鸡传染性支气管炎病毒SC株N基因序列测定与同源性分析

从我国四川省一疑似鸡传染性支气管炎(Avian infectious bronchitis virus,IB)的雏鸡病料中成功 分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV),命名为SC。病毒经鸡胚传代、血 凝试验监测和负染电镜检查证实为IBV。自接毒鸡胚尿囊液中提取RNA后应用反转录-聚合酶链反 应(RT-PCR)扩增得到了IBV SC株mRNA 6 cDNA(编码N蛋白)。应用DNA star 5.06,Clustal 1.8分析软件 将克隆测序的N蛋白基因与Genbank中11株国内外参考毒株进行序列比较分析和同源性分析,发现 IBV SC株变异独特,明显不同于国内外参考毒株。

鸡传染性支气管炎病毒SC株S1基因的序列分析

用RT PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒 (IBV)SC株S1基因 ,连接到 pMD 18 T载体上 ,克隆后进行了核酸序列分析 ,证实SC株S1基因与基因库中收录的国外毒株H12 0和M 4 1的同源性较低 ,分别为 81.1%和 80 .0 % ,而与国内JX990 1株的同源性达到 91.3% ,初步证实国内存在IBV新毒株。

猪巨细胞病毒SC株DNA聚合酶基因的克隆及生物信息学分析

为克隆出猪巨细胞病毒SC株DNA聚合酶(DPOL)基因并对其进行分析,根据GenBank中的DPOL基因序列(AF268040)设计了1对引物,用PCR法扩增出猪巨细胞病毒SC株DPOL基因,将其克隆到T载体,测序并进行生物信息学分析。测序结果表明,猪巨细胞病毒DPOL基因全长3 024bp,为一个完整ORF,共编码1 008个氨基酸;与参考毒株的核苷酸同源性为98%,系统进化树表明猪巨细胞病毒与人疱疹病毒6型和7型关系最近;运用生物信息学软件推导出该蛋白的基本性质,并预测出高级结构。成功地进行了猪巨细胞病毒SC株DPOL基因的克隆和生物信息学分析,为今后此基因生物学功能和猪巨细胞病毒复制机理的研究以及病毒系统分类工作提供了参考。

加拿大一枝黄花白绢病(Sclerotium rolfsii)菌株SC64的生物学特性研究

在实验室条件下初步研究了加拿大一枝黄花白绢病菌株SC64的形态特征、致病性和生物学特性。结果表明:引起加拿大一枝黄花白绢病的病原物是罗氏白绢小菌核菌(Sclerotium rolfsii Sacc.);病菌最适生长培养基为Richard固体培养基和PDA,菌丝生长温度为15～40℃,最适30℃;在偏酸性条件下生长较好,生长适宜pH值为4.0～6.0,最适为5.0;在所测试的碳源中,对蔗糖的利用最好,对乳糖和半乳糖利用最差;氮源测试结果显示对蛋白胨和硝酸钾利用最好,对尿素的利用最差。菌核萌发温度为15～40℃,最适为30℃;菌核在含水量≥50%的麸皮基质上萌发较好;适宜萌发的pH值范围为3.0～9.0。菌丝的致死温度为45℃10 min,菌核的抑制萌发温度为50℃10 min。

猪传染性胃肠炎病毒SC-H株M基因的克隆与序列分析

参照Genbank已发表的TGEV的核酸序列设计一对扩增M基因的引物,经RT-PCR扩增了SC-H株的M基因cDNA片段,插入pMD18-T构建重组质粒pMD-M,对pMD-M进行了酶切鉴定及核苷酸测序,将M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列与参考毒株进行了比较分析。结果表明SC-H株M基因扩增片段长度为852bp,包含789bp的M基因编码区,编码262个氨基酸;SC-H株与TS、96-1933、FS772/70、HN2002、TFI、Purdue及TO14株的M基因核苷酸序列同源性为97.8%、94.2%、97.2%、97.8%、99.7%、96.8%及98.2%,氨基酸同源性为96.6%、92.0%、95.4%、96.6%、99.2%、95.8%及97.7%,表明不同毒株的M基因高度保守,系统进化分析显示SC-H株与Prudue株有较近的亲缘关系。

