一条人类砷相关新cDNA基因的克隆及生物信息学分析

目的 :探讨砷化物与基因的相互作用 ,克隆砷相关基因 ,利用生物信息学技术分析克隆基因。方法:采用 SMART方法构建 c DNA文库 ,杂交筛选并克隆基因 ,利用生物信息学手段对克隆基因进行结构和功能的分析。6 μm ol/ L Na As O2 处理人正常肝 L- 0 2细胞 2 h,抽提 RNA做基因芯片杂交。结果:成功克隆一条新基因 ,生物信息学分析发现在 7到 4 5 6碱基范围内有一个完整的 ORF,在编码起始区有典型的 Kozak序列 ,编码 14 9个氨基酸的蛋白质。核酸同源性比对发现与人类 1p36 .2 - 36 .3染色体 DNA序列同源性达 98% ,编码蛋白质同 Alu亚家族 SB序列同源性达 85 %。染砷细胞基因芯片杂交发现克隆基因表达增高。结论:克隆的人类砷相关基因 ,编码蛋白质与Alu亚家族 SB序列同源性高。

一条人类砷相关新cDNA基因的克隆及功能预测

目的探讨砷化物与基因的相互作用,克隆砷相关基因,利用生物信息学分析克隆基因。方法利用SMART方法构建cDNA文库,杂交筛选并克隆基因,生物信息学对克隆基因进行结构和功能的分析。6μmol/LNaAsO2处理人正常肝L鄄02细胞2h,抽提RNA做基因芯片杂交。结果成功克隆一条新cDNA基因,生物信息学分析发现7到456有一个完整的ORF,在编码起始区有典型的Kozak序列,编码149个氨基酸的蛋白质。核酸同源性比对发现与人类1p36.2鄄36.3染色体DNA序列同源性达98%,编码蛋白质同Alu亚家族SB序列同源性达85%。染砷细胞基因芯片杂交发现克隆基因表达增高。结论克隆了人类砷相关基因,该基因编码蛋白质与Alu亚家族SB序列同源性高。

鸡热休克蛋白70基因的克隆及原核表达

热休克蛋白70基因(heat shock protein 70 gene,Hsp70 gene)具有多种重要生理学功能,为进一步研究鸡Hsp70及其表达蛋白的生物学特性,设计一对特异性引物,并采用SMART技术富集鸡心肌细胞mRNA,RT-PCR扩增Hsp70基因的完整编码区,构建Hsp70原核表达载体,转化E.coli.BL21(DE3),IPTG诱导表达Hsp70重组蛋白.结果显示,扩增片段为1905bp,包含有鸡Hsp70基因完整编码区与GenBank中鸡Hsp70基因的同源性为99.2%～99.8%,SDS-PAGE电泳显示,在92Kda处的蛋白表达量明显增多,Western blot试验证实表达产物能与抗Hsp70阳性血清发生反应,证实本研究扩增出了鸡Hsp70基因的完整编码区,原核表达得到了鸡Hsp70重组蛋白,为进一步研究鸡Hsp70的分子特征及其表达蛋白的生物学功能奠定了基础.

利用SMART技术构建疣缟芋螺毒管cDNA噬菌体文库及芋螺毒素新基因的克隆

利用RNA 5'末端移动反转录(switching mechanism at 5'end RNA transcription,SMART)技术构建及鉴定疣缟芋螺毒管cDNA噬菌体文库,克隆新型芋螺毒素基因.提取疣缟芋螺毒管总RNA,用RT-PC反转录成单链cDNA(single-stranded cDNA,ss-cDNA),长距离PCR(long-distance PCR,LD-PCR)扩增合成双链cDNA(double-stranded cDNA,ds-cDNA),依次用蛋白酶K和SfiⅠ酶进行酶切孵育,用CHROMA SPIN-400柱进行分级分离.得到的ds-cDNA与λTripIE×2噬菌体载体体外连接并体外包装,感染大肠杆菌E.coli XL1-blue,测定原始文库滴度和重组率.进行文库扩增,测定扩增文库滴度.用PCR鉴定插入cDNA片段的大小,构建的疣缟芋螺毒管cDNA噬菌体原始文库滴度为1.47×106pfu/mL,重组率为90.72%,扩增文库的滴度为4.07×108pfu/mL,插入cDNA片段为200～1 200 bp.利用SMART技术成功构建了疣缟芋螺毒管cDNA噬菌体文库并克隆出新型芋螺毒素基因,为芋螺毒素基因的筛选和鉴定奠定了基础.

