RNA pull-down联合质谱分析lncRNA HSFAS在增生性瘢痕中的作用及机制

背景:课题组前期研究发现,增生性瘢痕特异性长链非编码RNA HSFAS是一种可用于增生性瘢痕诊断的新型生物标志物,但其如何在增生性瘢痕中发挥作用尚不清楚。目的:探讨长链非编码RNA HSFAS在增生性瘢痕中的作用及机制。方法:临床收集3例行增生性瘢痕组织切除手术患者的新鲜增生性瘢痕皮肤组织和增生性瘢痕旁正常皮肤组织标本,应用免疫荧光技术检测两种皮肤组织冰冻切片中长链非编码RNA HSFAS的表达。应用酶消化法体外分离增生性瘢痕皮肤组织与正常皮肤组织原代成纤维细胞,采用qRT-PCR检测细胞中长链非编码RNA HSFAS mRNA表达,通过RNA pull-down联合质谱技术检测与长链非编码RNA HSFAS相互结合的蛋白,利用GO和KEGG分析长链非编码RNA HSFAS参与增生性瘢痕进展的主要功能和通路,通过catRAPID和RPISeq网站分析确定长链非编码RNA HSFAS与蛋白的靶向结合。结果与结论:①与正常皮肤组织相比,增生性瘢痕组织中的长链非编码RNA HSFAS表达升高(P<0.05);与正常皮肤组织来源成纤维细胞相比,增生性瘢痕组织来源成纤维细胞中长链非编码RNA HSFAS mRNA表达升高(P<0.05);②RNA pull-down联合质谱技术明确与长链非编码RNA HSFAS相互结合的蛋白有510个;GO和KEGG分析结果显示:这些蛋白主要涉及RNA剪接和加工、染色体合成和分离、细胞周期等过程,其中涉及RNA剪接和加工的蛋白有支架附着因子B2和DICER1,并且与长链非编码RNA HSFAS的结合分数较高;生物信息学技术分析验证结果显示,长链非编码RNA HSFAS与支架附着因子B2和DICER1蛋白存在相互结合;③结果显示,长链非编码RNA HSFAS可能通过与支架附着因子B2和DICER1蛋白相互结合调控RNA剪接和加工修饰影响基因表达,从而促进增生性瘢痕的发生发展。

食品中农药残留的质谱分析技术优化与应用

食品安全是关系国计民生的重大问题,其中农药残留的检测与控制尤为重要。随着分析技术的进步,质谱分析因其高灵敏度、高选择性和多残留同时分析的能力,在农药残留检测领域占据了核心地位。本研究旨在通过系统优化质谱分析技术,提高其在食品中农药残留检测中的应用效能,为保障食品安全提供可靠的技术支撑。

蛋白质组学结合生物信息学分析干眼的蛋白标志物

目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白,并通过STRING数据库和Cytoscape软件进行枢纽基因筛选和模块分析,进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:最终纳入21篇文献,确定74个差异表达的蛋白质。频率最高的差异蛋白为钙粒蛋白A(calgranulin A,SA1008)、脂质运载蛋白1(LCN1)、溶菌酶(LYZ)、乳腺珠蛋白-B(SCGB2A1)、富脯氨酸蛋白4(PRR4)、转铁蛋白(TF)和钙粒蛋白B(S100A9)。前10个枢纽基因为血清白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素6(IL6)、IL1β、IL8、基质金属蛋白酶9(MMP9)、α-抗胰蛋白酶(SERPINA1)、IL10、补体C3(C3)和乳铁蛋白(LTF)。模块分析推测种子基因为MMP9和PRR4。KEGG分析显示差异表达的蛋白主要富集在IL17信号通路(61.9%)。结论:研究结果揭示了DE的潜在分子靶点和途径,并证实了DE的发病机制与炎症之间的关联。然而,还需要进一步深入研究以证实这些生物标志物在临床实践中的意义。

食品中贝类过敏原的质谱定量分析方法研究

鉴于贝类是重要的过敏食物,为健全食品中贝类过敏原的定量分析方法、精准识别与检测食品中的贝类过敏原,本研究基于靶向蛋白质谱定量分析技术,开发了预制食品中蛤蜊过敏原的定量分析方法:样品经蛋白质的提取和酶解后,通过液相串联高分辨质谱和Peaks软件进行数据采集与分析;针对蛤蜊中的原肌球蛋白,经系统考察其酶解后肽段的特异性、质谱信号丰度、热稳定性等,筛选出ITELSEELAVVGNNCK作为最佳定量肽段;针对筛选出的肽段,采用液相串联三重四极杆质谱构建蛤蜊过敏原的定量分析方法,并进行系统的方法验证。结果表明,该方法具有良好的特异性、灵敏度[定量限(LOQ)为10 mg·kg^(-1)]、准确度(回收率为78%~105.3%)和精密度(日内和日间变异系数均<13.0%)。用该法检测分析实际样品发现,部分预制食品中存在蛤蜊过敏原的污染,但未进行明确标识。本研究开发的方法可为食品中贝类过敏原的风险监测提供技术和方法支撑。

