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豇豆花叶病毒和黑眼豇豆花叶病毒RT-Realtime PCR及IC-RT-Realtime PCR检测方法研究 被引量:3
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作者 李彬 粟寒 +3 位作者 李艳华 缪爱斌 吴翠萍 安榆林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期105-109,共5页
建立了豇豆两种种传病毒豇豆花叶病毒(CPMV)和黑眼豇豆花叶病毒(BlCMV)RT-Realtime PCR检测方法以及双重RT-Realtime PCR检测方法。在此基础上,根据免疫学抗原抗体特异性吸附的特点,建立了CPMV和BlCMV免疫捕获反转录荧光定量(IC-RT-Real... 建立了豇豆两种种传病毒豇豆花叶病毒(CPMV)和黑眼豇豆花叶病毒(BlCMV)RT-Realtime PCR检测方法以及双重RT-Realtime PCR检测方法。在此基础上,根据免疫学抗原抗体特异性吸附的特点,建立了CPMV和BlCMV免疫捕获反转录荧光定量(IC-RT-Realtime)PCR检测方法以及双重IC-RT-Realtime PCR检测方法。该单重及双重IC-RT-Real-time PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强和稳定性好等优点,适用于豆类种苗中对CPMV和BlCMV的检测。 展开更多
关键词 豇豆花叶病毒 黑眼豇豆花叶病毒 免疫捕获反转录实时荧光pcr 双重反转录实时荧光pcr
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双引物探针RT-Realtime PCR检测马铃薯A病毒 被引量:2
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作者 张京宣 梁炜 +3 位作者 耿金培 陈洪俊 杨益娥 粟智平 《植物检疫》 北大核心 2012年第1期26-28,共3页
马铃薯A病毒(Potato virus A,PVA)是我国重要的检疫性有害生物。本研究根据PVA中CP基因(coat protein gene)的保守序列,设计了两套PCR引物和TaqMan探针,建立了双引物探针RT-RealtimePCR检测PVA的方法。该方法采用实时荧光PCR技术,有效... 马铃薯A病毒(Potato virus A,PVA)是我国重要的检疫性有害生物。本研究根据PVA中CP基因(coat protein gene)的保守序列,设计了两套PCR引物和TaqMan探针,建立了双引物探针RT-RealtimePCR检测PVA的方法。该方法采用实时荧光PCR技术,有效地提高了检测的灵敏度;同时两套引物探针相互验证,有效提高了结果的准确性。实验结果表明,本方法准确、灵敏、简便、快速,检出低限可达0.5fg/μL植物总RNA。 展开更多
关键词 马铃薯A病毒 CP基因 双引物探针RT-realtime pcr
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半巢式RT-Realtime PCR检测番茄丛矮病毒 被引量:2
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作者 粟智平 杨益娥 +3 位作者 赵伟铎 李金庆 邓丛良 尹伟力 《现代农业科技》 2015年第18期148-150,共3页
番茄丛矮病毒(ToBSV)是我国进境植物检疫对象,也是进境种子苗木等必检项目。该病毒能侵染番茄、曼陀罗、葡萄、豇豆等20余科120余种植物。该研究根据ToBSV全基因组中p33蛋白基因,设计引物和Taq Man探针,建立了半巢式实时PCR检测ToBSV的... 番茄丛矮病毒(ToBSV)是我国进境植物检疫对象,也是进境种子苗木等必检项目。该病毒能侵染番茄、曼陀罗、葡萄、豇豆等20余科120余种植物。该研究根据ToBSV全基因组中p33蛋白基因,设计引物和Taq Man探针,建立了半巢式实时PCR检测ToBSV的新方法。该研究巧妙地融合了巢式PCR和Taq Man探针技术,第二步半巢式-RT-Realtime PCR既进一步放大了第一步检测信号,也是对第一步PCR产物的确认,与单一的巢式PCR或Realtime PCR等方法相比其检测的准确性、灵敏度更高。该方法检测灵敏度可达50 fg/μL植物总RNA。 展开更多
关键词 番茄丛矮病毒(ToBSV) 半巢式RT—realtimepcr 检测
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巢式-多重RT-Realtime PCR检测马铃薯黑环斑病毒的研究 被引量:3
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作者 粟智平 耿金培 +2 位作者 鲁闽 张京萱 王颖 《检验检疫科学》 2009年第2期12-15,共4页
马铃薯黑环斑病毒(Potato black ringspot virus,PBRSV)是马铃薯重要病毒病害之一。本研究根据PBRSV基因组中RNA依赖的RNA聚合酶(RDRP)保守序列,设计合成了两对巢式PCR引物和1条Taq-MAN荧光探针,建立了巢式-多重RT-Realtime PCR检测PBRS... 马铃薯黑环斑病毒(Potato black ringspot virus,PBRSV)是马铃薯重要病毒病害之一。本研究根据PBRSV基因组中RNA依赖的RNA聚合酶(RDRP)保守序列,设计合成了两对巢式PCR引物和1条Taq-MAN荧光探针,建立了巢式-多重RT-Realtime PCR检测PBRSV的新方法。该方法采用E.Z.N.ATM试剂盒快速提取植物总RNA,并有机地结合了巢式PCR、多重PCR和探针检测技术。实验结果表明,该方法检测灵敏度可达450fg/μL植物总RNA。利用4对引物和1条TaqMAN探针对PCR阳性产物进行确认,本方法检测的准确性、灵敏度比巢式PCR、单重Realtime PCR等方法高。 展开更多
