基于转录组学分析自然感染绵羊肺腺瘤病毒患羊肺肿瘤组织中转录差异基因及病毒致瘤机制的研究

绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台进行转录组学测序(RNA-Seq),采用DESeqR筛选健康绵羊与患病绵羊肺组织中的转录差异基因,并以P<0.05和log2(Fold change)≥1筛选转录显著差异基因。通过GO和KEGG数据库对转录显著差异基因进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析,并采用RT-qPCR对随机选择的10个转录显著差异基因进行验证。结果显示,与对照组相比,OPA羊肺肿瘤组织中共筛选到1 360个转录上调基因和783个转录下调基因,其中154个转录显著上调基因,212个转录显著下调基因。GO功能分析显示,转录显著差异基因显著富集在178个GO条目中,包括114个生物过程(BP)、19个细胞成分(CC)和45个分子功能(MF),主要涉及生长因子活性、复制后修复、NAD^(+)二磷酸酶活性、核苷代谢过程和鸟苷核苷酸交换因子活性等生物学功能。KEGG分析显示转录显著差异基因主要富集在细胞增殖、分化和肿瘤生成,如PI3K/Akt、MAPK和Hippo等信号通路。RT-qPCR结果显示,10个转录显著差异基因与RNA-Seq筛选结果均一致。本研究进一步通过RT-qPCR、western blot检测Hippo信号通路核心蛋白哺乳动物STE20样蛋白激酶1/2 (MST1/2)、大肿瘤抑制因子1/2 (LATS1/2)、YES相关蛋白1/2 (YAP1)在两组绵羊肺组织样品中的转录及表达水平和YAP1的磷酸化水平(p-YAP1);采用免疫组化试验(IHC)检测Hippo信号通路中上述核心蛋白在两组绵羊肺组织中的表达及定位。RT-qPCR结果显示,与对照组相比,OPA羊肺组织中MST1和YAP1 mRNA的转录水平均极显著上调(P<0.01、P<0.001),LATS1 mRNA的转录水平显著上调(P<0.05)。Western blot结果显示,MST1/2蛋白在59 ku、YAP1和p-YAP1蛋白在65 ku、LATS1/2蛋白在140 ku处分别出现特异性条带;与对照组相比,OPA绵羊肺肿瘤组织中MST1/2和p-YAP1的表达水平显著上调(P<0.05),LATS1/2和YAP1的表达水平极显著上调(P<0.01)。IHC结果显示,在OPA组和对照组羊肺组织中MST1/2、LATS1/2及p-YAP1均定位于肺组织细胞质中,且与对照组相比,OPA组羊肺组织中上述分子均呈强阳性表达。YAP1主要定位于对照组羊肺组织细胞的胞质中,而在OPA组中YAP1主要定位于细胞核中(少量定位于细胞质中)。上述结果表明,OPA组绵羊肺组织中存在转录显著差异基因,主要参与细胞增殖、肿瘤发生和转移等过程,且主要富集在PI3K/Akt、MAPK、Hippo等信号通路,尤其是Hippo信号通路中的YAP蛋白可能通过核异位促进肿瘤的发生与发展。本研究为JSRV致瘤机制提供了新的研究基础与研究思路和方向。

黄曲霉毒素B_1的免疫检测 Ⅱ.抗体的产生及应用

将黄曲霉毒素Ｂ１肟（ＡＦＢ１Ｏ）与牛血清白蛋白（ＢＳＡ）的连接物，通过多点、多次免疫法注射免疫兔子。分析了抗体的产生进程、效价以及特异性。注射抗原后的第６０天开始有较明显抗体产生，第１２０天达到高峰，维持１５天左右后开始下降；抗体的ＥＬＩＳＡ效价高达１：３００００；和黄曲霉毒素Ｂ１（ＡＦＢ１）的结构类似物的竞争ＥＬＩＳＡ表明，抗体有很好的特异性。运用该抗体，以ＥＬＩＳＡ分析检测了几种农产品及饲料中污染ＡＦＢ１的含量，并和薄层层析法的分析结构进行了比较，结果表明当ＡＦＢ１的含量大于等于５ｎｇ／ｍｌ时，两者间有很好的相关性。

