荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域突变分析及蛋白质序列模式预测

为了深入了解荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域的变异及蛋白质序列模式分布情况,对53头荣昌猪SLA-DQB基因的β1结构域进行了克隆测序和序列多重比对,并在线预测蛋白质序列模式。结果发现,222bp区域内存在9个单核苷酸的插入位点、16个单核苷酸的缺失位点和89个SNPs位点。74个氨基酸中仅由SNP位点导致的氨基酸变异位点共37个,其中有24个位点氨基酸的类型发生变化。对50条SLA-DQB基因β1结构域蛋白质序列分析发现7种类型共174个蛋白质序列模式位点。单条序列中蛋白质序列模式位点最多的12个,最少的2个。蛋白质序列模式突变位点主要发生在第9、26、45、53、61个氨基酸上,涉及到5种类型蛋白质序列模式位点的改变。结果提示,荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域存在丰富的遗传变异和多样化的蛋白质序列模式。