孕早期超声结合全外显子组测序诊断骨发育不全2型1例

骨发育不全症是一种致死性的软骨发育不良,它包括一组具有重叠表型特征的异质性疾病,根据放射学和组织病理学表现,骨发育不全症可分为3个亚型,特征为严重短肢(肱骨、股骨远段发育不全)、长骨弯曲、腭裂、小颌畸形,以及肘关节、膝关节水平的脱位,也可表现出马蹄内翻足[1]。现将我院收治的1例骨发育不全2型患者报道如下。

Sin3A基因变异致Witteveen-Kolk综合征遗传学分析

目的 探讨开关不敏感3转录调节因子家族成员A(Sin3A)基因变异导致的Witteveen-Kolk综合征临床表型和遗传学特点。方法 收集1例发育迟缓患儿的临床资料,对患儿及其父母进行全外显子基因测序,采用Sanger测序验证可疑变异,并进行家系分析。结合文献分析Witteveen-Kolk综合征的临床特征和基因变异特点。结果 Witteveen-Kolk综合征患儿临床表现主要为轻中度智力障碍或发育迟缓、特殊面容(长脸、前额突出、鼻梁凹陷、长人中等)、身材矮小。颅脑磁共振成像(MRI)显示不同程度的脑畸形。全外显子基因测序结果显示,患儿Sin3A基因存在移码变异c.803dupC(p.Leu269Thrfs*37)(杂合)。Sanger测序证实存在变异位点,患儿父母该位点均为正常基因型。gnomAD等对照人群数据库未收录该变异位点,根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)/美国分子病理学学会(AMP)指南归类为“致病性”变异。结论 Sin3A基因变异可导致Witteveen-Kolk综合征。基因检测可明确生长发育迟缓伴特殊面容患儿的病因。

全外显子组测序诊断2例Gitelman综合征

中南大学湘雅三医院内分泌科收治了2例疑诊Gitelman综合征的患者。抽取2例患者外周血进行基因组DNA抽提,然后采用全外显子组测序进行基因学检测,寻找致病位点,并通过生物信息学软件对突变位点进行功能分析。全外显子组测序及Sanger测序验证发现2例Gitelman综合征患者均携带SLC12A3基因复合杂合突变:c.486_490delTACGGinsA、p.R943W、p.D486N及p.R928C。其中c.486_490delTACGGinsA插入缺失突变将造成框移及蛋白质截短,而p.R943W、p.D486N及p.R928C突变经SIFT、PolyPhen2和Mutation Taster预测为有害。这4个突变既往均有报道,其中p.R943W为首次在中国人群中发现。Gitelman综合征临床较罕见,漏诊率高。对Gitelman综合征患者及早进行基因检测有助于明确病因及指导治疗。

KIF12基因新复合杂合突变导致进行性家族性肝内胆汁淤积1例报告

目的鉴定导致1例进行性家族性肝内胆汁淤积8(PFIC 8)患儿的KIF 12基因变异及其对功能的影响。方法分析1例PFIC 8患儿的临床资料,对患儿及其父母进行全外显子组测序,变异用一代测序进行验证。通过免疫荧光染色、细胞模型、实时定量聚合酶链式反应和蛋白质免疫印迹反应研究变异对基因功能的影响。同时对已报道的17例PFIC 8患儿的临床资料和基因变异进行文献复习。结果患儿,男,1个月14天,临床表现以发热和黄疸为主。全外显子组测序发现,患儿的KIF 12基因存在c.539G>A+c.928C>T复合杂合突变,此前未见报道。免疫荧光结果显示患儿肝细胞的KIF12蛋白的细胞内定位发生改变。在293T细胞中,c.539A、c.928T和c.539A+c.928T均可以使KIF12的mRNA表达减少,c.928T和c.539A+c.928T可使KIF12的蛋白水平表达降低(P<0.05)。文献回顾显示,已有7个KIF 12的纯合突变和1个复合杂合突变(c.538C>T+c.539G>A)被报道。在已报道的病例中,KIF 12的突变类型和PFIC 8患儿的肝外临床表型无关。结论在1例PFIC 8患儿中发现1种新的KIF 12复合杂合突变。在已发现的9个突变中,其类型与PFIC8肝外临床表型可能无关。

