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Real-time PCR与RT-PCR检测儿童人偏肺病毒 被引量:1
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作者 郭鑫 崔玉霞 +1 位作者 诸葛姝芮 刘兴梅 《贵阳医学院学报》 CAS 2015年第8期834-837,840,共5页
目的:比较荧光定量PCR(real-time PCR)与普通反转录酶-聚合酶链锁反应(RT-PCR)对人偏肺病毒(hMPV)的检测价值。方法:Real-time PCR和RT-PCR同时对500例急性下呼吸道感染(ALRTI)患儿鼻咽部分泌物进行h MPV检测,分析两种方法的特异性和灵... 目的:比较荧光定量PCR(real-time PCR)与普通反转录酶-聚合酶链锁反应(RT-PCR)对人偏肺病毒(hMPV)的检测价值。方法:Real-time PCR和RT-PCR同时对500例急性下呼吸道感染(ALRTI)患儿鼻咽部分泌物进行h MPV检测,分析两种方法的特异性和灵敏性。结果:Real-time PCR和RT-PCR的检出率分别为16%及9.8%,RT-PCR与Real-time PCR比较,灵敏度为31.3%(25/80),特异度为94.3%(396/420)。结论:Real-time PCR检测hMPV敏感性高于RT-PCR,是临床检测儿童鼻咽部分泌物h MPV感染的有效的方法。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 逆转录聚合酶链反应 儿童 感染 人偏肺病毒
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2009年至2013年萍乡市流感病例样本real-time RT-PCR结果分析 被引量:3
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作者 邓兰 李晶鑫 +3 位作者 钟知情 张春芝 谢荣福 朱金华 《实验与检验医学》 CAS 2014年第5期511-513,共3页
目的通过对萍乡市历年流感样病例的病毒核酸检测结果分析,了解当地流感疫情状况,分析当地流感发病趋势,为预防和控制流感流行提供科学论证凭据。方法萍乡市人民医院为国家流感样病例监测哨点医院,对符合流感样病例定义的病例收集相关信... 目的通过对萍乡市历年流感样病例的病毒核酸检测结果分析,了解当地流感疫情状况,分析当地流感发病趋势,为预防和控制流感流行提供科学论证凭据。方法萍乡市人民医院为国家流感样病例监测哨点医院,对符合流感样病例定义的病例收集相关信息,采集咽拭子标本,采用实时荧光逆转录聚合酶链反应法(real-time RT-PCR)对标本进行流感病毒核酸检测,并进行统计分析。结果萍乡市流感病毒核酸阳性率22.09%,其中2009年阳性率59.75%最高,之后呈下降趋势。新甲型H1N1流感病毒和乙型流感病毒阳性数接近,构成比分为33.74%和30.89%。新甲型H1N1共检出阳性166例,其中2009年9-12月检出阳性143例,2009年11月为最高峰,阳性率达到(75/143)52.45%,2010年以后有少量病例发现。乙型和季H3流感检出阳性数逐年增加。男、女流感核酸阳性检出率分别为23.19%(291/1255)和20.68%(201/972)。年龄分5个组统计分析,阳性率分别是37.25%、30.59%、19.40%、18.69%和13.00%。结论萍乡市流感病例核酸阳性以新甲型H1N1和乙型为主;季H3流感病例核酸阳性有所增加,且新甲型H1N1在2009年12月后得到有效控制,流感病毒易感染人群以学龄儿童和青少年为主,性别无差异。 展开更多
关键词 流感病毒 实时荧光逆转录聚合酶链反应法 病毒分型
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转录介导的扩增技术与real-time RT-PCR在人类免疫缺陷病毒检测中的应用
3
作者 吴大先 陶淑慧 +3 位作者 刘水平 周杰斌 谭德明 侯周华 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期776-782,共7页
目的:利用转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification,TMA)扩增HIV RNA,探讨TMA技术扩增HIV RNA的敏感性及其与实时荧光定量反转录聚合酶链反应的比较。方法:利用Taq Man探针、特异性引物、鼠白血病反转录酶、T7-RNA聚... 目的:利用转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification,TMA)扩增HIV RNA,探讨TMA技术扩增HIV RNA的敏感性及其与实时荧光定量反转录聚合酶链反应的比较。方法:利用Taq Man探针、特异性引物、鼠白血病反转录酶、T7-RNA聚合酶及PCR底物等建立TMA扩增体系。通过扩增一组10倍梯度稀释的HIV RNA转录标准品,评价TMA体系的灵敏性。收集60例HIV感染患者的血浆,同时采用TMA试剂与Cobas Amplicor HIV-1 Monitor 1.5版试剂进行检测,比较两种方法的阳性检出率,并利用线性回归和Bland-Altman法分析两种技术的相关性和一致性。结果:成功建立了TMA扩增体系,这种技术可以检测低至10 copies/m L的HIV转录标准品。60份HIV感染者血浆样本中,TMA及Cobas均检测到阳性46份,均阴性12份,TMA检测阴性而Cobas检测阳性样本2份,检测一致率为96.7%。两种技术阳性检出率差异无统计学意义(P>0.05)。对其中46份TMA检测和Cobas检测均有定量结果的血浆进行线性回归分析,两种技术有非常好的相关性(r=0.997,P<0.001)。Bland-Altman分析显示两种检测方法定量Lg差值平均值为0.02,44份(95.7%)样本在95%的一致性界限内。结论:TMA技术具有高灵敏性潜能。TMA与real-time RT-PCR检测血浆中HIV RNA具有非常好的相关性与一致性。 展开更多