猪伪狂犬病病毒流行毒株体外中和抗体系列研究的启示

2011年以后,从北到南,我国多数养猪地区的许多原本伪狂犬病（Pseudorabies,PR）阴性的猪场逐渐转阳。随后有研究表明,本次流行的伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）毒株相对经典毒株（SC株）而言,多个基因有较大的差异,毒力也更强,且现有的商品化疫苗对其感染的保护力相对更差[1]（通过羊的免疫攻毒试验）。中和抗体作为评估疫苗免疫保护水平的一个重要指标,

乳酸芽孢杆菌SC复合诱变与选育

以乳酸芽孢杆菌SC为出发菌株,紫外线-亚硝基胍复合诱变出200个菌株,进行培养液pH值、抑菌活性、芽孢形成率的测定,再进行稳定性和急性毒性试验。结果表明,乳酸芽孢杆菌SC27诱变菌株与出发菌株比较,培养液pH值降低了10.8%,对金黄色葡萄球菌的抑菌圈直径增大了23.9%,对大肠埃希菌的抑菌圈直径增大了20.7%,芽孢形成率达到36.1%;该菌株产酸、产活性物质及芽孢形成的性能稳定,并属于无毒物质。

副猪嗜血杆菌高自然转化效率菌株的筛选及全基因组测序

旨在筛选具有高自然转化效率的副猪嗜血杆菌(HPS)菌株,为自然转化机制及基因功能研究提供生物材料;对所得菌株进行全基因组测序,通过比较基因组分析,挖掘HPS自然转化发生的分子背景。本研究采用自然转化方法对75株HPS田间分离株及15株标准株进行自然感受态菌株的筛选,并测定各自然感受态菌株的转化效率。采用PacBio三代测序技术对具有高自然转化效率的HPS菌株SC1401进行全基因组测序,对测序数据进行组装、基因预测、功能注释及共线性分析。将SC1401株测序结果与NCBI发布的SH0165(CP001321)、SH03(CP009158)、KL0318(CP009237)和ZJ0906(CP005384)进行全基因组比对。结果如下:1)共筛选出11株HPS自然感受态菌株,均为野生型,其中SC1401菌株自然转化效率最高;2)全基因组测序结果显示SC1401菌株整个基因组大小为2 277 540bp,GC含量为40.03%,共编码2 220个基因,占整个基因组序列的87.75%(序列已上传至GenBank数据库,登录号为CP015099);3)基因组共线性分析表明SC1401与其他四株全基因组测序菌株的共线性良好;4)比较基因组分析表明,SC1401菌株含特有基因385个,远多于其他4株菌株所含有的特有基因;5株HPS含有一系列相同的与自然转化相关的基因,且除tfox基因外,各基因氨基酸序列一致性均达90%以上。本研究首次报道了一株强自然转化能力的副猪嗜血杆菌SC1401的全基因组序列,并分析了其基因组基本特征,为后续HPS自然转化机制的研究提供一定理论基础。

