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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量rt-pcr方法
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Synchronous Detection of DNA/RNA of Four Shrimp Viruses by Real-time Fluorescence Quantitative RT-PCR 被引量:1
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作者 Biao SHEN Zhongfa WANG +1 位作者 Xingjuan HU Songye GU 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2014年第5期48-50,共3页
[ Objective] This study aimed to establish a simultaneous detection method of shrimp viruses by real-time fluorescence quantitative RT-PCR, to improve the efficiency of inspection and quarantine. [ Method] A novel rea... [ Objective] This study aimed to establish a simultaneous detection method of shrimp viruses by real-time fluorescence quantitative RT-PCR, to improve the efficiency of inspection and quarantine. [ Method] A novel real-time fluorescence quantitative RT-PCR assay was established and optimized for simultaneously detecting DNA/RNA of four shrimp viruses (WSSV, IHHNV, TSV and YHV ). [ Result] The optimized real-time fluorescence quantitative RT-PCR system gener- ated typical amplification curves with high amplification efficiencies (E = 1.06, 1.07, 0.92 and 0.92, respectively), good hnear relationship ( r = 1 ), uniform repeatability ( standard deviation = 0.05 - 0.46 ; variation coefficient = 0.26% - 1.62% ) and high sensitivity, exhibiting no significant differences compared with re- al-time fluorescence quantitative PCR (average error of Ct value = 0.04 -0.40; T = 0.53 -2.50; P 〉 0.05 ). The total detection time was about 1 h. [ Conclusion] The optimized real-time fluorescence quantitative RT-PCR system can be used for rapid detection of WSSV, IHHNV, TSV and YHV. 展开更多
关键词 real-time fluorescence quantitative rt-pcr Shrimp viruses Synchronous amplification of DNA/RNA
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Detection and clinical significance of multidrug resistance-1 mRNA in bone marrow cells in children with acute lymphoblastic leukemia by real-time fluorescence quantitative RT-PCR 被引量:1
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作者 Yuan Lu Runming Jin +3 位作者 Kun Yang Lirong Sun Yan Xia Xiuying Pang 《Journal of Nanjing Medical University》 2008年第3期153-158,共6页
