桔梗科rps2基因簇断裂对进化速率的影响

保守的rps2基因簇(rps2-atpI-atpH-atpF-atpA)在桔梗科的叶绿体基因组中发生了断裂。为探究该基因簇断裂后,相关基因的进化速率是否发生变化,本研究选取50种桔梗科植物和2种睡菜科植物的叶绿体基因组序列进行系统发育关系的构建,对rps2基因簇相关基因的进化速率、选择压力以及适应性进化过程进行分析。结果显示,桔梗科中rps2基因簇发生断裂的物种均来自风铃草亚科,且在系统发育树上组成单系分支;与未断裂物种相比,断裂物种中相关基因的进化速率均值降低;基因间的非同义替换速率存在显著差异。适应性进化分析中,位点模型在atpI和rps2基因中检测到正选择位点。本研究结果表明基因簇断裂可能具有系统发育意义,基因簇断裂后进化速率会发生改变,不同基因也经历了不同的进化历程。

杨树叶绿体3′rps12基因,rps7基因和ndhB基因片段的克隆及序列分析

通过烟草叶绿体相关序列设计引物 ,从杨树的叶绿体基因组中克隆出 2个相邻的DNA片段 .经分析发现 ,这 2个DNA片段包含核糖体蛋白 3′rps12、rps7基因和NADH脱氢酶第二亚基ndhB基因片段 .利用DNAMAN等软件 ,将扩增到的杨树叶绿体DNA片段与烟草、拟南芥、玉米和黑松的相关序列进行比较 ,证实所扩增的片段具有较高的保守性 ,尤其是在这 3个基因的编码区 ,同源性均在 90 %以上 .插入或缺失常发生在基因间隔区 ,同源性在 80 %左右 ;对其编码区所推导的氨基酸序列进行了比较 ,同源性均在 92 %以上 .首次克隆了杨树叶绿体的部分DNA序列 ,详细报道并分析了杨树 3′rps12、rps7基因和ndhB基因片段及其边界序列信息 .所报告的基因序列均已登录GenBank .

蕨类植物叶绿体rps4基因的适应性进化分析

在原核生物和植物叶绿体中,RPS4(ribosomal protein small subunit4)在核糖体30S小亚基形成起始过程中发挥重要作用;该蛋白在植物中由叶绿体rps4基因编码。为验证蕨类植物在白垩纪适应被子植物兴起而发生分化的观点,本文以23种蕨类植物为研究对象,利用分支模型、位点模型和分支位点模型对其叶绿体rps4基因进化适应性进行分析。分支模型检测到4个可能存在正选择的分支;位点模型和分支位点模型虽然没有检测出正选择位点,但是位点模型检测出了85个负选择位点。通过研究我们仅仅得出a、b两个代表水龙骨类的分支处于正选择压力下,这与水龙骨类在白垩纪发生辐射式演化的理论相一致。同时rps4基因处于强烈的负选择压力这一事实表明该基因的功能与结构已经趋于稳定。

猪RPS3基因的克隆和表达分析

RPS3在体内具有多种功能,为了进一步揭示其结构与功能的关系,探索其编码区作为系统发育标记的可行性,本研究应用生物信息学、RT-PCR和3-′RACE方法首次克隆了猪RPS3基因(GenBank登录号:DQ660373)并进行了序列分析,同时利用半定量RT-PCR方法分析了RPS3基因的时空表达规律。序列分析表明RPS3开放读码框全长为732 bp,编码243个氨基酸残基的多肽链,含有核糖体蛋白S3标签,构建的系统发育树显示聚类结果与动物学上的分类一致。半定量RT-PCR分析表明RPS3在所检测的10种组织中均有较高水平的表达,心脏中的表达量最高,肺脏中的表达量最低,其它组织间差异不大;在仔猪中表达量高,随着日龄的增加表达量不断下降,在3月龄以后的猪中表达量趋于平稳。以上结果说明RPS3基因CDS适合构建种间的系统发育树,mRNA的表达水平与细胞的生长代谢速度有关。

大熊猫核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的cDNA克隆及序列分析

为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps26基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基基因rps26的异同,以大熊猫的肌肉组织为材料,根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,成功地克隆了核糖体蛋白亚基基因rps26的表达序列,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫rps26亚基基因的表达序列长为413 bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为13.025 2×103,等电点为11.61.拓扑预测显示该蛋白含有3个功能位点:1个N-糖基化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ蛄姿峄?位点和1个核糖体蛋白S26e signature位点.进一步分析发现,大熊猫rps26基因与已报道的人、西藏黄牛、野猪、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列其编码的氨基酸序列具有很高的相似性:编码序列同源性分别为90.23%、91.67%、92.82%、87.36%和86.78%;氨基酸序列同源性均为99.86%.

