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云南长尖叶蔷薇自然居群遗传多样性分析
被引量:
13
1
作者
邱显钦
唐开学
+4 位作者
王其刚
蹇洪英
李树发
邵珠华
张颢
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期85-90,共6页
采用SSR标记对云南地区的8个长尖叶蔷薇天然居群进行了遗传多样性分析。结果显示:所选用的14对SSR引物,共检测到77个等位位点;在物种水平上,总居群的Nei's基因多样性指数(He)和香农指数(I)分别为0.3139和0.4747;该居群内遗传变异(65...
采用SSR标记对云南地区的8个长尖叶蔷薇天然居群进行了遗传多样性分析。结果显示:所选用的14对SSR引物,共检测到77个等位位点;在物种水平上,总居群的Nei's基因多样性指数(He)和香农指数(I)分别为0.3139和0.4747;该居群内遗传变异(65.47%)大于居群间遗传变异(34.53%),说明居群内变异是其居群的主要变异来源;利用Popgene计算出两两居群间的Nei's遗传一致度(I)和遗传距离(D),其范围分别为0.7879~0.8986和0.1070~0.2384,依据遗传距离可将8个居群分为3组,8个居群并没有严格依据地理距离的远近而聚类;海拔与Nei's基因多样性的相关系数为0.8771,呈显著正相关。研究结果表明,云南地区的长尖叶蔷薇居群遗传多样性较高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化。基于得到的居群遗传信息,建议采取就地保护为主的保护策略,但当个别居群野外的生存环境被自然或者人为因素破坏时,建议采取迁地保护的保护策略。
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关键词
长尖叶蔷薇
居群
遗传多样性
SSR
下载PDF
职称材料
基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
被引量:
1
2
作者
向贵生
张颢
+5 位作者
王其刚
晏慧君
周宁宁
陈敏
唐开学
邱显钦
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期769-779,共11页
在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.1...
在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5~9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15~50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过q RT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
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关键词
长尖叶蔷薇
大花香水月季
MLO基因
抗白粉病
生物信息学
QRT-PCR
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职称材料
题名
云南长尖叶蔷薇自然居群遗传多样性分析
被引量:
13
1
作者
邱显钦
唐开学
王其刚
蹇洪英
李树发
邵珠华
张颢
机构
云南省农业科学院花卉研究所/云南省花卉育种重点实验室/云南花卉技术工程研究中心
华中农业大学园艺林学学院/教育部园艺植物生物学重点实验室
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期85-90,共6页
基金
公益性行业(农业)科研专项(200903020)
云南省重点新产品开发(2011BB013)
+2 种基金
云南省科技创新强省计划(2007C0004Z)
国家自然科学基金(30660117)
国家"863"计划(2006AA100109)
文摘
采用SSR标记对云南地区的8个长尖叶蔷薇天然居群进行了遗传多样性分析。结果显示:所选用的14对SSR引物,共检测到77个等位位点;在物种水平上,总居群的Nei's基因多样性指数(He)和香农指数(I)分别为0.3139和0.4747;该居群内遗传变异(65.47%)大于居群间遗传变异(34.53%),说明居群内变异是其居群的主要变异来源;利用Popgene计算出两两居群间的Nei's遗传一致度(I)和遗传距离(D),其范围分别为0.7879~0.8986和0.1070~0.2384,依据遗传距离可将8个居群分为3组,8个居群并没有严格依据地理距离的远近而聚类;海拔与Nei's基因多样性的相关系数为0.8771,呈显著正相关。研究结果表明,云南地区的长尖叶蔷薇居群遗传多样性较高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化。基于得到的居群遗传信息,建议采取就地保护为主的保护策略,但当个别居群野外的生存环境被自然或者人为因素破坏时,建议采取迁地保护的保护策略。
关键词
长尖叶蔷薇
居群
遗传多样性
SSR
Keywords
rosa
longicuspis
bertol
oni
population
genetic diversity
SSR
分类号
S685.12 [农业科学—观赏园艺]
下载PDF
职称材料
题名
基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
被引量:
1
2
作者
向贵生
张颢
王其刚
晏慧君
周宁宁
陈敏
唐开学
邱显钦
机构
云南省农业科学院花卉研究所
云南大学生命科学学院
国家观赏园艺工程技术研究中心
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期769-779,共11页
基金
国家自然科学基金(31560565
31160403)
+4 种基金
国家科技支撑计划项目(2015BAD10B01)
云南省应用基础研究计划项目(2014FB158)
领军人才项目(2016HA005)
云南省中青年学术技术带头人后备人才培养项目(2015HB078)
云南省重大科技专项(2016ZA005)
文摘
在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5~9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15~50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过q RT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
关键词
长尖叶蔷薇
大花香水月季
MLO基因
抗白粉病
生物信息学
QRT-PCR
Keywords
rosa longicuspis bertol.
R. odorata (Andr.) Sweet var. gigantea (Crep.) Rehd. et Wils.
MLO genes
powdery mildew resistance
bioinformatics
qRT-PCR
分类号
S685.12 [农业科学—观赏园艺]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
云南长尖叶蔷薇自然居群遗传多样性分析
邱显钦
唐开学
王其刚
蹇洪英
李树发
邵珠华
张颢
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
13
下载PDF
职称材料
2
基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
向贵生
张颢
王其刚
晏慧君
周宁宁
陈敏
唐开学
邱显钦
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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