Objective: Multidrug resistance(MDR) is one of the most important reasons for treatment failure and recurrence of acute leukemia. Its manifestations are different in children with acute lymphoblastic leukemia(ALL... Objective: Multidrug resistance(MDR) is one of the most important reasons for treatment failure and recurrence of acute leukemia. Its manifestations are different in children with acute lymphoblastic leukemia(ALL) which may be due to different detection methods. This study was to detect the expression of MDR1 mRNA in bone marrow cells of children with ALL by real-time fluorescence- quantitative reverse transcription polymerase-chain reaction(FQ-RT-PCR), and combine minimal residual desease(MRD) detection by flow cytometry(FCM) and to study their relationship with treatment response and prognosis of ALL. Methods:The MDR1 mRNA levels in bone marrow cells from 67 children with ALL[28 had newly diagnosed disease, 27 had achieved complete remission(CR), 12 recurrent] and 22 children without leukemia were detected by FQ-RT-PCR. MRD was detected by FCM. The patients were observed for 9-101 months, with a median of 64 months. Results:Standard curves of human MDR1 and GAPDH genes were constructed successfully. MDR1 mRNA was detected in all children with a positive rate of 100%. The mRNA level of MDR1 was similar among the newly diagnosed ALL group, CR group, and control group(P 〉 0.05), but significantly higher in the recurrence group than that in newly diagnosed disease group and control group(0.50 ± 0.55 vs. 0.09 ± 0.26 and 0.12 ± 0.23, P〈 0.05). 54 ALL patients were followed up, and it was found that MDR1 mRNA level was significantly higher in ALL patients within 3 years duration than that of ALL patients with 3-6 years and over 6 years duration(0.63 ± 0.56 vs. 0.11 ± 0.12 and 0.04 ± 0.06, P〈 0.01). For the 28 children with newly diagnosed disease, the MDR1 mRNA level was similar between WBC 〉 50 ~ 109 group and WBC〈50 × 10^9 group(P〉 0.05). In the 33 CR patients, the MDR1 mRNA level was significantly higher in MRD〉10a group than that in MRD〈10a group(0.39 ± 0.47 vs. 0.03 ± 0.03, P 〈 0.05). Conclusion:The sensitivity and specificity of FQ-RT-PCR in detecting MDR1 mRNA in bone marrowy cells of children with ALL patients are high. MDR1 mRNA is expressed in children with and without leukemia. MDR1 mRNA is highly expressed in the CR ALL patients with high MRD, recurrence and short duration(within 3 years). Monitoring MRD and the MDR1 mRNA level might be helpful for individual treatment. 展开更多
关键词 LEUKEMIA CHILDREN multidrug resistance MDR1 gene minimal residual disease real-time fluorescence quantitative rt-pcr
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实时荧光定量RT-PCR在麻疹和风疹病毒检测中的应用
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作者 张博奇 《智慧健康》 2024年第24期16-18,共3页
