本文讨论了允许长度估计误差和杂交错误的更实际SBH(Sequencing by Hybridization)最优重构问题.通过对SBH谱集中k-tuple之间的相关信息的分析和最优重构性质的讨论,我们得到若干非最优解的删除法则和最优解的判定法则,并获得了一个能...本文讨论了允许长度估计误差和杂交错误的更实际SBH(Sequencing by Hybridization)最优重构问题.通过对SBH谱集中k-tuple之间的相关信息的分析和最优重构性质的讨论,我们得到若干非最优解的删除法则和最优解的判定法则,并获得了一个能够极大地减少最优解重构随意性的动态规划计算方法.由此,我们给出了该SBH问题的一个新重构算法.该算法既允许SBH谱集含有一般杂交实验中可能出现的探针错配所产生的正错误,也允许目标DNA序列长度有估计误差,所以本文的算法具有更一般的适应性和实用性.模拟计算结果表明我们的算法也是十分有效的(即使在谱集有多达100%的正错误情况).展开更多
本文介绍了具有部分位置信息的SBH杂交测序（Positional Sequencing by Hy-bridization,简称PSBH）实验所产生的一个重构DNA片断的组合优化问题,并讨论了该问题最优重构的计算问题.通过对PSBH提供的谱集及其位置信息的分析处理,我们获...本文介绍了具有部分位置信息的SBH杂交测序（Positional Sequencing by Hy-bridization,简称PSBH）实验所产生的一个重构DNA片断的组合优化问题,并讨论了该问题最优重构的计算问题.通过对PSBH提供的谱集及其位置信息的分析处理,我们获得了若干判定最优重构片断头尾的分支定界准则以及确定其非头尾位置最可能出现k-tuple的动态规划计算方法,并由此给出了该PSBH问题的一个新重构算法.该算法允许PSBH谱集含有一般杂交实验中常常可能出现探针错配所产生的正错误,并且仅仅假设PSBH的谱集、位置信息和位置长度是已知的,所以我们的算法具有更一般的适应性和实用性.此外,由于我们给出的算法能够极大地利用PSBH的谱集和位置信息所蕴含的信息确定最优重构片断头尾及其中间位置最可能出现的k-tuple,极大地减少了PSBH重构中的随意性,所以我们的算法也是有效的,模拟PSBH实验的计算结果验证了这一点.展开更多
文摘本文讨论了允许长度估计误差和杂交错误的更实际SBH(Sequencing by Hybridization)最优重构问题.通过对SBH谱集中k-tuple之间的相关信息的分析和最优重构性质的讨论,我们得到若干非最优解的删除法则和最优解的判定法则,并获得了一个能够极大地减少最优解重构随意性的动态规划计算方法.由此,我们给出了该SBH问题的一个新重构算法.该算法既允许SBH谱集含有一般杂交实验中可能出现的探针错配所产生的正错误,也允许目标DNA序列长度有估计误差,所以本文的算法具有更一般的适应性和实用性.模拟计算结果表明我们的算法也是十分有效的(即使在谱集有多达100%的正错误情况).
文摘本文介绍了具有部分位置信息的SBH杂交测序（Positional Sequencing by Hy-bridization,简称PSBH）实验所产生的一个重构DNA片断的组合优化问题,并讨论了该问题最优重构的计算问题.通过对PSBH提供的谱集及其位置信息的分析处理,我们获得了若干判定最优重构片断头尾的分支定界准则以及确定其非头尾位置最可能出现k-tuple的动态规划计算方法,并由此给出了该PSBH问题的一个新重构算法.该算法允许PSBH谱集含有一般杂交实验中常常可能出现探针错配所产生的正错误,并且仅仅假设PSBH的谱集、位置信息和位置长度是已知的,所以我们的算法具有更一般的适应性和实用性.此外,由于我们给出的算法能够极大地利用PSBH的谱集和位置信息所蕴含的信息确定最优重构片断头尾及其中间位置最可能出现的k-tuple,极大地减少了PSBH重构中的随意性,所以我们的算法也是有效的,模拟PSBH实验的计算结果验证了这一点.
