SLC11A1基因多态性在新发和复发肺结核患者中的分布

目的探讨SLC11A1基因多态性在中国汉族人群新发和复发肺结核患者中的分布。方法在中国汉族人群中,选择新发肺结核患者、复发肺结核患者和健康对照者各30例,应用SNaPshot SNP分型技术检测以上人群SLC11A1基因多态性位点INT4、D543N和3′UTR的基因型,采用Logistic回归分析和2χ检验进行统计学处理。结果病例组3′UTR位点TGTG+/del基因型频率显著高于对照组(P=0.038),病例组与对照组INT4和D543N位点各基因型频率无显著性差异,病例组D543N和3′UTR位点联合分析显示GG/+del及GA/+del基因型频率均显著高于对照组(P=0.048和P=0.034)。新发肺结核患者与复发肺结核患者3′UTR和D543N/3′UTR基因型频率无显著性差异。结论SLC11A1基因3′UTR位点多态性和D543N/3′UTR单倍体型可能是中国汉族人群肺结核发病的易感因素,但与肺结核复发的关系有待进一步研究。

新疆3个不同品种牛SLC11A1基因启动子克隆及序列分析

【目的】溶质性载体蛋白家族成员l(SLC11A1)基因是一个主要的自然抗性候选基因,与多种胞内寄生病原菌的抵抗作用相关,研究克隆新疆褐牛、荷斯坦牛和西门塔尔牛SLC11A1基因启动子序列,分析启动子序列差异,为奶牛抗病育种提供辅助选择的分子标记。【方法】分别采集新疆3个品种牛全血,提取基因组DNA,PCR扩增5ˊ端启动子区,测序。利用生物信息学软件Cp Gplot、Repeat Masker、TFSEARCH、WWW Signal Scan及双荧光素酶检测系统对获得序列进行分析。【结果】获得SLC11A1基因启动子片段1 463 bp,且具有启动子活性,未发现Cp G岛的存在。新疆3个品种牛间SLC11A1基因启动子序列未出现差异,但与美国安格斯牛SLC11A1基因启动子序列存在4处差异。启动子区预测到SP1,NF1,Rel A-p65,GKLF,CPBP等12个转录因子结合位点,并发现1个增强子区域(-734^-740),该序列存在两处短散的重复元件BOV-t A2、MIR3,以及重复DNA元件Charlie8。【结论】得到新疆地区3个品种牛SLC11A1基因启动子序列,并与安格斯牛SLC11A1基因启动子序列存在差异,为进一步研究SLC11A1基因多态性影响机体对胞内感染菌的抗性研究提供理论依据。

中甸犏牛SLC11A1基因3'非翻译区多态位点研究及其与抗病性关联的评估

为研究中甸犏牛溶质载体转运蛋白基因(SLC11A1)的结构变异情况,并评估结构变异与抗病性的关联,采集了114个样品,扩增了SLC11A1基因3'非翻译区(3'UTR)部分序列,测序共检测到3个微卫星多态位点(MS1、MS2、MS3)和3个核苷酸变异(1 782位点T→G、1 805位点G→A、1 907位点G→T),其中MS1有6个等位基因(GT10、GT12、GT14—17)、MS2有3个等位基因(GT5—7)、MS3有5个等位基因(GT12—16)。GT12/15、GT5/5、GT13/13基因型频率最高,分别为0. 204、0. 05、0. 324; GT15、GT5、GT13等位基因频率最高分别为0. 284、0. 685、0. 433。对MS1、MS2、MS3这3个多态位点进行单倍型分析,发现了44种单倍型,其中GT12/5/13为优势单倍型,频率为0. 13。χ2比较分析表明,中甸犏牛与婆罗门瘤牛×布兰科牛、荷斯坦牛×布兰科牛、布兰科牛、非洲牛MS1位点的GT12/12基因型频率差异显著(P <0. 01),与西班牙黄牛、荷兰黄牛MS3的GT13/13基因型频率差异显著(P <0. 01),与非洲黄牛差异不显著(P> 0. 05)。综上,中甸犏牛SLC11A1基因3'UTR具有丰富的多态性,推断其GT12/12和GT13/13纯合子基因型与抗病性相关。