目的探讨实时荧光定量RT-PCR在麻疹和风疹病毒检测中的应用效果。方法选取2021年12月—2022年12月盘锦市疾病预防控制中心接收的麻疹与风疹患者76例为研究对象,入院后所有研究对象均接受酶联免疫吸附试验法和实时荧光定量RT-PCR法检测,... 目的探讨实时荧光定量RT-PCR在麻疹和风疹病毒检测中的应用效果。方法选取2021年12月—2022年12月盘锦市疾病预防控制中心接收的麻疹与风疹患者76例为研究对象,入院后所有研究对象均接受酶联免疫吸附试验法和实时荧光定量RT-PCR法检测,以检测患者恢复期血免疫球蛋白G(IgG)抗体水平(相对急性期是否4倍升高)为麻疹诊断金标准,对比两种检测方法的检测准确率、不同检测时间的阳性检出率。结果实时荧光定量RT-PCR法总诊断准确率为97.37%;酶联免疫吸附试验法中总诊断准确率为88.16%,比较两种方法的诊断准确率差异有统计学意义(P<0.05)。第1d,实时荧光定量RT-PCR法阳性检出率高于酶联免疫吸附试验法,差异有统计学意义(P<0.05)。第5d,实时荧光定量RT-PCR法阳性检出率低于酶联免疫吸附试验法,差异有统计学意义(P<0.05)。第2d、第3d、第4d实时荧光定量RT-PCR法和酶联免疫吸附试验法阳性检出率对比差异无统计学意义(P>0.05)。结论实时荧光定量RT-PCR对麻疹、风疹检测有一定诊断作用,可以有效提高检测准确率,同时操作简单,灵敏性较高,值得在麻疹与风疹病毒检测中推广。 展开更多
关键词 麻疹 实时荧光定量rt-pcr 风疹 检测价值 检测准确率
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Real-time TaqMan RT-PCR快速检测犬瘟热病毒方法的研究 被引量:2
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作者 王君玮 孙承英 +6 位作者 姜平 王志亮 张维 李林 赵永刚 王珊 任炜杰 《现代生物医学进展》 CAS 2007年第2期265-268,共4页
按照犬瘟热(CDV)N基因序列,设计合成了特异性引物和探针,经各反应条件的优化,建立了Real-time荧光定量RT-PCR技术,对细胞培养物、肝脏、肺脏、脑、脾脏、淋巴结以及鼻腔拭子等组织病料中的CDV进行了特异性检测和敏感性试验。同时,利用... 按照犬瘟热(CDV)N基因序列,设计合成了特异性引物和探针,经各反应条件的优化,建立了Real-time荧光定量RT-PCR技术,对细胞培养物、肝脏、肺脏、脑、脾脏、淋巴结以及鼻腔拭子等组织病料中的CDV进行了特异性检测和敏感性试验。同时,利用建立的Real-time荧光定量RT-PCR方法与常规RT-PCR以及韩国BIOINDIST生产的BIT RAPID CDV检测试剂盒对57份临床样品进行了检测。结果:用20pmol/mL的引物浓度各1uL和20pmol/mL的探针浓度0.3uL,获得的荧光信号最强,曲线平滑。敏感性高,可检测到1.24×10—3ng/uL的病毒RNA;特异性强,与NDV、AIV、NiPV等RNA病毒不发生交叉反应。试验重复性的变异系数(CV)分别为2.3%、2.5%和4.2%;与常规RT-PCR和BIOINDIST生产的BIT RAPID CDV检测试剂盒相比较,该方法具有快速、特异、敏感、可定量,并可同时检测大量样品等优点。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 荧光定量rtpcr realtime pcr 检测
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鸽A群轮状病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 邢安琪 彭真奇 +7 位作者 蒋文明 克军宏 李阳 陈璐 王静静 许立华 于晓慧 刘华雷 《中国动物检疫》 CAS 2023年第9期91-97,共7页
鸽A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是影响养鸽业健康发展的主要病原之一。为实现鸽RVA的高通量快速检测,根据目前国内外流行的鸽RVA VP6基因保守区域设计特异性引物与探针,建立了一种可以特异性检测鸽RVA的实时荧光RT-PCR方法,并对... 鸽A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是影响养鸽业健康发展的主要病原之一。为实现鸽RVA的高通量快速检测,根据目前国内外流行的鸽RVA VP6基因保守区域设计特异性引物与探针,建立了一种可以特异性检测鸽RVA的实时荧光RT-PCR方法,并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了评估。结果显示,该方法灵敏度高,最低检测限为7.22×10^(2)copies/μL;特异性强,与鸽群其他常见病毒无交叉反应;重复性好,组内与组间重复变异系数均小于1.5%。利用该方法和普通RT-PCR方法对200份临床样品进行检测,发现荧光RT-PCR方法的病毒阳性检出率高于普通RT-PCR方法,二者符合率为94.00%。结果表明,本研究建立的实时荧光RT-PCR方法敏感、特异、准确,重复性好,可为开展鸽RVA的临床检测及流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 鸽A群轮状病毒 实时荧光rt-pcr 性能评估 应用
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BVDV-1型实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 周思佳 韩佃刚 +5 位作者 董俊 杨云庆 叶玲玲 李静 张冲 信吉阁 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第3期423-430,共8页
