八眉猪SLA-DRA基因第2外显子多态性分析

为了解八眉猪SLA-DRA基因第2外显子的多态性,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLADRA基因第2外显子进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸序列分析。结果显示,222头八眉猪中共检出2种等位基因(A和B)和3种基因型(AA,BB和AB),其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,发现该基因仅有一个核苷酸突变位点(c.3093 A→C),为错义突变,使甲硫氨酸(Met)变为亮氨酸(Leu),并且该氨基酸位于抗原结合位点上。群体遗传学分析发现,八眉猪遗传杂合度(He)为0.351 4,多态信息含量(PIC)为0.308 8,且经χ2适合性检验,八眉猪在此位点上没有偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。八眉猪SLA-DRA基因第2外显子的多态性较低。

荷包猪SLA-DRa基因的克隆及序列分析

为研究中国特色品系荷包猪SLA-DRa基因(又称SLA-DRa-HB),本试验设计引物,RT-PCR扩增3个个体荷包猪SLA-DRa全基因编码区,并克隆至pMD18-T载体,转化大肠杆菌JM109感受态细胞,经酶切鉴定后筛选阳性克隆测序,比较分析与其他SLA-DRa等位基因的差异,并绘制分子进化树。结果显示,RT-PCR成功扩增出目的基因条带,大小约800bp。经克隆测序后分析,SLA-DRa-HB基因全长为779bp,编码区为1—759,共编码252个氨基酸。序列对比分析结果显示,SLA-DRa-HB的特征性变异集中在135、159、202位点。而穿膜区和胞浆功能区(203—252)变异位点为206、248。分子进化树分析显示,SLA-DRa-HB自成一系,且与其他等位基因的进化关系较近。本研究成功克隆荷包猪SLA-DRa基因,为进一步研究其功能奠定基础。

烟台黑猪SLA-DRA基因编码区多态性及生物信息学分析

为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示:SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs,导致7个氨基酸发生变异,exon 3没有突变产生,exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸性、不稳定、亲水性蛋白质,其二级结构是混合型,其中无规则卷曲最多。该蛋白质含有2个免疫球蛋白结合域、2个N-糖基化位点和10个磷酸化位点。功能分析显示:SLA-DRA基因蛋白质在信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答、生长因子等方面的几率均较高。研究结果可为猪的抗病分子育种候选基因筛选提供理论依据。

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。

2个山西地方猪种SLA-DRA基因多态性及组织表达谱分析

SLA-DRA基因是SLAII类基因中的一个重要功能基因,与猪的生长性能、初生体质量、30日龄体质量、繁殖性能、仔猪腹泻等密切相关。本研究运用PCR-SSCP方法检测晋汾白猪和新山西黑猪SLA-DRA基因第2外显子的多态性,结果表明,在晋汾白猪中检测到2种基因型(AA、AB),在新山西黑猪中只检测到1种基因型(AA)。利用SAS 8.1软件进行卡方独立性检验表明,晋汾白猪和新山西黑猪间基因型分布表现为差异极显著(P<0.01)。用RT-PCR方法对SLA-DRA基因在2个猪种各组织中的表达情况进行分析,结果显示,晋汾白猪的SLA-DRA基因在脂肪组织中不表达,在心、肝、脾、肺、白细胞、肾、淋巴结、子宫、胃、卵巢、皮肤、肌肉、回肠、小脑、支气管、盲肠和直肠组织中均有表达;新山西黑猪的SLA-DRA基因在直肠中不表达,在心、肝、脾、肺、白细胞、肾、淋巴结、子宫、巨噬细胞、卵巢、皮肤、肌肉、脂肪、回肠、大脑、支气管和盲肠组织中均有表达。本研究为SLA-DRA基因功能方面的研究提供了参考。