关键词 马铃薯黑环斑病毒(PBRSV) 巢式-多重RT-realtimepcr 检测
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巢式-多重RT-Realtime PCR检测马铃薯Y病毒脉坏死株系的方法 被引量:1
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作者 粟智平 耿金培 +2 位作者 杨益娥 钟响 张京萱 《检验检疫科学》 2009年第4期8-11,共4页
马铃薯Y病毒脉坏死株系(Potato virus Yvein necrosis strain,PVYn)是马铃薯中一个非常重要的病毒病害。本研究根据PVYn基因组中RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependentRNA polymerase,RDRP)基因序列保守区域,设计合成了两对巢式PCR引物和一... 马铃薯Y病毒脉坏死株系(Potato virus Yvein necrosis strain,PVYn)是马铃薯中一个非常重要的病毒病害。本研究根据PVYn基因组中RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependentRNA polymerase,RDRP)基因序列保守区域,设计合成了两对巢式PCR引物和一条TaqMAN荧光探针,建立了巢式-多重RT-Real-time PCR检测PVYn的新方法。该方法采用E.Z.N.ATM快速提取植物总RNA,并有机地结合了巢式PCR、多重PCR和探针检测技术。实验结果表明,本方法检测的准确性、灵敏度比巢式PCR、单重Real time PCR等方法高。该方法检测灵敏度可达3 fg/μL植物总RNA。利用四对引物和一条TaqMAN探针对PCR阳性产物进行确认,检测的准确性比其它方法高。 展开更多
关键词 马铃薯Y病毒脉坏死株系(PVY^N) 巢式-多重RT-realtimepcr 检测
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抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性定性PCR检测方法的建立及其标准化
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作者 肖芳 李允静 +5 位作者 武玉花 李俊 高鸿飞 翟杉杉 吴刚 梁晋刚 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1148-1156,共9页
抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5已经批准获得我国进口用作加工原料的安全证书,含有外源HaHB4基因和bar标记基因。本研究根据抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体5′端和3′端插入位点旁侧序列信息,设计19对引物,结合罗萨里... 抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5已经批准获得我国进口用作加工原料的安全证书,含有外源HaHB4基因和bar标记基因。本研究根据抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体5′端和3′端插入位点旁侧序列信息,设计19对引物,结合罗萨里奥农业生物技术学院公司的1对引物,针对20对引物组合利用定性PCR技术进行引物特异性筛选,结果显示5′端的14号引物特异性良好,优化后获得最佳反应体系和反应程序;经测试,该引物特异性好、稳定性高,检出限达0.1%,扩增片段大小248 bp。经8家有资质实验室对本方法的特异性、检出限、重复性和再现性进行验证,各项参数均达到国家标准要求。本研究成功建立了抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体定性PCR检测方法,为IND-ØØ41Ø-5转化体在国内的安全监管提供技术支撑。 展开更多
关键词 转基因 抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5 转化体特异性 定性pcr
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羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR方法的建立
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作者 刘尚博 王振华 +1 位作者 郑可 秦建华 《今日畜牧兽医》 2024年第8期1-4,共4页
