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云南省水稻矮缩病毒S10片段的序列分析
1
作者
张磊
董家红
+1 位作者
朱勇
张仲凯
《昆明学院学报》
2010年第6期87-88,91,共3页
用RT?PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的O...
用RT?PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的ORF,编码352个氨基酸.云南分离物S10片段之间的核苷酸同源性约为97.9%~99.9%,其编码的氨基酸同源性为97.7%~100%;云南分离物与日本分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.1%~95.4%和96.3%~99.2%,与中国分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.8%~96.6%和95.2%~96.6%.云南分离物在亲缘关系上与日本分离物较中国分离物近.
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关键词
水稻矮缩病毒
s10片段
同源性分析
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职称材料
水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析
被引量:
1
2
作者
崔亚
朱俊子
+2 位作者
周倩
蒋坚
高必达
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期160-166,共7页
运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(...
运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(登录号:JQ337964),含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5'URT与3'URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。
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关键词
南方水稻黑条矮缩病毒
s10片段
基因组序列分析
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职称材料
安徽水稻黑条矮缩病毒基因组片段S10的cDNA克隆及其序列分析
被引量:
2
3
作者
张海珊
顾江涛
+4 位作者
严丹侃
周桃棣
夏必文
刘轩武
章东方
《安徽农学通报》
2013年第9期31-31,73,共2页
从采自安徽省肥西县发病的水稻材料中提取水稻黑条矮缩病毒dsRNA,利用RT-PCR获得了病毒基因组片段S10的cDNA克隆,并测定其全序列。结果表明:S10全长1801bp,含有一个ORF;核苷酸与氨基酸序列同源性比较表明,其与浙江的RBSDV(AY050488)最接...
从采自安徽省肥西县发病的水稻材料中提取水稻黑条矮缩病毒dsRNA,利用RT-PCR获得了病毒基因组片段S10的cDNA克隆,并测定其全序列。结果表明:S10全长1801bp,含有一个ORF;核苷酸与氨基酸序列同源性比较表明,其与浙江的RBSDV(AY050488)最接近,分别为99.2%和99.6%;与日本的RBSDV(D00606)分别为95.1%和97.5%。
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关键词
水稻黑条矮缩病毒
CDNA克隆
s10片段
序列分析
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职称材料
题名
云南省水稻矮缩病毒S10片段的序列分析
1
作者
张磊
董家红
朱勇
张仲凯
机构
云南省农业生物技术重点实验室云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所
出处
《昆明学院学报》
2010年第6期87-88,91,共3页
基金
国家公益性农业行业科研专项资助项目(nyhyzx07-051)
云南省科技攻关及高新技术发展计划资助项目(2006NG20)
文摘
用RT?PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的ORF,编码352个氨基酸.云南分离物S10片段之间的核苷酸同源性约为97.9%~99.9%,其编码的氨基酸同源性为97.7%~100%;云南分离物与日本分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.1%~95.4%和96.3%~99.2%,与中国分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.8%~96.6%和95.2%~96.6%.云南分离物在亲缘关系上与日本分离物较中国分离物近.
关键词
水稻矮缩病毒
s10片段
同源性分析
Keywords
Rice dwarf viru
s
s
egment
10
identity analy
s
i
s
分类号
Q939.4 [生物学—微生物学]
S432.41 [农业科学—植物病理学]
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职称材料
题名
水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析
被引量:
1
2
作者
崔亚
朱俊子
周倩
蒋坚
高必达
机构
湖南农业大学生物信息系
湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期160-166,共7页
基金
公益性行业(农业)科研专项(201003031)
湖南省科技厅项目(2010NK3021)共同资助
文摘
运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(登录号:JQ337964),含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5'URT与3'URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。
关键词
南方水稻黑条矮缩病毒
s10片段
基因组序列分析
Keywords
s
outhern rice black-
s
treaked dwarf viru
s
s
10
fragment
Genome
s
equence analy
s
i
s
分类号
S435.111.4 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
下载PDF
职称材料
题名
安徽水稻黑条矮缩病毒基因组片段S10的cDNA克隆及其序列分析
被引量:
2
3
作者
张海珊
顾江涛
严丹侃
周桃棣
夏必文
刘轩武
章东方
机构
安徽省农业科学院植物保护与农产品质量安全研究所
太湖县植保站
巢湖市居巢区植保站
全椒县植保站
出处
《安徽农学通报》
2013年第9期31-31,73,共2页
基金
安徽省种子工程项目(09B0901)
文摘
从采自安徽省肥西县发病的水稻材料中提取水稻黑条矮缩病毒dsRNA,利用RT-PCR获得了病毒基因组片段S10的cDNA克隆,并测定其全序列。结果表明:S10全长1801bp,含有一个ORF;核苷酸与氨基酸序列同源性比较表明,其与浙江的RBSDV(AY050488)最接近,分别为99.2%和99.6%;与日本的RBSDV(D00606)分别为95.1%和97.5%。
关键词
水稻黑条矮缩病毒
CDNA克隆
s10片段
序列分析
Keywords
Riee black-
s
t reaked dwarf Fijiviru
s
cDNA clone
s
10
s
equenee analy
s
i
s
分类号
S435.11 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
云南省水稻矮缩病毒S10片段的序列分析
张磊
董家红
朱勇
张仲凯
《昆明学院学报》
2010
0
下载PDF
职称材料
2
水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析
崔亚
朱俊子
周倩
蒋坚
高必达
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
1
下载PDF
职称材料
3
安徽水稻黑条矮缩病毒基因组片段S10的cDNA克隆及其序列分析
张海珊
顾江涛
严丹侃
周桃棣
夏必文
刘轩武
章东方
《安徽农学通报》
2013
2
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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