基于16S核糖体DNA基因测序技术探讨分消走泄法对支气管哮喘大鼠肠道菌群的影响

目的 采用16S核糖体DNA(16S ribo-somal DNA,16S rDNA)基因测序技术,研究白果温胆汤对支气管哮喘大鼠肠道菌群结构的影响。方法 将72只SPF级雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、地塞米松组及白果温胆汤高、中、低剂量组,每组12只。以卵清蛋白致敏并激发制备哮喘大鼠模型。实验过程中观察记录各组大鼠的精神状态、食量、饮水量、呼吸及毛发光泽等情况的变化;观察各组大鼠肺组织HE染色病理改变结果;采用16S rDNA Miseq高通量测序观察肠道菌群情况,通过OTU聚类分析方法、Alpha多样性分析方法、Beta多样性分析方法分析肠道菌群多样性,通过SPSS 25.0分析比较不同干预方法下大鼠肠道菌群结构的差异。结果 (1)行为学观察结果:白果温胆汤高、中、低剂量组及地塞米松组大鼠精神状态、饮食饮水量、毛发、呼吸均有不同程度的改善。(2)模型组大鼠肺气管上皮破损,肺间隔增厚,炎性细胞增多。各治疗组与模型组比较,均有一定改善。(3)造模后,与空白组比较,模型组大鼠肠道菌群丰度Chao1指数及Observed_species指数、Faith’s PD指数、Pielou_e指数、Shannon指数均有下降趋势;地塞米松组大鼠肠道菌群各指数均有明显下降,差异均具有统计学意义(P<0.05)。与地塞米松组比较,白果温胆汤低、中剂量组Pielou_e指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05),白果温胆高剂量组Chao1指数、Observed_species指数、Faith’s PD指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05);与白果温胆低剂量比较,白果温胆汤高剂量组Faith’s PD指数有明显上升,差异具有统计学意义(P<0.05)。(4)经过Beta多样性分析,造模后大鼠肠道菌群空白组与模型组、空白组与地塞米松组、模型组与各治疗组、地塞米松组与白果温胆汤各剂量组、白果温胆汤低剂量组与白果温胆汤中、高剂量组之间具有差异性(P<0.05)。(5)在科水平上,模型组大鼠乳杆菌科和梭菌科相对比例升高,脱硫弧菌科、消化链球菌科、瘤胃球菌科和拟杆菌门S24-7菌科相对比例降低。结论 白果温胆汤可改善哮喘大鼠肺组织炎症浸润,其作用机制可能与其恢复肠道菌群的多样性、丰富度及调节菌群结构有关。

胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究

采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足类18SrDNA变异类型文库,并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明,VspI限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0.17、0.23和0.6的3种操作分类单元(OTUs),遗传多样性指数达到0.95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75.4—97.8之间,而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲,其中,AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区,其GC%分别为47.37%、48.16%和48.57%。研究结果表明,混合DNA提取方法简单,设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18SrDNA,根据18SrDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18SrDNA序列奠定了基础。

猪附红细胞体50S核糖体基因PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上最新发布的猪附红细胞体基因组序列(NC-015155)设计一对引物,并以吉林省延边地区猪附红细胞体基因组DNA为模板,建立猪附红细胞体50S核糖体基因PCR诊断方法,通过特异性、敏感性及临床应用试验验证,快速准确的检测出猪附红细胞体。试验结果显示,建立的猪附红细胞体PCR诊断方法扩增片段大小为1 099bp(GenBank登录号为JN166805),与GenBank中Illinois(NC-015155)同源性为93%,该方法扩增不出猪大肠埃希菌、猪链球菌、猪肺炎支原体及牛附红细胞体等病原体,最低检测猪附红细胞体DNA量为19fg/μL。同时通过对延边地区45份猪血液样本的检测结果说明,建立的PCR检测方法具有特异、敏感、准确等优点,完全适用于猪附红细胞体的检测。

球毛壳菌60S核糖体蛋白L10a基因克隆与特性分析

用粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)XP_322380和赤霉菌(G ibberella zeae)PH-1(EAA76971)的60S核糖体蛋白L10 a基因(60S ribosom al prote in L10 a,RPL10 a)蛋白序列对球毛壳菌(Chaetom ium globosum)ESTs序列数据库进行tB lastn检索,获得了球毛壳菌RPL10 a cDNA序列。cDNA序列长765 bp,开放阅读框654 bp,编码217个氨基酸组成的多肽,蛋白分子量为23.9 kD。B lastP分析表明该基因氨基酸序列与粗糙脉胞菌相似最高为89%;与玉蜀黍黑粉菌(Ustilago maydis)相似性最低为78%。cDNA序列及推测的氨基酸序列在GenBank登录(登录号分别为AY669070,AAT74578)。

