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荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
4
1
作者
乔翠
许崇波
+4 位作者
张兴会
张文军
郭丹
张胜
高凤山
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第9期87-93,共7页
为研究荷包猪SLA-3基因特征,设计引物克隆了荷包猪SLA-3,经生物信息学软件分析其基因特征。结果显示,所克隆的荷包猪SLA-3基因(暂命名为SLA-3-HB02)碱基序列长度为1 417 bp,其中2-1 054为ORF区,共编码350个氨基酸,在其编码的氨基酸334-...
为研究荷包猪SLA-3基因特征,设计引物克隆了荷包猪SLA-3,经生物信息学软件分析其基因特征。结果显示,所克隆的荷包猪SLA-3基因(暂命名为SLA-3-HB02)碱基序列长度为1 417 bp,其中2-1 054为ORF区,共编码350个氨基酸,在其编码的氨基酸334-344处存在缺失。SLA-3-HB02与其他SLA-3、SLA-2及SLA-1等位基因群的氨基酸同源率分别为87.8%-98.6%、82.8%-87.8%和83.7%-90.0%。分子进化关系分析,SLA-3-HB02与美国的Hanford遗传距离较近;各功能区分析,SLA-3-HB02保留了HLA-A2等的部分功能基因位点,并与HLA-B15和H-2K1有一定的交叉识别位点。同源模建揭示SLA-3-HB02分子与HLA-A2及H-2K1 3D结构相似。
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关键词
荷包猪
sla-3基因
缺失型
等位
基因
生物信息学
下载PDF
职称材料
蕨麻猪白细胞抗原Ⅰ类分子3基因的克隆和序列分析
被引量:
4
2
作者
莫斯科
房永祥
+1 位作者
冯海燕
景志忠
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期39-44,共6页
参照GenBank上登录的猪SLA-3基因序列(GenBank登录号:AF464010)设计1对引物,从经ConA刺激的蕨麻猪外周血液淋巴细胞中提取RNA,进行克隆、测序以及同源性分析和蛋白结构预测分析.结果表明:克隆的蕨麻猪SLA-3基因大小为1 086 bp,含一个完...
参照GenBank上登录的猪SLA-3基因序列(GenBank登录号:AF464010)设计1对引物,从经ConA刺激的蕨麻猪外周血液淋巴细胞中提取RNA,进行克隆、测序以及同源性分析和蛋白结构预测分析.结果表明:克隆的蕨麻猪SLA-3基因大小为1 086 bp,含一个完整的开放阅读框,编码361个氨基酸,还含有一段21个氨基酸的信号肽序列;核苷酸序列与GenBank上登录的SLA-3参考序列的同源性为93.1%;与牛、绵羊、山羊的同源性较高,而与鸡的同源性最低.蛋白分子结构预测表明,猪SLA-3基因编码的蛋白分子是由胞外区(303个氨基酸)、跨膜区(23个氨基酸)和胞内区(35个氨基酸)组成的一种跨膜蛋白.
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关键词
蕨麻猪
sla-3基因
序列分析
克隆
生物信息学
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职称材料
题名
荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
4
1
作者
乔翠
许崇波
张兴会
张文军
郭丹
张胜
高凤山
机构
大连大学生物工程学院生物化学和分子生物学实验室
辽宁省畜牧科学研究院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第9期87-93,共7页
基金
国家自然科学基金项目(30972169)
辽宁省博士启动基金(20081078)
辽宁省教育厅科学计划项目(L2010018)
文摘
为研究荷包猪SLA-3基因特征,设计引物克隆了荷包猪SLA-3,经生物信息学软件分析其基因特征。结果显示,所克隆的荷包猪SLA-3基因(暂命名为SLA-3-HB02)碱基序列长度为1 417 bp,其中2-1 054为ORF区,共编码350个氨基酸,在其编码的氨基酸334-344处存在缺失。SLA-3-HB02与其他SLA-3、SLA-2及SLA-1等位基因群的氨基酸同源率分别为87.8%-98.6%、82.8%-87.8%和83.7%-90.0%。分子进化关系分析,SLA-3-HB02与美国的Hanford遗传距离较近;各功能区分析,SLA-3-HB02保留了HLA-A2等的部分功能基因位点,并与HLA-B15和H-2K1有一定的交叉识别位点。同源模建揭示SLA-3-HB02分子与HLA-A2及H-2K1 3D结构相似。
关键词
荷包猪
sla-3基因
缺失型
等位
基因
生物信息学
Keywords
Hebao pig
sla-
3
gene Deleted-type Allele Bioinformatics
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
蕨麻猪白细胞抗原Ⅰ类分子3基因的克隆和序列分析
被引量:
4
2
作者
莫斯科
房永祥
冯海燕
景志忠
机构
甘肃农业大学动物医学院
中国农业科学院兰州兽医研究所
出处
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期39-44,共6页
基金
国家高新技术研究发展计划(863)项目(2006AA10A203)
国家自然基金项目(30871884)
文摘
参照GenBank上登录的猪SLA-3基因序列(GenBank登录号:AF464010)设计1对引物,从经ConA刺激的蕨麻猪外周血液淋巴细胞中提取RNA,进行克隆、测序以及同源性分析和蛋白结构预测分析.结果表明:克隆的蕨麻猪SLA-3基因大小为1 086 bp,含一个完整的开放阅读框,编码361个氨基酸,还含有一段21个氨基酸的信号肽序列;核苷酸序列与GenBank上登录的SLA-3参考序列的同源性为93.1%;与牛、绵羊、山羊的同源性较高,而与鸡的同源性最低.蛋白分子结构预测表明,猪SLA-3基因编码的蛋白分子是由胞外区(303个氨基酸)、跨膜区(23个氨基酸)和胞内区(35个氨基酸)组成的一种跨膜蛋白.
关键词
蕨麻猪
sla-3基因
序列分析
克隆
生物信息学
Keywords
Juema swine
sla-
3
sequencing
cloning
bioinformatics
分类号
S828.89 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
荷包猪一类缺失型SLA-3等位基因的克隆及生物信息学分析
乔翠
许崇波
张兴会
张文军
郭丹
张胜
高凤山
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
4
下载PDF
职称材料
2
蕨麻猪白细胞抗原Ⅰ类分子3基因的克隆和序列分析
莫斯科
房永祥
冯海燕
景志忠
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
4
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
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