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头颈部鳞状细胞癌临床预后模型中SERPINE1及SLC20A1的作用 被引量:1
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作者 王嘉宁 林晨 +2 位作者 沈一鸣 王嘉达 沈志森 《现代实用医学》 2023年第4期463-467,I0002,共6页
目的构建一个TGF-β基因相关通路的风险评分模型,探讨该模型对头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者预后的预测价值。方法从美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载TCGA-HNSC队列作为训练组,GEO数据库中下载GSE41613作为测试组,筛选出训练组中肿... 目的构建一个TGF-β基因相关通路的风险评分模型,探讨该模型对头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者预后的预测价值。方法从美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载TCGA-HNSC队列作为训练组,GEO数据库中下载GSE41613作为测试组,筛选出训练组中肿瘤组织与正常组织间的差异表达基因,随后采用单因素和多因素Cox回归分析确定影响HNSC患者生存的TGF-β通路相关基因(TRGs),并构建预后风险模型。通过风险生存曲线、受试者工作特征(ROC)曲线及生存状态图对模型进行评价,并对风险评分进行独立预后分析。整合风险评分及其他临床预测指标绘制列线图以评估患者预后。利用R软件对训练组中高、低风险组患者进行基因突变频率分析及免疫微环境特征分析。结果从训练组中初步筛选出6个差异表达的TRGs,通过Cox回归分析筛选出2个与预后相关的基因:纤溶酶原激活物抑制因子-1(SERPINE1)及磷酸盐转运蛋白-1(SLC20A1)。在训练组和测试组中高低风险组生存差异均有统计学意义(均P<0.05),ROC曲线显示该风险评分可靠,可作为独立预后因子。高风险组和低风险组HNSC具有完全不同的集群特征、基因突变频率及免疫细胞浸润。结论基于SERPINE1和SLC20A1构建的模型可较好地预测HNSC患者的预后,高风险组的HNSC在生物学表型、基因突变频率及肿瘤免疫浸润等方面均与低风险组有差异。 展开更多
关键词 头颈部鳞状细胞癌 TCGA slc20a1 SERPINE1
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Slc20a1b is essential for hematopoietic stem/progenitor cell expansion in zebrafish
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作者 Jiakui Chen Gaofei Li +6 位作者 Junwei Lian Ning Ma Zhibin Huang Jianchao Li Zilong Wen Wenqing Zhang Yiyue Zhang 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2021年第12期2186-2201,共16页
Hematopoietic stem and progenitor cells(HSPCs)are able to self-renew and can give rise to all blood lineages throughout their lifetime,yet the mechanisms regulating HSPC development have yet to be discovered.In this s... Hematopoietic stem and progenitor cells(HSPCs)are able to self-renew and can give rise to all blood lineages throughout their lifetime,yet the mechanisms regulating HSPC development have yet to be discovered.In this study,we characterized a hematopoiesis defective zebrafish mutant line named smu07,which was obtained from our previous forward genetic screening,and found the HSPC expansion deficiency in the mutant.Positional cloning identified that slc20a1b,which encodes a sodium phosphate cotransporter,contributed to the smu07 blood phenotype.Further analysis demonstrated that mutation of slc20a1b affects HSPC expansion through cell cycle arrest at G2/M phases in a cell-autonomous manner.Our study shows that slc20a1b is a vital regulator for HSPC proliferation in zebrafish early hematopoiesis and provides valuable insights into HSPC development. 展开更多
关键词 slc20a1b HSPC ZEBRAFISH
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