30S核糖体的结构及其与氨基糖苷类抗生素相互作用的新进展

氨基糖苷类抗生素(AGs)是临床上广泛应用的抗生素之一,其靶位是细菌的30S核糖体。现综述30S核糖体的精确结构及几种AGs如链霉素、巴龙霉素、庆大霉素C_(1a)、妥市霉素、潮霉素B、Geneticin与30S核糖体结合方式,从分子水平上理解AGs的作用机制、构效关系和耐药性、指导设计新的抗生素。

巴西橡胶树线粒体50S核糖体蛋白L21 cDNA的克隆与分析

在橡胶生产中,"死皮"生理综合症严重制约了橡胶树(Hevea brasiliensis)单产的提高。在早期构建的差减文库中,筛选到一条在死皮植株中下调表达的基因片段,该片段编码的蛋白与线粒体50S核糖体蛋白L21(mRPL21)同源。通过ESTs序列拼接和RT-PCR,获得一条853 bp的cDNA序列(命名为HbmRPL21,GenBank登录号为HM800425),该序列包含一个完整的开放读码框,编码271个氨基酸,理论分子量为30.52 kD,等电点为8.40。同源比对表明,植物和动物界间mRPL21序列差异很大,而植物界内则相对比较保守。生物信息学分析表明,HbmRPL21是一个包含Ribosomal_L21p保守结构域的线粒体定位蛋白。

PCR技术检测棘阿米巴26S核糖体DNA

目的:用聚合酶链反应(PCR)方法检测棘阿米巴的26S核糖体DNA(26S rDNA,Rns),为早期诊断棘阿米巴角膜炎提供方法。方法:分离培养三株不同基因型棘阿米巴虫株,提取虫株基因组DNA,合成棘阿米巴属特异性引物(ArDNA-a),通过聚合酶链反应(PCR)扩增部分26SrDNA序列。结果:三株不同基因型棘阿米巴虫株属于两种基因型,其中Acanthamoeba sp.CJY/s2株和Acanthamoeba sp.CJY/s株属于Rns T4基因型,Acastellanii Neff株属于Neff基因型。PCR扩增后,Acanthamoeba sp.CJY/s2和Acastellanii Neff株的26S核糖体DNA基因片段扩增出分子量大小为126 bp的特定扩增带,而Acanthamoeba sp.CJY/s株的26S核糖体DNA基因片段则未得到预期的扩增带。结论:用棘阿米巴属特异性引物(ArDNA-a)可以有效扩增Acanthamoeba sp.CJY/s2和Acastellanii Neff株的26S核糖体DNA基因,可以为部分棘阿米巴性角膜炎的早期检测提供新的检测手段。

亚洲带绦虫60S核糖体蛋白L8基因的克隆表达和免疫学分析

目的原核克隆表达亚洲带绦虫成虫60S核糖体蛋白L8基因(TaRPL8),探索其应用前景。方法用RT-PCR方法从亚洲带绦虫成虫cDNA中获取RPL8基因,克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,在大肠埃希菌BL21/DE3中用IPTG诱导表达,表达产物通过SDS-PAGE进行鉴定,用镍离子金属螯合剂亲和层析柱进行纯化,纯化的重组蛋白用蛋白印迹进行免疫学分析。结果 PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET-28a(+)-TaRPL8重组质粒构建成功。SDS-PAGE结果表明目的基因在大肠埃希菌BL21/DE3中获得高效表达,亲和层析获得了高纯度蛋白。重组蛋白可被其免疫的SD大鼠血清识别但不能够被正常大鼠血清识别,表明其具有免疫原性。结论亚洲带绦虫成虫TaRPL8基因可在大肠埃希菌BL21/DE3中获得具有免疫原性的表达,为进一步的功能研究奠定了基础。