关键词 转录介导的扩增技术 人类免疫缺陷病毒 实时荧光定量反转录聚合酶链反应 线性回归
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Real-time Fluorescence PCR Method for Detection of Burkholderia glumae from Rice 被引量:5
4
作者 FANG Yuan XU Li-hui TIAN Wen-xiao HUAI Yan YU Shan-hong LOU Miao-miao XIE Guan-lin 《Rice science》 SCIE 2009年第2期157-160,共4页
Burkholderia glumae causing seedling rot and grain rot of rice was listed as a plant quarantine disease of China in 2007. It's quite necessary to set up effective detection methods for the pathogen to manage further ... Burkholderia glumae causing seedling rot and grain rot of rice was listed as a plant quarantine disease of China in 2007. It's quite necessary to set up effective detection methods for the pathogen to manage further dispersal of this disease. The present study combined the real-time PCR method with classical PCR to increase the detecting efficiency, and to develop an accurate, rapid and sensitive method to detect the pathogen in the seed quarantine for effective management of the disease. The results showed that all the tested strains of B. glumae produced about 139 bp specific fragments by the real-time PCR and the general PCR methods, while others showed negative PCR result. The bacteria could be detected at the concentrations of 1×10^4 CFU/mL by general PCR method and at the concentrations below 100 CFU/mL by real-time fluorescence PCR method. B. glumae could be detected when the inoculated and healthy seeds were mixed with a proportion of 1:100. 展开更多
关键词 Burkholderia glumae bacterial grain rot DETECTION real-time fluorescence polymerase chain reaction DCE
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复合探针实时荧光RT-PCR法检测小儿上呼吸道感染甲型流感病毒的价值
5
作者 杨彬彬 陈秋虾 郭丽清 《中国医药指南》 2024年第15期103-105,共3页
目的 分析小儿上呼吸道感染甲型流感病毒应用复合探针实时荧光反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测的临床价值。方法选择2023年1月至2023年12月流感监测信息系统两家监测点上呼吸道感染甲型流感病毒感染的患儿80例监测标本进行回顾性分析... 目的 分析小儿上呼吸道感染甲型流感病毒应用复合探针实时荧光反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测的临床价值。方法选择2023年1月至2023年12月流感监测信息系统两家监测点上呼吸道感染甲型流感病毒感染的患儿80例监测标本进行回顾性分析,均开展复合探针实时荧光RT-PCR法检测,分析其诊断价值。结果 根据监测标本最终诊断结果显示,阳性标本68例、阴性标本12例。经复合探针实时荧光RT-PCR法检出67例,检出率为83.75%,敏感度为95.59%、特异度为83.33%、准确度为93.75%、阳性结果预测值为97.01%、阴性结果预测值为76.92%;批间批内变异系数均小于5%。结论 小儿上呼吸道感染甲型流感病毒应用复合探针实时荧光RT-PCR技术具有较高的敏感度、特异度及准确度,且检查结果快速,可为小儿上呼吸道感染甲型流感病变提供可靠的诊断,有利于制订合理的治疗方案。 展开更多
关键词 复合探针 上呼吸道感染 实时荧光反转录聚合酶链反应 甲型流感病毒
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饮食习惯与肥胖患儿性早熟的相关性分析 被引量:2
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作者 连学刚 高兰平 《临床研究》 2024年第1期190-192,共3页
