蓝舌病毒HbC_3株S7基因5′非编码区序列分析

根据已发表的蓝舌病毒(bluetonguevirus,BTV)10型标准株S7基因设计合成一对与其5′ NCR(non codingregion)序列同源的引物,经反转录 聚合酶链反应(RT PCR)扩增出HbC3株和10型标准株长度分别为277bp和290bp的S7基因5′非编码区cDNA片段,以建立起dsRNA体外扩增系统.将扩增的BTV HbC3毒株的S7基因5′非编码区片段通过粘端连接克隆到pUCm T载体中,用PCR技术和限制性内切酶分析鉴定,表明获得重组质粒pUCm T BTV HbC3 S7.通过核苷酸序列分析方法分别将2个毒株的S7基因5′非编码区与呼肠孤病毒 3(reovirus 3)型比对,发现BTV HbC3株与呼肠孤病毒 3L2基因5′非编码区基因具有完全的同源性.将BTV HbC3毒株接种在不同细胞系如猴肾传代细胞(Vero)、人肝癌细胞(Hep 3B)和小鼠成纤维细胞(L929)等细胞株上,比较BTV HbC3在不同种系细胞上的增殖特征,并且用双向免疫扩散试验证实BTV HbC3和BTV 10型之间的血清学关系.结合本实验室的研究结果提示BTV HbC3株可能是蓝舌病毒的一个新的基因型.

蓝舌病毒血清5型毒株S7基因编码区的分子克隆与序列分析

目的:对蓝舌病毒(BTV)血清5型毒株(BTV-5)的S7基因编码区(ORF)进行克隆和序列分析。方法:用TRIzol LS试剂提取病毒总RNA,经反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增BTV-5型毒株S7基因的编码区,将扩增片段克隆到pGEM-T Easy载体上,对阳性克隆进行核苷酸序列测定;采用DNAStar和DNASIS v2.5软件对环状病毒属不同种群的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列进行同源性及系统进化树分析。结果:克隆的基因片段长1050bp,为S7基因开放性读码框的全长序列,编码349个氨基酸残基;与环状病毒属不同血清型毒株比较,核酸序列同源性范围为42.2%～96.6%,推导的氨基酸序列同源性范围为40.4%～99.7%。结论:蓝舌病毒与非洲马瘟病毒、鹿流行性出血热病毒分属于不同种群,群内不同血清型的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列显示出很高的同源性,而不同种群之间的同源性很低。

茨城病毒VP7蛋白基因的克隆表达及间接ELISA方法的建立

采用RT-PCR方法扩增出了茨城病毒(IBAV)No.2株编码VP7蛋白的S7全长基因,并克隆入原核表达载体pET-28a(+)中,在E.coliBL21中表达。经Western-blot检测,表达的重组VP7蛋白具有良好的反应原性。以纯化的重组蛋白作为包被抗原,初步建立了检测IBAV血清抗体的间接ELISA方法。

短串联重复序列D7S2201基因座的群体遗传学研究

用扩增片段长度多态性技术分析短串联重复序列D7S2201基因座的遗传多态性，在262个中国成都地区汉族无关个体及119个泰国曼谷地区泰人无关个体中分别发现7个和5个等位基因，首次获得该基因座在两群体中的频率分布，其等位基因片段大小范围为100～124bp。两群体的基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡。该基因座在两群体中的个人识别能力（PD）、杂合度（H）、多态性信息含量（CPI）及非父排除率（PE）分别为0.7038、0.5992、0.4789、0.2900和0.7351、0.5882、0.5012、0.2770。家系调查证实了等位基因的传递遵循孟德尔遗传规律。χ2检验表明两群体间等位基因频率分布无显著性差异。