16S核糖体DNA宏基因组测序中细菌核酸提取方法的比较研究

目的：探究细菌核酸提取方法对16S核糖体DNA（r DNA）宏基因组测序的影响。方法：分别采用TRIzol提取、试剂盒提取、溶葡酶＋试剂盒提取、超声波＋试剂盒提取、超声波＋溶葡酶＋试剂盒提取、匀浆＋试剂盒提取、匀浆＋溶葡酶＋试剂盒提取共7种方法对模拟样本进行细菌核酸提取,特异性地扩增16S r DNA的V1~V2高变区,测序后分析模拟样本中各种细菌的含量和相对分布。结果：超声波处理结合试剂盒提取方法中不同细菌数据分布及含量都相对均匀,是一种广谱、高效的细菌核酸提取方法。结论：超声波处理结合试剂盒提取方法适用于细菌宏基因组测序中样本核酸的提取。

约氏疟原虫孢子增殖特异18S核糖体DNA部分序列及其检测应用

目的 测定约氏疟原虫 By2 6 5株 S型 18S r DNA序列 ,并用于蚊体内疟原虫的分子检测。 方法 根据伯氏疟原虫 S型 18S r DNA序列 ,合成一对保守区引物 ,从感染约氏疟原虫 7d后的斯氏按蚊中肠组织逆转录 -聚合酶链反应 (RT- PCR)扩增约氏疟原虫 S型 18S r RNA片段并测序 ,据此序列合成约氏疟原虫 S型 18S r D-NA种型特异引物 ,与保守的逆转录引物配伍 ,对感染后 1～ 7d蚊体内约氏疟原虫 S型 18S r RNA表达量进行RT- PCR检测。 结果 扩增的约氏疟原虫 S型 18S r DNA片段长度为 92 0 bp,与伯氏疟原虫 S型和约氏疟原虫A型的同源性分别为 95 .3%和 94.0 %。 RT- PCR检测结果显示卵囊密度与扩增带强度明显一致 ,且敏感性高于解剖镜检方法。感染后 3d即可检出蚊体内疟原虫 ,而此时卵囊在光镜下尚难识别。 结论 测定了约氏疟原虫S型 18S r DNA的部分序列 ,将其作为分子指标 ,可早期、敏感、特异和半定量检测蚊体内感染的疟原虫。

23S核糖体RNA结构域Ⅴ区位点A2063G、A2064G突变与儿童难治性肺炎支原体肺炎的相关性

目的 探讨23S核糖体RNA(rRNA)结构域Ⅴ区位点A2063G、A2064G突变与儿童难治性肺炎支原体肺炎的相关性。方法 将184例肺炎支原体肺炎患儿分为难治性肺炎组56例和非难治性肺炎组128例。比较两组患儿白细胞和中性粒细胞计数,降钙素原、C反应蛋白(CRP)、血沉、ALT、AST、乳酸脱氢酶(LDH)水平,以及23S rRNA结构域Ⅴ区位点A2063G、A2064G突变情况。分析相关指标与难治性肺炎支原体肺炎的相关性,并采用多因素Logistic回归模型分析难治性肺炎支原体肺炎的危险因素。结果 难治性肺炎组的CRP、血沉、LDH水平,中性粒细胞计数,以及A2063G和/或A2064G位点突变的比例均高于非难治性肺炎组(均P<0.05)。CRP、血沉、LDH水平,中性粒细胞计数,以及A2063G和/或A2064G位点突变情况均与难治性肺炎支原体肺炎具有相关性(均P<0.05)。Logistic回归模型分析结果显示,CRP、血沉、LDH水平升高,以及A2063G或/和A2064G位点突变均是难治性肺炎支原体肺炎的危险因素(均P<0.05)。结论 存在23S rRNA结构域Ⅴ区位点A2063G、A2064G突变的肺炎支原体肺炎患儿发展为难治性肺炎支原体肺炎的可能性增大,检测23S rRNA结构域Ⅴ区位点A2063G、A2064G的突变情况对判断肺炎支原体肺炎患儿病情和制定治疗方案具有重要意义。

胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因序列变异分析

设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单元(OTU) ,并对这些OTU的代表克隆进行了测序。分析发现获得的克隆均属于桡足亚纲。根据各OTU覆盖的克隆数计算的胶州湾浮游桡足类遗传多样性指数为0 .96。特定基因序列分析能提供易整合、易比较的多样性数据,也是建立浮游生物群落结构分子生物学剖分方法的基础和形态分类的补充。

