0.75 U。各因素对扩增结果影响依次是:Mg2+浓度>Taq DNA聚合酶用量>模板DNA用量>引物浓度>d NTPs浓度。用6份马铃薯样品DNA对优化体系进行验证,扩增结果清晰稳定,可用于马铃薯遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究。 展开更多
关键词 马铃薯 srap-PCR 体系优化 单因素试验 正交设计
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