目的探讨饮食习惯与肥胖患儿性早熟的相关性分析。方法选取苏州市吴中人民医院2019年3月至2022年3月期间收治的72例性早熟肥胖患儿作为观察组,另选取同期体检的健康肥胖儿童71例作为常规组。采用实时-逆转录荧光定量聚合酶链反应(RT-qP... 目的探讨饮食习惯与肥胖患儿性早熟的相关性分析。方法选取苏州市吴中人民医院2019年3月至2022年3月期间收治的72例性早熟肥胖患儿作为观察组,另选取同期体检的健康肥胖儿童71例作为常规组。采用实时-逆转录荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测两组外周血miR-125b水平,分析患儿饮食习惯。通过比较两组肥胖儿童的外周血miR-125b、饮食习惯,采用Logistic回归分析法分析外周血miR-125b、饮食习惯与肥胖患儿性早熟的关系。结果观察组外周血miR-125b表达水平高于常规组,差异有统计学意义(P<0.05)。观察组饮食没规律、荤多素少、高添加剂食品占比均高于常规组,差异有统计学意义(P<0.05)。观察组女性患儿、不良饮食习惯占比高于常规组,且经多因素分析显示外周血miR-125b表达水平、女性、不良饮食习惯是肥胖患儿性早熟的独立危险因素,差异有统计学意义(P<0.05)。结论肥胖患儿性早熟外周血miR-125b表达水平高于健康肥胖儿童,不良饮食习惯高于健康肥胖儿童,外周血miR-125b表达水平偏高、不良饮食习惯偏低均为肥胖患儿性早熟的影响因素。 展开更多
关键词 肥胖儿童 不良饮食习惯 微小核糖核酸-125b 实时-逆转录荧光定量聚合酶链反应
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帕利亚姆病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
7
作者 杨恒 李占鸿 +5 位作者 宋子昂 高林 李卓然 廖德芳 肖雷 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期395-400,共6页
本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,... 本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,对方法的特异性、灵敏性与重复性进行评估;以我国分离的28株PALV和90份核酸阳性血液样本评估检测方法的可靠性;利用建立的方法对采集库蠓样本中携带的PALV进行血清型鉴定。结果显示,建立的PALV血清型qRT-PCR检测方法具有良好的特异性与灵敏性,可检出核酸拷贝数下限在22至28 copies·μL^(-1)。对28株PALV的qRT-PCR检测结果与病毒测序鉴定结果一致;对PALV不同感染阶段哨兵动物血液(90份)中的qRT-PCR鉴定结果与分离病毒的血清型鉴定结果一致;建立的方法可准确鉴定库蠓中携带PALV的血清型。本研究建立的PALV血清型qRT-PCR定型方法具有良好的特异强、敏感性与重复性,可用于PALV感染动物与媒介中PALV血清型的鉴定,具有良好的应用价值。 展开更多
关键词 帕利亚姆病毒 血清型鉴定 实时荧光定量RT-PCR 检测方法
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Influences of bracket bonding on mutans streptococcus in plaque detected by real time fluorescence-quantitative polymerase chain reaction 被引量:1
8
作者 AI Hong LU Hong-fei +4 位作者 LIANG Huan-you WU Jian LI Ruo-lan LIU Guo-ping XI Yun 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2005年第23期2005-2010,共6页
Background Enamel demineralization occurs frequently during orthodontic treatment. In this study, we evaluated the changes of the density of mutans streptococcus (MS) in plaque after bracket bonding and using fluori... Background Enamel demineralization occurs frequently during orthodontic treatment. In this study, we evaluated the changes of the density of mutans streptococcus (MS) in plaque after bracket bonding and using fluoride adhesive on maxillary incisors by real time fluorescence-quantitative polymerase chain reaction (RT-FQ PCR).Methods The study was designed as a self-paired test. Brackets were bonded with fluoride adhesive on the left side, while non-fluoride adhesive on the right side for each patient. Plaque samples were taken from the surfaces around the brackets of four maxillary incisors before brackets bonding and after the bonding 4 weeks later. The amount of MS was measured by RT-FQ PCR. The data obtained were analyzed statistically using the SPSS 11.5 version and the alpha level was set at 0. 