基于生物信息学对SLC25A21下游靶基因的筛选及验证

溶质载体家族25成员21(solute carrier 25 member 21,SLC25A21)是氧代二羧酸盐载体,其主要功能是通过反向交换机制将胞浆内的2-氧代己二酸转运至线粒体。前期研究发现,在过表达SLC25A21的3T3-L1细胞中葡萄糖消耗能力显著增加。为进一步挖掘SLC25A21下游关键代谢基因,本研究在3T3-L1细胞中上调SLC25A21表达,利用高通量测序结合生物信息学分析获得差异表达基因,并通过实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证关键基因表达。结果显示:(1)过表达SLC25A21的脂肪细胞中有26个上调基因,66个下调基因;(2)基因本体论(gene ontology,GO)分析表明,差异表达基因的生物学功能主要涉及脂质合成和代谢过程;京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)表明,差异表达基因主要富集在鞘脂代谢、胰岛素和胰高血糖素样肽1分泌和合成等信号通路;(3)CytoHubba筛选出GRB2、SOS1、SHC1、CBL、HRAS、SOS2、EGFR、MET、PLCG2和KRAS等10个评分最高的关键基因,主要参与了细胞的糖、脂代谢过程;(4)在脂肪细胞中过表达SLC25A21,qRT-PCR验证结果表明除KRAS表达无明显变化外,其余基因的mRNA表达水平均出现相应的增高。本研究结果将为今后深入研究SLC25A21在糖、脂代谢过程中的作用及机制提供理论依据。

SLC25A21在肾透明细胞癌发病机制中的作用

目的探讨SLC25A21在肾透明细胞癌细胞(786-0)中的作用。方法利用实时荧光定量-聚合酶链反应(RT-qPCR)、免疫荧光及Western印迹分析786-0中SLC25A21表达差异。慢病毒感染786-0构建SLC25A21过表达人肾透明细胞癌细胞系SLC25A21-OE,通过Transwell实验和划痕实验确定SLC25A21对786-0细胞转移能力的影响,通过细胞克隆形成能力实验,如细胞集落形成实验等检测SLC25A21-OE对786-0克隆形成能力的影响。结果SLC25A21在肾透明细胞癌组织中的表达较正常组织明显上调,肾透明细胞癌患者SLC25A21表达明显上升,且与预后呈明显负相关(P<0.05)。结论SLC25A21上调在促进人肾透明细胞癌的发展中起关键作用。SLC25A21在786-0中表达上调,尤其与786-0的侵袭性和不良预后呈负相关。