利奈唑胺诱导金黄色葡萄球菌耐药株50S核糖体蛋白突变位点分析

目的阐明体外诱导利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌的核糖体蛋白位点变异特征。方法收集2株金黄色葡萄球菌质控菌ATCC29213和ATCC25923、1株乳汁来源的金黄色葡萄球菌和1株血流感染的金黄色葡萄球菌(编号分别为S2、S3、S5和S7菌株,均为甲氧西林和利奈唑胺敏感株),通过体外浓度倍增法诱导利奈唑胺耐药;挑取单克隆,经E-test条测定MIC值,获得各菌株的耐药浓度梯度;提取耐药菌株基因组DNA,PCR扩增核糖体蛋白L3和L4(对应rpl C和rpl D基因),扩增产物经测序后与野生株比较,获得核糖体蛋白对应氨基酸的突变位点。结果经体外多步法诱导利奈唑胺耐药的不同MIC值金黄色葡萄球菌共24株。PCR测序分析4株母株均无变异位点,各菌株L3对应的氨基酸位点不尽相同,S2组菌株L4未见统一的氨基酸位点,余S3、S5、S7各组菌株普遍存在Ala56Asp氨基酸位点变异。结论体外多步法可诱导金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药,耐药机制与核糖体蛋白位点突变密切相关,但仍需进一步研究证实突变位点与耐药的关系。

基于16S核糖体RNA基因测序的苯丙酮尿症患儿肠道菌群分析

目的 基于16S核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid,16S rRNA)基因高通量测序,探讨苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)患儿与正常儿童肠道菌群的差异。方法 于2020年选取云南省新生儿疾病筛查中心管理的儿童为研究对象,根据儿童是否患有PKU进行分组,每入组1例PKU患儿(该组患儿均接受特殊饮食治疗),招募1~2例与PKU患儿具有相近年龄、相同居住地和户籍的正常儿童入组对照组。共纳入PKU组儿童11例,对照组儿童16例。采集两组儿童的新鲜粪便,并提取粪便DNA对16S rRNA基因V3~V4区进行高通量测序。利用BGI微生物扩增子分析平台对测序数据进行分析,并对两组儿童的肠道菌群情况进行比较。结果 PKU组和对照组儿童肠道菌群的α多样性的比较差异无统计学意义(P> 0.05),但β多样性的比较差异有统计学意义(R=0.084,P <0.05)。在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门为PKU组和对照组肠道菌群的优势菌门。在属水平上,拟杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、芽殖菌属等菌属为PKU组和对照组肠道菌群的优势菌属。对照组中拟杆菌属和粪杆菌属的相对丰度均高于PKU组,且差异具有统计学意义(P=0.011,P=0.007)。PKU组中普氏菌属的相对丰度高于对照组(P=0.012)。结论 PKU患儿与正常儿童的肠道菌群的种类和相对丰度存在差异,该差异可能与PKU患儿接受特殊饮食治疗有很大关系,并可能影响PKU患儿的生长发育。

油菜内生细菌16S核糖体DNA的RFLP分析

植物内生细菌定殖在植物组织内部但不引起明显的病害症状。从健康油菜植株的不同器官中分离到大量内生细菌,这些细菌菌落形态存在明显的差异,表明油菜组织中存在大量内生细菌,且类群丰富。分离到的122株内生细菌根据菌落形态可以划分为35类;利用细菌通用引物对16S核糖体DNA进行扩增,获得约1.5kb片段,分别用内切酶HaeⅢ和MspⅠ对扩增产物进行限制性酶切,产生不同的酶切图谱,根据酶切图谱聚类分析结果,所有供试菌株被归为39类,这一结果从遗传上显示油菜内生细菌类群的多样性。两种方法归类结果比较发现菌落特征所反映的信息量有限,只能作为初步的参考指标,核糖体DNA的限制性片段长度多态性分析快速、准确,可以作为油菜内生细菌多样性分析的一种有效方法。

层黏连蛋白受体/40S核糖体蛋白SA在肿瘤和神经系统疾病及感染性疾病中的研究进展

相对分子质量为37000层黏连蛋白受体前体/67000层黏连蛋白受体(LRP/LR)是层黏连蛋白的一种高度亲和性受体,具有多种亚细胞定位,当其定位于核糖体,又被称作40S核糖体蛋白SA(RPSA)。LRP/LR在多种生物学过程中发挥重要作用,如细胞的分化和迁移、蛋白质的翻译以及细胞内信号转导等。更为人所关注的是,LRP/LR还与肿瘤、神经系统疾病和感染性疾病等的发展密切相关。文章主要就LRP/LR的属性、生物学功能及其在肿瘤、朊病毒病阿尔兹海默症、癫痫和感染性疾病中的作用进行综述。