为了寻找一种能够鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株与其他布氏杆菌菌株的双重实时荧光定量PCR检测方法。针对布氏杆菌菌株的16S rRNA和Bp26基因,各设计一套引物和探针,并优化反应体系和反应程序。以布氏杆菌A19、S2、M5-90和M5-90△26四种... 为了寻找一种能够鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株与其他布氏杆菌菌株的双重实时荧光定量PCR检测方法。针对布氏杆菌菌株的16S rRNA和Bp26基因,各设计一套引物和探针,并优化反应体系和反应程序。以布氏杆菌A19、S2、M5-90和M5-90△26四种疫苗株以及大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的特异性。克隆构建PCR_16S rRNA_Bp26标准品,通过倍比稀释进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的灵敏度。使用该方法与虎红平板凝集试验、试管凝集试验进行检测结果对比,评价该方法的可行性。结果显示,本方法特异性好,布氏杆菌A19、S2、M5-90三种疫苗株均同时出现Bp26基因和16S rRNA基因的扩增,布氏杆菌M5-90△26疫苗株只出现16S rRNA基因的扩增,大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌均未出现扩增曲线。该方法建立的16S rRNA基因序列扩增通道和Bp26基因序列扩增通道对标准品的最低检测限均达5 copies/μL。该方法对临床样本的检测结果与虎红平板凝集试验、试管凝集试验检测结果符合率较高,说明建立的羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR检测方法可用于临床的检测,为鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株免疫与布氏杆菌野毒株感染提供一种可行的检测方法。 展开更多
关键词 布氏杆菌 M5-90△26疫苗株 双重实时荧光定量pcr 鉴别诊断
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Comparison of Two Molecular Diagnostic Tests for COVID-19: Abbott RealTime SARS-CoV-2 and Allplex™2019-nCoV, in the Epidemic Context in Senegal
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作者 Babacar Faye Oulimata Gueye +2 位作者 Doudou Georges Massar Niang Babacar Mbengue Alioune Dièye 《American Journal of Molecular Biology》 CAS 2023年第1期46-56,共11页
Background: The persistence of the rapid spread of the COVID-19 pandemic is linked to the appearance of several variants of SARS-CoV2 with an impact on biological diagnosis, treatment and vaccination. The United State... Background: The persistence of the rapid spread of the COVID-19 pandemic is linked to the appearance of several variants of SARS-CoV2 with an impact on biological diagnosis, treatment and vaccination. The United States Food and Drug Administration (FDA) has granted several SARS-CoV-2 detection tests Emergency Use Authorization (EUA) for diagnosis and better epidemiological surveillance. Thus, multiple RT-PCR tests have been developed and brought to market in order to meet the urgent need for the diagnosis of COVID-19. However, comparative data between these tests in clinical laboratories are scarcely available to assess their performance. Objective: To compare two molecular methods for detecting SARS-CoV-2: the RT-PCR, Allplex&#8482;2019-nCoV tests on CFX96 Bio-Rad and the Abbott m2000sp/rt RealTime SARS-CoV-2. Materials and Methods: Nasopharyngeal and oropharyngeal swabs were taken from patients to diagnose SARS-CoV-2 infection. For each sample, we searched for the virus with two different RT-PCR tests: 1) first on Abbott m2000 SARS-CoV-2 targeting the N and RdRp genes, 2) then on Allplex&#8482;2019-nCoV Assay looking for the E, N and RdRp genes. Results: Percentages of the agreement were calculated. A total of 100 samples that tested negative and 90 positives on Abbott m2000 SARS-CoV-2 were retested on