05 ( 2-tailed).Results The amount of MS in plaque increased significantly after bracket bonding ( P 〈 0.01 ), whereas no significant differences were observed among four maxillary incisors both before and after brackets bonding (P 〉 0. 05 ), and among the incisors using and not using fluoride adhesive ( P 〉 0. 05 ).Conclusions The increase of the density of MS in plaque after bracket bonding is one of the etiological factors for enamel demineralization in orthodontic patients. The result of this study did not support what we observed clinically that the incidence of enamel demineralization for lateral incisors was higher than that for central incisors. Using fluoride adhesive for bonding did not affect the amount of MS in plaque in our study. Further study is needed. 展开更多
关键词 mutans streptococcus · enamel demineralization · plaque · bracket bonding · fluorideadhesive· real time fluorescence-quantitative polymerase chain reaction
原文传递
鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平快速定量方法的建立及应用
9
作者 彭新凯 王娉 +5 位作者 武运 陈颖 曲天铭 王宇 赵晓美 郜忠川 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第7期167-174,共8页
目的应用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR),建立鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的快速定量检测方法。方法通过比对鼠李糖乳杆菌HN001的近缘菌株的基因组,筛选出鼠李糖乳杆... 目的应用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR),建立鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的快速定量检测方法。方法通过比对鼠李糖乳杆菌HN001的近缘菌株的基因组,筛选出鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的特异基因,以菌株水平的特异基因为靶标设计引物及探针,优化反应体系和条件,建立鼠李糖乳杆菌HN001株水平的qPCR检测方法。对方法的特异性、灵敏度、检出限进行验证,并采用已建立的qPCR方法进行模拟添加样品和实际样品的检测。结果所建立的方法特异性强,与近缘菌株无交叉反应,鼠李糖乳杆菌HN001纯培养液检出限为10^(2)CFU/mL,灵敏度可达到650 copies/μL,可在2 h内完成样品检测。对模拟添加样品以及实际样品检测中qPCR和平板计数法结果的对数值进行显著性分析检验,两种方法的测定值结果均无显著性差异(P>0.05)。结论本研究建立的qPCR检测方法可有效应用于益生菌产品中鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平定量检测,具有快速、灵敏、准确的特点。 展开更多
关键词 实时荧光定量聚合酶链式反应 鼠李糖乳杆菌HN001 菌株水平定量检测 益生菌产品
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SYBR GreenⅠ染料-实时荧光定量聚合酶链式反应法检测发酵乳中的霉菌和酵母含量
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作者 张捷 李献 +4 位作者 张瑞 刘雨蒙 明若阳 陈佳 周巍 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第16期31-38,共8页
