合作猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

旨在研究合作猪DQA基因外显子2多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各个等位基因之间的遗传关系,分析其进化意义。选用PCR-SSCP对439只合作猪SLA-DQA基因外显子2的多态性进行检测;测序群体内因变异而产生的各等位基因序列,并分析序列数据。结果显示,在合作猪SLA-DQA外显子2中发现了7个新等位基因,共18个核苷酸多态位点,10个氨基酸多态位点。合作猪SLA-DQA外显子2具有较丰富的多态性,群体内可能蕴藏着更加丰富的遗传资源;合作猪SLA-DQA外显子2基因最初可能由一个等位基因突变分化成一大类基因;合作猪SLA-DQA外显子2序列与各个猪种的SLA-DQA外显子2序列具有较高的同源性,预示着这些猪种的SLA-DQA外显子2基因最早可能来源于其分歧之前的共同祖先原始序列;新发现的7个SLA-DQA外显子2等位基因,可能由遗传关系较近的两个等位基因突变产生。

1例2p11.1-q21.1片段重复导致智力障碍患儿的遗传学及表型分析

智力障碍以往被称为智力落后(MR),是一种不健全的智力发育,导致患者与相同年龄、性别和社会文化背景的个体相比,在一般心智能力、智力功能、适应性行为和功能技能方面存在明显缺陷。遗传学病因是导致智力障碍的重要因素,目前已发现1700多种基因与智力障碍相关[1]。智力障碍可以是多种遗传综合征的共同特征,也可能是孤立的发现,其相关的表型和遗传异质性明显。

松辽黑猪FOXA 2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA 2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA 2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA 2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA 2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P<0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示,C1337A、C1626T位点为中度多态(0.25<PIC<0.50),C1343G位点为高度多态(PIC>0.50)。关联分析结果表明,C1337A位点的CC基因型个体总产仔数显著高于CA基因型(P<0.05),AA基因型个体所产仔猪3周龄重、断奶重极显著高于CC、CA基因型(P<0.01);C1626T位点的CC基因型个体所产仔猪3周龄重、断奶重极显著或显著高于CT、TT基因型(P<0.01;P<0.05),CC基因型个体乳头数显著高于CT基因型个体(P<0.05)。【结论】FOXA 2基因第3外显子存在3个多态性位点,与松辽黑猪总产仔数、3周龄重、断奶重和乳头数均有显著关联性。

婴儿神经轴索营养不良致病基因PLA2G6突变分析

目的探讨婴儿神经轴索营养不良(INAD)PLA2G6基因突变的致病特点,丰富INAD的基因突变谱,为INAD相关遗传咨询提供依据。方法收集1例先证者的家系相关临床资料,采用三人家系全外显子组测序对先证者及其父母进行测序分析,筛选可能的致病突变位点,Sanger测序验证突变位点,结合生物信息学分析对突变位点的致病性进行预测,最后通过羊水穿刺检查为孕妇提供产前诊断。结果全外显子测序结果显示临床表现为精神运动发育倒退的先证者为PLA2G6基因c.1A>G(p.M1?)和c.2242G>A(p.A748T)复合杂合突变,其父亲为c.1A>G(p.M1?)杂合突变携带者,母亲为c.2242G>A(p.A748T)杂合突变携带者。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南,c.1A>G(p.M1?)为致病性突变,c.2242G>A(p.A748T)为意义未明突变。产前诊断胎儿为c.1A>G(p.M1?)杂合突变携带者,现该孕妇已足月顺产一男活婴,产后随访7个多月生长状况良好。结论PLA2G6基因c.1A>G(p.M1?)和c.2242G>A(p.A748T)复合杂合突变为该先证者患INAD的遗传病因,其中c.2242G>A(p.A748T)为新发现的变异位点,这扩大了INAD的基因突变图谱,全外显子测序数据为该家系提供了精准的遗传咨询和产前诊断。

孕早期超声结合全外显子组测序诊断骨发育不全2型1例

骨发育不全症是一种致死性的软骨发育不良,它包括一组具有重叠表型特征的异质性疾病,根据放射学和组织病理学表现,骨发育不全症可分为3个亚型,特征为严重短肢(肱骨、股骨远段发育不全)、长骨弯曲、腭裂、小颌畸形,以及肘关节、膝关节水平的脱位,也可表现出马蹄内翻足[1]。现将我院收治的1例骨发育不全2型患者报道如下。