牛及其他各物种SLC11A1基因的结构多态与疾病相关性的研究进展

SLC11A1基因与许多种胞内病原菌如沙门氏杆菌、结核分枝杆菌和利什曼原虫等病原菌的抗性和易感性有关,作为牛综合抗病的优良候选基因之一,它对于疾病的抵抗性是属于非病原特异性的。综述SLC11A1基因的结构特点、作用机制、表达调控,重点综述牛和其他不同物种SLC11A1基因结构多态与疾病的相关性,有望对牛的抗病育种提出理论依据。

中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究

【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067(A/G)、6 358(C/T),外显子10的7 155(A/G)和内含子11的7 809(A/T);其中,6 067(A/G)、6 358(C/T)和7 809(A/T)为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358(C/T)和7 155(A/G)对SCS和产奶量有显著影响(P<0.05),6 358(C/T)的CC基因型和7 155(A/G)的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。

SLC11A1基因多态性与新疆喀什地区维吾尔族人群肺结核易感性的相关性研究

为研究探讨新疆喀什地区的维吾尔族肺结核患者及健康对照人群SLC11A1基因多态性与肺结核易感性的相关性。选取维吾尔族总样本人数644人,其中肺结核患者251人,健康对照者393人,提取个体DNA样本,并采用测序的分型方法(SBT),对SLC11A1基因的3个单核苷酸多态位点(rs17235409 G>A;rs17235416 TGTG/TGTG>--/--;rs3731865 C>G)进行检测,统计分析检测的结果,研究SLC11A1基因的多态性与维吾尔族人群肺结核易感性的相关性;比较SNPs在维吾尔族样本人群与已报道的汉族样本人群及哈萨克族样本人群之间基因频率的差异。结果显示:(1)维吾尔族样本病例组中SLC11A1基因rs17235409 GG、GA、AA基因型频率分别为84.9%、13.9%、AA 1.2%;健康对照组中分别为87.3%,12.2%,0.5%,logistic回归检测,各基因型P>0.05,无明显统计学差异。病例组中SLC11A1基因rs17235416 TGTG/TGTG、TGTG/-、--/--基因型频率分别为85.5%,13.1%,1.6%;健康对照组中分别为87.0%,12.5%,0.5%,logistic回归检测,各基因型P>0.05无明显统计学差异。病例组中SLC11A1基因rs3731865 CC、CG、GG基因型频率分别是2%、21.9%、76.1%;健康对照组中分别是2.3%、24.9%、72.8%,logistic回归检测,各基因型P>0.05无明显统计学差异。(2)SLC11A1基因rs17235409在本实验维族样本人群与已报道的汉族样本人群中GG、GA、AA基因型频率分别是86.6%、12.9%、0.8%和77.7%、20.4%、1.9%,X2=9.363,P<0.05差异有统计学意义。SLC11A1基因rs17235416在本实验维族样本人群已报道的哈萨克族样本人群中TGTG/TGTG、TGTG/-、--/--基因型频率分别为86.3%、12.7%、0.9%和71.9%、24.5%、3.5%,X2=35.833,P<0.05差异有统计学意义。由此可知:(1)本实验维吾尔族人群SLC11A1基因多态性与肺结核易感性不存在相关性。(2)SLC11A1基因多态位点rs17235409rs17235416基因型频率分布在维吾尔族与汉族之间及维吾尔族与哈萨克族之间存在明显差异。

牛SLC11A1基因多态性分析

本研究采用巢氏PCR、降落PCR技术扩增牛SLC11A1基因的内含子9和11,分别获得777、715bp的片段,利用DNA测序技术对这2片段测序,发现3个新SNPs,分别为内含子9的6067(A/G)、6358(C/T)和内含子11的7809(A/T)。同时利用CRS-PCR和PCR-RFLP方法对这3个SNPs进行基因型分型,分析944头中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的SLC11A1基因的多态性。结果表明,SLC11A1基因的3个SNPs的AA基因型频率最高,优势等位基因均为A;适合性检验表明,6358(C/T)和7809(A/T)位点在中国荷斯坦牛与鲁西黄牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而6067(A/G)位点的突变在牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);同时中国荷斯坦牛群体在这3个基因座位上的多态信息含量均大于鲁西黄牛与渤海黑牛。

SLC11A1基因作用机制及其与结核病易患性的研究

结核病是单一感染因素引起死亡人数最多的一种传染病.随着对结核病发病机制的深入研究,人们发现SLC11A1基因与结核病易患性有明显的相关性,其位于吞噬溶酶体膜上,通过改变细胞内环境,从而影响结核病的发生和发展.该文就SLC11M1基因作用机制及其与结核病易患性研究现状作一综述.