1例Gitelman综合征合并亚临床甲状腺功能减退症患者SLC12A3基因突变位点鉴定及遗传分析

目的探讨1例Gitelman综合征(GS)合并亚临床甲状腺功能减退症患者SLC12A3基因突变位点,同时行遗传学分析。方法抽取Gitelman综合征(GS)合并亚临床甲状腺功能减退症患者及其家庭成员外周血,进行SLC12A3基因全外显子组测序,并对其家庭成员进行遗传学分析。结果患者的SLC12A3基因存在复合杂合突变c.1964G>A(p.Arg655His)、c.1456G>A(p.Asp486Asn)。患者的弟弟SLC12A3基因存在复合杂合突变c.1964G>A(p.Arg655His)、c.1456G>A(p.Asp486Asn);表型正常家庭成员中母亲携带c.1964G>A杂合突变,患甲状腺功能亢进症,父亲携带c.1456G>A杂合突变。结论导致该患者发病的致病基因为SLC12A3基因,突变位点为c.1964 G>A(p.Arg655His)、c.1456G>A(p.Asp486Asn);c.1964G>A位点的基因突变可能与甲状腺功能相关。

2例MYH3基因变异致远端关节挛缩综合征患儿临床特征和基因检测结果分析

目的分析2例远端关节挛缩综合征(DA)患儿的临床特征和基因检测结果,以提高临床对该病的认识。方法回顾分析2例DA患儿的临床资料,并对患儿及其父母进行全外显子组家系测序(TrioWES)。对发现的可疑变异进行生物信息学分析和Sanger测序验证,构建变异型蛋白空间结构,分析其生物危害性。结果2例DA患儿均表现为严重的手足关节挛缩。Trio-WES结果提示2例患儿MYH3基因均发生变异,患儿1为c.1106A>G(p.Gln369Arg),患儿2为c.3059C>A(p.Ser1020Tyr),2例患儿的父母该位点均为野生型。c.1106A>G(p.Gln369Arg)在db SNP数据库、Ex AC数据库、千人基因组数据库、gnom AD数据库中未被收录。c.3059C>A(p.Ser1020Tyr)仅被gnom AD数据库收录,分布频率为0.0001;在HGMD数据库和Pub Med数据库中未见报道。c.1106A>G(p.Gln369Arg)和c.3059C>A(p.Ser1020Tyr)美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)指南评级均为可能致病。2个变异均可能导致蛋白局部结构稳定性降低,影响蛋白功能。结论2例由MYH3基因变异导致的DA患儿均表现出关节挛缩特征。发现了2个MYH3基因的新发变异,扩展了中国人群MYH3基因变异谱和DA表型谱。

全外显子基因测序对儿童Gitelman综合征的诊断价值

目的探讨全外显子基因测序对儿童Gitelman综合征的诊断价值。方法对儿童Gitelman综合征的临床资料进行回顾性分析,包括临床症状、体征、实验室检查及其他辅助检查,采用全外显子基因测序检测SLC12A3基因突变情况。结果该患者以持续性难以纠正的低钾血症为主要临床症状,经全外显子基因检测结果显示存在SLC12A3复合杂合突变:c.1456G>A(p.D486N)和c.1709C>A(p.A570E),疾病表型提示为Gitelman综合征。结论对呕吐、腹泻等消化道症状为主诉的患儿,应常规行电解质检查,如发现难以纠正的低钾血症患儿建议行全外显子基因检测,以提高Gitelman综合征的早期诊断率,减少误诊率,从而提早干预治疗,改善患儿的生活质量。