流式细胞术快速测定逆转录病毒滴度的研究

目的 建立一种快速测定逆转录病毒滴度的方法。方法 用通过乒乓转导获得的逆转录病毒 (G1FP ,LGSN ,CD87)分别感染NIH 3T3受体细胞 ,以流式细胞术 (FCM )定量分析受体细胞中绿色荧光蛋白 (EGFP)或CD87的表达 ,并与常规的耐药集落形成法进行比较。结果 PT6 7/G1FP细胞高度表达EGFP ,荧光强度较对照细胞提高 10 5 1倍 ;G1FP - 8,Am12 /G1FP ,PT6 7/G1FP ,Am12 /LGSN和Am12 /CD87细胞上清中病毒滴度分别为 2 .9× 10 6,1.1× 10 5,2 .0× 10 6,1.5× 10 5和 4.3× 10 5感染性颗粒 /ml,比集落形成法测得的滴度低 3～ 6倍。结论 FCM分析抗原表达是测定逆转录病毒滴度的有效方法 ,特别适宜于缺乏选择性基因的载体。

绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析

参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列,设计合成3对引物,对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳分析,分别呈3条531、888和949bp的特异条带,将其分别克隆入pMD 18T载体中,进行序列测定并拼接序列,得到完整的gag基因序列。分析结果表明,与南非代表株(基因序列号NC 001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89 0%,推导出的氨基酸同源性为90%。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为86 3%,氨基酸同源性为87%。

孕妇IgG效价与不同血型新生儿溶血并发症的相关性分析

目的:探讨孕妇IgG效价与不同血型新生儿患溶血病(hemolytic disease of newborn,HDN)的相关性。方法:选取2014年5月-2015年1月在我院进行产检的O型血孕妇400例,且夫妻双方血型不同,在检查过程中对孕妇的IgG效价进行了检测,并且追踪孕妇产后新生儿溶血病的发生情况;根据新生儿是否出现HDN分为两组:HDN组和非HDN组。HDN组85例,非HDN组315例,并对IgG效价与其相关性进行系统的研究分析。结果:将产检过程中孕妇IgG效价分为<1∶64、1∶64、1∶128、1∶256和1∶512 5组,对IgG效价>64 4组的新生儿HDN发病率与IgG效价<64的新生儿HDN发病率分别比较显示,ABO-HDN的患病率分别为96.9%、79.6%、63.7%和28.8%,孕妇IgG效价与新生儿ABO溶血病的发生存在着一定的相关性,即随着IgG效价的升高,新生儿溶血病的发病率有升高的趋势(r=0.8832)。4组中新生儿的HDN发病的风险均高于IgG效价<64新生儿的HDN组。结论:孕妇IgG效价与ABOHDN的发病率有一定的相关性,因此对于IgG效价高的孕妇在产前进行效价的控制对于降低新生儿溶血病的发病率具有重要的临床意义。

中国巴马小型猪封闭群内源性反转录病毒存在状况分析

检测分析猪内源性反转录病毒(porcine endogenous retrovirus;PERV)在中国巴马小型猪封闭群中的携带情况。根据本实验室已建立的PCR、RT_PCR检测方法,对来自于巴马小型猪外周血淋巴细胞的DNA和RNA样品进行PERV核心蛋白基因(gag)、多聚酶基因(pol)及囊膜基因(env)的存在与表达进行检测;同时根据目前通用的env基因分型方法检测PERVenv_Ae、nv_Be、nv_C的存在与表达情况。所有被检样品不仅存在PERV gag、pol、env特异性DNA,而且都能够转录为RNA;所有样品同时存在PERV A、B亚型的前病毒,且有70%个体还同时存在PERV_C亚型前病毒,但仅有90%样品检测到PERV_A亚型的表达,50%检测到PERV_B亚型的表达,而所有的样品均未检测到PERV_C型的表达。巴马小型猪封闭群外周血淋巴细胞基因组中存在PERV_A、B、C 3种亚型,但仅有A、B两种亚型能够表达。PERV_A、B、C 3种亚型的同时存在,预示着巴马小型猪封闭群中存在不同亚型病毒重组的可能性。

