小麦表面微生物总DNA提取方法的比较与改进

对小麦表面微生物总DNA提取方法进行了探讨 ,从液氮冻融 ,裂解剂 ,蛋白酶K的加入 ,缓冲液等方面对SDS与SDS/CTAB两种方法加以改进。结果表明 ,改进后SDS法提取的DNA降解现象与纯度有很大改善 ,量也有所增加 ;SDS/CTAB法改进后浓度与提取率明显增加 ,纯度也较高。两种方法改进后提取的DNA分子量大小都集中在 2 3kb左右 ,且不经纯化可直接扩增出

葡萄总DNA提取方法的比较研究

以葡萄幼叶为材料,分别采用溴化十六烷基三甲基铵(CTAB)法、高盐低pH法、简易法、高盐沉淀法和改良十二烷基硫酸钠(SDS)法5种方法提取总DNA,通过A260/A280值、琼脂糖凝胶电泳和RAPD对5种方法所得DNA溶液进行定量、定性分析和综合比较。结果显示高盐低pH法、高盐沉淀法综合效果较好,改良SDS法所得DNA纯度最佳。因此,在实际工作中还应根据实验目的选取最适合的方法。

瘤胃微生物总DNA提取方法的比较

目前如何获得完整的瘤胃微生物总DNA是对瘤胃微生物在分子水平研究中关键的一步。瘤胃微生物总DNA分子片段很大,大概在15kb￣20kb,因此需要选择一种合适的提取方法来获得完整的总DNA片段。笔者研究采用物理方法如玻璃珠研磨震荡法、反复冻融法、超声波破碎法、液氮研磨法等,化学方法如表面活性剂十二烷基磺酸钠(sodiumdodecylsulfate,SDS)、溴化十六烷三甲基铵(CetyltrimethylAmmoniumBromide,CTAB等),酶解法(溶菌酶、蛋白酶K等)相结合,并对其进行比较,选择最佳的提取方法,使其符合以后PCR扩增要求以及其它后续研究工作。试验结果表明用玻璃珠研磨震荡加CTAB提取液的方法、反复冻融加SDS提取液的方法提取的瘤胃微生物总DNA的效果高于其它方法,并且通过电泳以及PCR检测,所提取的DNA的量适于进一步的分子生物学研究。

几种水稻田土壤微生物总DNA提取方法的比较

目的:使人们在提取土壤总DNA时,可以根据不同的要求选用不同的方法。方法:选用了5种现在较常用的土壤微生物总DNA提取方法从水稻田土壤中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的质量和数量进行比较评价。结果:5种方法都可以从土壤中提取到长度大于48 kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产量存在明显差异。土壤总DNA都不需要纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA基因的引物可以扩增得到相应的片段。结论:Bourrain法和M artin-Laurent法可以较快地提取出DNA,M artin-Laurent法提取的DNA的量最多,Tied je法和Jans-sen法提取的DNA片段最大,Janssen法提取的DNA纯度最高,Reddy法提取的DNA的完整性和PCR扩增效果最好。

山楂总DNA提取方法的比较

为选择一种快速、简单、有效的山楂总DNA的提取方法,分别应用改良CTAB法、改良SDS法和QIAGEN试剂盒法提取山楂幼嫩叶片的总DNA,用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳和RAPD对所提取的总DNA进行检测。QIAGEN试剂盒法简单省时,提取的山楂总DNA产量高、纯度高、杂质少、DNA碎片少。以该法提取的总DNA为模板进行RAPD扩增,谱带清晰,多态性、稳定性、重复性好。QIAGEN试剂盒法是较为理想的山楂总DNA提取方法,该法提取的总DNA适用于PCR扩增和其他分子生物学研究。

甜菜总DNA不同提取方法的研究

采用CTAB法、SDS法、改进CTAB法和改进SDS法提取甜菜总DNA,并对提取得到的DNA进行质量鉴定和PCR扩增效果检测。结果表明:用改进的CTAB法提取的甜菜总DNAOD260/OD280在1.8左右,DNA纯度好,产率高,CTAB法和改进的SDS法产率次之,SDS法最低。同时对改进的CTAB法的提取条件进行优化,即用5.0 mL细胞提取液,0.8 mL无水乙醇,0.6倍体积的异丙醇,可从1.0 g甜菜叶片中提取到高质量高纯度的DNA 764μg/g。

双峰驼瘤胃微生物总DNA的提取与纯化

【目的】提取高质量的双峰驼瘤胃微生物总DNA,为采用免培养技术研究双峰驼瘤胃微生物奠定基础。【方法】采集双峰驼瘤胃内容物,用酶解(溶菌酶、蛋白酶K)、冻融和表面活性剂十二烷基磺酸钠(sodiumdodecyl sulfate,SDS)、溴化十六烷三甲基铵(Cetyltrimethyl Ammonium Bromide,CTAB)多种处理相结合,提取微生物总DNA,并用Omega Gel Extraction kit纯化。【结果】提取到的瘤胃微生物总DNA片段大于23 kb,纯化后的DNA可用于PCR,酶切及克隆等进一步的分子生物学研究。【结论】用该提取方法得到的总DNA能够满足分子生物学试验的要求。