先天性糖基化障碍Ⅰq型患儿基因检测结果分析和文献回顾

目的对1例先天性糖基化障碍(CDG)-Ⅰq型患儿的临床特征和遗传学特点进行分析,并进行文献回顾。方法收集1例CDG-Ⅰq型患儿临床资料,对患儿及其父母进行全外显子组家系测序(Trio-WES)。对筛选出的变异位点进行生物信息学分析,并采用Sanger测序进行验证。检索同类病例报道文献,总结CDG-Ⅰq型患儿临床和遗传学特征。结果患儿主要表现为发育迟缓伴特殊面容,头颅磁共振成像提示脑外间隙增宽。Trio-WES检测结果提示患儿SRD5A3基因存在复合杂合变异[NM_024592.5:c.411G>A(p.Trp137Ter)和c.208_c.209insA(p.Asp70Glufs*150)],该变异dbSNP数据库、千人基因组数据库和ExAC数据库均未收录,ClinVar和HGMD数据库也未见该变异位点相关报道。共检索到国内外报道的34例CDG-Ⅰq型患儿的详细临床信息,主要临床特征为发育迟缓、眼部疾病、皮肤病和其他表型,SRD5A3基因变异类型主要为无义变异和移码变异。结论报道的CDG-Ⅰq型患儿为SRD5A3基因新发变异所致,丰富了SRD5A3基因变异谱。Trio-WES有助于CDG-Ⅰq型的精准诊断。

一例BBS12基因复合杂合突变导致Bardet-Biedl综合征的诊断和基因检测分析

Bardet-Biedl综合征(Bardet-Biedl syndrome,BBS)是一种罕见的常染色体隐性遗传的纤毛相关疾病,其病因主要与编码BBS蛋白复合体BBSome、鞭毛内运输复合体等基因突变有关。本文报道了1例21岁的女性BBS患者,该患者具有肥胖、视网膜色素变性、双肾囊肿的典型特征,还存在2型糖尿病、非酒精性脂肪肝、亚临床甲状腺功能减退症、轻度传导性听力下降等不典型表现。全外显子组测序发现该患者的BBS12基因2号外显子存在复合杂合突变(c.188delC,p.T63fs和c.1993_1995del,p.665_665del)。进一步通过Sanger测序发现患者的父亲和母亲分别携带c.188delC(p.T63fs)和c.1993_1995del(p.665_665del)突变,但均无相关症状。综上所述,本病例报告发现了BBS12基因的两个新的突变位点(c.188delC,p.T63fs和c.1993_1995del,p.665_665del),为该疾病的研究提供了新的遗传资源,同时该病例还展示了患者从出生到成人期间的整个疾病发展过程,能够帮助临床医生更好地理解BBS。

两个非综合征性耳聋家系的基因突变分析

目的 明确2个非综合征性耳聋家系的致病基因,揭示疾病发生机制,为家系遗传咨询提供依据。方法选取2020年3月—2021年12月在河南省人民医院遗传咨询门诊就诊的2个耳聋家系29例患者的临床资料,包括临床表现、听力学检查等,绘制遗传图谱。从2个家系先证者及相关成员的外周静脉血,进行高通量测序及Sanger测序验证。对检测到的基因突变进行致病性分析。结果 测序结果显示,家系1先证者OSBPL2基因存在首次报道的c. 564_565 ins G突变;家系2先证者POU3F4基因存在首次报道的c. 520G>T突变。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南诊断标准,突变位点均为致病性,且符合基因型-表型共分离现象。结论 基因检测结果为上述两个家系的遗传咨询提供了有力依据,首次报道的突变丰富了人类耳聋基因突变数据库。家系1检测结果可作为OSBPL2基因与耳聋发生相关的临床证据之一。