目的建立一种应用SYBR GreenⅠ染料的实时荧光定量聚合酶链式反应法快速检测发酵乳中的霉菌和酵母菌。方法本研究针对霉菌与酵母菌的保守序列设计引物,确定最优反应体系与反应条件。通过熔解曲线以及非目标菌株的检测验证该方法的特异性... 目的建立一种应用SYBR GreenⅠ染料的实时荧光定量聚合酶链式反应法快速检测发酵乳中的霉菌和酵母菌。方法本研究针对霉菌与酵母菌的保守序列设计引物,确定最优反应体系与反应条件。通过熔解曲线以及非目标菌株的检测验证该方法的特异性;通过菌悬液的梯度稀释检测确定该方法的灵敏度;通过菌悬液与发酵乳样品混合后进行检测,确定该方法的检出限,并得到标准曲线。结果该方法能够特异性的检测发酵乳中的霉菌、酵母菌,无交叉反应。该方法检测霉菌、酵母菌的灵敏度均为10^(2) CFU/mL,并且当菌悬液与发酵乳样品混合后,并没有降低该方法的检出限。在10^(2)~10^(6) CFU/mL浓度范围内,菌液浓度的对数值与循环阈值(cyclethreshold,Ct)具有良好的线性关系,可以在市售样品的检测中通过Ct值计算样品中目标菌的含量,更快的判断发酵乳是否被霉菌、酵母菌污染。结论该方法可用于发酵乳中霉菌和酵母菌的快速检测,为发酵乳的食品安全提供了技术保障。 展开更多
关键词 霉菌 酵母 SYBR GreenⅠ染料 检测 实时荧光定量聚合酶链式反应 发酵乳
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双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒
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作者 邓迎春 郭旭光 +3 位作者 牛会敏 任宝红 韩小改 郭瑞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第12期151-157,共7页
目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型... 目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。 展开更多
关键词 荧光逆转录-聚合酶链式反应 恒温荧光逆转录-重组酶介导等温扩增 GⅠ型诺如病毒 GⅡ型诺如病毒
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基于直扩RT-PCR技术的寨卡病毒快速检测方法的建立
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作者 李浪 古莉冰 +6 位作者 朱丽 何建安 叶颖 张然 李华文 李福缘 顾大勇 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第3期358-364,共7页
目的建立基于直扩实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术的寨卡病毒快速检测方法。方法采用特殊功能的DNA聚合酶,以及优选PCR增强剂,以此建立直扩RT-PCR技术的寨卡病毒快速检测5种样本(全血、血清、唾液、咽拭子和尿)的方法。结果... 目的建立基于直扩实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术的寨卡病毒快速检测方法。方法采用特殊功能的DNA聚合酶,以及优选PCR增强剂,以此建立直扩RT-PCR技术的寨卡病毒快速检测5种样本(全血、血清、唾液、咽拭子和尿)的方法。结果5种样本检测限分别为血清103 PFU/mL,尿、咽拭子和唾液102 PFU/mL,全血104 PFU/mL,标准曲线的拟合优度的可决系数均在0.98以上,扩增效率均在90%~110%;寨卡病毒核酸成功扩增,非寨卡病毒核酸均未能扩增;尿、全血和唾液样本的重复性实验中106 PFU/mL和102 PFU/mL两个浓度的6个重复Ct值的变异系数均<5%。该研究建立的直扩RT-PCR技术的寨卡病毒检测方法与常规RT-PCR技术的检测结果一致,8个寨卡病毒样本,均只检测出2个血清样本,其余62个非寨卡病毒样本及12个阴性样本均未得到扩增。结论成功建立基于直扩RT-PCR技术的寨卡病毒快速检测方法,该方法简便快捷且灵敏度高、特异度强。 展开更多
关键词 寨卡病毒 直扩实时荧光定量逆转录聚合酶链反应技术 DNA聚合酶
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五重实时荧光聚合酶链式法快速筛查食用淀粉及其制品中植物源性成分
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作者 张明娟 余秋地 +3 位作者 王娟 李根容 肖昭竟 周朝旭 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第13期207-214,共8页
目的 建立五重实时荧光聚合酶链式方法 快速筛查食用淀粉及其制品中植物源性成分。方法 首先设计豌豆、绿豆、木薯、玉米的特异性引物、探针,建立多重实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法 ,再验证方法 的特异... 目的 建立五重实时荧光聚合酶链式方法 快速筛查食用淀粉及其制品中植物源性成分。方法 首先设计豌豆、绿豆、木薯、玉米的特异性引物、探针,建立多重实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法 ,再验证方法 的特异性和绝对灵敏度,最后通过样品掺假模拟实验验证方法 的检出限。结果 该方法 的特异性强,仅能检出豌豆源性、绿豆源性、木薯源性、玉米源性成分;灵敏度较高,对绿豆源性和木薯源性的检测灵敏度可达到1×10^(–1) ng/μL水平,豌豆源性和玉米源性的检测灵敏度可达到1×10^(–2) ng/μL水平。结论 本研究建立的五重实时荧光PCR方法 可用来区分市场上淀粉及其制品中的豌豆源性、绿豆源性、玉米源性和木薯源性成分,具有较好的应用价值。 展开更多
关键词 五重实时荧光聚台酶链式反应 淀粉 淀粉制品 检测方法
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叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌
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作者 柯振华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第5期85-96,共12页
目的 应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌,构建病原菌分子进化树。方法 以冷链食品中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌5种病原菌作为研究对... 目的 应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌,构建病原菌分子进化树。方法 以冷链食品中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌5种病原菌作为研究对象,应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术作为冷链食品中病原菌检测初筛手段,应用微生物培养法以及生化鉴定仪器法进行方法比对与结果验证,运用高通量测序以及分子进化树构建作为冷链食品中所分离病原菌的种属地位确证方法。结果 叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术成功扩增了冷链食品中生活状态病原菌的特征性核酸片段,排除了死亡细菌以及阴性对照菌的干扰,病原菌检出限可达到1×10^(3)CFU/mL,一次反应可检测42份试样,可以在18 h内完成检测工作。在冷链食品中病原菌抽样检测调查中,随机采集的751份冷链食品,共检出62株病原菌,病原菌总体检出率为8.3%(62/751)。通过后续的16S rRNA测序以及葡萄球菌属、弧菌属以及李斯特菌属分子进化树的构建,成功溯源了金黄色葡萄球菌的污染来源并完成病原菌种属定位。结论 本方法特异性好、灵敏度高、检测通量高,为冷链食品及相关食品中病原菌的精确检测与溯源分析提供新的思路与方法。 展开更多
关键词 叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术 高通量测序 分子进化树 冷链食品 病原菌
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市售食品21种动植物过敏原成分的检测分析
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作者 何名扬 王鸣秋 +6 位作者 刘艳 李诗瑶 朱必婷 张涛 郭雅晴 周陶鸿 彭青枝 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第5期255-260,共6页
为进一步明确市售食品动植物过敏原标注情况,该研究建立一种可同时检测21种动植物过敏原成分的多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术,并对其进行灵敏度实验,并结合实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-fqPCR)检测技术对38种市售预包装食品中动... 为进一步明确市售食品动植物过敏原标注情况,该研究建立一种可同时检测21种动植物过敏原成分的多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术,并对其进行灵敏度实验,并结合实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-fqPCR)检测技术对38种市售预包装食品中动植物过敏原成分进行比较分析。结果表明,采用MLPA检测技术可同时对21种动植物过敏原成分进行检测,扩增峰之间不存在交叉干扰,扩增峰实际大小和理论大小相差≤3 bp,检出最低脱氧核糖核酸(DNA)质量浓度为1 ng/μL;RT-fqPCR、MLPA技术检测标注过敏原成分食品的检出率分别为51.5%、44.1%,此外,MLPA检测法检出了6个标注可能含有过敏原成分样品中的过敏原成分,10个样品中未标记的过敏原成分。因此,采用MLPA技术检测21种动植物过敏原成分的灵敏度更高。 展开更多
关键词 动植物过敏原 多重连接依赖性探针扩增 实时荧光定量聚合酶链式反应 多重检测
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实时荧光定量PCR检测不同结核标本及其联合玻璃珠磨菌法检测的价值
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作者 张鑫 周辰刚 《临床和实验医学杂志》 2024年第6期637-641,共5页
目的研究实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)与玻璃珠磨菌法联合用于不同结核标本检测中的价值。方法以回顾性分析为法,收集并分析2021年1月至2022年6月在上海交通大学医学院附属仁济医院住院与门诊诊治的疑似结核病患者1200份不同临... 目的研究实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)与玻璃珠磨菌法联合用于不同结核标本检测中的价值。方法以回顾性分析为法,收集并分析2021年1月至2022年6月在上海交通大学医学院附属仁济医院住院与门诊诊治的疑似结核病患者1200份不同临床标本的qRT-PCR测定结果,其中血液样本469份,胸腔积液标本322份,心包积液标本16份,尿液标本25份,气管(支气管)肺泡灌洗液标本8份,腹腔积液标本34份,脑脊液标本143份,脓液标本31份,痰液标本152份;同时,对41份痰液标本予以玻璃珠振荡磨菌前后qRT-PCR定量检测效果分析。