广谱中和活性样本HIV-1 Env基因的氨基酸及密码子使用特点研究

目的:分析具有高广谱中和活性的HIV-1感染者包膜蛋白(Env)基因的氨基酸及密码子使用特点。方法:根据中和宽度是否高于90%将样本分为高广谱中和活性组(hBCN+组)和非高广谱中和活性组(hBCN-组),采用单拷贝基因组扩增法(SGA)分离全长Env基因,通过两组样本Env基因的相对氨基酸使用度(RAAU)的对应性分析(COA),并基于相似性指数D(A,B)计算及与宿主相对密码子使用度(RSCU)的比对探讨两组毒株的氨基酸及密码子使用特点。结果:对应性分析结果显示hBCN+组和hBCN-组毒株RAAU数据沿两个主轴分布形成两个相对独立的簇,表明两组毒株Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式;相似性指数分析结果显示hBCN+组(0.097)低于hBCN-组(0.102),且两组毒株相比较,hBCN+组Env基因与人具有相似使用模式的密码子少于hBCN-组,提示hBCN+组毒株在感染者体内的适应性较hBCN-组毒株低。结论:hBCN+和hBCN-两组毒株的Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式,hBCN+组毒株对宿主的适应性较hBCN-组毒株低。