MPK4甲基化调控水杨酸信号介导的拟南芥对齐整小核菌菌株SC64的抗性机制

为提升齐整小核菌Sclerotium rolfsii菌株SC64作为生物除草剂的应用潜力,解析植物对其的防御机制,通过比较6种生态型拟南芥Arabidopsis thaliana(Col-0、Ms-0、Gr-1、Se-0、Tu-0和Wa-1)被菌株SC64侵染后病理特征、茎秆木质素水平以及抗病相关基因表达的差异,筛选出抗性最高和抗性最弱的典型生态型拟南芥,通过施加0.1 mmol/L外源水杨酸来验证其在拟南芥防御菌株SC64侵染过程中对木质素代谢及病理的调节作用,并比较分析6种生态型拟南芥水杨酸上游调控通路基因MPK4启动子区域的甲基化差异。结果显示,6种生态拟南芥中Col-0的木质素化程度最高,被菌株SC64侵染时木质素代谢通路基因CAD4和PAL3表达上调最显著,与其抗病能力最强相吻合,而Ms-0的病理表型和抗病能力最弱。外源水杨酸预处理使具典型抗性的生态型拟南芥Col-0受菌株SC64侵染后发病程度加重,木质素化程度减弱,同时木质素代谢通路基因MYB46、LAC17、PAL3和CAD4被菌株SC64侵染后的表达上调程度均显著减弱。另外,6种生态型拟南芥MPK4基因启动子区域CHH甲基化位点数与该基因相对表达量和茎秆木质素水平均呈极显著正相关,而与EDS1基因相对表达量和病斑面积均呈显著负相关。表明拟南芥通过MPK4基因启动子区域CHH甲基化位点数正调控MPK4基因的表达量,从而负调控水杨酸代谢,使得木质素代谢水平提高,最终增强植株对齐整小核菌菌株SC64的抗性。

齐整小核菌和禾长蠕孢菌稗草专化型复配防除直播稻田杂草的试验研究

由齐整小核菌Sclerotium rolfsii SC64和禾长蠕孢菌稗草专化型Helminthosporium gramineum f.sp.echinochloae（Hge）开发的生物除草剂菌克阔和克稗霉,分别防除阔叶草、莎草和稗草,将其复配可能一次性控制直播稻田稗草、阔叶草和莎草等主要杂草。因此在南京江浦农场进行了大田试验,设置了9种不同处理以评价其防除效果。结果表明,菌克阔对水苋菜和鳢肠7 d的株防效随浓度由低到高分别为25.7%-67.8%和21.9%-66.3%,21 d的鲜重防效为26.8%-59.0%和52.4%-82.0%,最优防效高于化学除草剂,其中该菌对马松子的防效差于前两者;对异型莎草7 d的株防效随浓度由低到高为38.7%-63.8%,21 d的鲜重防效为58.5%-87.7%,最优防效高于化学除草剂,因此该菌能有效防除水苋菜、鳢肠等阔叶杂草和异型莎草,防效随着用量的增加而增大;克稗霉对稗草7 d的株防效随浓度由低到高为40.7%-70.6%,21 d的鲜重防效为37.4%-80.5%,最优防效高于化学除草剂,因此该菌能够有效防除稗草,防效随着用量的增加而增大。与单用菌克阔或克稗霉仅分别对阔叶和莎草或稗草有效不同,复配明显提高了总草防效,7 d总草株防效从38.0%-71.0%,21 d的鲜重防效从40.2%-78.0%,防效随着复配剂量的增加而增大。其中,最优防效显著高于化学除草剂处理,说明菌克阔和克稗霉复配能有效防除主要杂草,可以替代化学除草剂应用于直播稻田。

马立克氏病毒meq基因缺失株SC9-1通过自然重组获得meq能力的分析

为了探究meq基因缺失的马立克氏病毒疫苗株SC9-1与超强毒株Md5是否能够通过自然重组获得meq基因的能力,将SC9-1疫苗毒和Md5超强毒共同感染鸡胚成纤维细胞(CEF),并在CEF上连续传三代,提取单个蚀斑的病毒DNA。同时将Md5超强毒接种免疫过SC9-1疫苗株的SPF鸡,在不同的时间点分离病毒,提取单个蚀斑的病毒DNA。将两种方式获得的病毒DNA进行PCR验证,并将香啤酒重组酶位点(FRT)残留序列克隆测序,比较其同源性。两种方式鉴定的病毒均为SC9-1或是Md5,没有检测到重组病毒,而且FRT残留序列同源性为100%。结果 SC9-1没有从野生毒株Md5获得缺失的meq基因,而且meq基因敲除区具有很好的遗传稳定性。