内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株gag基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

提取内源性绵羊肺腺瘤病毒内蒙古分离株(NM)总DNA,参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株gag基因序列设计1对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的gag基因片段,将其克隆到pMD19-T载体中进行测序得到完整的gag基因序列,并用DNAStar软件进行序列分析,分析结果表明,与内源性南非代表毒株enJS56A1(AF153615)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为98.9%。推导出的氨基酸同源性为98.4%。与外源性美国代表株JSRV21(AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89.6%,氨基酸同源性为94.8%。利用生物信息学软件对其蛋白结构进行预测,结果表明gag-enJSRV-NM为一结构松散的蛋白分子,这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的全序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定了基础。

中国特有小型猪内源性反转录病毒囊膜基因的克隆及进化分析

目的 克隆分析中国特有小型猪来源的猪内源性反转录病毒（PERV）囊膜基因（env）。比较不同来源毒株的异同及系统进化关系。方法 应用RT-PCR的方法分别从中国实验小型猪、巴马香猪及五指山小型猪外周血淋巴细胞中扩增PERV env基因，克隆入T载体后测序；随后以PCR方法对克隆PERV env基因进行分型检测；最后采用DNAsis及DNAstar软件对克隆的env基因和国外毒株env基因进行同源性及系统进化进行分析比较。结果 本试验所克隆的3株PERV env基因长度分别为1983bp、1986bp及1968bp，分别编码661、662和656个氨基酸，分型检测均为PERV-A亚型。同源性分析表明：国内这3个分离株env基因与国外来源于不同宿主的PERV-A、B、C亚型env基因的同源性分别在92．8～96．5％、69．4～73．4％及77．5％～80．8％之间。结论 PERV中国株的进化与A、B、C亚型分类有关，与宿主、分布地域关系不大，且PERV—A亚型与C亚型的亲源关系更近于B亚型。

重组逆转录病毒的制备、浓缩及保存研究

选择含有新霉素磷酸转移酶Ⅱ（ＮｅｏＲ）的重组逆转录病毒载体，用包装细胞进行包装，得到了含有重组逆转录病毒粒子的病毒上清，该病毒上清经差速离心法浓缩后，－８０℃无任何添加物的情况下保存３个月，体外感染靶细胞ＮＩＨ３Ｔ３以测定其滴度，冻存前后的浓缩病毒上清的感染滴度无明显降低，经过冻存的浓缩病毒上清的感染滴度仍可达到１０６ｃｆｕ／ｍｌ，具有理想的感染靶细胞的能力。

鸡内源性类J亚群禽白血病病毒gp85基因的克隆及分析

为深入探讨J亚群禽白血病病毒(AvianleukosisvirussubgroupJ,ALV J)的亚群特性,利用ALV Jgp85基因两侧的序列片段为引物,从正常SPF蛋鸡、商品肉鸡和DF1细胞基因组中完整地扩增了内源性类ALV Jgp85基因。肉鸡和DF1细胞内源性类ALV Jgp85基因同源性达99 9%;SPF蛋鸡内源性类ALV Jgp85基因与肉鸡和DF1细胞的内源性类ALV Jgp85基因之间同源性达95 6%、95 3%。三种不同来源的内源性类ALV Jgp85基因DNA与IMC10200株ALV J的gp85基因的同源性分别为91 8%、94 1%、94 0%;与ALV J原型株HPRS 103gp85基因的同源性分别为95 6%、98 3%、99 9%。内源性类ALV Jgp85序列与外源性ALV Jgp85基因具有相似或一致的ORF和Jameson Worlf抗原表位优势。

绵羊肺腺瘤病毒中国NM株部分gag基因的克隆与序列分析

参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的基因序列,设计合成一对引物,对绵羊肺腺瘤病毒(Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)内蒙株的gag基因中主要编码CA蛋白的基因段进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳分析,呈现一条约897bp的特异条带,将其回收后克隆入pMD-18 T载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,与南非株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为83%,推导出的氨基酸同源性为84%。与美国株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为81.5%,氨基酸同源性为83%。这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的一段序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。

绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒基因组的克隆与全序列分析

本研究参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列,设计合成8对引物,从内蒙古某羊场自然感染绵羊肺腺瘤病的病肺肿瘤组织中提取总DNA为模板,对JSRV-NM株基因组分8段进行PCR扩增,产物分别为8个(531bp,888bp,949bp,944bp,1428bp,947bp,1836bp,538bp)基因片段,将其分别克隆入pMD-18T载体中进行双向测序并拼接序列,获得完整的JSRV-NM株前病毒基因组全序列。结果表明,JSRV-NM株前病毒基因组全长7430bp,有相互重叠的4个较长的开放阅读框(ORF),分别代表gag、pro、pol和env基因。与绵羊肺腺瘤病毒Ⅰ型即南非代表株(NC-001494)和绵羊肺腺瘤病毒Ⅱ型即美国代表株(AF105220)的核苷酸同源性比较分别为90.4%和90%,推导出的氨基酸同源性分别为90%和89.1%。分析JSRV-NM株基因组结构,发现在LTR的上游和下游都具有外源性exJSRV特有的ScaⅠ酶切位点,在gag基因编码的NC区发现有2个较典型的“胱氨酸—组氨酸序列”,可形成锌指结构。在env基因编码的TM区有特异性的“YXXM”基序。用地高辛标记外源性exJSRV特异的JSRV-2片段制成探针,原位杂交法检测自然感染绵羊肺腺瘤病(OPA)的病肺组织中JSRV-NM的RNA及前病毒DNA,结果表明OPA患羊肺肿瘤细胞的胞浆和核内都有JSRV-2基因mRNA的表达,说明JSRV-NM株是具有致瘤作用的外源性反转录病毒。这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列。

用于转导猪β-干扰素基因的高滴度逆转录病毒的制备

通过 DNA重组技术 ,将卵清蛋白 5′调控序列和猪 β-干扰素基因重组到逆转录病毒载体 p L NHX中。通过瞬时转染法 ,将构建好的逆转录病毒重组载体和表达 VSV- G膜蛋白的表达载体 p VSV共转染 GP2 2 93包装细胞。病毒滴度测定表明 ,利用瞬时转染法可以产生高滴度的逆转录病毒 ,最高滴度可达 10 7CFU/ m L。

逆转录病毒滴度测定新方法的实验研究

[目的]研究一种简便、快速的能获取较高病毒滴度的体外培养方法。[方法]用质脂体转移法将逆转录病毒载体pLXIn转染到包装细胞PA317中,用G418筛选出抗性克隆,扩大培养,再收集上清,并测定病毒滴度。比较不同方法产生病毒的多少,为提高病毒滴度而进一步感染靶细胞奠定良好的实验基础。[结果]改良后的新方法(低温32℃、无CO2条件以及反复冻融法)较常规方法(37℃、5%CO2)可提高病毒滴度至少10倍。PTs,PTas和PLXIn组病毒颗粒数分别提高到1.3×105CFU/mL、1.2×105CFU/mL、1.5×105CFU/mL。[结论]逆转录病毒滴度测定新方法简便、快捷,能获取较高病毒滴度。

绵羊肺腺瘤病毒中国NM株gag基因3'端951 bp段的分子克隆与序列分析

究参照Genebank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的全基因序列,设计合成一对引物,对JSRV中国NM株的gag基因3'端中主要编码核衣壳(NC)蛋白的基因段进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳分析,呈现一条约951bp的特异条带,将其回收后克隆入pMD＿18T载体中,并进行序列测定。结果表明,与南非代表株(基因序列号NC＿001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为95 4%,推导出的氨基酸同源性为95%。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为91 3%,氨基酸同源性为91%。这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的一段序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。

内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株pol基因的克隆与序列分析

参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株pol基因序列设计了2对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的pol基因片段,将其克隆到PMD19-T载体后测序。应用计算机软件将测定序列与内源性南非代表毒株enJS56A1(AF153615)的pol基因序列比较,核苷酸同源性为99.3%,推导出的氨基酸同源性为95.0%。与外源性南非代表株JSRV-SA(M80216)的pol基因序列比较,核苷酸同源性为99.0%,氨基酸同源性为99.3%。这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒pol基因序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。