环境样品中DNA提取方法的研究进展

利用微生物降解污染物是废水处理中的常用方法,研究废水处理工艺中微生物的多样性和动态性对于优化废水处理工艺的性能、提高其处理效率具有重要的指导意义。分子生物学方法是研究微生物多样性和动态性的有效方法。由于大多数分子生物学方法都是以提取研究对象的基因组DNA为前提,因此建立一种高效的环境样品DNA的提取方法具有重要作用。综述了从环境样品中提取DNA的主要方法及其研究进展,并提出了一种有效的从活性污泥中提取DNA的具体方法。

几种食用菌子实体总DNA提取方法的比较研究

[目的]比较选择适宜的不同食用菌子实体总DNA的提取方法。[方法]采用CTAB法、SDS法和CTAB-SDS结合法,对5种食用菌子实体[平菇(Pleurotus ostreatus)、香菇(Lentinula edodes)、金针菇(Flammlina velutiper)、羊肚菌(Morehella esallenta)和北虫草(Cordyceps sinensis)]总DNA进行提取,并用琼脂糖凝胶电脉进行检测。[结果]在几种提取方法中,平菇与金针菇宜采用SDS常温离心提取法,香菇宜采用SDS低温离心提取法,北虫草宜采用SDS-CTAB低温离心提取法,羊肚菌宜采用CTAB常温离心提取法和SDS常温离心提取法。[结论]该研究可为几种食用菌子实体的分子水平和基因工程研究奠定基础。

不同纤维素水平对瘤胃微生物分离获得率及DNA提取率的影响

以3只瘘管山羊为瘤胃液供体,研究体外培养条件下不同纤维素水平底物对微生物的分离获得率及DNA提取率的影响。底物可溶性淀粉与纯纤维素比例设计为:100∶0,70∶30,50∶50,30∶70,0∶100。结果表明:总微生物分离获得率与DNA提取率随底物纤维素含量的增加,总体上呈现下降趋势;分离获得率为53.29%,总微生物DNA提取率为51.0%;细菌DNA的提取率(45.4%)显著低于原虫DNA的提取率(56.1%)(P<0.05);所提得DNA片段在20 kb以上,PCR扩增效果较好,适合于后续研究的分子操作。

一种简便的同步提取烟草叶片DNA和总RNA的方法

以野生型和转几丁质酶烟草株系叶片为材料,采用改进的CTAB法对其DNA和总RNA进行同步提取和DNA中RNA的消化以及总RNA中DNA的消化,并分别进行了电泳检测、含量测定和相应的PCR和RT-PCR检测。结果表明:用该法提取的DNA条带清晰、无降解,所提取的DNA浓度在109.20～245.46μg/mL,OD_(260)/OD_(280)在1.83～1.94。以提取的DNA为模板,PCR能够扩增出清晰的目的条带。RNA具有5.8SrRNA、18S rRNA和28S rRNA 3条清晰的条带,且无降解。RNA浓度在355.57～570.13μg/mL,OD_(260)/OD_(280)在1.84～2.04,OD_(260)/OD_(230)在2.06～2.33。RNA逆转录成cDNA,经PCR扩增出清晰的看家基因和目的基因条带。

一种高效同时提取微量组织中总RNA、DNA和蛋白的技术方法的改进

目的改进传统Trizol法,以至能从微量组织样品中提取高质量RNA并同时提取基因组DNA和总蛋白。方法用改良后的Trizol法提取小鼠肝脏组织总RNA、基因组DNA以及总蛋白,并与传统Trizol法提取总RNA、商业化试剂盒提取基因组DNA和RIPA裂解Buffer提取总蛋白的方法进行比较。结果改良Trizol法提取小鼠肝组织RNA的得率为3.64μg/mg,传统Trizol法为1.95μg/mg,平均D260/D280比值为2.1和2.01;改良Trizol法能够得到比传统Trizol法更完整的RNA,琼脂糖电泳图谱中28S/18S的比值更接近2:1。改良Trizol法与商业试剂盒相比,提取所得的基因组DNA尽管在得率上有较明显差距,分别为0.49μg/mg和1.78μg/mg,但仍保持较好的纯度。改良Trizol法提取所得蛋白的平均得率为RIPA Buffer裂解法的50%～60%,经过SDS-PAGE电泳和考马斯亮蓝染色法验证,并无明显蛋白丢失。结论改良Trizol法可以同时提取组织的总DNA、RNA与总蛋白,相比传统Trizol法提取总RNA更高效、质量更优;相比商业化试剂盒提取基因组DNA更快捷、更经济;相比RIPA Buffer裂解法提取总蛋白在小分子蛋白的保留中更好。