PIK3CD基因突变致PI3K-δ过度活化综合征1例报告并文献复习

目的了解PI3K-δ过度活化综合征的临床特征及致病基因。方法回顾分析1例PI3K-δ过度活化综合征患儿的临床资料。结果患儿,男,3岁10个月,反复呼吸道感染,肝脾肿大,发育落后。提取患儿及父母外周血DNA,通过全外显子组测序及Sanger验证,证实患儿PIK3CD基因存在错义变异c.3061G>A(E1021K),先证者父母PIK3CD基因均未发现上述变异,为新生变异。该突变使PIK3CD基因发生功能获得性突变,导致编码的p110δ活性增强,PI3K-PIP3-AKT-mTOR信号通路过度激活,诱导细胞分化增殖,致疾病发生,为致病性突变。结论 PI 3 K-δ过度活化综合征为罕见的常染色体显性遗传免疫缺陷病,基因检测可协助诊断。

LAMA3基因突变导致婴儿Herlitz型交界型大疱性表皮松解症1例

目的探讨Herlitz型交界型大疱性表皮松解症临床特征及致病基因。方法回顾分析贵州省人民医院儿科1例Herlitz型交界型大疱性表皮松解症患儿临床资料,采集患儿及父母外周静脉血DNA,采用GenCap技术捕获全部编码区外显子及其上下游100 bp邻接内含子区域。运用Illumina HiSeq2 000测序平台对突变基因进行Sanger测序。结果患儿LAMA3基因存在1个纯合突变(c.1591_1602delinsT),导致氨基酸发生移码(p.E531fs),突变来源于父母。结论交界型大疱性表皮松解症发病率低、预后差,至今无有效治疗方法,产前诊断是主要干预手段。全基因组外显子测序可明确基因类型,帮助诊断。

CNGA3基因变异致中国全色盲一个家系的遗传学分析并文献复习

目的探讨1个CNGA3基因变异所致的全色盲(ACHM)家系的遗传学特征,为其遗传咨询和生育指导提供依据。方法选取2023年4月14日于宁波大学附属妇女儿童医院就诊的1个ACHM家系为研究对象。应用全外显子组测序(WES)对先证者进行检测,对候选变异进行Sanger测序家系验证与生物信息学分析。在数据库中检索相关文献,总结CNGA3基因变异所致中国ACHM患者的临床表型与基因型特点。本研究通过宁波大学附属妇女儿童医院医学伦理委员会的审查(伦理号:EC2020-048)。结果WES检测结果显示先证者及其弟弟CNGA3基因第8外显子均存在c.1190G>T(p.Gly397Val)和c.2013del(p.Gly672ValfsTer69)复合杂合变异,分别遗传自其母亲和父亲。c.1190G>T为已知的致病性变异,c.2013del既往未见报道。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,c.2013del被判定为可能致病性变异(PM2_Supporting+PVS1_Moderate+PM3+PP4)。文献共检索出中国38个家系43例CNGA3基因变异相关的ACHM患者(包含上述先证者),共发现41种CNGA3基因变异,其中以错义变异为主,多数变异位于第8外显子;男性居多,以婴儿期/儿童期出现眼球震颤、畏光、弱视等症状为主要临床表现,未见明显的基因型-表型的对应关系。结论CNGA3基因c.1190G>T和c.2013del复合杂合变异可能是上述先证者的遗传学病因。c.2013del变异的检出丰富了中国人群CNGA3基因的变异谱,为临床诊断ACHM提供了依据。

三个内耳不全分隔Ⅲ型家系的表型特征和突变分析

目的采用二代高通量测序技术为3例内耳不全分隔Ⅲ型(IP-Ⅲ)耳聋患者提供病因诊断并探讨IP-Ⅲ畸形的临床特征、干预措施及效果。方法进行全面体格检查、听力学和颞骨影像学检查。获取知情同意后,抽取受试者外周血进行全外显子组测序和Sanger测序验证。结果3例先证者均患有先天性重度-极重度耳聋。颞骨HRCT显示耳蜗蜗轴缺失、阶间分隔存在,内听道基底部膨大,耳蜗底转与内听道缺少骨性分隔且相互交通。全外显子组测序发现2个POU3F4基因截断突变(c.985C>T,c.80dup;NM_000307.5)和一个POU3F4基因缺失突变。助听器对先证者3听力重建有效,先证者1和2人工耳蜗植入后效果不满意。结论3例IP-Ⅲ型患者的耳聋和特征性内耳畸形由POU3F4基因突变造成,本文新突变的报道扩展了POU3F4突变谱并有利于家系遗传咨询。

