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基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用
被引量:
7
1
作者
王书珍
张羽佳
+4 位作者
黄诗颖
罗炎炎
金正强
李志良
金卫斌
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2019年第3期97-104,共8页
[目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.)EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。[方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,M...
[目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.)EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。[方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索,分析其类型、分布频率。利用Primer3.0软件设计引物,并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测,利用POPGENE-PC2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon’s信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。[结果]锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49527个unigenes(43766249bp),从中筛选出16120个SSR位点(24.46%),发生频率为1·(2.7kb)^-1。微卫星的重复次数主要集中在524次之间,二核苷酸发生频率最高(9624个,59.70%),其次是单核苷酸(3738个,23.19%),频率最低的为五核苷酸(42个,0.26%)。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增,共得到71个等位基因,平均每个位点3~9个;有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684~5.930;观察杂合度HO和期望杂合度HE的变化范围分别为0.000~1.000和0.433~0.848,平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129;Shannon’s信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736~1.961和0.406~0.831,平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%,并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。[结论]基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性,为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性,且杂合度过剩,遗传变异主要发生在群体内部。
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关键词
锦绣杜鹃
转录组测序
微卫星
遗传多样性
跨物种扩增
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职称材料
题名
基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用
被引量:
7
1
作者
王书珍
张羽佳
黄诗颖
罗炎炎
金正强
李志良
金卫斌
机构
大别山特色资源开发湖北省协同创新中心/黄冈师范学院生命科学学院
出处
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2019年第3期97-104,共8页
基金
国家自然科学基金(NSFC 31500995)
经济林木种质改良与资源综合利用湖北省重点实验室开发基金(2017BX06)
文摘
[目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.)EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。[方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索,分析其类型、分布频率。利用Primer3.0软件设计引物,并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测,利用POPGENE-PC2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon’s信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。[结果]锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49527个unigenes(43766249bp),从中筛选出16120个SSR位点(24.46%),发生频率为1·(2.7kb)^-1。微卫星的重复次数主要集中在524次之间,二核苷酸发生频率最高(9624个,59.70%),其次是单核苷酸(3738个,23.19%),频率最低的为五核苷酸(42个,0.26%)。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增,共得到71个等位基因,平均每个位点3~9个;有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684~5.930;观察杂合度HO和期望杂合度HE的变化范围分别为0.000~1.000和0.433~0.848,平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129;Shannon’s信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736~1.961和0.406~0.831,平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%,并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。[结论]基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性,为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性,且杂合度过剩,遗传变异主要发生在群体内部。
关键词
锦绣杜鹃
转录组测序
微卫星
遗传多样性
跨物种扩增
Keywords
rhododendron pulchrum planch
RNA-seq
microsatellite
genetic diversity
cross-amplification
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用
王书珍
张羽佳
黄诗颖
罗炎炎
金正强
李志良
金卫斌
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2019
7
下载PDF
职称材料
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