S7核糖体蛋白基因片段序列变异与花鲈属鱼类系统发育研究

对中国和日本海域花鲈属的3个种:花鲈(Lateolabrax maculatus)、鲈鱼(L. japoni-cus)和高体鲈(L. latus)的S7核糖体蛋白基因片段序列进行了扩增和序列测定,分析比较了3个种23个个体间的序列差异。在456bp的S7核糖体蛋白基因片段中,3个高体鲈个体中出现了3种单倍型,种内个体间有2个碱基差异;7个花鲈个体中出现了7种单倍型,种内个体间有21个碱基差异;13个鲈鱼个体中出现了12种单倍型,种内个体间有22个碱基差异。结果表明,花鲈属S7核糖体蛋白基因片段序列具有丰富的遗传信息,在亲缘关系较近的物种间也存在显著的序列差异,基于S7核糖体蛋白基因片段序列的NJ和ME系统树经1000次重复抽样检验后得到相似结果,表明S7基因内含子2是适合于研究分子系统发育的分子标记。利用Modeltest选取最佳核苷酸替代模型构建的NJ树表明:花鲈属鱼类由高体鲈分化,花鲈与鲈鱼的亲缘关系很近,而与高体鲈的亲缘关系较远。

基于S7核糖体蛋白基因部分序列的10种石鲈科鱼类的系统发育关系

分析了石鲈科4属10种鱼类S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列特征,采用MP法和NJ法构建系统发育树。结果表明,在分子系统树上,10种石鲈科(Haemulidae)鱼类共组成两大类群,其中髭鲷属(Hapalogenys)鱼类和胡椒鲷属(Plectorhynchus)鱼类聚成一类群,石鲈属(Pomadasys)鱼类和仿石鲈属(Haemulon)鱼类聚成一类群,两类群再聚成一支,10种石鲈科鱼类构成单一分支类群。髭鲷属鱼类跟胡椒鲷属鱼类的亲缘关系较近。基于遗传距离分析表明,相对于石鲈属,髭鲷属鱼类跟仿石鲈属鱼类的遗传距离较小。因此,研究结果支持髭鲷属的分类地位是介于胡椒鲷属和仿石鲈属之间,未能从石鲈科中独立出来形成髭鲷科(Hapalogeniidae)。

中国成都汉族及泰国群体D7S2846基因座的遗传多态性

研究STR基因座D7S2 846的遗传多态性 ,为法科学应用提供基础数据。应用PCR及PAG电泳技术 ,对376名中国成都汉族无关个体及 131名泰国无关个体进行了调查。两群体分别检出 8个和 7个等位基因 ,首次获得该基因座基因在两群体中的频率分布。两群体基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡。家系调查证实了等位基因的传递遵循孟德尔遗传规律。该基因座在两群体中的个人识别能力 (Dp)分别为 0 85 70、 0 86 0 2 ,杂合度 (H )分别为0 6 915、 0 6 870 ,多态性信息含量 (PIC)分别为 0 6 445、 0 6 5 5 3 ,非父排除率 (PE )分别为 0 415 2、 0 40 85。D7S2 846基因座在法医学个人识别及亲子鉴定中具有较高的实用价值。

水稻黑条矮缩病毒基因组片段S7的cDNA克隆及全序列分析

应用RT PCR技术克隆了 2个水稻黑条矮缩病毒 (riceblack streakeddwarfvirus,RBS DV)中国分离物 ,即浙江分离物和河北分离物的基因组片段S7,并测定了他们的全序列。结果表明 :RBSDV浙江分离物 (RBSDV Zj)基因组片段S7全长 2 1 93nts(EMBL登录号为AJ2 9742 7) ,RBSDV河北分离物基因组片段S7全长 2 1 90nts(EMBL登录号为AJ2 9742 8) ,二者均含有两个开放阅读框 (openreadingframe,ORF) ,分别编码约 41kD和 3 6kD多肽 ,2个中国分离物核苷酸同源性高达 99% ,相应的ORF编码的多肽同源性分别为 1 0 0 %和 94 4% ,与日本RBSDV基因组片段S7核苷酸同源性为 93 4%和 93 8% ,相应ORF编码的多肽同源性分别为98 1 % (ORF1 )、96 5 %和 97 8% (ORF2 ) ,与意大利MRDVS6核苷酸同源性为 85 1 %和85 3 % ,相应多肽同源性分别为 92 3 % (ORF1 )、85 5 %和 86 8% (ORF2 )。