Allplex&#8482;2019-nCoV. Overall agreement was 74.74% on all samples. The specific agreement was 84% and 64.4% respectively for negative and positive samples with the RealTime SARS-CoV-2 test. A positive correlation (r<sup>2</sup> = 0.63;p Conclusion: Our results showed good overall agreement between RT-PCR, Allplex&#8482;2019-nCoV and Abbott RealTime SARS-CoV-2 tests in the diagnosis of COVID-19. As the concordance is low for small viremias, the RT-PCR Allplex&#8482;2019-nCoV Assay would be better indicated during the acute and symptomatic phase of the disease. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 COVID-19 DIAGNOSTICS RT-pcr Abbott realtime Seegene-Allplex
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荧光PCR和数字PCR法检测转基因DAS-44406-6品系大豆 被引量:18
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作者 于晓帆 高宏伟 +2 位作者 孙?敏 肖西志 李荣贵 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第16期235-241,共7页
目的:建立实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测转基因DAS-44406-6品系大豆的定性检测方法和使用数字PCR检测转基因DAS-44406-6品系大豆的定量检测方法。方法:针对转基因DAS-44406-6大豆品系,进行5’-RACE,测定... 目的:建立实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测转基因DAS-44406-6品系大豆的定性检测方法和使用数字PCR检测转基因DAS-44406-6品系大豆的定量检测方法。方法:针对转基因DAS-44406-6大豆品系,进行5’-RACE,测定该品系转基因大豆外源片段与大豆染色体重组的边界序列,并根据该边界序列设计引物和探针。使用23种非DAS-44406-6品系转基因植物作为阴性对照测试实时荧光PCR引物和探针的特异性,以DAS-44406-6品系样品制备6个含量梯度的样品进行检测低限实验。使用数字PCR技术进行定量检测,并确定定量检测的低限。结果:建立的转基因DAS-44406-6大豆品系的实时荧光PCR特异性检测方法品系鉴定特异性较强,实时荧光PCR检测方法的检测低限在模板DNA浓度为100 ng/反应时,为0.01%的转基因大豆含量,约为16.6个拷贝的DAS-44406-6基因组DNA;数字PCR检测方法的检测低限在模板DNA浓度为0.5 ng/反应、转基因大豆含量为1%时,相对标准偏差为0.7%。因此,建立的转基因DAS-44406-6大豆品系实时荧光PCR和数字PCR特异性检测方法符合转基因检测的要求。 展开更多
关键词 转基因大豆 DAS-44406-6品系 品系鉴定 实时荧光pcr 数字pcr
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鸡IFN-α和IFN-β及IFN-γ基因实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:17
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作者 张贺楠 赖汉漳 +4 位作者 齐岩 孔留五 张小桃 曹伟胜 廖明 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期173-177,共5页
根据GenBank上鸡α-、β-、γ-干扰素(ChIFNα-、β-、γ-)基因的序列,在保守区设计并合成各自特异引物,并以鸡3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参,采用SYBRGreen工染料以建立实时荧光定量PCR检测方法。将IFNα-、β-、γ-基因... 根据GenBank上鸡α-、β-、γ-干扰素(ChIFNα-、β-、γ-)基因的序列,在保守区设计并合成各自特异引物,并以鸡3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参,采用SYBRGreen工染料以建立实时荧光定量PCR检测方法。将IFNα-、β-、γ-基因克隆至pGEM-T载体上,以各阳性质粒作为标准品,构建标准曲线,并进行了熔解曲线分析。结果表明,鸡IFNα-、β-、γ-和GAPDH基因的C1值与标准品稀释度在1×10^2~1×10^8 copies/μL范围分别呈良好的线性关系,r^2均大于0.990。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,检测周期从RNA提取到荧光定量PCR结束只需4h。建立的鸡IFNα-、β-、γ-基N实时荧光定量PCR灵敏度高、特异性强、检测周期短,为在mRNA水平对鸡IFN的定量分析奠定了基础。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr Α-干扰素 Β-干扰素 γ-干扰素
