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一株橡胶降解菌Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400的全基因组测序及功能挖掘
1
作者
常江
周宇
+2 位作者
张诗妤
夏效东
唐标
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期4036-4040,共5页
Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400 是一种新发现的具有降解天然橡胶能力的革兰氏阴性菌,为进一步探究该菌株降解天然橡胶的作用机制,挖掘菌株可能存在的功能特性,本研究使用第三代高通量测序技术对R. gummiphilus NBRC 109400 进行...
Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400 是一种新发现的具有降解天然橡胶能力的革兰氏阴性菌,为进一步探究该菌株降解天然橡胶的作用机制,挖掘菌株可能存在的功能特性,本研究使用第三代高通量测序技术对R. gummiphilus NBRC 109400 进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测,并对其橡胶降解蛋白进行挖掘。该菌株基因组大小为6 398 100 bp,GC 含量为69.72%。该基因组共预测得到9个次级代谢产物合成基因簇,其中2号基因簇与来自菌株Delftia acidovoransSPH-1 的delftibactin 金生物矿化基因簇同源并进行了探究。定位了该菌株的橡胶降解关键蛋白LatA 橡胶加氧酶,同时,预测到一个可能与菌株降解橡胶途经相关的同工蛋白CPZ87_07230。全基因组序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号为CP024645。以上研究将为菌株NBRC 109400的功能基因组学研究及橡胶降解特性研究提供基础数据。
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关键词
rhizobacter
gummiphilus
NBRC
109400
全基因组完成图
橡胶降解
原文传递
题名
一株橡胶降解菌Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400的全基因组测序及功能挖掘
1
作者
常江
周宇
张诗妤
夏效东
唐标
机构
浙江省农业科学院农产品质量标准研究所
西北农林科技大学食品科学与工程学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期4036-4040,共5页
基金
国家自然科学基金青年项目(31700007)
浙江省农业科学院青年人才培养及国际合作项目(2017R19R-08E01)
+1 种基金
省部共建农产品质量安全国家重点实验室(筹)(2010DS700124-ZZ1703,ZZ1905)
浙江省重点研发项目(2015C02041)共同资助
文摘
Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400 是一种新发现的具有降解天然橡胶能力的革兰氏阴性菌,为进一步探究该菌株降解天然橡胶的作用机制,挖掘菌株可能存在的功能特性,本研究使用第三代高通量测序技术对R. gummiphilus NBRC 109400 进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测,并对其橡胶降解蛋白进行挖掘。该菌株基因组大小为6 398 100 bp,GC 含量为69.72%。该基因组共预测得到9个次级代谢产物合成基因簇,其中2号基因簇与来自菌株Delftia acidovoransSPH-1 的delftibactin 金生物矿化基因簇同源并进行了探究。定位了该菌株的橡胶降解关键蛋白LatA 橡胶加氧酶,同时,预测到一个可能与菌株降解橡胶途经相关的同工蛋白CPZ87_07230。全基因组序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号为CP024645。以上研究将为菌株NBRC 109400的功能基因组学研究及橡胶降解特性研究提供基础数据。
关键词
rhizobacter
gummiphilus
NBRC
109400
全基因组完成图
橡胶降解
Keywords
rhizobacter
gummiphilus NBRC 109400
Complete genome sequence
Rubber degradation
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一株橡胶降解菌Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400的全基因组测序及功能挖掘
常江
周宇
张诗妤
夏效东
唐标
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
原文传递
已选择
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