【目的】建立特异针对牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1)的实时荧光定量RT-PCR检测方法。【方法】通过比对分析近5年流行的BVDV-1毒株全基因序列,基于保守序列5′-UTR设计特异性引物和探针,优化反应体系和反应条件,并进行特异性、敏感性... 【目的】建立特异针对牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1)的实时荧光定量RT-PCR检测方法。【方法】通过比对分析近5年流行的BVDV-1毒株全基因序列,基于保守序列5′-UTR设计特异性引物和探针,优化反应体系和反应条件,并进行特异性、敏感性、重复性及临床样品检测试验。【结果】BVDV-1检测的最佳探针浓度为0.25μmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,对阳性质粒标准品的最低检测限为1.7 copies/μL。特异性试验显示:建立的方法仅能特异性扩增BVDV-1,对蓝舌病、口蹄疫、水泡性口炎、小反刍兽疫和猪瘟等病毒不发生交叉反应,特异性良好,变异系数小于1%。采用建立的方法对172份临床血液样本进行BVDV核酸检测,结果检出BVDV阳性样本33份,阳性率为19.19%,与《牛病毒性腹泻/粘膜病诊断技术规范》(GB/T 18637—2018)中实时荧光定量RT-PCR检测结果一致。【结论】本研究建立的BVDV基因1型实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于临床样本的检测,为BVDV-1的检测及监测提供了有力的技术手段。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1) 实时荧光定量rt-pcr 病毒检测
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猪生殖与呼吸综合征病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:44
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作者 宋志军 宋长绪 +6 位作者 杨增岐 朱道中 武占银 蒋智勇 林志雄 刘燕玲 张福良 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期98-102,共5页
根据GenBank登录的PRRSV保守基因序列设计合成了引物和探针,并对其进行了筛选;对荧光定量PCR的反应条件进行了优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法。同时用建立的检测方法对组织病料进行了检测,并与常规RT-PCR做了对比。结果显示,... 根据GenBank登录的PRRSV保守基因序列设计合成了引物和探针,并对其进行了筛选;对荧光定量PCR的反应条件进行了优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法。同时用建立的检测方法对组织病料进行了检测,并与常规RT-PCR做了对比。结果显示,所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法灵敏度可达5.0×100拷贝/μL,比常规RT-PCR灵敏度高100倍。用该方法对东莞、增城、湛江等地的猪血清和多种组织样品进行了检测。结果,该方法与常规RT-PCR检测方法的阳性符合率为100%。用该方法对3份不同的组织样品进行了重复检测,结果表明,该方法具有良好的重复性,可满足当前PRRS的诊断需要。 展开更多
关键词 猪生殖与呼吸综合征病毒 实时定量rt-pcr TaqMan荧光探针
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一种新颖简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法的建立 被引量:129
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作者 张驰宇 徐顺高 黄新祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期883-888,共6页
为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成... 为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成比例增减标准品各个稀释度的具体拷贝数时,标准曲线的斜率并不改变,说明标准曲线斜率与标准品的具体拷贝数无关.因此,新的相对定量方法可以用任何一个待测样品的总RNA(或cDNA),经系列稀释后作为标准品,来构建相对定量标准曲线,获得斜率.与绝对定量法比较,新方法获得了基本相同的斜率和非常一致的定量结果(差异小于4%),而传统的2-#$CT法却表现出较大的定量误差.这些结果表明,新的相对定量方法是一种简便、准确和高效的定量基因表达的方法. 展开更多
关键词 荧光实时定量rt-pcr 相对定量 绝对定量 标准曲线 mRNA定量 斜率
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实时荧光RT-PCR一步法检测苹果茎沟病毒 被引量:23
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作者 郭立新 向本春 +3 位作者 陈红运 段维军 陈洪俊 朱水芳 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期57-61,共5页
根据苹果茎沟病毒(ASGV)各分离物外壳蛋白(CP)基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan-MGB探针,建立了对ASGV的实时荧光RT-PCR检测方法。TaqMan-MGB探针3’端具有小沟结合分子(Minor groove binder, MGB),提高了探针的Tm值... 根据苹果茎沟病毒(ASGV)各分离物外壳蛋白(CP)基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan-MGB探针,建立了对ASGV的实时荧光RT-PCR检测方法。TaqMan-MGB探针3’端具有小沟结合分子(Minor groove binder, MGB),提高了探针的Tm值,缩短了探针长度,解决了病毒各分离物之间基因组变异较大、难以找到较长一致的序列来设计探针的困难。该方法的检测灵敏度比常规RT-PCR电泳检测高约10倍,对于ASGV等在果树体内含量较低的病毒尤为适用。此方法快速、灵敏,整个检测过程完全闭管,无需PCR后处理。 展开更多