Usher综合征Ⅱ型患儿临床表型及USH2A基因突变分析

目的探讨Usher综合征Ⅱ型患儿USH2A基因的变异类型和临床表型,明确其致病原因,为临床诊断提供参考依据。方法回顾性分析2022年6月至2023年6月在宁波大学附属妇女儿童医院确诊的3例Usher综合征Ⅱ型患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,应用全外显子组测序技术对患儿进行检测,并用Sanger测序技术对疑似致病变异及患儿父母进行位点验证。结果3例患儿均存在双耳轻度到中度听力损失,视力正常,未出现前庭反应。例1检出USH2A基因:c.8559-2A>G/c.1964G>C(p.C655S)复合杂合变异。例2检出USH2A基因:c.1644+4A>G/c.187C>T(p.R63*)复合杂合变异。例3检出USH2A基因:c.13877_13880del(p.Q4626Pfs*7)/c.7232A>C(p.Q2411P)复合杂合变异。例1和例2遗传自亲代,例3未接受亲代验证。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,USH2A基因c.8559-2A>G、c.187C>T(p.R63*)和c.13877_13880del(p.Q4626Pfs*7)变异评为致病性变异;USH2A基因c.1644+4A>G评为可能致病性变异;USH2A基因c.1964G>C(p.C655S)和c.7232A>C(p.Q2411P)评为临床意义未明变异。c.1964G>C(p.C655S)变异查询文献和数据库均未见报道和收录。结论USH2A基因复合杂合变异可能是3例患儿的致病原因;本研究结果不仅丰富了USH2A基因的变异谱,也为临床诊断提供参考依据。

小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶RsaⅠ对中国地方猪种小梅山、中梅山及国外猪种大约克SLA DQB基因外显子 2的2 73bp扩增产物进行多态性分析。小梅山猪酶切后出现两种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB) ;中梅山猪中出现 4种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB) ;大约克猪中出现 5种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB)、2 73bp 2 4 6bp 2 7bp(AD)。分析发现 ,SLA DQB基因外显子 2的 11、94和 12 4位碱基表现出多态性并在 3个猪种中检测到A、B、C和D 4个等位基因 ;χ2 适合性检验结果表明 ,小梅山、中梅山及大约克SLA DQB基因外显子 2在RsaⅠ酶切位点已经达到了Hardy

广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性研究

为探讨广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性,以其耳组织为试验材料,经PCR扩增获得广西巴马小型猪SLA-DQB外显子2片段,片段大小为273 bp,含有1个RsaI酶切位点和5个HaeIII酶切位点,基因型分别为27bp/246 bp和84 bp/83 bp/7 bp/16 bp/29 bp/54 bp。采用PCR-RFLP对30头广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的PCR扩增产物进行多态性分析,发现广西巴马小型猪封闭群内S,LA-DQB基因外显子2无多态性位点;而克隆测序及同源性比较分析表明,广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2序列与普通猪(Sus Scrofa)、人类(Homo sapiens)的同源性分别为94.1%、79.1%。

米易鸡ADSL基因第2和第9外显子多态性与肌苷酸含量的关联

为了检测米易鸡ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性并分析该多态性与胸肌肌苷酸含量的关联性,以四川省优质地方鸡种米易鸡为研究对象,采用高效液相色谱测定米易鸡胸肌肌肉肌苷酸的含量,并运用测序技术测定了ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性。结果表明:ADSL基因在外显子2(A3713G、C3797T),外显子9(C10191T)处出现3个SNP位点,变异引起相应的氨基酸均为同义变异,第2外显子A3713G位点的基因型为AA、GG、AG型;C3797T位点的基因型为CC、CT、TT型;第9外显子的C10191T位点的基因型为CC、CT型。经独立性检验,ADSL基因A3713G、C10191T位点变异处于Hardy-Weinberg平衡状态;应用最小二乘法对基因型与肌苷酸含量进行分析,说明ADSL第9外显子C10191T SNP位点与IMP含量存在显著相关性(P<0.05),CT型个体的胸肌肌苷酸含量高于CC型个体,初步推测米易鸡中ADSL基因第9外显子C10151T SNP位点CT型为优势基因型。