基于S7核糖体蛋白基因部分序列的7种金线鱼属鱼类分子系统进化关系

测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicus)与苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)在第167、182、474、608、662 bp位置,金线鱼(N.virgatus)与印度洋金线鱼(N.bipunctatus)第227、332、401、604 bp的位置具有相同的碱基插入缺失特征,且具有种类特异性。最后利用最大似然法(ML)与贝叶斯分析(BI)构建分子系统进化树,7种金线鱼聚在一起,其中日本金线鱼与苏门答腊金线鱼聚为一支,金线鱼、深水金线鱼和印度洋金线鱼聚成一支。结论认为需要结合多方面的形态与分子证据,才能进一步明确金线鱼属鱼类的系统进化关系。

S7核糖体蛋白基因序列变异与亚科鱼类的单系性研究

使用分子生物学的方法对亚科鱼类的单系性进行了探讨。通过PCR方法 ,获得了 13种鲤科鱼类S7核糖体蛋白基因第 1内含子序列 ,其中包括 6种亚科鱼类。使用MEGA软件中的Neighbor Joining法和Most Parsimony法分别构建分支系统图。研究结果显示目前所确认的亚科鱼类实际上没有形成单系类群。其中属、波鱼属和低线属位于系统树基部 ,显示出原始性。而由细鲫属、马口鱼属和属构成的类群相对于亚科中的原始种类起源较晚 ,可能和较晚起源的东亚鲤科类群之间有更为密切的关系。

用改进的MVR-PCR方法检测河北地区汉族人群D7S21基因座多态性

为研究D7S2 1基因座在河北汉族人群分布的多态性 ,应用MVR -PCR (MinisatelliteVariantRepeat -PolymeraseChainReaction)方法和聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳银染法对 12 4名河北汉人无关个体D7S2 1基因座进行了快速检测 ,并进行数字编码。每一个体平均得到 36个数字编码 ,未发现任何两个无关个体所有编码相同 ,两无关个体 36个编码相同的概率为 3.48× 10 -18。三种重复单位a型、t型和 0型出现的概率分别为 :48.5 %、49.4%和 2 .1%。该基因座杂合度为 0 .9876 ,非父排除率为 0 .9746 ,多态性信息含量为 0 .9872。研究表明 ,D7S2 1基因座在河北汉族人群中具有高度的多态性 ,聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳银染法简便、快速 ,具有一定的实用价值。

基于S7核糖体蛋白基因部分序列的石鲈属鱼类分子系统进化关系

基于核DNA分子标记S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列对分布于南海及美洲,非洲,大洋洲等周边海区的石鲈属鱼类11种,结合石鲈亚科其他属如仿石鲈属,异孔石鲈属,八带石鲈属及锯鳃石鲈属等21种鱼类的系统进化关系进行了研究分析。利用最大简约法以及贝叶斯法构建了系统进化树。进化树上,石鲈属的种类并没有形成一个单系,除了大斑石鲈,断斑石鲈等6种石鲈属鱼类聚成一石鲈属的分支外,其他石鲈属种类都位于进化树的不同位置。侧扁石鲈与八带石鲈聚在一起,大棘石鲈与异孔石鲈属聚在一起。红海石鲈与纵带石鲈与仿石鲈属的种类关系较近,佩氏石鲈最先分化出来,位于整个石鲈亚科分支基部。该分类关系与其各自的地理分布情况有着一定的联系。