RPS6基因多态性与汉族人原发性卵巢功能不全的相关性研究

目的探讨核糖体蛋白S6(RPS6)基因多态性与汉族人原发性卵巢功能不全(POI)易感性的关系。方法采用基质辅助激光解析质谱仪检测148例POI患者和226例正常对照者RPS6基因rs2277151位点的基因型,使用SPSS13.0软件对所得数据进行统计分析。结果该位点基因型和等位基因频率在病例组和对照组间的差异均无统计学意义。结论 RPS6基因多态性与汉族人POI易感性不相关。

羊驼核糖体蛋白S5(RPS5)基因与绒毛生长发育的研究

利用southern blotting技术从羊驼皮肤cDNA文库中筛选出核糖体蛋白S5(RPS5)基因,对该基因进行测序,通过对羊驼RPS5基因的序列结构特点及编码氨基酸与其它哺乳动物的进行比较分析,从而发现羊驼RPS5基因的特性;并对序列进行生物信息学分析,确定基因发挥功能的特殊结构域,进而对羊驼RPS5基因的功能进行分析研究,为以后的相关研究奠定基础。

基于叶绿体rps4基因序列的部分苔藓植物的亲缘关系

以小叶苔为外类群,利用ClustalX2.0和MEGA4.1软件对12种苔藓植物的rps4基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明:叶绿体rps4序列长度变异范围为669～677 bp,排序后总长度为683 bp,其中变异位点200个,信息位点122个。遗传距离为0.008～0.202,平均遗传距离为0.122。利用UPGMA法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中6种丛藓科(Pottiaceae)植物聚为一组,3种青藓科(Brachytheciaceae)植物聚为一组,3种灰藓科(Hypnaceae)植物聚为另一组。序列分析结果与形态学结果一致,表明rps4序列可用于苔藓植物的亲缘关系分析。

油菜叶绿体核糖体蛋白基因rps7的克隆和序列分析(英文)

从甘蓝型油菜 (Brassicanapuscv .H1 65)叶绿体基因组克隆得到了编码核糖体蛋白的基因rps7。经序列分析得知 ,该基因编码区包含 468个核苷酸 ,编码一个分子量为 2 0 1 0 9D、由 1 55个氨基酸组成的蛋白质。该基因的核苷酸和编码的氨基酸序列与烟草对应基因的同源性皆高达 97% ;而与水稻对应基因的同源性分别为 90 %和 84%。该基因不含内含子 ,没有典型的SD序列 ,但在 5’端 - 2 5～- 2 2位发现一个与烟草psbA基因的顺式作用元件RBS2完全相同的TGAT框。与烟草和水稻的同源序列比较 ,该基因在 3’端非编码区变异较大 ,发生了多次插入和缺失。构建了包含该基因在内的一个 1 .0kbDNA的限制性内切酶图谱。所报告的基因序列已登录GenBank。

羊驼核糖体蛋白S5(RPS5)全长基因的筛选及其序列分析

本研究利用southernblotting技术从羊驼皮肤cDNA文库中筛选出核糖体蛋白S5(RibosomalproteinS5,RPS5)基因,测序结果表明该片断大小为436bp,含有一个完整的ORF。并利用生物信息学方法对该基因进行了分析,发现该基因编码的氨基酸在第1到88位之间含有一个典型的CARD结构域,即六个反平行的螺旋结构形成的结构域,该结构域对RPS5基因功能的体现起决定作用。