关键词 苹果茎沟病毒(ASGV) 实时荧光rt-pcr 检测 TAQMAN-MGB探针
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实时荧光RT-PCR检测冷冻草莓中诺如病毒 被引量:15
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作者 周阳 栾军 +6 位作者 蒋鲁岩 唐泰山 杨军 张常印 张弛 付瑞燕 祝长青 《食品安全质量检测学报》 CAS 2013年第2期515-520,共6页
目的建立冷冻草莓中的GI、GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品的检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA的提取和纯化,然后采用实时荧光RT-PCR进行检测。结果核酸提取方法能够有效地去除抑制因子,同时对... 目的建立冷冻草莓中的GI、GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品的检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA的提取和纯化,然后采用实时荧光RT-PCR进行检测。结果核酸提取方法能够有效地去除抑制因子,同时对104份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论所建立的核酸提取与实时荧光RT-PCR结合的检测体系适合于草莓样品中诺如病毒GI、GII型的检测。 展开更多
关键词 冷冻草莓 诺如病毒 实时荧光 rt-pcr 快速检测
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猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR的建立及其对人工感染猪体内猪瘟病毒的检测 被引量:11
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作者 赵建军 成丹 +6 位作者 李娜 史子学 孙元 赵和平 朱庆虎 涂长春 仇华吉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期685-693,共9页
本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在10^8-10^... 本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在10^8-10^1范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10拷贝/μL的病毒核酸,与本实验室建立的RT-套式PCR(RT-nPCR)具有相近的敏感性,二者对152份不同样品检测符合率达94.7%。应用本方法对人工感染10^6TCID50猪瘟石门强毒的猪只感染后0-14 d全血中猪瘟病毒RNA进行了定量检测,揭示了猪瘟病毒在猪体内复制的动态变化,证实了感染猪临床表现与病毒滴度存在明显的时间相关性。此外发现,在同居感染猪出现猪瘟临床症状前3-4 d可从其全血中检出病毒RNA。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 荧光定量rt-pcr TaqMan荧光探针 rt-npcr
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实时荧光RT-PCR一步法检测番茄环斑病毒 被引量:26
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作者 朱建裕 朱水芳 +1 位作者 廖晓兰 高必达 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期338-341,共4页
根据番茄环斑病毒 (ToRSV)各株系RNA1聚合酶基因的保守序列 ,设计并合成 1对引物和 1条TaqMan荧光探针 ,建立了对ToRSV的实时荧光RT PCR检测方法。该方法利用TaqMan荧光探针实时监测目的基因的扩增 ,实现RT PCR扩增与探针检测同时进行 ... 根据番茄环斑病毒 (ToRSV)各株系RNA1聚合酶基因的保守序列 ,设计并合成 1对引物和 1条TaqMan荧光探针 ,建立了对ToRSV的实时荧光RT PCR检测方法。该方法利用TaqMan荧光探针实时监测目的基因的扩增 ,实现RT PCR扩增与探针检测同时进行 ,不需PCR后处理 ,消除了PCR产物的污染 ,不需电泳和EB染色 ,减少了检测步骤 ,节省了时间。这个方法具有“灵敏、准确、简便、快速”的特点适合于种传病害的快速诊断和口岸检验检疫运用。 展开更多
关键词 实时荧光rt-pcr一步法 检测技术 番茄 环斑病毒 聚合酶基因 保守序列 pcr产物 诊断 检验检疫
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基于芯片数据的烟草qRT-PCR内参基因鉴定与验证 被引量:9
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作者 王燃 许亚龙 +3 位作者 李泽锋 卢鹏 孟利军 曹培健 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第2期1-6,共6页
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果的准确性关键在于选择合适的稳定内参基因,而常用持家基因的表达不是恒定不变的,无法满足qRT-PCR准确定量的要求。为发掘烟草中优于传统持家基因的新内参基因,分析了烟草100张基因芯片数据,鉴定了稳定表达... 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果的准确性关键在于选择合适的稳定内参基因,而常用持家基因的表达不是恒定不变的,无法满足qRT-PCR准确定量的要求。为发掘烟草中优于传统持家基因的新内参基因,分析了烟草100张基因芯片数据,鉴定了稳定表达的候选内参基因,并利用烟草各个发育时期的RNA样品,通过qRT-PCR实验比较并验证了其表达的稳定性。结果显示,新鉴定的烟草内参基因HSC70-1表达稳定性优于所有的常用持家基因,HSC70-1,L25,EF-1α和HIST2H3A为烟草qRT-PCR实验中的最优内参基因组合,同时使用4个基因进行校正和标准化获得了可靠的定量结果。 展开更多