结果1200份不同结核标本的总检测阳性率为15.83%(190/1200),其中检出率最高的为气管(支气管)肺泡灌洗液标本,占比为37.50%(3/8),且门诊患者阳性率最高,占比为40.00%(2/5);脓液标本检出率第二,占比为35.48%(11/31),且住院患者阳性率最高,占比为38.46%(10/26);痰液标本检出率第三,占比为30.26%(46/152)。41份痰液标本经玻璃珠磨菌处理5 min之后,qRT-PCR检测核酸浓度明显高于处理前,差异有统计学意义(P<0.05);其中,14份痰液标本提升了菌株数量级,且11份含菌量为10^(2)拷贝/mL痰液标本于振荡研磨处理之后,7份痰液标本提升至了10^(3)拷贝/mL菌量数量级,磨菌处理后阳性检出率明显高于磨菌处理前,差异有统计学意义(P<0.05)。结论气管(支气管)肺泡灌洗液标本、脓液标本、痰液标本检测中qRT-PCR的检出率较高,而qRT-PCR在其他结核标本检测中的检出率较低,qRT-PCR联合玻璃珠磨菌法检测可有效提升临床结核标本阳性检出率。 展开更多
关键词 实时荧光定量聚合酶链式反应 玻璃珠磨菌法 结核分枝杆菌 检测
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鱼类产品中嗜水气单胞菌重组酶聚合酶扩增结合CRISPR/Cas12a快速检测及耐药性分析
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作者 高子惠 曲心平 +7 位作者 凌莉 于海洋 张蕾 胡蝶 吴笛 何雨霏 郑秋月 曹际娟 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第11期90-97,共8页
目的建立重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)结合簇状规则间隔短链重复序列及其相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated protein,CRISPR-Cas)新方法,检测鱼类产品中... 目的建立重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)结合簇状规则间隔短链重复序列及其相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated protein,CRISPR-Cas)新方法,检测鱼类产品中嗜水气单胞菌,并分析其耐药性。方法采用基于最新的CRISPR基因编辑技术建立RPA结合CRISPR/Cas12a新方法,快速检测嗜水气单胞菌,同时采用环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法比对两种方法的检出率。筛查嗜水气单胞菌分离株的耐药性,采用纸片扩散法测定耐药表型,采用荧光染料(SYBR green,SYBG)实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR)测定耐药基因,分析耐药表型与耐药基因结果的一致性。结果在74例鱼类样品中,基于RPA-CRISPR/Cas12a和LAMP同时检测出6例嗜水气单胞菌。分析耐药性测试结果发现,分离株对5大类10种抗生素的耐药情况差异较大,耐药表型与耐药基因结果一致性较高。结论所建立的RPA-CRISPR/Cas12a方法适用于嗜水气单胞菌快速检测。而细菌耐药性的产生机制比较复杂,耐药表型的产生在一定程度上受耐药基因调控。研究结果为水产品中嗜水气单胞菌快速检测和耐药性筛查提供新思路和方法。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 重组酶聚合酶扩增 簇状规则间隔短链重复序列及其相关蛋白 环介导等温扩增 实时荧光定量聚合酶链式反应 耐药表型 耐药基因
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实时荧光PCR检测在支原体肺炎诊断中的应用价值分析
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作者 梁洁琼 黄雪萍 +1 位作者 胡斌 宁梅芳 《系统医学》 2024年第1期79-82,共4页
目的探讨在支原体肺炎诊断中选择实时荧光聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)检测的价值,并分析该方案的诊断效能。方法选取2022年8月—2023年10月来宾市人民医院收治的1200例疑似支原体肺炎患儿为研究对象,所有患儿均采集... 目的探讨在支原体肺炎诊断中选择实时荧光聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)检测的价值,并分析该方案的诊断效能。方法选取2022年8月—2023年10月来宾市人民医院收治的1200例疑似支原体肺炎患儿为研究对象,所有患儿均采集血清和呼吸道分泌物,用化学发光法测定血清中肺炎支原体抗体,用实时荧光PCR法检测呼吸道分泌物中的肺炎支原体核酸(Mycoplasma Pneumoniae Nucleic Acid,MP-DNA),以病原学检查结果为金标准,对比各个方案的诊断效能,分析不同年龄段患儿的肺炎支原体DNA检测结果。结果实时荧光PCR检测灵敏度(99.36%)、特异度(98.08%)、准确度(99.08%)、阳性预测值(99.36%)、阴性预测值(98.08%)高于MP血清学方法检测,差异有统计学意义(χ^(2)=16.312、7.686、23.788、7.595、16.119,P均<0.05)。结论在支原体肺炎诊断中应用实时荧光PCR检测方案可提高准确率,同时该方案具有早期、快速、简便等优势,可为临床医师制定治疗方案提供参考。 展开更多
关键词 实时荧聚合酶链式反应检测 支原体肺炎 诊断 血清标本 鼻咽拭子标本
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微小RNA-127-3p在乙型肝炎病毒相关性肝癌中的表达意义及对HBV阳性肝癌细胞增殖迁移侵袭的影响 被引量:2
