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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:1
1
作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《上海畜牧兽医通讯》 2014年第3期24-26,共3页
本文着重介绍Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,... 本文着重介绍Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep—pcr rep—pcr技术特点 rep^pcr应用现状
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鉴别猪圆环病毒2型和3型双重TaqMan MGB探针FQ-PCR检测方法研究
2
作者 赵雪丽 闫若潜 +8 位作者 王华俊 王淑娟 马震原 谢彩华 柴茂 杨海波 王翠 刘影 王东方 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第2期165-173,共9页
建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性... 建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性、特异性、重复性和干扰性试验,建立鉴别检测PCV2/PCV3的双重FQ-PCR方法。结果显示:该方法可特异性扩增PCV2、PCV3核酸,与猪伪狂犬病病毒(PRV)等8种病原及阴性对照无交叉反应,特异性较强;对PCV2和PCV3阳性质粒标准品的最低检出限均可达10 copies/μL,敏感性较高;PCV2/PCV3批内/批间重复试验变异系数(CV)值均在3%以下,表明方法稳定性、重复性较好;干扰性试验表明在两种病毒阳性质粒起始模板相差较大时该方法不会影响对其中任一病毒核酸的检出和准确定量。对42份临床疑似PCV感染样品检测结果与PCV2、PCV3基因测序结果符合率100%。本研究建立的双重FQ-PCR方法具有敏感性高达10 copies/μL、特异性强、在同一反应体系中能同时快速鉴别检测PCV2、PCV3等优点,可用于临床PCV2/PCV3感染的快速鉴别检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因 猪圆环病毒3型 cap基因 双重TaqMan MGB FQ-pcr
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鸡舍环境金黄色葡萄球菌气溶胶产生及其传播的REP-PCR鉴定 被引量:16
3
作者 钟召兵 柴同杰 +3 位作者 段会勇 苗增民 姚美玲 袁文 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1395-1401,共7页
采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的... 采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的粪便,分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive extragenic palindromic elements PCR,REP—PCR)鉴定技术,扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示:4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度(P〈0.05或P〈0.01),但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著(P〉0.05)。REP-PCR结果表明,从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌(38.7%)相似性可达100%,从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌(55.9%)与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100%。可见,它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60%~87%。结果显示,鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶,进入气悬状态,不仅能在舍内传播,而且还能够借助舍内外气体交换,传播到舍外下风一定的距离。从而说明,来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气,对本舍鸡群构成传染威胁,又能传播一定的距离,对周边社区环境空气造成生物污染。 展开更多
关键词 鸡舍 气载金黄色葡萄球菌 rep—pcr 病原菌传播
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Rep-PCR应用于快速鉴定啤酒污染菌的研究 被引量:10
4
作者 朱林江 郑飞云 +3 位作者 赵亚洲 邢香楠 李崎 顾国贤 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1013-1020,共8页
为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用,首先比较了DNA提取方法,确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法,从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)_5引物扩增分离菌,采用Gel Com... 为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用,首先比较了DNA提取方法,确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法,从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)_5引物扩增分离菌,采用Gel ComparⅡ软件处理电泳图,构建污染菌的标准指纹图库。经过聚类分析表明,BOXA1R和(GTG)5对Lactobacillusbrevis、L.buchneri、L.casei/paracasei、L.plantarum和L.fermentum的聚类效果具有互补性,并首次提出指纹比对快速鉴定的相似系数阈值的概念。对来自三个不同来源的9株乳酸菌的快速鉴定结果表明,rep-PCR鉴定技术简单、快速、可靠,在快速鉴定方面将具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 rep—pcr BOXAIR (GTG) 相似系数阈值 啤酒腐败菌