关键词 烟草 实时荧光定量pcr 内参基因 芯片
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鸡γ-干扰素实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:9
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作者 王群 刘光亮 +2 位作者 童铁钢 肖一红 吴东来 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期631-635,共5页
为建立一种检测鸡γ干扰素的实时荧光定量RT-PCR方法,采用RT-PCR方法从ConA诱导活化的鸡脾淋巴细胞的总RNA中扩增得到鸡γ干扰素(ChIFN-γ)和鸡的28 S rRNA(Ch28 S)基因,将其分别克隆至体外转录载体后经体外转录获得了ChIFN-γ和Ch2... 为建立一种检测鸡γ干扰素的实时荧光定量RT-PCR方法,采用RT-PCR方法从ConA诱导活化的鸡脾淋巴细胞的总RNA中扩增得到鸡γ干扰素(ChIFN-γ)和鸡的28 S rRNA(Ch28 S)基因,将其分别克隆至体外转录载体后经体外转录获得了ChIFN-γ和Ch28 S的RNA,采用各自的特异性引物及Taqman探针,以Ch28 S RNA作为内参进行一步法实时荧光定量RT-PCR,检测ChIFN-γ.结果表明:ChIFN-γ和内参Ch28 S的Ct值与标准品稀释梯度在1×102~1×107拷贝/μL范围分别呈良好的线性关系,γ2均大于0.99.此方法用于检测ChIFN-γ,具有简便、高效、敏感、特异的特点. 展开更多
关键词 -γ干扰素 实时荧光定量rt-pcr 检测方法
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实时荧光定量RT-PCR法检测手足口病患儿大便标本中肠道病毒71型 被引量:15
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作者 刘丽艳 叶颖子 +2 位作者 王建设 俞蕙 朱启镕 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期142-145,共4页
目的了解2008年手足口病流行期间住院手足口病患儿是否存在EV71病毒感染,并探讨实时荧光定量RT-PCR法对手足口病患儿大便标本中EV71病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用RT-PCR荧光探针体外扩增法对47例住院的手足口病患儿大便标本... 目的了解2008年手足口病流行期间住院手足口病患儿是否存在EV71病毒感染,并探讨实时荧光定量RT-PCR法对手足口病患儿大便标本中EV71病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用RT-PCR荧光探针体外扩增法对47例住院的手足口病患儿大便标本中抽提的RNA进行抽样检测。结果22例(46.81%)手足口病患儿大便标本中EV71的病毒载量大于103copies/ml,最高者达1.03×107copies/ml。实时荧光定量RT-PCR法其标准曲线显示,Ct值与病毒拷贝数的对数(log10)之间的相关系数为1.000,相关性较好。结论2008年手足口病流行期间入住儿科医院的手足口病患儿近半数为EV71病毒感染。实时荧光定量RT-PCR法对大便标本中的EV71RNA定量检测较方便快捷,结果直观,为进一步研究病毒载量与临床表现之间的关系打下了基础。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71型 实时荧光定量rtpcr 病毒载量
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新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:11
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作者 袁远华 吴志新 +3 位作者 王俊峰 黄兴国 贺东生 黄淑坚 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期738-741,共4页
为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较。结... 为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号。对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量rt-pcr
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戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR快速检测技术的建立和初步应用 被引量:7
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作者 乔彩霞 张鹤晓 +8 位作者 赖平安 高志强 汪琳 蒲静 吴丹 柏亚铎 谷强 张伟 段向英 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期892-897,共6页