中国人D7S21基因应5′端侧翼DNA多态性

分析D7S21基因座5’端侧翼DNA3个基因座多态性（－4A／G、－109C／T和一22lG／C）和单倍体分型。用PCR和扩增产物限制性内切酶酶解的方法检测了100名中国人无关个体的多态性，获得了6个不同等位基因的频率，即-4A＝0．29，－4G＝0．71，－109C＝0．54，－109T＝0．46，－221G＝0．74，－221C＝0．26。结果表明，D7SZI基因座5’端侧翼DNA3个基因座的DP值达0．944，在法医学个体识别中具有很高的个体识别能力。

南农87C-38大豆优质11S球蛋白Gy7基因克隆及序列分析

大豆种子不仅富含蛋白质,而且赖氨酸含量较高,利用大豆高赖氨酸基因能够弥补谷类作物种子赖氨酸含量的不足。运用现代分子生物学技术,从高蛋白大豆南农87C-38中克隆11S球蛋白Gy7全基因及cDNA序列。经生物公司测序后,利用vectorNTI软件将所克隆的Gy7全基因及cDNA序列与Genbank(AF319776和AF319777)报道的序列进行比对分析,同源性分别为99%和99.6%。序列比对结果显示,Gy7基因cDNA与Genbank报道的序列之间所有的核苷酸差异都位于第3外显子。由此推测,第1、第2和第4外显子编码的氨基酸对于G7多肽形成特定高级结构可能具有非常重要的作用,它们在进化过程中受到的选择压力可能比第3外显子更强。根据遗传密码表推测,克隆的Gy7与Genbank报道的cDNA序列所编码的多肽,两者存在2个氨基酸组成的差异。大豆球蛋白Gy7优质基因的获得为今后利用转基因技术改良水稻、小麦等谷类作物的营养品质奠定了基础。

人成骨样细胞SaOS-2向成骨分化过程中GNAS1基因的表达变化

目的:对成骨分化过程中GNAS1基因的表达进行研究.方法:对人成骨样细胞Sa OS-2进行成骨定向分化,采用茜素红染色、实时定量PCR和免疫印迹检测成骨分化效果和分化过程中GNAS1的表达变化.结果:实时定量PCR结果显示,RUNX2基因在成骨分化第3天表达最高,之后呈下降趋势,而实时定量PCR和免疫印迹均检测到GNAS1基因在成骨分化第3天表达最低,之后呈升高趋势.结论:GNAS1基因在成骨分化过程中表达存在差异,提示对成骨细胞分化具有调控作用.

1例D7S820基因座三带型等位基因检出报告

目的探讨华南地区人群亲子鉴定案例中三带型等位基因的频率及特点。方法采用Chelex-100法提取血液DNA,通过复合荧光PCR扩增和毛细管电泳分析2 200个案例(6 000名个体)的DNA-STR(STR:短串连重复序列)基因型。结果在2 200个案例(共6 000名个体)中共检出1例D7S820基因座三带型等位基因,位于父子单亲鉴定案例中儿子的D7S820基因座等位基因8、11和12,父亲D7S820基因座的基因分型为11和12。在本研究中,该D7S820基因座三带型等位基因的频率为1/6 000。Powerples TM16 system荧光标记复合扩增试剂盒对包含D7S820在内的16个STR基因座进行检测,儿子D7S820基因座基因分型8/11/12的电泳峰高和峰面积之比均为1∶1∶1,D7S820基因座三带型等位基因的检测结果与Indentifiler誖试剂盒检测结果相同。结论在本文发现的案例中,父亲的等位基因11和12均遗传给了儿子,导致儿子表现为三带型等位基因。三带型的等位基因在单个STR基因座中很少出现,在分析时应采用不同方法或者试剂盒进行验证,保证鉴定结果的可靠性。

