SMARCA1基因组结构鉴定及其在Smith-Fineman-Myers综合征家系中的突变分析

为探讨SMARCA1基因在中国山东SFMS家系患者发生中的作用 ,采用计算机杂交结合DNA序列分析方法 ,首先确定了SMARCA1基因的基因组结构 ,发现该基因的基因组DNA全长超过 71 7kb ,含有 2 4个外显子和 2 3个内含子 ,所有外显子和内含子接头皆遵循GT AG法则 ,基因组结构的阐明 ,为进行基因突变检测和分析其生物学功能奠定了基础。在以上分析的基础上 ,通过PCR扩增结合测序分析 ,对在山东省发现的 1个SFMS家系患者的SMARCA1基因的全部外显子和外显子内含子接头序列进行了基因突变检测 ,未检测到导致疾病的突变 。

利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义

目的探讨基因表达汇编(GEO)及癌症和肿瘤基因表达图谱(TCGA)数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系。方法利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数。分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期(OS)的关系;采用基因集富集分析(GSEA)预测SMARCA1相关的基因通路。结果在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关(P=0.022),而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关(P>0.05)。在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关(P>0.05)。GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为36.4个月、89.4个月和未达(P=0.001);TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为23.7个月、29.4个月和56.2个月(P=0.033)。GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了K-Ras、Akt、BMI-1和m TOR通路等基因集。结论胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物。

SMARCA1基因在非小细胞肺癌中表达的生物信息学分析及临床意义

目的通过生物信息学方法分析SMARCA1基因在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达和临床意义。方法应用HPA、TIMER和UALCAN数据库分析SMARCA1在NSCLC和正常肺组织中的表达差异。以GEPIA、TIMER数据库样本中SMARCA1表达的中位数作为分界点,分为高表达SMARCA1组和低表达SMARCA1组,探索SMARCA1表达水平与NSCLC患者预后关系。采用UALCAN数据库分析SMARCA1基因在肺腺癌不同临床亚组的表达情况。cBioPortal数据库分析SMARCA1在NSCLC中的遗传突变信息。通过STRING数据库分析SMARCA1潜在蛋白相互作用。运用TISIDB数据库探索SMARCA1表达与NSCLC肿瘤免疫浸润的关系。结果TIMER和UALCAN数据库分析表明SMARCA1在肺腺癌中表达均高于正常组织,差异均有统计学意义(均P<0.001)。GEPIA和TIMER数据库中高表达SMARCA1的肺腺癌患者总生存期均短于低表达患者,差异均有统计学意义(HR=1.50,P=0.009;HR=1.12,P=0.044);2组肺鳞癌患者的总生存期比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。不同性别、年龄、淋巴结转移和TP53突变情况的肺腺癌患者SMARCA1表达差异均无统计学意义(均P>0.05)。cBioPortal数据库分析提示507例肺腺癌患者中23例携带SMARCA1基因突变,主要为错义突变、剪接突变、截短突变等。SMARCA1的相互作用蛋白网络富集明显,功能主要聚集于核小体动员、定位和组装过程,染色质重塑等生物学途径。在肺腺癌和肺鳞癌患者中,SMARCA1基因与活化的CD4+T细胞、活化的CD8+T细胞、效应记忆CD4+T细胞、效应记忆CD8+T细胞、调节性T细胞和巨噬细胞浸润程度均呈负相关。结论SMARCA1在肺腺癌中高表达,且高表达患者预后更差,其表达与肿瘤免疫浸润呈负相关,因而SMARCA1有望成为肺腺癌早期筛查、预后判断的标志物和免疫治疗靶点。