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高效快速检测食物中猪成分的PCR和RT-PCR方法 被引量:5
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作者 张宏伟 赵良娟 +4 位作者 赵宏 侯丽萍 赵卫东 阎煜 郑文杰 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2009年第6期120-123,共4页
依据猪线粒体DNA中的细胞色素b基因序列设计一对特异性引物,用于检测食物中的猪源成分DNA扩增片段(130bp)可以从猪的基因组中检出而对其它物种(牛、羊、鸡等)样品的检测为阴性,且在各种组织中稳定存在,亦可应用于实时荧光PCR从加工的熟... 依据猪线粒体DNA中的细胞色素b基因序列设计一对特异性引物,用于检测食物中的猪源成分DNA扩增片段(130bp)可以从猪的基因组中检出而对其它物种(牛、羊、鸡等)样品的检测为阴性,且在各种组织中稳定存在,亦可应用于实时荧光PCR从加工的熟食和混合食物中灵敏地检出痕量猪DNA。 展开更多
关键词 猪成分 鉴定 细胞色素B pcr realtime-pcr
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茶树新梢不同叶片中β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因表达的实时定量PCR分析 被引量:30
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作者 赵丽萍 陈亮 +1 位作者 王新超 姚明哲 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期11-16,共6页
在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>... 在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>第五叶>第二叶>一芽一叶;而β-樱草糖苷酶基因在一芽一叶中最高,为4.31E+06拷贝/μl,一芽一叶>第二叶>第三叶>第四叶>第五叶。与茶叶香气密切相关两个基因在茶树不同部位的叶片中表达量和表达类型存在明显差异。本实验建立的实时荧光定量PCR可有效地用于茶树基因表达的定量分析。 展开更多
关键词 茶树 Β-葡萄糖苷酶 β-樱草糖苷酶 实时定量pcr
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PCR-DHPLC技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌 被引量:3
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作者 朱金国 莫瑾 +4 位作者 彭梓 朱水芳 赵文军 刘红霞 钟文英 《植物检疫》 北大核心 2009年第5期15-18,共4页
本研究成功建立了玉米细菌性枯萎病菌的PCR检测方法。该方法根据细菌ITS序列的特异性,设计了对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变的特异性引物及探针,并对5株玉米细菌性枯萎病菌及18种植物原性细菌的DNA进行了PCR、实时荧光PCR及PCR... 本研究成功建立了玉米细菌性枯萎病菌的PCR检测方法。该方法根据细菌ITS序列的特异性,设计了对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变的特异性引物及探针,并对5株玉米细菌性枯萎病菌及18种植物原性细菌的DNA进行了PCR、实时荧光PCR及PCR结合变性高效液相色谱技术(PCR-DH-PLC)检测。结果表明,几种方法特异性强,检测灵敏度均为菌液浓度102cfu/mL,PCR-DHPLC技术具有检测成本较低、高通量、自动化程度高、污染风险小及鉴定结果准确等特点,能够满足快速、准确诊断玉米细菌性枯萎病菌的要求。 展开更多
关键词 pcr 实时荧光pcr pcr-DHPLC 玉米细菌性枯萎病菌
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双重PCR-毛细管电泳法快速检测大豆中转基因成分 被引量:8
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作者 周颖 黎源倩 +2 位作者 苏宁 裴晓芳 雍莉 《四川大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期119-123,共5页
目的 建立抗草甘膦转基因大豆的快速检测方法。方法 针对转基因大豆基因组中被导入的 35 S启动子、NOS终止子和 CP4 - EPSPS抗草甘膦基因等外源基因 ,自行设计了两对引物 ,采用双重 PCR同时扩增上述基因 ,用 8g/L羟丙基甲基纤维素为... 目的 建立抗草甘膦转基因大豆的快速检测方法。方法 针对转基因大豆基因组中被导入的 35 S启动子、NOS终止子和 CP4 - EPSPS抗草甘膦基因等外源基因 ,自行设计了两对引物 ,采用双重 PCR同时扩增上述基因 ,用 8g/L羟丙基甲基纤维素为筛分介质 ,在 5 0 cm× 10 0μm i.d.涂壁毛细管中 ,于 - 10 k V电压下用激光诱导荧光 -毛细管电泳检测转基因大豆的 PCR扩增产物。结果 在优化的 PCR反应和毛细管电泳条件下 ,本法可以同时检测出转基因大豆样品中三种外源基因 ,双重 PCR扩增产物经测序证实与原基因序列完全一致 ,表明本研究设计的引物合理 ,扩增结果可靠。毛细管电泳进样量仅需 5 nl,分析时间为 2 4 min,迁移时间的相对标准偏差≤ 3.2 %。结论 本方法较常规琼脂糖凝胶电泳特异性高 ,分析时间短 ,重现性好 ,检测灵敏 。 展开更多