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作者 刘洪涛 冯守宁 +1 位作者 刘金强 吴慧丽 《中西医结合肝病杂志》 CAS 2023年第9期810-814,共5页
目的:探讨微小RNA-127-3p(miR-127-3p)在乙型肝炎病毒(HBV)相关性肝癌中的表达意义及其对HBV阳性肝癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(RTFQ-PCR)检测2018年12月至2020年12月在医院手术切除的64例HBV相... 目的:探讨微小RNA-127-3p(miR-127-3p)在乙型肝炎病毒(HBV)相关性肝癌中的表达意义及其对HBV阳性肝癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(RTFQ-PCR)检测2018年12月至2020年12月在医院手术切除的64例HBV相关性肝癌患者肝癌组织和癌旁组织中miR-127-3p表达量。将对数生长期肝癌HepG2细胞分别以10、20、50 pmol的miR-127-3p mimic进行转染,同时设置对照组(以0 pmol mimic进行转染),培养48 h后采用RTFQ-PCR检测各转染组细胞中miR-127-3p表达量,MTT法检测各转染组细胞增殖情况,细胞划痕实验检测细胞迁移能力,Transwell实验检测细胞侵袭能力。结果:肝癌组织miR-127-3p表达量(0.26±0.03)低于癌旁组织(0.53±0.06)(P<0.05)。miR-127-3p mimic转染组(10、20、50 pmol)与对照组肝癌HepG2细胞中miR-127-3p表达量分别为(0.87±0.09)、(1.23±0.13)、(1.51±0.16)、(0.28±0.04),总体比较差异有统计学意义(P<0.05);与对照组比较,miR-127-3p mimic(10、20、50 pmol)转染组miR-127-3p表达量更高(P<0.05);miR-127-3p mimic转染组中miR-127-3p表达量随转染浓度的升高而升高(P<0.05)。miR-127-3p mimic转染组(10、20、50 pmol)与对照组肝癌HepG2细胞增殖率分别为[(51.58±5.24)%、(25.42±2.55)%、(16.23±1.65)%、(78.67±7.88)%],细胞迁移距离分别为[(28.26±2.84)mm、(23.17±2.25)mm、(18.32±1.83)mm、(33.87±3.41)mm],穿膜细胞数分别为[(122.54±12.26)个、(101.26±10.45)个、(46.15±4.78)个、(131.23±13.24)个],总体比较差异均有统计学意义(P<0.05);与对照组比较,miR-127-3p mimic(10、20、50 pmol)转染组细胞增殖率更低,细胞迁移距离更短,穿膜细胞数更少(P<0.05);miR-127-3p mimic转染组细胞增殖率随转染浓度的升高而降低,细胞迁移距离随转染浓度的升高而变短,穿膜细胞数随转染浓度的升高而减少(P<0.05)。结论:miR-127-3p在HBV相关性肝癌患者中呈低表达,其可抑制HBV阳性肝癌HepG2细胞增殖、迁移和侵袭。 展开更多
关键词 肝癌 乙型肝炎病毒 HEPG2细胞 微小RNA-127-3p 实时荧光定量聚合酶链反应
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不同激素处理下番茄实时荧光定量聚合酶链反应内参基因的筛选 被引量:1
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作者 白圣懿 王晓敏 +5 位作者 刘文娟 程国新 郭猛 姚文孔 高艳明 李建设 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期31-44,共14页
为筛选出在不同激素诱导下番茄中较为稳定的内参基因,本研究以脱落酸(abscisic acid,ABA)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)、水杨酸(salicylic acid,SA)3种外源激素分别诱导处理0、24、48、120 h的感病番茄品种‘Moneymaker’(MM)... 为筛选出在不同激素诱导下番茄中较为稳定的内参基因,本研究以脱落酸(abscisic acid,ABA)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)、水杨酸(salicylic acid,SA)3种外源激素分别诱导处理0、24、48、120 h的感病番茄品种‘Moneymaker’(MM)和抗病番茄自交系62579叶片为试验材料,通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行扩增,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件分析EF1α、L33、Act、Ubi、GAPDH、UK、CAC、TIP41这8个番茄候选内参基因的表达稳定性。结果表明,8个候选内参基因的平均CT值为26~34。综合3个软件的分析结果发现,在ABA诱导下,番茄中较稳定表达的内参基因为L33和Ubi;在MeJA诱导下,番茄中较稳定表达的内参基因为L33和EF1α;在SA诱导下,番茄中较稳定表达的内参基因为EF1α和L33。综上所述,L33基因是番茄在不同激素诱导下表达最稳定的候选内参基因。本研究筛选的最稳定内参基因将为后续番茄响应外源激素处理的差异基因表达分析和分子机制研究提供校准依据。 展开更多
关键词 番茄 激素诱导 实时荧光定量聚合酶链反应 内参基因
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