RPS14基因重组慢病毒载体的构建及其在MUTZ-8细胞中的表达

目的构建携带人RPS14基因重组慢病毒载体获得稳定产毒的细胞,并观察其在人MDS细胞株MUTZ-8细胞中的表达。方法通过反转录方法,获得目的基因RPS14;将目的基因克隆入慢病毒表达质粒pGC-FU Vector,构建含有RPS14基因的重组慢病毒载体pGC-FU RPS14,经PCR、酶切及测序鉴定其正确性;在Lipofectamine 2000介导下,将成功构建的质粒pGC-FU RPS14与慢病毒包装质粒pHelper 1.0、pHelper 2.0共转染293T细胞,通过实时定量PCR法测定病毒滴度,并将获得的重组慢病毒载体pGC-FU RPS14转染人MDS细胞株MUTZ-8,用流式细胞仪检测转染效率,RT-PCR检测靶细胞内RPS14 mRNA的表达。结果含有RPS14基因的重组慢病毒载体经PCR、酶切和测序鉴定构建正确,且测定的病毒滴度为2.0×109 TU/ml。流式细胞仪检测其转染效率为68.41%,RT-PCR检测到转染后RPS14 mRNA在靶细胞中的稳定表达。结论构建了携带人RPS14基因的慢病毒载体,转染人MUTZ-8细胞株后能够稳定表达RPS14基因。

结核分枝杆菌rps12基因的克隆及核酸序列的分析

目的扩增结核分枝杆菌rps12基因,并将其克隆至质粒pGEMT中进行核苷酸序列特性分析。方法以结核菌标准菌株H37Rv为模板,通过PCR技术扩增出结核分枝杆菌rps12抗原基因,将其重组到pGEM-T载体后进行酶切鉴定及序列测定和生物信息学分析。结果成功扩增出结核分枝杆菌rps12抗原基因,测序表明该片段开放阅读框由375bp组成,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为100%,推导编码氨基酸序列同源性为99%。结论成功克隆rps12基因,经DNA测序证实,该片段阅读框完整,该基因的获得为其原核表达及相关研究奠定了基础。

核糖体蛋白S5(RPS5)基因对羊驼毛色调控的研究

本研究利用southern blotting技术从羊驼皮肤cDNA文库中筛选出核糖体蛋白S5(Ribosomal proteinS5,RPS5)基因,测序后利用生物信息学方法对该基因进行了相关分析。经分析发现羊驼RPS5基因序列中存在CCGG位点,推测羊驼RPS5基因在此位点发生甲基化。RPS5基因通过调节处于不同凋亡方式的黑色素细胞,保证黑色素数量的产生,从而对羊驼毛色产生调控作用。

MIB1、RPS6KA1基因甲基化与激素抵抗型哮喘的相关性研究

目的探讨MIB1、RPS6KA1基因甲基化表达状态通过ERK信号通路对激素抵抗型哮喘的影响;方法病例组为确诊激素抵抗型哮喘者20例,病例对照组为确诊支气管哮喘并明确得到有效控制者20例,正常对照组为健康体检者20例,利用Sequenom Mass ARRAY方法检测基因甲基化表达状态,用SPSS22.0统计软件进行分析;结果本研究共检测RPS6KA1有4个CpG位点、MIB1基因有3个CpG位点,其中RPS6KA1基因低表达,其中CpG1,CpG2,CpG3在病例组与病例对照组、正常对照组间比较差异有统计学意义(P <0.05),而MIB1基因甲基化表达水平在三组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 RPS6KA1基因低表达可能通过影响ERK信号通路而在SRA中起作用。

蕨类植物叶绿体rps12基因的分子进化研究

以68种蕨类植物和2种石松类植物的rps12基因为对象,在系统发育背景下,结合最大似然法,使用HyPhy和PAML软件对该基因进行进化速率和适应性进化研究。结果显示:位于IR区的外显子2~3,其替换率明显降低,rps12基因编码序列的替换率也随之降低,且rps12基因密码子第3位的GC含量明显升高;在蕨类植物的进化过程中,3′-rps12更倾向定位于IR区,以保持较低的替换率;rps12基因编码的123个氨基酸位点中,共检测到4个正选择位点和116个负选择位点。研究结果表明基因序列进入到IR区后,显示出降低的替换率;强烈的负选择压力表明RPS12蛋白的高度保守性以及rps12基因的功能和结构已经趋于稳定。