利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析,选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针,并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上... 利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析,选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针,并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上,建立了适用于戊型肝炎病毒主要基因型检测的荧光定量RT-PCR检测技术。该检测技术可以有效检测I型和IV型戊型肝炎阳性病料,而对猪的其它几种疫病阳性病料则为阴性结果,证实本技术的特异性强、可靠性好。对阳性标准品的检测结果表明,所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR灵敏度可达2.0×10^1拷贝/反应,相比于巢式RT-PCR方法,其灵敏度高10-100倍以上。在对54份临床样品的检测中,进一步证实了该方法快速、灵敏且重复性好,可满足戊型肝炎病毒早期快速诊断的需要。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 实时定量rt-pcr TaqMan荧光探针
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实时荧光定量RT-PCR检测肝癌组织中miR-122a及miR-224的表达 被引量:6
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作者 刘卓然 陈小卫 +2 位作者 乔新惠 王蓉 向征 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期751-753,756,共4页
目的运用实时荧光定量RT-PCR方法分析miR-122与miR-224两种miRNAs在原发性肝细胞癌(HCC)中的表达,探讨以miRNAs为靶点在早期肝癌中的临床诊断意义。方法采用基于2(-△△CT)的实时荧光定量RT-PCR法对35例肝癌组织及癌旁组织的miR-122a及m... 目的运用实时荧光定量RT-PCR方法分析miR-122与miR-224两种miRNAs在原发性肝细胞癌(HCC)中的表达,探讨以miRNAs为靶点在早期肝癌中的临床诊断意义。方法采用基于2(-△△CT)的实时荧光定量RT-PCR法对35例肝癌组织及癌旁组织的miR-122a及miR-224进行了定量分析,结果经由Northernblot验证。结果与正常组织相比,在所有的被检肝癌组织中,均发现了miR-122a有不同程度的表达下调(P<0.01),而上述肝癌组织中的miR-224的定量结果显示该miRNA表达显著增加(P<0.001)。结论HCC组织中存在上述两种miRNAs表达水平的改变,实时荧光定量RT-PCR法为早期、准确的在临床上检测肝组织癌变提供了新的思路。 展开更多
关键词 MIR-122 miR-224 实时荧光定量rt-pcr 肝癌
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实时荧光定量RT-PCR检测急性白血病患者骨髓HB-1的表达 被引量:7
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作者 王清云 李渊 +4 位作者 戢莉 梁赜隐 刘微 任汉云 邱志祥 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期8-15,共8页
目的:探讨急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓细胞HB-1基因的表达水平以及HB-1基因在监测ALL微小残留病(MRD)方面的意义。方法:建立实时荧光定量RT-PCR方法(Taqman探针),检测HB-1基因的表达水平,并对其灵敏度、特异性和重复性进行检测。... 目的:探讨急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓细胞HB-1基因的表达水平以及HB-1基因在监测ALL微小残留病(MRD)方面的意义。方法:建立实时荧光定量RT-PCR方法(Taqman探针),检测HB-1基因的表达水平,并对其灵敏度、特异性和重复性进行检测。应用此方法检测了急性淋巴细胞白血病183例次,急性髓系白血病(AML)70例,血液系统非恶性疾病52例和造血干细胞健康供者24例的骨髓细胞HB-1基因的表达水平,并分析33例急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者HB-1基因的表达水平与疾病诊断、复发的相关性。结果:构建的实时荧光定量PCR方法的灵敏度达10-4水平,批间变异系数为6.79%,批内变异系数为4.80%。检测到HB-1基因特异性表达于B-ALL细胞:初发/复发B-ALL中HB-1基因表达的中位水平明显高于ALL完全缓解组、初发T-ALL、初发AML、血液系统非恶性病及健康骨髓供者(33.0%vs 0.68%、0.07%、0.02%、0.58%、0,P<0.01),而初发TALL、初发AM L、血液系统非恶性疾病和健康供者HB-1基因的表达水平无统计学差异(P>0.05)。B-ALL患者血液学缓解时HB-1基因水平明显下降至0.68%(0-7.99%),疾病复发时HB-1表达水平再次升高(共3例,HB-1分别为7.69%、8.08%和484.0%),其检测结果与流式细胞学检测结果变化一致。结论:HB-1基因特异性表达于B-ALL细胞,所建立的实时荧光定量RT-PCR法在检测骨髓细胞HB-1基因的表达水平方面具有很好的灵敏度、特异性和重复性。HB-1基因可作为B-ALL患者的临床检测、监测MRD和早期预测复发的分子学标志。 展开更多
关键词 急性白血病 HB-1基因 实时荧光定量rt-pcr
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