数字荧光强度分析法在自身抗体滴度检测中的应用探讨

首次研究应用数码成像系统采集荧光图形并测定数字荧光强度 ,以数字荧光强度分析法代替血清稀释法测定 ANA滴度。确定了最佳采图时间后 ,用数码成像系统 Spot32采集 4 14 0例 ANA阳性标本的荧光图象 ,用分析软件 ipwin32 (image- Pro plus)测定其数字荧光强度 ,同时将标本稀释检测滴度 ,确定不同滴度对应的数字荧光强度值 ,分析数字荧光强度与稀释滴度的对应关系 ,并比较不同 ANA核型用两种方法确定的滴度的符合程度。结果表明 :通过比较选择 4 s为最佳采图时间 ,经统计分析 4 s采集图像的数字荧光强度与稀释滴度的对应关系近似取值为 :2 9～ 5 0对 1∶ 10 0 ,5 1～ 85对 1∶ 32 0 ,86～ 175对 1∶ 10 0 0 ,176～ 2 15对 1∶ 32 0 0 ,2 16～ 2 37对 1∶ 100 0 0。对 314 0例标本进行数字荧光强度测定以及稀释滴度测定 ,两者总符合率为 89.4 % (2 80 6 / 314 0 )。其中 ,以斑点型 (15 6 8/ 15 86 ,98.9% )、均质斑点型 (46 0 / 4 6 1,99.8% )和均质型 (75 9/ 76 3,99.5 % ) ,符合率最高 ,总符合率为 99.2 % ;抗核仁型 (4/ 75 ,5 .3% )、抗着丝点型 (2 / 114 ,1.8% )、抗核糖体型 (13/ 10 3,12 .6 % )以及其它特殊型 (0 / 38,0 % )符合率最低。因此 ,以数字荧光强度分析法代替血清稀释法确定 ANA滴度的方?

纺丝机产量分析系统的研制

本系统将目前工程上实用的纺丝机产量分析进行了归纳和提练,建立了纺丝机的产量计算流程,可适用于各种纤维品种、线密度的产量分析和计算,能快速、准确、优质地计算设计参数和配置纺丝机关键组件。

2020年国产口服轮状病毒活疫苗质量一致性研究

目的:评价口服轮状病毒疫苗(Oral Rotavirus Vaccine,ORV)的质量一致性,提升该疫苗的安全性和有效性,保证婴幼儿用药安全。方法:对2020年国产ORV的关键控制指标(病毒滴度)的检验结果进行趋势分析,并与其前一年结果进行比较;将中国食品药品检定研究院(简称中检院)检测结果与企业结果进行比较。结果:2020年度该疫苗病毒滴度趋势分析结果显示未见超趋势(Out of Trend,OOT)。2020年度和2019年度比较结果显示企业年度间具有较好的一致性。中检院与企业病毒滴度检测结果比较差异均无统计学意义(P=0.3263,P>0.05);Bland-Altman法统计显示,97.7%批次的检测结果在不同浓度范围内的差值位于2倍标准差(2SD)以内。结论:2020年国产口服轮状病毒活疫苗质量稳定、可控,具有良好的一致性。今后应加强趋势分析中对OOT结果的调查、反馈,加强年度间比较分析,以及中检院与企业不同实验室间的比对研究。

菜豆凝集素的急性毒性实验及胃肠上皮组织病理分析

以菜豆为原料,生理盐水-超声波法提取菜豆凝集素,用血凝法测定其效价,计算出鲜菜豆凝集素含量为0.312%,其粗提粉凝集素含量为2.91%。采用寇氏法进行小鼠经口灌胃急性毒性实验;解剖染毒小鼠取胃和肠,经过HE染色显微镜下观察上皮组织细胞病变。结果表明:菜豆凝集素经口LD50为580.23mg/kg(95%可信限为501.42～671.12mg/kg),属于低等强度毒性;小鼠胃肠上皮组织细胞均出现黏膜表面不规则、毛细血管扩张充血,炎细胞浸润等不同程度的病变,与灌胃后供试物在胃肠停留时间有关。