相对速率检验方法与实用程序

相对速率检验是检验分子钟假设正确与否的一种有效工具。本文简要介绍了该方法的基本原理 ,提出了一个新的序列差异计算矩阵 ,并应用 Visual Basic语言编制了一个相对速率检验程序。

以牛亚科家畜线粒体细胞色素b基因全序列检验分子钟假说

在测定牛亚科家畜6个物种线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列的基础上,以非参数检验法检验分子钟假说,提出肯定或否定分子钟假说的部分客观资料。结果表明,6个牛种的Cyt b基因全序列长度都是1 140bp,牛种间序列的碱基组成差异较小,碱基替代以转换为主,转换/颠换比为5.4。基于核苷酸序列和氨基酸相对速率检验结果表明,牛种内序列的进化全部接受分子钟假说;牛种间大多数序列的进化接受分子钟假说,少数序列的进化拒绝分子钟假说。与基于氨基酸序列的检验结果相比较,基于核苷酸序列的检验结果更易于拒绝分子钟假说。进而推论,接受或者拒绝分子钟假说与所检测物种之间亲缘关系的远近无明显的相关性,分子钟假说在一定的物种范围内是成立的;对于长期进化而言,既无核苷酸序列亦无氨基酸序列以绝对恒定的速率变化,分子钟不具有通用性。