产前影像学结合全外显子组测序诊断骨发育不全2型一例

目的对1例影像学检查提示长骨短小的胎儿进行全外显子组测序,为其产前诊断提供依据。方法收集胎儿的临床及影像学检查结果,采集羊水样本提取DNA,通过全外显子组测序结果筛选疑似致病变异,用Sanger测序进行家系验证。结果超声提示胎儿四肢短小,但未见其他明显异常。全外显子组测序提示胎儿携带SLC26A2基因两处未见报道的杂合性致病变异c.484G>T和c.1436dupA,分别源自其母亲和父亲。结论产前超声检查结合全外显子组测序诊断胎儿为骨发育不全2型。SLC26A2基因复合杂合变异为其致病原因,该结果为胎儿的产前诊断及其父母的再生育提供了依据。

应用全外显子测序技术鉴别诊断1例儿童Gitelman综合征

目的应用全外显子测序技术对1例疑似Gitelman综合征的患者进行基因分析,为临床确诊提供分子依据。方法采集江西省九江市妇幼保健院收治的1例疑似Gitelman综合征患儿及其父母的外周血标本,全外显子测序进行筛查,Sanger测序验证突变位点及来源,并结合临床资料进行分析判断。结果本研究1例疑似Gitelman综合征患儿具有低血钾症、低镁血症、继发性高肾素高醛固酮血症等临床症状。全外显子组测序结果显示患者SLC12A3基因的1号外显子c.179C>T(p.T60M)和5号外显子c.634G>C(p.G212R)存在复合杂合突变,其中c.634G>C(p.G212R)突变为首次报道,依据ACMG遗传变异分类标准与指南判断为疑似致病性。结论全外显子测序发现Gitelman综合征患者SLC12A3基因上一个新的疑似致病性突变,扩大了SLC12A3基因的突变谱,为Gitelman综合征的鉴别诊断提供依据。

PIK3CD功能获得性突变致慢性EB病毒感染1例并文献复习

目的报道1例PIK3CD基因功能获得性(GOF)突变致慢性EB病毒(EBV)感染患儿,探讨该病临床表现及基因突变特点。方法收集患儿的临床资料,提取患儿及直系亲属外周血DNA,通过全外显子组测序技术检测其基因突变情况,并检索相关文献进行复习。结果患儿自2岁始反复出现呼吸道感染,伴肝脾淋巴结肿大,反复出现种痘样皮疹;血清EBV抗体水平显著升高,淋巴组织活检提示T淋巴细胞增殖性改变,EBV编码RNA(EBER)阳性。13岁时患儿血液中免疫球蛋白水平显著升高伴多种自身抗体阳性。基因检测提示PIK3CD基因杂合突变c.3061G>A(p.E1021K),文献复习提示该突变为GOF突变。结论PIK3CD基因GOF突变可导致EBV易感及EBV慢性感染,临床表现为淋巴组织增生、特征性皮疹出现。该病患儿亦可表现为血液中免疫球蛋白水平的显著升高,可能与自身免疫反应所致自身抗体大量形成有关。