应用SELDI-TOF-MS技术对肝损伤模型大鼠血清蛋白质表达谱的比较分析

目的:应用SELDI-TOF-MS技术对肝损伤模型大鼠血清内蛋白质表达谱进行比较分析,以揭示肝损伤模型大鼠血清促使骨髓间质细胞向肝细胞方向分化的分子基础。方法:采用2种不同蛋白质芯片CM10和IMAC3先对肝损伤模型大鼠血清进行吸附分馏,后置入蛋白质芯片阅读机,用激光解吸和离子化飞行时间质谱检测被富集到芯片样品点上的蛋白质,对肝损伤模型大鼠血清和正常大鼠血清间的蛋白质表达谱进行比较分析。结果:肝损伤大鼠血清能诱导骨髓间质细胞向肝细胞方向分化。蛋白质芯片-飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)结果显示,CM10芯片共捕获到9个差异蛋白峰,其中有6个蛋白表达峰的峰值在肝损伤实验血清中明显高于对照组血清,其质荷比(m/z)分别为3480、7888、8275、8528、15101和15787;另有3个蛋白表达峰的峰值在肝损伤实验血清中明显低于对照组血清,其质荷比(m/z)分别为8833、12039和12720。IMAC3芯片共捕获到5个差异蛋白峰,其中有3个蛋白表达峰的峰值在肝损伤实验血清中明显高于对照组血清,其质荷比(m/z)分别为3481、15105和15792;另有2个蛋白表达峰的峰值在肝损伤实验血清中明显低于对照组血清,其质荷比(m/z)分别为9018和11593。结论:肝损伤模型大鼠血清内确实存在差异表达蛋白,这些差异表达蛋白很可能是决定骨髓间质干细胞分化方向的"信号分子"。

联合液相色谱-质谱分析和网络药理学探讨益肾清利方治疗特发性膜性肾病的作用机制

目的联合液相色谱-质谱(Liquid chromatography-mass spectrometry,LC-MS)分析和网络药理学探讨益肾清利方治疗特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)的潜在靶点。方法通过BATMAN-TCM数据库和LC-MS定性分析确定益肾清利方药物活性成分,通过网络药理学的方法预测益肾清利方治疗特发性膜性肾病的生物过程及机制通路,并对筛选出的核心靶点进行分子对接及体外实验验证。结果益肾清利方共筛选出15个活性成分,其作用靶点与特发性膜性肾病疾病靶点取交集后得到72个核心基因。GO富集分析结果显示包含凋亡信号通路的调控、白细胞迁移、肽基酪氨酸磷酸化等的参与;KEGG通路富集分析结果显示益肾清利方治疗特发性膜性肾病涉及TNF、PI3K/AKT、MAPK等细胞凋亡相关信号通路。体外实验表明,益肾清利方可通过调控PI3K/AKT通路减少足细胞凋亡。结论益肾清利方通过多靶点、多通路治疗特发性膜性肾病,对C5b-9诱导的足细胞亚溶破模型有抗凋亡作用,其作用机制可能与TNF、PI3K/AKT、MAPK信号通路有关。

基于iTRAQ-LC-MS/MS技术的高脂血症性急性胰腺炎患者治疗前后血清蛋白质差异性分析

目的比较高脂血症性急性胰腺炎(HLAP)患者治疗前后血清蛋白谱的差异,筛选并分析差异表达的蛋白质。方法采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术结合液相色谱串联质谱法(LC-MS/MS)检测20例HLAP患者治疗前后血清差异表达的蛋白质,对筛选的差异蛋白质进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用String数据库构建差异蛋白间的相互作用网络,从中筛选出关系密切的蛋白质。结果通过试验共鉴定出蛋白质367种,与HLAP治疗前组比较,HLAP治疗后组共获得显著差异蛋白37个,其中上调34个,下调3个。GO功能富集分析结果显示,差异表达蛋白具有9种分子功能,14种细胞成分,主要参与24种生物过程,包括刺激应答、免疫反应、细胞过程、生物调节过程等。KEGG通路富集分析结果显示,共富集到26条通路,参与的差异蛋白数量最多的通路为补体和凝血级联通路。差异蛋白质-蛋白质相互作用网络分析发现,MASP1、MASP2、C8G、CLU、SPARC关系最为密切,并且主要富集于补体和凝血级联通路。结论血清中差异表达的蛋白质MASP1、MASP2、C8G、CLU、SPARC可能是影响HLAP治疗效果的关键靶向蛋白,HLAP的治疗效果可能与补体和凝血级联通路相关。

