高校图书馆特色资源库建设方法和策略研究——以南京师范大学图书馆学人文库(校友文库)建设为例

高校图书馆特色资源建设不仅具有本校的学科特色,而且体现了高校图书馆的学术积淀和人文底蕴。高校图书馆加强学人文库(校友文库)的建设具有文化认同、提升学术水平、促进学术研究交流的重要意义。论文在分享南京师范大学图书馆学人文库(校友文库)文献收集和搭建设计校友文库平台虚拟平台的基础上,对高校图书馆文库建设和服务进行了展望,认为文库需要建立共享交流纽带才能充分调动校友捐赠的参与积极性;创新服务管理模式才能更加助力学术带头人获得更多成果;高效整合学术资源才能加深对校友学术资源的挖掘开发。

《江右文库》文献编《易》类著作提要七则

介绍著作人的生平仕履情况,各书之卷次结构、各卷内容、学术源流以及版本流传情况等,并交代《江右文库》本次影印各书所依据的版本。

建立亲子互助的家庭阅读生活——基于日本PTA母亲文库的经验探索

20世纪50年代,日本处于新式教育初步建立、家庭教育氛围正兴的时代,PTA母亲文库应时而生。PTA母亲文库萌发于日本长野县立图书馆与信州大学附属小学家长教师联谊会的倡议。在公立图书馆提供巡回文库服务、学校提供图书流通场所及家庭阅读指导的条件下,乡村母亲们开启阅读生活。母亲的阅读行为有助于构建家庭阅读的氛围,社会力量的支持又可以为家庭阅读提供物资保障。探索其中经验,对于促进我国家庭亲子阅读的有效展开、落实《全国青少年学生读书行动实施方案》提出的拓展读书形式、涵育家庭阅读风尚的要求有一定的借鉴意义。

猪源Rab基因shRNA文库与稳定细胞株的构建及其对猪伪狂犬病病毒增殖的影响

【目的】探究Rab家族蛋白在猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)感染宿主细胞中的作用。【方法】以猪肾上皮细胞(PK15)为试验模型,构建Rab基因shRNA文库,并用嘌呤霉素筛选获得稳定的能够抑制猪源Rab基因表达的细胞株。用实时荧光定量PCR检测细胞敲减效率,通过流式细胞术检测敲减Rab基因对PRV增殖的影响;用Western blotting检测PRV-gB蛋白表达量,使用实时荧光定量PCR检测敲减Rab基因后PRV-gB、PRV-TK基因以及相关细胞炎性因子表达量。【结果】试验成功构建包含13种Rab基因敲减细胞系的shRNA文库。流式细胞术检测结果显示敲减Rab基因能显著抑制PRV-GFP增殖(P<0.05);病毒滴度与Western blotting检测结果表明,敲减Rab基因极显著抑制子代病毒的产生以及PRV-gB蛋白的表达(P<0.01)。实时荧光定量PCR检测结果显示,敲减Rab基因会显著或极显著抑制PRV-gB、PRV-TK基因表达(P<0.05;P<0.01);敲减Rab14和Rab27基因后细胞中IFN-β、ISG15、IL-1β、IL-18基因表达量均显著或极显著升高(P<0.05;P<0.01)。【结论】敲减Rab基因能够抑制PRV增殖。研究结果为进一步研究Rab基因在PRV生活周期中发挥的作用奠定基础。

白菜种子cDNA酵母文库的构建及BrTTG1互作蛋白的筛选及分析

【目的】通过构建白菜种子的cDNA文库,筛选WDR 40蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1(TTG1)的互作蛋白,探究TTG1参与MBW三元复合体调控种皮原花青素形成的分子机制。【方法】以棕籽白菜自交系‘B147’的种子为材料,提取总RNA并建立cDNA文库,通过gateway技术构建诱饵载体pGBKT7-TTG1并进行酵母双杂交筛库。【结果】酵母文库库容为1.2×10^(7)CFU,文库滴度是5.0×10^(7)CFU/mL,插入片段平均长度大于1000 bp,诱饵载体在酵母中无自激活活性。通过构建的诱饵载体pGBKT7-TTG1与构建的cDNA文库杂交,共获得了38个阳性互作蛋白,功能预测显示其中一个蛋白注释为MYB转录因子,注释为MYB73,序列分析结果显示该基因含有R2R3-MYB型抑制子保守基序C1和C2,推测该基因为白菜中参与种皮颜色形成的R2R3-MYB型抑制子,暗示着白菜中可能存在不同MYB转录因子参与的调控网络,影响着原花青素的形成。【结论】本研究构建了白菜种子组织的酵母双杂交cDNA文库,获得了38个TTG1阳性互作蛋白,首次挖掘到了可能影响白菜种皮颜色原花青素形成的R2R3-MYB型抑制子MYB73,为后期探究白菜种皮原花青素的调控网络奠定良好的基础。