猪CRYZL1基因的克隆与序列分析

利用SMART-RACE方法,克隆了猪的一个新基因,获得1 506 bp的全长cDNA序列,NCBI登录号为EF576939。序列分析表明,该基因编码349个氨基酸,具有ADH-zinc-N和Qor结构域,与人、牛、小鼠的CRYZL1蛋白分别具有93%、95%、89%的同源性,被命名为猪zeta-crystallin(Quinone Reductase)-like 1(CRYZL1)基因。该基因克隆为进一步研究其功能打下基础。

中华卵索线虫β-actin基因的克隆与分析

利用RACE技术克隆中华卵索线虫Ovomermis sinensisβ-actin基因,RT-PCR方法检测该基因在中华卵索线虫不同发育时期的表达情况。结果首次获得了中华卵索线虫β-actin基因全长cDNA序列。该基因cDNA全长1636bp,其中ORF长1131bp,编码376个氨基酸;5′UTR长137bp;3′UTR长367bp。由该cDNA推导的蛋白质序列与秀丽隐杆线虫Caenorhabditis elegans、人类等物种的β-actin蛋白序列相似性均在95%以上。系统进化树显示其系统发育关系与传统的分类关系基本一致。β-actin基因在不同发育时期的线虫中持续恒量表达。由此推断中华卵索线虫β-actin基因具有高度保守性,可以作为生物物种进化的分子标志,且能较好反映物种间的系统发生关系,是量化实验的理想内标参照。

牦牛去饱和脂肪酶1(SCD1)基因的克隆及分析

为了获得牦牛去饱和脂肪酶1基因全长序列,试验采用SMART的测序方法进行测序。结果表明:其作用于脂肪酸碳链Δ9位,使其变成双键,牦牛去饱和脂肪酶1基因序列全长为1 300 bp,开放阅读框(ORF)长1 080 bp,可以编码359个氨基酸,共含有20种氨基酸,其中亮氨酸含量最丰富,为11.7%,其次为苏氨酸7%,半胱氨酸含量最低为0.8%。起始密码子为ATG,终止密码子为TGA,编码的成熟蛋白的分子质量为41 706.0 u,等电点为9.22。牦牛去饱和脂肪酶1基因序列已发表到Gen Bank(登录号为KC352711)上。

日本对虾(Penaeus japonicus)性腺差异表达基因GD13之cDNA5’端克隆

采用基于SMART(SwitchingMechanismAt5'endofRNATranscript)原理的cDNA末端快速扩增技术(RapidAmpli ficationofcDNAends:RACE),对日本对虾性腺差异表达基因cDNA5'端进行克隆,即在逆转录过程中通过SMARTⅡoligo的介导,在cDNA第1条链的3'端接上接头,然后根据已知序列设计的基因特异性引物(GSP1和GSP2)和接头引物(UPM和NUP)进行Nested PCR特异性扩增,并对特异产物进行克隆和序列分析,最终获得全长cDNA序列.测序结果表明,在卵巢内表达量高于精巢的GD13基因全长为656bp,编码164氨基酸,经NCBI检索,此基因与文昌鱼、家鼠的核糖体蛋白L24及黄牛的核糖体蛋白L30氨基酸序列同源性分别高达58%、56%和56%,可断定该基因为编码日本对虾核糖体蛋白L24亚基的基因.为进一步认识对虾生长发育和繁殖的调控机制奠定基础.

新的与辐射诱导恶性转化相关全长基因Lcrp369克隆及生物信息学分析

背景与目的:辐射诱导细胞恶性转化过程中涉及到众多基因,其中包括大量未知的新基因,克隆新的辐射诱导相关全长基因,从基因水平认识细胞恶性转化过程中生长、分化、再生和癌变的分子机理,对于研究辐射致癌的发生、发展规律具有重要意义。对此,本文旨在克隆新的与辐射致癌相关的全长基因。方法:应用SMARTRACE方法扩增T54EST片段的全长序列,测序后进行拼接及RT-PCR验证。并应用生物信息学方法对得到的新的mRNA序列进行生物信息学分析。结果:克隆了一条新的全长基因Lcrp369。经对其进行初步的生物信息学分析发现该基因是位于染色体14p22号臂上的一条功能尚不清楚的基因。其编码区域由7个外显子和6个内含子组成,mRNA全长1 038 bp,编码一244个氨基酸的蛋白,合成的蛋白位于细胞核内,具有DNA结合位点及N-糖基化位点、依赖于cAMP/cGMP的蛋白激酶磷酸化作用位点、酪蛋白激酶磷酸化位点。该蛋白二级结构推测为含有α螺旋结构为主的蛋白,其分子量为28 000,等电点为6.19。数字化组织表达谱系分析结果发现,该基因表达广泛,可在多个组织中表达及在多种肿瘤中表达。该基因全长已经登录到GENBANK上,ID号DQ525179。结论:成功地利用SMART RACE技术克隆了一条新的全长基因Lcrp369,生物信息学分析结果提示其与辐射致癌有关,其具体作用及功能尚有待进一步的实验学研究。

利用SMART方法快速克隆异黄酮代谢途径多基因的研究

采用改进的酸酚法提取高质量的大豆叶片RNA,利用SMART思想和方法构建大豆叶片全长cDNA文库,直接以一级库液稀释液为模版进行PCR,快速克隆得到异黄酮代谢途径相关的个基因。与传统的从DNA、RNA出发克隆基因,以及构建文库再进行基因筛选的克隆方法相比该方法得到的基因均为全长基因,适用于快速、简便的进行多基因全长克隆。

含分布式电源的改进配电网随机潮流计算

随着分布式电源(DG)在配电网中所占比重的不断上升,系统面临不确定性增大、网架结构改变等问题的挑战,常规的潮流计算无法应对电网中存在的大量不确定因素.针对这一情况,文中提出一种基于帝国主义竞争算法(ICA)的配电网随机潮流.该方法可以方便地考虑各类拓扑结构、不同DG渗透率以及多个约束条件的复杂网络,且具有良好的收敛性.为了提高算法的寻优能力和收敛速度,在ICA基础上引入克隆进化算子.对改进的IEEE-33配电系统进行随机潮流计算,并与蒙特卡罗仿真法(MCS)比较.结果表明,所提方法具有较高的计算精度和实用价值.