16S核糖体RNA基因和RNA聚合酶β亚基基因及基质辅助激光解析／电离飞行时间质谱鉴定海洋副溶血性弧菌及其同源性分析的研究

目的评价16S核糖体RNA基因（16SrRNA）、RNA聚合酶β亚基基因（rpoB）及基质辅助激光解析／电离飞行时间质谱（MALDI-TOFMS）技术对海洋副溶血性弧菌的鉴定及同源性分析的性能。方法将50株海洋副溶血性弧菌以及与其亲缘关系相近的30株海洋溶藻弧菌、8株海洋坎贝式弧菌、11株海洋哈维氏弧菌、3株海洋需钠弧菌、2株海洋创伤弧菌分别用16SrRNA、rpoB和MALDI-TOFMS技术3种方法进行鉴定并做系统进化树、聚类分析，比较分析结果。结果50株海洋副溶血性弧菌用16SrRNA鉴定出5株，rpoB鉴定出41株，MALDI-TOFMS技术鉴定出41株。16SrRNA系统进化树的结果不能将海洋副溶血性弧菌和海洋溶藻弧菌、海洋坎贝式弧菌、海洋需钠弧菌、海洋创伤弧菌分开。rpoB和MALDI．TOFMS可以准确地做出同源性分析。rpoB鉴别来自不同地域的海洋副溶血性弧菌的能力优于MALDI-TOFMS。而MALDI-TOFMS在海洋副溶血性弧菌的环境株和临床株的鉴别上优于rpoB。结论rpoB和MALDI．TOFMS技术鉴定海洋副溶血性弧菌准确，二者相结合是进行海洋副溶血性弧菌鉴定和同源性分析的适宜技术。

改良RACE技术克隆板栗短雄花序26S核糖体基因片段

RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术是以RT-PCR为基础,根据部分已知基因序列(如EST),通过cDNA的3′端和5′端快速扩增获取全长cDNA的一种有效方法。本文作者以板栗芽变品种短雄花序为材料,利用改良SMART RACE的技术克隆了板栗(Castanea mollissimaBlume)26S基因5′端未知序列,所得到的cDNA的5′末端共有1 204 bp。序列比对分析显示,该检测的核糖体基因与已知其他物种中的核糖体基因高度同源,它与已克隆到的同源基因橡树和八角枫之间的同源性分别为98%和97%。

脑脊液细菌16S核糖体RNA基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值

目的探讨脑脊液细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值。方法选择化脓性脑膜炎患儿60例,在抗生素使用早期及后期采集脑脊液标本,同时进行16S rRNA基因检测及细菌培养,比较两种方法的检测阳性率,分析抗生素应用时间对两种检测方法结果的影响。结果脑脊液16S rRNA基因检测阳性21例(35.0%),脑脊液细菌培养阳性9例(15.0%),16S rRNA基因检测阳性率高于细菌培养(P<0.05)。抗生素应用早期16S rRNA基因检测阳性率略高于抗生素应用后期,但差异无统计学意义(P>0.05);抗生素应用早期脑脊液细菌培养检测阳性率高于抗生素应用后期(P<0.05)。结论对于抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿,脑脊液16S rRNA基因检出阳性率高于脑脊液细菌培养,且可能更少受抗生素应用时间的影响。

16S核糖体DNA Amplicon测序法分析2型糖尿病患者口腔微生物多样性

目的探讨2型糖尿病患者口腔微生物多样性及结构的差异。方法采集23例2型糖尿病患者与23名正常人的唾液与龈上菌斑样本,提取口腔菌群的总DNA,利用16S核糖体DNA(16S ribosome DNA,16Sr DNA)Amplicon测序法进行测序,使用Pandaseq、Qiime等软件分析菌群多样性及结构。结果 2型糖尿病患者和正常人口腔菌群丰度及优势菌属差异无统计学意义(P>0.05)。2型糖尿病患者样本中布雷德菌属、瘤胃菌科、幽门螺杆菌科丰度较高,正常人样本中韦荣菌科、Selenomonadales目、Negativicutes纲、月形单胞菌属、丁酸弧菌属、Anaeroglobus属、Candidatus-Saccharibacteria门、Saccharibacteria_genera_incertae_sedis属、诺卡菌科、气微菌属丰度较高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论用16Sr DNA Amplicon测序法分析2型糖尿病患者与正常人口腔菌群结构具有相似性,幽门螺杆菌与2型糖尿病之间的关系还有待于进一步的研究。