关键词 双重pcr 激光诱导荧光-毛细管电泳 转基因大豆 pcr产物检测 羟丙基甲基纤维素
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逆转录-套式PCR鉴定福建省登革Ⅰ型病毒 被引量:11
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作者 谢剑锋 翁育伟 +2 位作者 沈晓娜 陈端 赵珠英 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2005年第8期699-701,共3页
目的检测急性感染者血清中的登革病毒,并判定其型别。方法从血清中提取病毒RNA,使用通用引物和型特异性引物,用逆转录-套式PCR方法扩增登革病毒特异性核酸片段,电泳后观察判定型别。同时还将扩增产物进行测序分析。结果用通用引物扩增5... 目的检测急性感染者血清中的登革病毒,并判定其型别。方法从血清中提取病毒RNA,使用通用引物和型特异性引物,用逆转录-套式PCR方法扩增登革病毒特异性核酸片段,电泳后观察判定型别。同时还将扩增产物进行测序分析。结果用通用引物扩增5份标本,均出现511bp扩增带,在型特异性引物的扩增下均出现482bp的扩增带,初步判断为DVⅠ病毒。经测序分析进一步确定为DVⅠ病毒。结论运用此方法证实2004年福建省登革热流行系DVⅠ病毒引起。 展开更多
关键词 DVI病毒 逆转录-套式pcr 鉴定
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PCR-DGGE技术在水解酸化—缺氧法处理采油废水的微生物研究中的应用 被引量:9
16
作者 裘湛 闻岳 +2 位作者 黄翔峰 王峰 章非娟 《环境污染与防治》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期439-442,共4页
采用PCR-DGGE技术直接从水解酸化和缺氧反应器中的污泥样品提取DNA,测定部分菌种的16S rDNA V3区片段序列,通过NCBI基因库比对,初步确定不同生物反应器内优势菌种,并进行了多样性指数分析。结果表明,水解酸化反应器中的生物膜与缺氧反... 采用PCR-DGGE技术直接从水解酸化和缺氧反应器中的污泥样品提取DNA,测定部分菌种的16S rDNA V3区片段序列,通过NCBI基因库比对,初步确定不同生物反应器内优势菌种,并进行了多样性指数分析。结果表明,水解酸化反应器中的生物膜与缺氧反应器中悬浮污泥微生物种群结构存在较大的差异,显示了在不同环境条件下,微生物群落结构的连续动态变化过程。 展开更多
关键词 pcr—DGGE 水解酸化-缺氧 采油废水
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转基因大豆GTS40-3-2转化事件特异性PCR检测 被引量:6
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作者 王恒波 陈平华 +2 位作者 郭晋隆 陈如凯 许莉萍 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1177-1183,共7页
GTS40-3-2是抗草甘膦转基因大豆,为建立GTS40-3-2大豆转化体特异性PCR检测方法,本研究以GTS40-3-2标准品为实验材料,根据已公布转基因大豆GTS40-3-2基因与大豆基因组连接序列信息,利用Primer5.0软件设计了5对品系特异性引物,对每对引物... GTS40-3-2是抗草甘膦转基因大豆,为建立GTS40-3-2大豆转化体特异性PCR检测方法,本研究以GTS40-3-2标准品为实验材料,根据已公布转基因大豆GTS40-3-2基因与大豆基因组连接序列信息,利用Primer5.0软件设计了5对品系特异性引物,对每对引物进行了退火温度、特异性及扩增效率的PCR检测,结果显示,5对特异性引物均能够从GTS40-3-2中扩增出大小约279bp、238bp、470bp、490bp和257bp的预期产物,可用于特异性检测转基因大豆GTS40-3-2转化事件。以转基因大豆GTS40-3-2含量为5%、2%、1%、0.5%和0.1%的标准品进行PCR灵敏度检测,结果表明5对引物的检测灵敏度均能达到0.1%。通过荧光定量PCR对5对特异性引物的Ct值与溶解曲线比较,最后选择出RRS2引物对为转基因大豆GTS40-3-2品系特异性检测的最适引物。本文结果将为我国未来转基因生物产品成分检测提供科学合理的实验参考。 展开更多
关键词 转基因大豆 GTS40-3-2 转化事件 特异性pcr检测
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实时荧光定量RT-PCR检测鱼类传染性胰脏坏死病病毒方法的建立 被引量:8
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作者 徐晔 段宏安 +2 位作者 周毅 刘亭歧 姚燕林 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第31期19224-19226,共3页