S7核糖体蛋白基因序列变异及其在低等鲤科鱼类中的系统发育意义

鲤科是世界鱼类中最大的科,有210余属2010种.为研究其系统发育关系需要筛选合适的DNA标记.将S7核糖体蛋白基因用作遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析.通过PCR方法,扩增了长度为602bp的胭脂鱼以及长度为655～859bp的16种鲤科鱼类的S7基因内含子1序列.序列排列得到925个排列位点,其中信息位点499个,占全部位点的54％.结果表明,鲤科鱼类S7基因内含子1序列具有丰富的信息位点,并且在亲缘关系不同的物种间存在显著的序列差异.基于S7基因内含子1序列的NJ（neighbor-joining）和MP（most-parsimony）分支树经1000次重复抽样检验后,节点的自展支持率普遍高于以细胞色素b及线粒体控制区（d-loop）基因为遗传标记时所得到的分支树.因此,S7基因内含子1作为遗传标记在鲤科系统发育研究中的分辨率是比较高的,它是一个适合鲤科内亚科水平系统发育研究的有用的分子遗传标记.但S7基因内含子1是否适用于鲤形目科间或科以上水平的分子系统学分析,有待进一步研究.

南方水稻黑条矮缩病毒安徽分离物S7片段的克隆及其S7-1基因编码蛋白的原核表达

为探讨南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)的种群变异并获得S7-1原核表达蛋白,采用RT-PCR技术扩增SRBSDV安徽分离物S7片段,并进行克隆、测序及序列分析,再利用特异性引物扩增该分离物S7-1基因并克隆到原核表达载体p ET-GST上,重组质粒p ET-S7-1转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导及Ni^(2+)-NTA亲和柱纯化融合蛋白,再进行Western blot检测。结果显示,SRBSDV安徽分离物S7片段与其它SRBSDV各个分离物S7片段的序列相似性极高,达99.3%~99.9%,而与斐济病毒属Fijivirus其它种之间的序列相似性较低,为35.5%~73.3%。SRBSDV安徽分离物与其它SRBSDV各个分离物聚成1个单独的分支,彼此间亲缘关系较近。试验获得了分子质量约为68 k D的S7-1融合蛋白,且GST单抗能够与S7-1融合蛋白发生特异性反应,表明本研究得到的融合蛋白确为靶标蛋白。

亲缘鉴定发现D7S820基因座基因变异1例

1案例资料 1．1简要案情 全某，女，32岁，患有精神病，无性防卫能力。2010年3月2313晚，被同村喻某等人强奸，调查证实全某在近几年多次被同村几名男子强奸，且致孕生有两个女儿。分别提取全某及两个女儿（2周岁、未满周岁）、全某丈夫袁某、嫌疑人喻某、邓某、卢姓兄弟（卢甲、卢乙）的血样进行DNA检验。

预激综合征与7q3 D7S505假名基因相关研究

目的 探寻预激综合征的遗传基础。方法 预激综合征 4 4例 ,正常人 5 3例 ,提取外周血白细胞基因组DNA。以 7q3上D7S5 0 5 ,D7S6 88和D7S4 83为候选位点 ,聚合酶链反应 (PCR)扩增上述位点短片段重复序列 (STR) ,PCR反应产物经 1 5 %琼脂糖凝胶电泳检测扩增成功者以 8%聚丙烯酰胺电泳 (PAGE)分离。应用基因分型的方法 ,对预激综合征进行关联分析。结果 D7S5 0 5位点等位基因A2、A3、A4和A6的相对风险率 (RR)分别为 1 0 5 16、3 4 32、1 5 6 31和 1 714 3,均大于 1,但经 χ2检验仅A3(2 6 6bp)等位基因的RR有统计学意义 ,P <0 0 5 ,说明A3在预激综合征患者中的分布显著高于正常人 ,与预激综合征呈正关联。D7S4 83各等位基因型的频率在预激综合征患者组与正常组差异无显著意义 ,说明预激综合征与之不相关。结论 预激综合征与D7S5 0 5关联 。