5S-rRNA基因间区序列变异用于金银花药材道地性研究初探

目的 研究金银花药材道地性形成的基因基础。方法 用 SDS法提取金银花 L onicera japonica不同居群、外类群细毡毛忍冬 L.similis和山银花 L.confusa的总 DNA,进行 5 S- r RNA基因间区的 PCR扩增和测序 ,并用软件 Mega进行分析。结果 L onicera L.属植物 5 S- r RNA基因间区约 2 10 bp,其中 G+C含量较高 ,达 70 %左右 ,不同居群的 L.japonica碱基序列有差别 ,通过测序可以进行鉴别。L.confusa与 L.japonica间的遗传距离较大。结论 种间 5 S- r RNA基因间区的序列差异大于种内 ;道地药材之间的遗传距离较小 ;道地与非道地药材之间的遗传距离大于道地药材之间的遗传距离。

2种三疣梭子蟹居群线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段序列变异研究

目的:通过对2种三疣梭子蟹居群样线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段的序列分析,探讨其遗传变异,为种质资源的管理、保存和利用提供依据.方法:采集山东潍坊和福建厦门两个不同居群的三疣梭子蟹样,提取其线粒体DNA.由Genebank获得三疣梭子蟹完整线粒体DNA序列(登陆号:NC_005037),设计扩增Cyt b和S-rRNA基因片段引物,经PCR扩增获得预期产物,纯化后测序.结果:以提取的线粒体DNA为模板扩增出特异性强的Cyt b和S-rRNA基因片段,与预期条带长度429 bp和465 bp吻合;2个基因片段的AT含量均高于GC含量;Cyt b基因片段有3个位点发生了突变,S-rRNA只有1个位点发生了突变;在两种居群的4个突变位点中,2个位置突变为相同的碱基,且所有突变位点均呈转换方式.结论:Cyt b基因序列比S-rRNA基因序列具有相对高的突变率;研究的2个基因片段的突变位点的碱基置换主要呈转换方式;来自2个三疣梭子蟹居群样本的线粒体S-rRNA基因的突变发生在同一位点且突变为相同碱基,表明2个居群具有较近的亲缘关系.

不同产地浙贝母的基因序列及生物碱含量比较

目的:探讨道地药材形成的基因基础。方法:以AS和AS-1为引物对4个不同产地浙贝母的5S-rRNA基因间区进行了PCR扩增和测序,并采用酸性染料比色法测定了它们的总生物碱含量及用柱前衍生化气相色谱法测定了其中2个单体生物碱的含量。结果:不同产地浙贝母的5S-rRNA基因间区具有相同的碱基序列,均为588bp;它们的总生物碱含量相当,气相色谱结果也表明,它们含有相同的单体生物碱,只是各单体生物碱的含量不同。结论:不同产地浙贝母的差异不是由碱基序列,而是由小环境因素引起的。

从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系

对鹭科 12个种的线粒体 12SrRNA基因全长约 975bp的序列进行了测定 ,并从GenBank获得黄顶夜鹭12SrRNA基因全序列。比对后的序列长 993bp ,含 36 3变异位点 ,2 88个多态位点 ,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树将 13种鹭聚为 2支 :第一支包括白鹭、中白鹭、大白鹭、池鹭、牛背鹭、苍鹭、草鹭、夜鹭、黄顶夜鹭 ,第二支由黄苇、黑苇、栗苇、大麻组成。结果提示将鹭科分为鹭亚科和亚科的传统观点是合理的 ,不支持Payne将鹭科分为日鹭亚科 (Ardeinae)、夜鹭亚科 (Nycticracinae)、亚科 (Botaurinae)和虎鹭亚科 (Tigrisomatinae)的观点。进一步的分析表明 :白鹭在系统演化中要早于大白鹭和中白鹭分支出来 ,大白鹭和中白鹭与苍鹭、草鹭和牛背鹭间的亲缘关系较近 ,而与白鹭较远 ,支持Sibley(1990 )将大白鹭和中白鹭作为独立的大白鹭属 (Casmerodius)和中白鹭属 (Mesophoyx)的建议 :黑、栗苇与黄苇在系统发生中构成一单系群 ,提示将黑置于苇属 (Ixobrychus)

猪源奇异变形杆菌分离与鉴定及16S rRNA基因序列同源性分析

为了解奇异变形杆菌在猪群中感染情况,2016年9-12月从河南省规模化猪场采集病料,进行奇异变形杆菌的分离、鉴定及药敏试验;将分离菌株16SrRNA基因序列与GenBlank中其他不同来源且同源性匹配较高的奇异变形杆菌菌株构建系统发育树。结果表明:从河南省规模化猪场18起病例中,共分离3株奇异变形杆菌,分别命名为Ly、Ymh和Hbqx;与其他12株奇异变形杆菌的同源性分别为99.1%~99.4%、99.4%~99.8%和99.4%~99.9%,Ly、Ymh和HbqX间同源性为99.3%~99.4%。其中,Ly与KF051776(中国深圳株)、KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.4%;Ymh与HQ259932(中国河北株)同源性最高,为99.8%;Hbqx与KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.9%。3株奇异变形杆菌对青霉素、氨苄西林、卡那霉素、阿莫西林、多西环素、恩诺沙星、多粘菌素、氯霉素、萘啶酸和磺胺异恶唑均耐药,对其他药物耐药性不同。

中国4株伯氏疏螺旋体基因型鉴定

目的 对广西和贵州 4株伯氏疏螺旋体分离株基因型进行鉴定。方法 应用聚合酶链反应从 3株广西及 1株贵州伯氏疏螺旋体分离株的全基因组DNA中将 5s 2 3srRNA间隔区基因调出 ,并克隆至质粒pGEM TEasy中 ,构建重组质粒 ,测序后与国外其它分离株进行同源性比较。结果 4株伯氏疏螺旋体均扩增出约 2 4 2bp的 5s 2 3srRNA间隔区基因 ,同源性 99%以上 ,与B .valaisiana基因型的同源性均比其它基因型高。结论 4株莱姆病螺旋体均属于B .