金柑叶片和果实总DNA提取方法比较

为了研究不同提取方法对金柑总DNA提取质量的影响,以融安金柑等3个金柑品种的叶片和果实为材料,采用SDS提取法、CTAB提取法、试剂盒法提取金柑总DNA,并对所提取DNA的总浓度、A_(260/280)、A_(260/230)、凝胶电泳结果、SCo T扩增产物进行比较分析。结果表明:CTAB提取法和试剂盒提取法能较好地去除金柑叶片和果实中的蛋白质、RNA、多酚、多糖、单宁、色素等大分子物质以及盐类等小分子杂质。提取的总DNA浓度最高达178 ng/μL,A_(260/280)在1.82~1.94之间,A_(260/230)在1.89~2.04之间。SDS提取法、CTAB提取法和试剂盒提取法所提取的金柑叶片和果实总DNA的扩增效果图谱清晰,多态性高。3种提取方法中,CTAB提取法所提取总DNA浓度较高,纯度最好,可用于后续相关研究。

SDS-CTAB法提取烟草病圃土壤微生物总DNA

采用SDS-CTAB法提取了烟草病圃土壤中微生物的总DNA,经过纯化后获得的DNA大小约为21 kb,OD260/OD280高于1.70;用细菌和真菌保守序列引物进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳能检测到预期大小的扩增条带。

甜瓜总DNA提取方法比较研究

分别以甜瓜品种"东方蜜1号"的成熟干种子、萌动种子、子叶和真叶为材料,选用4种不同的提取方法进行总DNA提取试验。结果表明:包括干种子在内的不同生长期的材料均能提取到总DNA,刚展平子叶的提取效果最好;4种提取方法中以尿素提取法最为简便,效果最佳。经PCR检验,干种子和子叶提取的总DNA均可用于PCR扩增。

食品污染微生物基因组DNA提取的简易方法

本文报道了直接抽提食品污染微生物的基因组DNA的方法。污染的食品溶于PBS缓冲液后,直接用含SDS的裂解液裂解微生物细胞。抽提出的微生物基因组DNA在23kb处有清晰条带,利用P1和P2扩增出16SrDNA基因约180bp的目的条带,克隆后随机测定一个阳性克隆的序列,分析表明我们测定的与细菌的KVD-1921-15菌株非常接近。

冰川表层雪样中微生物总DNA几种提取方法的比较研究

通过对4种具有不同裂解方式的微生物总DNA提取方法的比较,筛选出较佳的方法进行滤膜处理、DNA抽提及沉淀的优化,再将优化出的传统DNA提取方法与商业化试剂盒提取方法比较.结果表明:商业化试剂盒提取总DNA的方法适用于冰川表层雪微生物总DNA的提取;其次,将滤膜剪碎,用溶菌酶(5mg.mL-1)+蛋白酶K(1mg.mL-1)+CTAB(1%)+SDS(1%)的裂解方式,氯仿:异戊醇(24∶1)抽提一次,乙醇沉淀DNA的提取方法是一种效果较佳且廉价的冰川表层雪微生物总DNA提取方法.

橡胶林土壤微生物2种DNA提取方法的比较

比较了橡胶林土壤微生物CTAB-SDS提取法和SDS提取法的效果。结果表明,2种提取方法均获得约23.1kb的DNA片段,2种提取方法在颜色、提取量和纯度上存在较大差异。CTAB-SDS提取法提取DNA的纯度较好,不需要纯化可以直接用于PCR扩增、酶切等后续操作;SDS提取法提取的纯度低,不能直接用于PCR扩增。2种方法都适合橡胶林土壤DNA的提取,如果要求获得纯度高的DNA,CTAB-SDS提取法是最佳选择。橡胶林土壤微生物DNA的提取,推荐使用CTAB-SDS提取法。

改良CTAB法提取大戟属药用植物叶片总DNA试验

由于大戟属(Euphorbia Linn)植物叶片中含大量的多糖、酚类等次生代谢物质,严重影响总DNA的提取,因此,以大戟属药用植物叶片为材料,对常用的CTAB(Hexadecyltrimethy ammonium bromide)法进行了改良,并通过琼脂凝胶电泳法对所提DNA样品进行了检测。结果表明,改良CTAB法提取的植物总DNA纯度很高,较适合提取大戟属植物的总DNA。

羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA的提取方法比较

【目的】旨在筛选稳定可靠的瘤胃内容物微生物基因组DNA的提取方法,获得高质量瘤胃微生物基因组DNA,用于羔羊瘤胃内容物微生物多样性的研究.【方法】采用液氮研磨+珠磨+CTAB法、珠磨+CTAB法、液氮研磨+珠磨+SDS+GITC法和液氮研磨+CTAB+SDS法4种方法提取羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA.通过DNA浓度和纯度、琼脂糖凝胶电泳检测和q-PCR对提取效果进行比较,分析各提取方法对羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA的影响.【结果】4种方法提取到的基因组DNA经q-PCR分析,瘤胃细菌和产甲烷菌的数量存在显著差异(P<0.001),其中琥珀酸拟杆菌(Fibrobacter succinogenes)数量最高,总细菌(total bacteria)次之,白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)数量最少.液氮研磨+珠磨+SDS+GITC法所获得的羔羊瘤胃内容物微生物DNA样品浓度和纯度较高;瘤胃细菌和产甲烷菌数量显著高于其他3种方法(P<0.001).【结论】液氮研磨+珠磨+SDS+GITC法能够得到高质量的羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA,更适合于羔羊瘤胃内容物微生物分子生物学研究.