辞旧迎新，刻龙有礼——爱国者刻龙刻录机骤降300元

2001年12月16日爱国者刻龙系列刻录机再掀市场风云，其采用新技术的刻龙24×、16×刻龙刻录机分别以超值价999、799元面对广大消费者，并且其24×刻龙刻录机也成为首款千元以下的采用刻龙第二代SMART-Clone技术高倍速刻录机，同时其16×刻录机也成为刻录机市场上性价比极佳的刻录机。

40×SOHO爱国者外置刻录机

移动办公的不断发展，使得相关的外设也层出不穷，在刻录机市场上外置刻录机纷纷涌现就是证明。不过这些安装携带都很方便的小东西，个个价格不菲。一向重视主流市场的华旗资讯最近也推出了一款外置刻录机，算是同类产品中性价比较高的，为此类产品的平民化做出了努力。

长牡蛎钙调蛋白基因克隆及多态性分析

【目的】从钙调蛋白(CaM)基因克隆和序列分析入手,对长牡蛎CaM基因的功能进行深入研究,为生产实践提供参考依据。【方法】利用SMARTRACE和EPIC-PCR技术克隆长牡蛎CaM基因,然后采用PCR-SSCP技术和DNA测序方法分析长牡蛎CaM基因编码区多态性。【结果】扩增获得长牡蛎CaM基因cDNA全长序列为917bp,包括开放阅读框(ORF)全长450bp,编码149个氨基酸;5'非编码区含222bp,3'非编码区含245bp;ORF内有3段内含子序列,分别为In-tron-1:110bp、Intron-2:137bp和Intron-3:143bp。PCR-SSCP分析获得C5引物野生型TT型、突变型GG型和杂合型GT型3种基因型。基因型和等位基因频率统计结果表明,GG型和G等位基因频率明显高于TT型和T等位基因;而最小二乘分析结果表明,CaM基因位于ORF内第158位T→G的SNPs位点,对长牡蛎的壳重有显著性影响(P<0.05),但对壳长、壳高、壳宽、体总重及肉重无显著影响。【结论】CaM基因对长牡蛎贝壳形成具有一定的影响作用。

基于自适应免疫克隆算法的电力系统环境经济调度

智能电网背景下的电力系统经济调度是在满足系统正常运行的条件下,兼顾经济性、安全性、机组效率、调度公平、节能减排等因素,给出具体的发电计划。以发电成本和环境补偿成本最小为目标,建立了电力系统环境经济调度模型,并提出了求解该模型的自适应混沌克隆选择算法。该算法采用混沌策略初始化种群,并重新定义抗体和抗原的亲和度,通过抗体浓度自适应调节克隆倍数,最后加入了双重算子变异。以6机组和10机组系统为算例进行仿真计算,结果证明了该算法的可行性和有效性。

基于免疫克隆选择算法的天线方向图综合技术研究

方向图综合技术是智能天线中的一项重要技术。由于采用遗传算法存在着易于早熟和局部寻优能力不足等缺点,为此,文中提出一种基于免疫克隆选择算法的阵列方向图综合技术。仿真结果验证了免疫克隆选择算法相对于标准遗传算法来说更容易找到全局最优解,不易陷入局部极值,且收敛速度快,实际应用表明,基于免疫克隆选择算法的方向图综合技术是切实可行的,且具有很好的推广潜力。

运用SMART技术从鸡肝脏中筛选microRNA

运用先进的RNA反转录5'末端的转换模板技术(switching mechanism at 5'end of theRNA transcript,SMART),对鸡肝脏中的microRNA进行筛选分离,获取了新的microRNA序列。实验中,首先给microRNA加上Poly(A)尾巴,结合SMART技术反转录得到microRNA的cDNA文库,再将长度适宜的片段连接到质粒,最后转化大肠杆菌克隆测序,获得了3条未知序列。经查证,这3条序列在miRBase中没有任何记录,其前体的二级结构预测都能形成茎环结构,符合microRNA前体的结构特征,为新发现的microRNA。

智能车跑道识别的克隆选择算法的改进

提出了克隆选择算法在智能车跑道识别中实用化的改进方案.将原克隆选择算法中的克隆和变异部分简化为抗体库数据块的优化选择和替换操作,大量减少了算法的计算消耗.在此方案中,智能车更准确地分析了从摄像头获取的环境信息,更好地识别了跑道,从而提高了智能车舵机拐弯控制的准确性.仿真实验结果表明:此方案在智能车的跑道识别过程中具有很高的准确度和适应能力,并能快速反应.