质谱分析技术在检测实验室中的应用与质量控制

质谱分析技术在检测实验室的应用中起着核心作用,涉及从药物残留分析到疾病标志物的检测。详细介绍了质谱技术的基础原理,包括样品的离子化、离子加速、分离及检测,以及涉及到的主要仪器如GCMS和LC-MS。探讨了实验室中质量控制的关键方面,包括仪器的标准化和校准流程、质量保证与管理体系,以及针对具体问题的案例研究与解决策略,确保了分析数据的准确性和实验操作的高效性。

质谱分析联合网络药理学和动物实验探讨健脑固本方治疗脑小血管病性认知障碍的作用机制

目的运用质谱分析、网络药理学和动物实验探讨健脑固本方治疗脑小血管病性认知障碍(cerebral small vessel disease,CSVCI)的作用机制。方法通过质谱分析得出主要活性成分,TCMSP检索其相应作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库检索CSVCI疾病靶点;通过String数据库和Cytoscape软件构建药物疾病作用靶点网络可视化;利用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。结果健脑固本方的有效活性成分有山奈酚、薯蓣皂苷,作用于丝裂原活化蛋白激酶8、蛋白激酶B1等核心靶点,可能通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B等信号通路涉及炎症反应。蛋白免疫印迹法检测结果表明健脑固本方抑制Notch-1、RBP-Jκ以及Hes-1的表达。结论本研究初步表明健脑固本方能够通过多靶点、多通路、多途径治疗CSVCI,具体作用机制可能是抑制Notch-1信号通路,进而抑制炎症反应。

液相色谱质谱分析技术在水质分析中应用研究

液相色谱质谱分析技术(LC-MS)结合了液相色谱(LC)高效分离和质谱(MS)的高灵敏度和高选择性的特点,具有分离能力强、灵敏度高、应用范围广、自动化程度高和分析速度快等优势,已经成为水质检测分析领域的一种重要方法,被广泛应用于水中农药残留、有机物和酚类化合物等污染物的检测与分析。该方法可以用于及时了解饮用水水质状况,为保障人类健康和饮水安全提供有力支持。本文详细介绍了液相色谱质谱分析技术,并阐述了其在水质分析中的应用。

蛋白质谱分析在肝胆胰肿瘤诊治中的应用

表面增强激光解析离子化-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)是近年用来研究蛋白质组学的一项新的技术,具有高通量、高效率、高灵敏度等特点,可以快速分析各种生物样品中蛋白质组的组成,在基础医学研究及临床疾病诊断方面应用日益增多。现就其原理、特点和在肝胆胰肿瘤中的应用及发展前景作一综述。

气相色谱质谱分析法测试半挥发性有机化合物的分析

半挥发性有机物(SVOCS)属于一类分散于有机溶液内,具备气相色谱/质谱分析功能的化学物质。一个全球性的挑战就是水质,半挥发性有机物在的生活环境中广泛存在,其浓度相对较低,并且种类众多。半挥发性的有毒物质在水资源里,不只是威胁到的身体健康,同时还给水生动植物带来了巨大的威胁。所以,选择使用气相色谱质谱分析法来检测半挥发性有机化合物,期待这一方法能够给相关专业人士带来借鉴。

岩石样品中微量元素的高分辨率等离子质谱分析

应用高分辨等离子质谱法测定岩石样品中33种微量元素的方法,测试结果准确可靠.25mg岩石样品在自制高压密闭溶样装置中,用1mL浓HF+0.5mL浓HNO3于190℃溶解,蒸干后用5mL30%(v/v)HNO3于140℃提取残渣,加入Rh做内标来扣除基体效应及仪器漂移带来的影响.该方法用于多个岩石标样33种微量元素的测定,分析结果与推荐值相比,误差均小于±10%.

石英的^（40）Ar／^（39）Ar定年方法及Ar同位素质谱分析

石英中Ｋ含量极低，而且一般含有包体成分（气相、液相或固相）的干扰，用常规Ｋ—Ａｒ稀释法很难测定其同位素地质年龄。采用４０Ａｒ／３９Ａｒ快中子活化定年法，通过石英中３９Ｋ（ｎ·Ｐ）３９Ａｒ核反应，把微量Ｋ的化学分析转化为３９Ａｒ静态质谱法测定，从样品挑选、样品用量、照射时间、实验流程、质谱分析及数据处理诸环节严格把关，使Ｃｌ和过剩Ａｒ的干扰降低到最小限度，就能得到比较可靠的年龄数据，进而获得含金石英脉的成矿时代。

