链霉菌的rep-PCR基因指纹分析

对重复片段PCR(rep PCR)基因指纹分析应用于链霉菌分子分型进行研究 ,结果表明rep PCR基因指纹分析具有分辨率高、稳定、重现性好、简便易行等特点 ,在一定程度上与 1 6SrDNA序列比较结果相一致 ,是一种快速而有效的DNA指纹技术 ,能反映出链霉菌种和菌株水平的基因型、系统发育和分类学关系 ,可应用于种及以下水平的分类和快速鉴定 。

深海沉积物中产淀粉酶细菌的rep-PCR基因指纹分析

利用淀粉酶筛选培养基平板从27个深海沉积物样品中筛选得到30个具有胞外淀粉酶活性的菌株.其中革兰氏阴性细菌有22株,阳性细菌有8株.对这些细菌的基因组DNA进行ERICPCR和BOXPCR扩增,指纹图谱显示大部分菌株均存在数目不等的各自独特的带型,各特异性扩增的主带型能重复稳定出现.比较两种引物的指纹图谱,显示ERICPCR比BOXPCR具有较丰富的图谱多态性.对产生的指纹图谱进行聚类学分析,30株细菌可分为10组,其中5株细菌分别独立成组,最多的第Ⅱ组包含有8株细菌,而在同一聚类组内的细菌可能是处于进化上亲缘关系较近的位置.研究显示,30株菌具有丰富的种属多样性,揭示了深海微生物资源的丰富和潜力.ERICPCR和BOXPCR技术可用于对深海微生物群落组成和多样性的研究.

REP-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用

研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌株聚类为四大类群:杏鲍菇、白灵菇和秀珍菇为独立的类群,20个糙皮侧耳栽培菌株聚类在一起。因此,REP-PCR技术可以应用于侧耳属种及菌株水平的鉴定。

具抗肿瘤活性放线菌菌株YIM 90022的分离和系统发育分析

从青海盐碱土壤样品中分离到一株兼性嗜碱放线菌YIM 90022，该菌株的发酵产物具有很强的体外抗胃癌、肺癌、乳腺癌、皮肤癌、肾癌和子宫癌肿瘤细胞株活性。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明，菌株YIM 90022属于拟诺卡氏属（Nocardiopsis）的成员，与该属的4个有效发表种N．exhalans DSM 44407^T，N．prasina DSM 43845^T，N．metallicus DSM 44598^T和N．listeri DSM 40297^T系统发育关系最密切，与其分别以98．8％，98．5％，98．4％和97．8％的16S rRNA基因核苷酸序列相似性聚为一簇。但菌株YIM 90022不与这4个有效种中任何一个单独相聚，形成了一个独立亚分枝。结合形态特征、生理生化特性、细胞化学分类特征，以及rep-PCR基因指纹分析等方面的研究结果，菌株YIM 90022可能为拟诺卡氏菌属的一个潜在新种。菌株YIM 90022在大多数培养基上生长良好，气生菌丝和基内菌丝丰富，在酵母膏麦芽膏琼脂、燕麦片琼脂等培养基中产生可溶性色素。生长pH范围6．0．12．0，最适pH8．5；能在含0—15％NaCl（W／V）的培养基上生长。

桑树根际硅酸盐细菌的分离鉴定及解钾能力测定

利用选择性培养基,从桑树根际土样中分离获得29个具有解钾能力的细菌分离株,经rep-PCR DNA指纹分析得到24株硅酸盐细菌。通过解钾能力测定,筛选出FK2、FK3、FK8、FK11、FK4′、FK23和PK187个具有较强解钾能力的菌株,其中FK2菌株的解钾能力最强,有效态钾增长41.79%。对这7株具有较强解钾能力的细菌进行菌落形态特征观察及16S rDNA序列测定和同源性分析:FK2菌株为假单胞菌属(Pseudomonas sp.),FK3和FK23菌株为中华根瘤菌属(Sinorhizobium sp.),FK11和FK8菌株为根瘤菌属(Rhizobiumsp.),FK4′菌株为中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium sp.),PK18菌株为屈挠杆菌属(Flexibacter sp.)。

苹果树根际高效解钾菌的筛选及鉴定

为探明苹果树根际解钾菌的种群特征和解钾性能,从苹果树根际土壤中分离获得解钾能力较强的高效解钾菌。本研究以钾长石为唯一钾源,分离获得118株具有解钾活性的菌株,重复片段PCR基因指纹分析(Repetitive-element PCR,rep-PCR)聚为29个类群。利用火焰分光光度法测定菌株解钾能力,获得5株高效解钾菌,平均解钾活性达到41.47mg·L-1,其中K105的解钾能力最强,有效态钾增长23.09%。采用H2O2消煮后测得的K+浓度升高,有效态钾增长最高达31.22%。采用形态特征观察、生理生化特性检测和基于16S r RNA基因序列的系统发育分析对高效解钾菌株进行鉴定。结果表明:K1为不动杆菌属(Acinetobacter sp.)、K98、K105和K115为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、K168为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)。研究结果可为开辟新型高效解钾菌,为连作土壤的改良和苹果专用微生物菌肥的开发提供依据。