[目的]建立Taqman探针荧光定量RT-PCR检测传染性胰脏坏死病病毒(IPNV)的方法。[方法]选取IPNV病毒的基因保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物与探针。以梯度稀释的含有IPNV目的扩增片段的质粒作为标准品,探索定量RT-PCR反应条... [目的]建立Taqman探针荧光定量RT-PCR检测传染性胰脏坏死病病毒(IPNV)的方法。[方法]选取IPNV病毒的基因保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物与探针。以梯度稀释的含有IPNV目的扩增片段的质粒作为标准品,探索定量RT-PCR反应条件。[结果]当标准品浓度在102~106 copies/μl之间时,标准品浓度(X)与Ct的关系为Ct=-3.426 lgX+4.481,相关系数R2为0.999 8。该法对病毒性出血性败血症病毒(VHSV)、传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)、鲤春病毒血症病毒(SVC)和流行性造血器官坏死病病毒(EHNV),草鱼呼肠孤病毒(GCRV),大鳞大麻哈鱼胚胎细胞(CHSE-214)和虹鳟的核酸都没有扩增反应。[结论]该检测方法灵敏度高,特异性好,可用于鱼类传染性胰脏坏死病病毒的快速定量检测。 展开更多
关键词 传染性胰脏坏死病病毒(IPNV) 荧光定量RT-pcr TAQMAN探针
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人端粒酶催化亚单位mRNA的实时荧光RT-PCR定量检测 被引量:7
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作者 郭颖 刘军 +2 位作者 薛采芳 吴静 宋天保 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期618-620,共3页
目的 :建立可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。方法 :用Trizol 试剂从HepG2细胞中分离总RNA ,然后反转录为cDNA。利用一对基因特异引物和一条TaqManMGB探针 ,以实时荧光PCR定量hTERT的cDNA。同时定... 目的 :建立可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。方法 :用Trizol 试剂从HepG2细胞中分离总RNA ,然后反转录为cDNA。利用一对基因特异引物和一条TaqManMGB探针 ,以实时荧光PCR定量hTERT的cDNA。同时定量测定人 β 肌动蛋白 (hBA)的mRNA作为内对照。用梯度稀释的克隆的人 β 肌动蛋白基因制作标准曲线。结果 :标准曲线的相关系数为 1.0 0。实时荧光反转录PCR方法的平均变异系数为 7.1%。HepG2细胞hTERTmRNA与hBAmRNA的比值为 (1.3± 0 .3)× 10 -4。结论 :建立了可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。 展开更多
关键词 RNA 端粒酶催化亚单位 实时荧光pcr 反转录pcr HepG2细胞 定量测定 Β-肌动蛋白 BA 稀释 特异引物
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牛IFN-α、IFN-β及IFN-γ mRNA实时SYBR GreenⅠ定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:4
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作者 韩猛立 杨井泉 +3 位作者 姚守秀 黄新 薄新文 钟发刚 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期762-767,共6页
为建立灵敏度高、特异性强、能够快速检测牛α-、β-、γ-干扰素(BoIFN-α、BoIFN-β、BoIFN-γ)mRNA的实时荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank中登录的BoIFN-α、BoIFN-β和BoIFN-γ基因序列,分别在其保守区内设计并合成特异引物,以牛3... 为建立灵敏度高、特异性强、能够快速检测牛α-、β-、γ-干扰素(BoIFN-α、BoIFN-β、BoIFN-γ)mRNA的实时荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank中登录的BoIFN-α、BoIFN-β和BoIFN-γ基因序列,分别在其保守区内设计并合成特异引物,以牛3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)mRNA为内参,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法。将BoIFN-α、BoIFN-β和BoIFN-γcDNA分别克隆到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌DH5α内,经PCR及测序鉴定,将得到的阳性重组质粒制备成标准品,建立SYBR Green荧光定量PCR标准曲线并分析溶解曲线,进行灵敏性、特异性和重复性试验。结果表明:BoIFN-α、BoIFN-β、BoIFN-γ和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×101copies/μL~1×107copies/μL内均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.991。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,特异性和重复性较好。本研究建立的检测牛IFN-α、IFN-β和IFN-γmRNA的实时荧光定量PCR方法,为牛IFN mRNA水平上的定量分析奠定了基础。 展开更多
关键词 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量pcr α-干扰素 Β-干扰素 γ-干扰素
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