HDAC抑制剂SB939抑制三阴性乳腺癌细胞相关基因芯片分析

目的通过基因芯片技术分析三阴性乳腺癌细胞经SB939抑制剂作用后基因的差异表达。方法选三阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231接种于培养皿中培养;待细胞贴壁后,用不同浓度的SB939(0、40、60μmol·L^(-1))处理24 h,将收集的细胞分为3个对照组C(未经SB939处理C1~C3)及6个实验组T(低剂量组T1~T3及高剂量组T4~T6)进行RNA的提取和纯化;随后与基因芯片杂交并进行芯片图像分析,以差异≥1.5倍的标准筛选差异表达基因。结果与对照组相比,经HDAC抑制剂SB939高剂量处理后,根据基因芯片得到的数据并分析差异表达基因,其中表达上调1.5倍的基因19个,表达下调1.5倍的基因92个;通过GSEA分析,miR-501、miR-23A、miR-23B等miRNA在表达下调基因中显著富集;通过GO富集分析发现,下调的DEGs主要富集在唾液腺形态发生发展、受体结合、蛋白结合、细胞外空隙、血小板α颗粒管腔、肌动蛋白丝等;通过KEGG通路富集分析,下调DEGs通路主要富集于上皮细胞的细菌侵袭途径,磷酸肌醇代谢、磷脂酰肌醇信号系统及ECM-受体相互作用途径。结论基因芯片技术能快速有效地检测SB939抑制剂抑制三阴性乳腺癌细胞后相关基因、miRNA基因表达水平及相关信号通路的改变,为乳腺癌精准治疗提供理论依据。