人RPS6KA3基因及蛋白质的生物信息学分析

核糖体蛋白S6激酶A3(ribosomal protein S6 kinase A3,RPS6KA3)具有丝氨酸/苏氨酸激酶活性,在机体的生理过程中发挥重要作用。为了研究RPS6KA3基因的性质和功能,利用一系列生物信息学分析软件对该基因序列及其编码蛋白的结构和特性进行生物信息学分析。结果表明,人RPS6KA3基因共编码740个氨基酸组成的多肽,其在进化过程中高度保守,隶属于PKc_like超家族,是一种等电点为6.41的不稳定的水溶性蛋白,无信号肽序列和跨膜结构。该蛋白定位于细胞质的可能性最大,主要的二级结构为α-螺旋结构,具有多个磷酸化功能位点。与RPS6KA3相互作用的蛋白主要是MAPK信号途径相关蛋白、mTOR信号途径相关蛋白及蛋白合成相关蛋白等。分析结果为进一步研究RPS6KA3在生命过程中的作用提供重要信息。

绵羊RPS20基因的生物信息学分析

核糖体蛋白20基因(ribosomal proteinS20,RPS20)是一类参与蛋白质生物合成及对细胞增殖、分裂、分化、凋亡具有调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内。为探究RPS20基因在绵羊体内的功能,运用生物信息学数据库及其软件分析了该基因及其编码的产物。结果发现,绵羊RPS20基因总共编码了119个氨基酸残基,所编码的蛋白质分子式为C_(587)H_(995)N_(173)O_(171)S_(5),分子质量为13.37271 KDa,等电点pI为9.95。通过基本理化性质的分析可知,绵羊RPS20蛋白是稳定性强、具亲水性的非分泌蛋白,不含信号肽序列且无跨膜结构。亚细胞定位结果表明,其编码产物主要存在于细胞质中(65.2%)。绵羊与牛、马、黑猩猩、野生双峰驼等哺乳动物的RPS20蛋白相似度均为100%。该蛋白的二级结构和三级结构主要以无规卷曲、α螺旋和β折叠组成。

采用花器喷雾法并基于Cre/lox系统定点整合拟南芥Rps2基因的技术体系研究

定点整合是一种指导目的基因以精确单拷贝进入基因组预定位点的转基因技术,用于解决常规转基因技术带来的系列问题.在拟南芥〔Arabidopsis thaliana（Linn.）Heynh.〕中,已通过根外植体法转化实施了基因的定点整合,但这一过程存在杂菌污染、分化困难和生长周期长等问题,且定点整合效率极低,无法进行推广应用.

RPS6KA3基因新发杂合变异致Coffin-Lowry综合征一例并文献复习

探讨Coffin-Lowry综合征患儿的临床表现及遗传学特征。方法:分析2021年11月我科就诊的1例Coffin-Lowry综合征患儿的病史资料、临床表现及遗传学检查资料,并结合文献进行综合分析。结果:患儿女性,1岁8月,运动发育迟缓,智力障碍,伴高前额,眼距宽,鼻梁低平,外眼睑裂下斜等特殊面容,牙齿骨骼异常、肌张力低等,头颅MRI检查见脑积水、小脑发育不良。全外显子组基因检测检出1个匹配受检者临床表型的基因变异:RPS6KA3基因(NM_004586),c.787dupA杂合移码变异,该突变点患儿为新生变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南,该变异位点判定为致病性。结论:该患儿为RPS6KA3基因变异而导致Coffin-Lowry综合征,c.787dupA变异位点的既往尚未见文献报道,本次报道扩大了该基因的突变谱。临床上对于运动发育迟缓、智力障碍、特殊面容、肌张力低、牙齿骨骼发育异常、头颅影像学特征性异常等表现的患儿,需考虑Coffin-Lowry综合征可能,建议尽早行全外显子组测序明确诊断、对症治疗及判断预后。

核糖体蛋白S5(RPS5)基因研究进展

核糖体蛋白S5(ribosomal protein S5,RPS5)是真核生物核糖体的重要组成部分,目前对RPS5功能的研究主要侧重于以下几方面:RPS5的晶体结构及其在核糖体结构上的分布特点;RPS5与蛋白质的翻译;RPS5具有DNA连接蛋白Ⅱ的功能;RPS5具有转录延伸因子3(EF-3)的功能;RPS5与物种进化;RPS5突变体的研究。本文对RPS5基因的研究概况及功能进行综述。