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REP-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用 被引量:8
5
作者 何培新 刘伟 +2 位作者 郭恒 程雁 申进文 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2008年第2期78-81,共4页
研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌... 研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌株聚类为四大类群:杏鲍菇、白灵菇和秀珍菇为独立的类群,20个糙皮侧耳栽培菌株聚类在一起。因此,REP-PCR技术可以应用于侧耳属种及菌株水平的鉴定。 展开更多
关键词 rep—pcr技术 平菇 菌株鉴定 聚类分析
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rep-PCR指纹图谱技术在乳酸菌鉴定中的应用 被引量:6
6
作者 满朝新 迟涛 +6 位作者 胡博韬 房玉国 王旻 周艳秋 韩琳琳 胡惠秩 姜毓君 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2010年第5期4-6,共3页
采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus pl... 采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus plantarum和Lactobacillus helveticus等6种菌种是这些传统发酵乳中常见的种,而植物乳杆菌Lactobacillus plantarum为优势种;而且还发现同一乳酸菌种群指纹图谱存在一些特征性的条带,这将为我们快速鉴定乳酸菌提供了理论依据。 展开更多
关键词 乳酸菌 rep—pcr 传统发酵乳制品
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链霉菌的rep-PCR基因指纹分析 被引量:19
7
作者 张建丽 刘志恒 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期281-285,共5页
对重复片段PCR(rep PCR)基因指纹分析应用于链霉菌分子分型进行研究 ,结果表明rep PCR基因指纹分析具有分辨率高、稳定、重现性好、简便易行等特点 ,在一定程度上与 1 6SrDNA序列比较结果相一致 ,是一种快速而有效的DNA指纹技术 ,能反... 对重复片段PCR(rep PCR)基因指纹分析应用于链霉菌分子分型进行研究 ,结果表明rep PCR基因指纹分析具有分辨率高、稳定、重现性好、简便易行等特点 ,在一定程度上与 1 6SrDNA序列比较结果相一致 ,是一种快速而有效的DNA指纹技术 ,能反映出链霉菌种和菌株水平的基因型、系统发育和分类学关系 ,可应用于种及以下水平的分类和快速鉴定 。 展开更多
关键词 链霉菌 rep—pcr基因指纹分析 快速鉴定
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利用rep-PCR技术研究我国9省柑橘溃疡病菌遗传多样性 被引量:11
8
作者 姚廷山 胡军华 +3 位作者 唐科志 冉春 李中安 周常勇 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期819-822,共4页
采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供... 采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供试菌株可划分为5个簇;以遗传相似距离0.5划分,供试菌株可划分为4个簇;15个菌株与标准A菌株遗传相似距离较近,菌株CJX、CZJ1、CGDN2与标准A菌株遗传相似距离较远;来自同一省的少数溃疡病菌株的遗传相似性也较低,说明我国柑橘溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 柑橘溃疡病菌 rep-pcr 遗传多样性
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用rep-PCR技术研究中国花生根瘤菌的多样性 被引量:8
9
作者 李俊 徐玲玫 +3 位作者 樊蕙 李力 葛诚 杨苏声 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期296-304,共9页
采用细菌基因组重复序列PCR技术(简称repPCR)中常用的REPPCR和ERICPCR,对从中国11个省、市的23个点、24个花生品种采集的根瘤中分离的59株花生根瘤菌Bradyrhizobiumsp.(Ar... 采用细菌基因组重复序列PCR技术(简称repPCR)中常用的REPPCR和ERICPCR,对从中国11个省、市的23个点、24个花生品种采集的根瘤中分离的59株花生根瘤菌Bradyrhizobiumsp.(Arachis)进行多样性研究,同时对来自国外的6株花生根瘤菌及14株参比慢生根瘤菌也进行了比较。得到的低相似性结果表明中国花生根瘤菌基因组存在显著的多样性。REPPCR揭示,在相似性50%上分为11个群,而ERICPCR却得到24个分群。这两种结果对菌株的分群有差异,暗示这两种短重复序列在慢生根瘤菌基因组中的分布的不同。没有发现菌株间基因组的多样性分布与花生品种、地理来源之间的必然联系。将两者电泳图谱结合并分析,得到介于上述两者间的结果。此结果进一步反映了菌株基因组间存在的多样性。同时还表明repPCR不仅是研究生物多样性的快速简便方法,还可应用于菌株的鉴别和生态学研究。 展开更多
关键词 pcr 花生根瘤菌 多样性
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Rep-PCR技术对中国水稻条斑病菌的遗传多样性初析 被引量:16
10
作者 姬广海 许志刚 张世珖 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期26-32,共7页