SLC25A20基因变异致肉碱-酰基肉碱转位酶缺乏症2例新生儿的临床及遗传学分析

目的探讨2例肉碱-酰基肉碱转位酶缺乏症(CACTD)患儿的临床特征与遗传学病因。方法选取2018年1月3日与11月19日于甘肃省妇幼保健院就诊的2例CACTD患儿为研究对象。采集患儿相关临床资料,应用家系全外显子组测序(trio-WES)进行基因检测,对变异位点进行Sanger测序验证与致病性分析。结果2例患儿均为男性,均以低血糖为主要临床表现。Trio-WES与Sanger测序显示患儿1携带SLC25A20基因c.49G>C(p.Gly17Arg)与c.106-2A>G复合杂合变异,分别遗传自其父母;患儿2携带SLC25A20基因c.199-10T>G纯合变异,遗传自其父母;其中c.49G>C(p.Gly17Arg)与c.106-2A>G均未见报道。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关标准与指南,c.49G>C(p.Gly17Arg)、c.106-2A>G、c.199-10T>G变异分别评级为可能致病性变异(PM2_supporting+PP3+PM3_strong+PP4)、致病性变异(PVS1+PM2_supporting+PM5+PP3)与致病性变异(PVS1+PM2_supporting+PP3+PP5)。结论结合患儿临床表型与基因型明确诊断为CACTD,为患儿治疗、家系遗传咨询和产前诊断预防提供参考依据。

SMC3基因变异致德朗热综合征1例胎儿的遗传学分析

目的对1例具有手部畸形的引产胎儿进行高通量测序,以明确其遗传学病因。方法选取2018年10月20日在湖北省妇幼保健院经超声确诊的1例手部发育异常的胎儿作为研究对象。收集孕妇的基本资料及影像学检查结果,采集引产胎儿的脐带组织以及孕妇夫妇的外周静脉血样,提取基因组DNA,进行拷贝数变异测序(CNV-seq)与家系全外显子组测序(trio-WES),对检出的候选变异进行家系验证。结果孕30+2周超声提示胎儿右手小,大拇指可显示,其余四指短缺,左手未见异常。CNV-seq未检出大于100 kb的拷贝数变异;trio-WES检测结果显示胎儿携带SMC3基因c.3298G>A(p.Val1100Met)杂合变异。该变异位点在正常人群数据库中未见收录,多个生物信息软件均预测为有害变异。多序列比对发现该位点在不同物种中高度保守。Sanger测序结果显示孕妇夫妇均未携带该变异,提示其为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,判定该变异为可能致病性变异(PS2+PM2Supporting+PP3)。结论SMC3基因c.3298G>A变异可能是上述胎儿具有手部畸形的遗传学病因,胎儿被诊断为德朗热综合征。

1例肾脏发育不全或缺如3型胎儿产前超声表型及遗传学分析

目的分析1例GREB1L基因突变所致肾脏发育不全或缺如(RHDA)3型胎儿的产前超声表型和遗传学特征。方法2023年2月6日郑州大学第一附属医院诊治1例因产前超声异常行妊娠期遗传咨询的25岁孕妇,收集引产胎儿皮肤组织及夫妇双方外周静脉血,进行全外显子组测序,应用HGMD、ClinVar、ExAC、1000Genomes和gnomAD等数据库对基因突变位点进行检索;参照《遗传变异分类标准与指南》及美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)指南进行突变致病性评级;应用Uniprot数据库预测该基因编码蛋白质结构。收集夫妇双方及胎儿临床资料,分析胎儿产前超声表型和遗传学特征。结果孕妇经遗传咨询后引产1男胎。产前超声提示胎儿颈背部皱褶厚度增厚,双肾缺如,无膀胱和羊水,胃泡体积小和少量心包积液。胎儿携带GREB1L基因c.5429_5442dupGGCC(p.Ile1815fs)移码突变,父母均未携带该突变,属于新发突变,该突变未见文献报道,HGMD和ClinVar数据库未见收录。该突变导致氨基酸编码异常,引起蛋白质功能改变(PVS1);在ExAC、1000Genomes和gnomAD数据库均未发现(PM2_Supporting);为经双亲验证的新发突变(PS2);初步判定为致病性突变(PVS1+PM2_Supporting+PS2)。结论GREB1L基因c.5429_5442dupGGCC移码突变为新发突变,是导致该家系胎儿RHDA3型的遗传学病因,产前超声主要表现为双肾缺如。