E-选择素第2外显子G98T基因多态性与高血压病的相关性研究

目的 观察原发性高血压病(EH)患者E-选择素(E-selectin)基因第2外显子G98T多态性,并探讨高血压发病的遗传学机制。方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测155例高血压患者和160例正常对照者E-selectin基因型,生化技术测定血脂水平。结果 E-selectin基因型GG、GT频率在高血压组和对照组分别为85.2％、14.8％和92.5％、7.5％;等位基因G、T频率在高血压组和对照组分别为92.6％、7.4％和96.3％、3.7％。基因型频率和等位基因频率在高血压组和对照组比较差异均有显著性(P<0.05)。结论 E-selectin第2外显子G98T基因多态性与高血压的发病有关性,T等位基因可能是高血压发病的危险因素之一。

PRRT2基因2,3号外显子丢失和双侧额区放电的散发良性家族性婴儿癫痫1例报告

有研究[1]证实,大约超过70%的良性家族性婴儿癫痫(BFIE)患儿与PRRT2基因突变有关,而几乎所有的家族性婴儿惊厥伴阵发性运动障碍(ICCA)患者中都能检测出PRRT2基因突变。该基因外显率很高,但基因型与表型之间的关系尚需进一步研究。现报道1例PRRT2基因2,3号外显子丢失和EEG双侧额叶放电的散发BFIE如下。

‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子多态性及其与流产性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点多态信息含量为0.838 5,杂合度为0.317 9,有效等位基因数为6.899 8;等位基因平均遗传距离为0.048 8;经NJ树分析发现,各等位基因为同源序列;经流产数据统计发现,基因型CF中无流产个体,且在其198位插入1个碱基C.说明‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子具有丰富的遗传多态性;牛和羊的MHC-DQB2外显子3最初是由2个等位基因突变分化而来,而同物种的绵羊与山羊在该位点有很高的同源性;基因型CF可能与流产性状有关.

全外显子组序列分析新生儿FGFR2基因相关疾病1例

目的通过对1例新生儿期特殊面容、神经系统结构畸形患儿进行全外显子组序列检测分析,旨在为该患儿寻找潜在的致病原因。方法纳入1例在复旦大学附属儿科医院(我院)新生儿病房住院期间未能明确诊断的多发畸形患儿,主要临床表型为前额突出、腭弓高、耳位低、枕部较平,双侧脑室扩大、透明隔部分缺如、胼胝体发育异常,采用Sure Selct Human All Exon捕获试剂盒和Illumina Hi Seq2000测序平台,行全外显子组序列检测。数据分析采用复旦大学附属儿科医院转化中心所建立的高通量测序数据分析流程。采用Sanger测序进行验证。结果患儿全外显子组序列检测数据,共检测到79 064个变异,经过质量控制筛选、变异频率筛选、变异分类筛选,剩余645个变异。在进一步分析中,645个变异中有159个其所在基因在OMIM数据库及HGMD数据库与疾病相关。从3个已经报道的突变位点中锁定致病突变为FGFR2基因(NM_000141)c.C1040G,p.S347C。Sanger测序在家系内验证该位点为新发(de novo)突变。结论采用全外显子组序列检测,明确诊断FGFR2相关疾病1例。并且结合我院已经建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程,为新生儿多发畸形寻找潜在的致病基因提供了快速、高效的方法。

鸡IGF2基因外显子1的多态性及其与生产性能的相关性

为研究胰岛素样生长因子2基因(IGF2)多态性及其对鸡生产性能的影响,采用DNA测序、PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析基因单核苷酸多态性,并对鸡的生产性能进行相关分析。结果可知:共发现2个SNPs位点,P1位点对4周龄鸡体质量具有显著影响(P<0.05)。研究结果初步表明:IGF2基因可能是影响鸡生长繁殖性状的1个主效基因或是与其存在紧密遗传连锁的1个标记。