采用 Rep- PCR技术 ,对 30个水稻细菌性条斑病菌株 (Xanthomonas oryzae pv.oryzicola)进行遗传多样性分析 ,同时对李氏禾条斑病菌等其它 10个参试菌株也进行了比较。 Rep- PCR是利用一些基于细菌的短的重复序列引物 (ERIC和 BOX)的 DN... 采用 Rep- PCR技术 ,对 30个水稻细菌性条斑病菌株 (Xanthomonas oryzae pv.oryzicola)进行遗传多样性分析 ,同时对李氏禾条斑病菌等其它 10个参试菌株也进行了比较。 Rep- PCR是利用一些基于细菌的短的重复序列引物 (ERIC和 BOX)的 DNA扩增特性 ,2种引物组合的电泳图谱结合并分析 ,以水稻细菌性条斑病菌各自的指纹谱型在相似率 80 %时可分为 6簇 ,初步表明我国水稻细菌性条斑病菌群体的遗传分化明显 ;发现自然界存在的弱或无毒性菌株与毒性菌株的 Rep- PCR指纹图谱差异很大 ;毒性菌株的遗传分簇与其致病性具有一定的相关性。用 ERIC扩增水稻条斑病菌基因组DNA的指纹比 BOX更为多样 ,两者对菌株的分辨率不同。因此 ,Rep- PCR技术可有效地用于监测水稻细菌性条斑病菌的遗传变异 ,还可应用于菌株的鉴定和分类学研究。 展开更多
关键词 水稻 细菌性条斑病菌 遗传多样性 rep-pcr
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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量:10
11
作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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鸡产气荚膜梭菌遗传多样性的REP-PCR分析 被引量:8
12
作者 郑晓丽 倪学勤 +2 位作者 曾东 JOSHUA Gong 宋振银 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期383-388,共6页
为探讨鸡产气荚膜梭菌流行现状的调查方法,采用REP-PCR(repetitive extragenic palindromicPCR)技术对四川省10个规模化鸡场分离得到的34株A型产气荚膜梭菌进行了遗传多样性分析,并与AFLP(amplified fragment length polymorphism)方法... 为探讨鸡产气荚膜梭菌流行现状的调查方法,采用REP-PCR(repetitive extragenic palindromicPCR)技术对四川省10个规模化鸡场分离得到的34株A型产气荚膜梭菌进行了遗传多样性分析,并与AFLP(amplified fragment length polymorphism)方法进行了分型比较。结果显示,尽管REP-PCR分型方法只能将34株产气荚膜梭菌分为7个亚型,但是,仍然表现出对产气荚膜梭菌菌株的较高的鉴别能力,不失为一种简便、快速、可靠的产气荚膜梭菌分型方法。经对亚型分布情况进行分析,表明产气荚膜梭菌的流行特点与地区差异相关,不同鸡场产气荚膜梭菌的亚型差异明显,而同一鸡场的亚型较单一,以一种亚型为主,交叉有少数其他亚型;优势基因型为REP-PCR基因1型、2型和3型。证实,REP-PCR技术适用于鸡产气荚膜梭菌遗传多样性分析。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌 遗传多样性 基因组重复序列聚合酶链式反应
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用REP-PCR DNA指纹鉴别Frankia菌 被引量:6
13
作者 彭源东 张忠泽 丁鉴 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1998年第1期1-5,共5页
用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性... 用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性所得结果具有良好的相关性。 展开更多
关键词 FRANKIA rep-pcr DNA指纹鉴别 分类学
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利用rep-PCR研究云南尼泊尔桤木根瘤内Frankia基因多样性 被引量:2
14
作者 熊智 唐晓萌 +3 位作者 代玉梅 张成刚 张忠泽 徐丽华 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期623-627,共5页
利用rep-PCR指纹技术对云南5个地区的尼泊尔桤木根瘤内Frankia菌基因多样性进行研究,实验发现Frankia菌呈现丰富的基因多样性.所有71个样品被分为11种不同的基因类型.除高黎贡山外,不同地域都有某种基因型占优势,显示Frankia菌基因型与... 利用rep-PCR指纹技术对云南5个地区的尼泊尔桤木根瘤内Frankia菌基因多样性进行研究,实验发现Frankia菌呈现丰富的基因多样性.所有71个样品被分为11种不同的基因类型.除高黎贡山外,不同地域都有某种基因型占优势,显示Frankia菌基因型与地域有紧密关系.所观察的5个地区中,高黎贡山Frankia菌基因型种类最多,多样性指数最高,基因多样性最为丰富.结合高黎贡山地理资料及其它生物多样性相关研究,推测与高黎贡山尼泊尔桤木共生的Frankia可能作为种储备库,为其它地区的寄主植物提供了祖先菌株. 展开更多
关键词 FRANKIA rep-pcr 尼泊尔桤木 云南 地域 基因多样性
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幽门螺杆菌临床分离株的REPPCR分析 被引量:2
15
作者 彭颖 吕建新 +1 位作者 叶嗣颖 黄庆华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期684-686,共3页
应用REP PCR对来自20例单纯性胃炎和20例消化性溃疡病人的幽门螺杆菌菌株进行基因分型,并运用SAS软件进行聚类分析。结果显示这些菌株按照基因型被分为两大类,但两种来源的菌株在两大类中的比例无明显差异(P>0.1),提示幽门螺杆菌临... 应用REP PCR对来自20例单纯性胃炎和20例消化性溃疡病人的幽门螺杆菌菌株进行基因分型,并运用SAS软件进行聚类分析。结果显示这些菌株按照基因型被分为两大类,但两种来源的菌株在两大类中的比例无明显差异(P>0.1),提示幽门螺杆菌临床分离株REP PCR基因型与致病性之间不存在明显相关性。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 临床分离株 rep-pcr分析 基因分型
