基于TCGA数据分析线粒体溶质载体SLC25A39在肝癌中的表达及其临床意义

目的:利用癌症基因图谱(TCGA)数据探讨线粒体溶质载体SLC25A39在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床意义。方法:从TCGA数据库下载HCC样本和正常肝组织的RNA-seq数据及临床信息,利用相关R语言软件包分析SLC25A39在HCC中的表达情况及其与临床病理指标、预后及免疫细胞浸润的相关性,并评估其在HCC中的诊断价值。结果:与正常组织相比,SLC25A39在HCC组织中表达上调(P<0.001),其表达水平与肿瘤T分期、病理分期、肿瘤状态、肿瘤残留、组织学分级及AFP水平显著相关(P<0.05),Cox回归模型分析显示SLC25A39高表达,是影响HCC患者总生存期(OS)的独立危险因素(HR=1.752,P=0.017)。肿瘤免疫细胞浸润分析显示,SLC25A39与中性粒细胞、CD8+T细胞、中央记忆型T细胞(Tcm)、GammaDelta T细胞(Tgd)、Th2细胞和CD56bright NK细胞的浸润水平显著相关(|Spearman’s r|>0.2,P<0.05)。ROC曲线分析显示SLC25A39表达水平对HCC的早期诊断和预后均具有良好的评估价值(AUC均>0.50)。结论:SLC25A39高表达是HCC预后不良的独立危险因素且具有良好的诊断价值,具有成为HCC诊断和预后评估生物标志物以及免疫治疗靶点的潜在价值。

溶质载体家族成员SLC25A39基因促进乳腺癌细胞线粒体分裂

目的 构建带Flag标签的人溶质载体家族成员蛋白SLC25A39基因的真核表达载体,在获得FlagSLC25A39融合蛋白表达后,研究SLC25A39表达对人乳腺癌细胞线粒体稳态的影响。方法 以人乳腺文库为模板采用PCR技术扩增出人SLC25A39的编码区序列,双酶切后将其插入到带Flag标签的pcDNA3.0载体上,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,菌液PCR鉴定阳性的克隆再进行质粒提取,测序正确后将重组质粒与空载体分别转染人乳腺癌细胞ZR75-1。Western印迹鉴定SLC25A39目的基因的表达;Mitotracker对乳腺癌细胞的线粒体进行染色,共聚焦显微镜对线粒体进行观察;Western印迹检测线粒体融合蛋白1(Mfn1)、线粒体分裂蛋白1(Fis1)的表达变化。结果双酶切鉴定表明,Flag-SLC25A39真核表达载体构建成功;Western印迹验证SLC25A39基因表达成功;激光共聚焦显微镜下观察发现SLC25A39过表达的乳腺癌ZR75-1细胞分裂的线粒体较多;Western印迹证实SLC25A39基因过表达后线粒体分裂蛋白Fis1表达增高,线粒体融合蛋白Mfn1表达减弱。结论 成功构建带Flag标签的SLC25A39基因真核表达载体,该基因可促进人乳腺癌细胞的线粒体分裂,有望成为靶向线粒体治疗乳腺癌的潜在新靶点。