绵羊DRA基因外显子2酵母表面展示库的构建及鉴定

根据绵羊DRA基因序列和酿酒酵母表面展示载体pYD1上的多克隆位点设计特异性引物,从绵羊组织中提取总RNA并逆转录,利用PCR技术扩增得到DRA基因,克隆获得762bp目的片段,并提交GenBank,登录号:KR422362。将该基因通过双酶切连接到表面展示载体pYD1上,成功构建了酿酒酵母表面展示重组质粒pYD1-DRA。将DRA基因外显子2两端进行基因点突变,形成新的酶切位点,继而对外显子2设计特异性引物,对绵羊大样本进行DNA池化,并将外显子2扩增产物测序,分析其多态性获得多态位点。重组质粒双酶切得到246bp具有多态性的外显子2,将其连接到经同样酶双酶切的表面展示重组突变载体pYD1-DRA-TB上,成功构建了酿酒酵母表面展示库。将其转化用于表面展示的酿酒酵母EBY100感受态细胞中,得到酵母转化子,挑取酵母菌的单克隆通过PCR扩增及序列测定证实了DRA基因库已成功整合到酿酒酵母基因组中。经半乳糖诱导后,通过免疫荧光法在荧光显微镜下检测得到DRA基因库已成功展示在酵母细胞表面。

贵州小香羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性分析

为寻找与贵州小香羊繁殖力相关的分子标记提供基础数据,采用单链构象多态(SSCP)方法对在生殖中起重要作用的FSHβ基因外显子2的序列进行多态性检测,并对具有SSCP多态性的DNA片段进行测序分析。结果表明,在该特异性扩增产物中存在基因多态性,在94bp处检测到1个多态位点,该位点发生了G→A突变,出现3种基因型(AA、AB和BB)并导致编码的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸,A等位基因频率为62.3%,B等位基因频率为37.7%。

新疆褐牛瘦素基因第2外显子多态性与肉品质性状的相关性

探索Leptin基因多态性与新疆褐牛肉品质的相关性,旨在寻找与新疆褐牛肉品质性状相关分子标记,为新疆褐牛的选育提供分子遗传学理论依据。利用PCR-RFLP方法检测新疆褐牛Leptin基因第2外显子多态性,并分析其与肉质性状的相关性。结果表明,Leptin基因第2外显子E2JW位点存在AA、AT和TT 3种基因型,处于中度多态,E2FB位点有CT和TT 2种基因型,处于低度多态,均为Hardy-Weinberg非平衡状态。相关分析表明:Leptin基因第2外显子E2JW位点与肌纤维直径呈正相关,且相关关系极显著(r=0.435),与胱氨酸含量正相关,且相关关系显著(r=0.410),与蛋氨酸含量呈弱负相关趋势(r=-0.308)。E2FB位点与硬脂酸含量呈正相关趋势(r=0.425)。结果提示E2JW位点有可能成为影响新疆褐牛肉品质性状的分子遗传标记位点。

秦川牛脂联素基因第2外显子多态性及其与部分产肉性状的相关性

【目的】研究秦川牛脂联素基因第2外显子的多态性及其与部分产肉性状的关系。【方法】以405头24月龄的秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP和测序技术对其脂联素基因第2外显子的多态性进行检测,并对发现的多态位点与秦川牛产肉性状的相关性进行分析。【结果】秦川牛脂联素基因第2外显子存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.696,0.207和0.097;等位基因A和B的基因频率分别为0.799和0.201。BB基因型个体在64 bp处发生了G→C突变,导致22位的谷氨酸(GAA)转变为谷氨酰胺(CAA)。胸围、宰前活质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积等指标,AA型个体显著高于AB型(P<0.05);AA型个体腿臀围显著高于AB型(P<0.05),极显著高于BB型(P<0.01)。【结论】脂联素基因第2外显子可能是影响秦川牛产肉性能的主效数量性状座位或与之紧密连锁,可作为秦川牛产肉性状的辅助选择标记。

云南高峰黄牛BoLA-DRB3基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

通过PCR扩增获得云南高峰黄牛BoLA-DRB3基因第2外显子284bp的特异性条带,用核酸限制内切酶HaeⅢ,RsaⅠ,BstYⅠ和TaqⅠ对其进行消化分析。其中HaeⅢ酶切位点存在9种基因型,由A,B,D,E和F 5种复等位基因控制;RsaⅠ酶切位点存在46种基因型,由A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,P,L,M,N,U,V,W和Y 18种复等位基因控制;BstYⅠ酶切位点存在10种基因型,由A,B、C,D和E 5种复等位基因控制;TaqⅠ酶切位点只出现了一种基因型。分析发现云南高峰黄牛DRB3基因第2外显子的61,70,94,104,124,150,154,163,173,182,202和217位的碱基表现出了多态性。经x2检验表明,BstYⅠ和TaqⅠ酶切位点已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ和RsaⅠ两个酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态。

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。