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蚕豆茎疫病菌rep-PCR初析 被引量:2
16
作者 黄琼 孙启明 +3 位作者 姬广海 钱君 孙跃先 刘凤权 《西南农业学报》 CSCD 2003年第1期74-77,共4页
对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌... 对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌株具有丰富的DNA多态性和较大的遗传变异。 2 4~ 2 5个菌株在 75 %遗传水平上相似。研究发现来自景东、昭通、玉溪、宣威、弥渡、文山、洱源、保山的菌株具有 75 %的同源性 ,与菌株的地理来源有一定相关关系。 展开更多
关键词 蚕豆茎疫病菌 rep-pcr 蚕豆
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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:5
17
作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《中国草食动物科学》 CAS 2014年第3期55-57,共3页
文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自... 文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源的或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 真菌 环境微生物 遗传多样性
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应用rep-PCR微生物源方法追踪夏秋季桂五水库粪便污染来源 被引量:4
18
作者 李伟伟 陈晓东 +2 位作者 顾玲 丁震 汪华 《江苏预防医学》 CAS 2010年第3期6-9,共4页
目的:应用重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,追踪夏秋季江苏桂五水库的粪便污染来源追踪。方法:采集已知来源的人和动物粪便标本以及夏秋两季水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics... 目的:应用重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,追踪夏秋季江苏桂五水库的粪便污染来源追踪。方法:采集已知来源的人和动物粪便标本以及夏秋两季水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics4.0软件对rep-PCR基因指纹图进行判别分析和多元方差分析并计算各源种类的正确归类率。结果:10、5、3和2分类法平均正确归类率分别为68.13%、74.76%、82.36%和86.03%。判别分析和多元方差分析结果显示rep-PCR基因指纹图能将已知源不同来源指示菌区分开。水样中主要粪便污染来源为人、鸡和牛。结论:建立的rep-PCR微生物源追踪方法能较好地区分水体中指示菌的不同来源,水体标本监测显示桂五水库粪便污染来源种类多,其中人、鸡和牛相对较多,提示应对桂五水库地区加强人、家禽和家畜动物粪便的无害化管理。 展开更多
关键词 微生物源追踪 rep-pcr BOXA1R 大肠杆菌
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水稻白叶枯病菌北方菌株遗传多样性rep-PCR分析 被引量:1
19
作者 阙海勇 陈华民 +1 位作者 吴茂森 何晨阳 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期482-487,共6页
为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,... 为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,Xoc)菌株进行了遗传多样性分析。结果表明,ERIC-PCR和BOX-PCR分析均能较好地揭示出测试菌株的遗传多态性,分别获得了84种和90种分子谱型;在相似系数为70%时,ERIC-PCR将所有测试菌株聚类为17个簇群,其中1个为优势簇群;BOX-PCR将测试菌株聚类为10个簇群,其中2个为优势簇群。在相似系数为50%时,Xoo与Xoc测试菌株分别聚类为2个不同的簇群。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 rep-pcr 分子谱型 簇群
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沙尘天气气载耐甲氧西林葡萄球菌监测及其REP-PCR指纹图谱分析 被引量:1
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作者 邱玉玉 崔南南 +2 位作者 李晓霞 王芳 刘玉可心 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期765-771,共7页
目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRS... 目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRSA的基因组DNA形成聚类图谱,分析不同源MRSA的相似性。结果气载金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌浓度沙尘天气时浓度均明显增高,与正常天气时的浓度差异有统计学意义(P<0.05);在火车站中最高,浓度分别为116.7CFU/m^3和162.0CFU/m^3。从空气中共分离得到金黄色葡萄球菌111株,其中MRSA20株;凝固酶阴性葡萄球菌179株,其中MRCNS共11株。20株气载MRSA图谱显示菌株相似性在48%~100%之间;气载MRSA与医院临床MRSA分离株之间的相似性在50%~100%之间;与动物源MRSA之间的相似性在40%~100%之间。结论沙尘天气空气中存在着多种葡萄球菌,而且空气中的部分MRSA株与医院临床分离株及动物源的MRSA有着较高的遗传相似性,应加强空气中葡萄球菌尤其是耐药葡萄球菌的监测及防控。 展开更多
关键词 沙尘天气 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 凝固酶阴性葡萄球菌 基因外重复回文序列pcr(rep-pcr)
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