两个杏品种果实香气成分的气相色谱—质谱分析

对两个杏品种‘新世纪’、‘红丰’成熟期果实采用蒸汽蒸馏—萃取法提取香气成分 ,进行气相色谱—质谱分析鉴定。新世纪检测出 74种成分 ,占总峰面积的 73 6 0 4 %;红丰检测出 72种成分 ,占总峰面积的 4 4 6 77%。主要成分为醇类、醛类、内酯类、酮类化合物。相同成分有紫罗酮、己醛、己醇、己烯醛、己烯醇、内酯类、萜烯醇类等 ,这些成分共同构成杏果实的香味 ,但其含量在两个品种间存在差异。

甘草化学成分的高效液相色谱-串联质谱分析

采用高效液相色谱 质谱联用方法分析了甘草 (Glycyrrhizauralensis)中的化学成分。通过高效液相色谱可将三萜、黄酮及香豆素等 5 0余种化学成分较好的分离。根据紫外光谱可大致判断其化合物类型 ,由电喷雾质谱得到各成分的分子量 ,再由串联质谱获得进一步的结构信息 ,进而推测出其中 2 2个主要成分的可能结构。它们分别是 :葡糖基甘草甙、异光果甘草甙、夏拂托甙、甘草素 4′ 芹糖甙 ,甘草甙 ,6′ 乙酰甘草甙 ,异佛来心甙 ,异甘草素葡萄糖芹菜甙 ,甘草糖甙A ,甘草糖甙B ,甘草素 ,3 O [β D 葡萄糖醛酸甲酯 (1→ 2 ) β D 葡萄糖醛酸 ] 2 4 羟基 甘草内酯 ,甘草皂甙E2 ,异甘草素 ,甘草醇 ,甘草酸 ,甘草香豆素 ,甘草双氢异黄酮 ,甘草异黄酮甲 ,乌拉尔甘草皂甙乙 ,新甘草酚和甘草皂甙B2 。

长白山白眉蝮蛇蛇毒酶的基质辅助激光解吸质谱分析

用基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)法对长白山眉蝮蛇蛇毒所含4种主要酶:磷脂酶A_2、精氨酸酯酶、纤溶酶及L-氨基酸氧化酶进行了纯度鉴定和分子量测定,结果表明WALDI-TO-FMS具有灵敏度高、分辨能力强、分析时间短及样品用量少等优点.用MALDI-TOFMS法分析蛇毒酶的纯度和分子量简捷、快速且重现性好,是SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳所无法比拟的.

岩矿样品中稀有气体同位素组成的质谱分析

利用MM 5 4 0 0质谱计建立了岩矿样品中He、Ne、Ar、Kr和Xe同位素组成的测定方法。仪器的工作状态稳定 ,且能将3He与HD的谱峰完全分开 ;在处理气体时将非稀有气体尤其是碳的化合物用海绵钛炉充分消除 ;在测试Ne同位素组成时用烧结型不锈钢滤芯可以基本消除40 Ar2 +对2 0 Ne的干扰 ,必要时要进行校正 ;为了保证谱峰强度与相应元素量的大小之间的线性关系 ,质谱计主机中的气体量应控制合适。对宽甸新生代火山岩及地幔岩包体中稀有气体同位素组成的测定结果表明 ,中国东部上地幔具有大洋中脊玄武岩 (MORB)

电真空器件残气质谱分析和贮存寿命的快速测试研究

电真空器件内的残气压强是制管和管子工作过程中管内吸气剂材料吸气后形成的平衡压强,器件击破后质谱分析室本底气体会被吸气剂吸收。因质谱分析室放出的本底气体量一般远小于吸气剂在器件内原吸收的气体量,故器件内的残气压强的新平衡值增量可以忽略,分析室本底不会影响正确的分析结果;大气漏入管内后只表现出该管内惰性气体氩的积累;据此,我们提出了充氩法贮存寿命的快速测试方法。只有吸气剂失效或吸气饱和后管内残气质谱图才反映出漏入的大气成份或分析室本底气体干扰的特征。

寡肽(LRH-A)分子量及一级结构的基质辅助红外激光解吸质谱分析

应用基质辅助红外激光解吸离子化/博里叶变换质谱法(IR-MALDI/FTMS),对九肽药物促黄体素释放激素类似物(LRH-A)的分子量及其氨基酸序列进行测定。用2,5-二羟基苯甲酸(DHB)作为基质,测得准分子离子(M+H)~1的m/z=1167.61006,与理论计算值的相对误差为3.66ppm。调节激光能量,获得一系列典型的碎片离子,从而确证了LRH-A的氨基酸序列。此法不需对样品进行预处理。