玉米大斑病菌cDNA文库的构建及转录因子StMR1互作蛋白的筛选

【目的】筛选玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)转录因子的互作蛋白,解析黑色素调控转录因子StMR1调控玉米大斑病菌致病性的分子机制。为解析玉米大斑病菌侵染过程中转录因子的调控网络,阐明病菌的致病机理提供参考。【方法】收集玉米大斑病菌菌丝和孢子不同萌发阶段作为试验材料,采用Gateway方法构建玉米大斑病菌cDNA文库,使用同源重组的方法构建转录因子StMR1的诱饵载体,采用酵母双杂交技术筛选其互作蛋白并进行一对一验证。【结果】构建的玉米大斑病菌文库插入的平均片段长度大于1000 bp,初级文库及次级文库的库容量为1.2×107和1.04×107CFU,重组率为100%,可以用于酵母双杂交筛选。成功构建可以用于筛库的诱饵载体pGBKT7-StMR1,经初筛与复筛得到3个互作蛋白,一对一验证短链脱氢酶、糖基转移酶、富含亮氨酸重复序列蛋白均与转录因子StMR1存在互作。【结论】成功构建了丰富度高且质量好的玉米大斑病菌cDNA文库并筛选到了与转录因子StMR1互作的蛋白。

基于Fosmid文库筛选山羊瘤胃源酯类水解酶基因及其原核表达验证

试验旨在挖掘瘤胃微生物中潜在的酯类水解酶基因并进行原核表达,研究其酶学性质及对芥子碱的降解效果。利用功能筛选方法,从前期构建的山羊瘤胃微生物Fosmid文库中鉴定出潜在的酯类水解酶基因,并在大肠杆菌中异源表达,通过酶活测定及芥子碱的降解研究来筛选功能酶,最后分析酯类水解酶的酶学性质。结果表明:从山羊瘤胃微生物Fosmid文库中鉴定到6个酯类水解酶基因Estg1、Estg2、Esty1、Estp、Estk1和Estk2,并在E.coli BL21(DE3)中成功表达,获得的酯类水解酶的活性均高于空载对照(P<0.05),其中Estp和Estk1的活性最高,分别为205.33 U/mL和212.67 U/mL,其分子量为33、28 ku,且能够降解芥子碱,降解率分别为13.26%和11.66%;酯酶Estp和Estk1在温度为40℃、pH 11时活性最高,在40~50℃、pH8~11条件下相对稳定;金属离子Mn^(2+)和Ni^(2+)对酯酶Estp和Estk1的活性有促进作用(P<0.01),有机溶剂正己烷能增强其活性(P<0.05);而EDTA、金属离子Cu^(2+)、Zn^(2+)、Co^(2+)和Fe^(3+)、有机溶剂乙腈以及表面活性剂吐温-80和曲拉通X-100会抑制Estp和Estk1的活性(P<0.01)。本研究从山羊瘤胃宏基因组文库中筛选了2个高产酯类水解酶的基因,异源表达后具有嗜中温、耐碱、耐有机溶剂等特性,且能够降解芥子碱,可为酯类水解酶的深入挖掘及应用提供理论依据。

基于酵母双杂交文库鉴定鸡PGCs形成过程中的关键泛素化修饰酶

试验拟筛选与C2EIP互作的蛋白,构建调节PGCs形成过程的泛素化E3连接酶复合体。通过逆转录和同源重组等方法构建鸡PGCs酵母文库;将C2EIP连入诱饵空载体pGBKT7中,并转化酵母感受态细胞进行诱饵载体(C2EIP-pGBKT7)的毒性和自激活检测;将酵母文库与诱饵载体菌液共培养后,通过涂板筛选阳性克隆并进行测序和生物信息学分析筛选互作蛋白。结果显示:成功构建了鸡PGCs酵母文库,其滴度为3.0×10^(6)cfu/mL,总库容为1.5×10^(7)cfu,且重组率为100%,符合筛库要求。成功构建无毒性和不能自激活的C2EIP-pGBKT7诱饵载体,能够用于后续的文库筛选。C2EIP-pGBKT7诱饵载体菌液与酵母文库共培养后,通过PCR测序与蛋白序列分析后共筛选了36个C2EIP的互作蛋白,其中RCJMBM04和CCDC174蛋白功能域分析发现分别具有典型的RING功能域和PPXY基序,进行的生物信息学分析发现WWP1和WWP2具有典型的WW功能域,能够与CCDC174结合。研究表明,试验成功鉴定了C2EIP/RCJMB04/CCDC174/WWP泛素化E3连接酶复合体,为后续研究泛素化修饰调控鸡PGCs形成机制奠定理论基础。

微小扇头蜱microRNA文库建立及miR-275靶蛋白Vg-2的生物信息学分析

【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库,鉴定所含microRNA的种类,分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构,检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点,预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对象,通过高通量测序技术建立其microRNA文库,利用软件miRDP及检索miRBase数据库,鉴定饱血状态雌性微小扇头蜱所含的microRNA种类;运用在线软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL等分析Vg-2蛋白质理化性质,推断其二、三级结构;运用在线软件SignalP 5.0、TMHMM、NetPhos 3.1及NETCGlyc 1.0检测该蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点;利用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL预测Vg-2蛋白的B、T细胞优势抗原表位。【结果】获得成熟的microRNA 383个,其中67个为已被鉴定和注释的microRNA,316个为新发现的microRNA;微小扇头蜱的Vg-2基因序列全长5040 bp,共编码1679个氨基酸;Vg-2蛋白为亲水性酸蛋白,分子大小为189.89 kDa,理论等电点(pI)为6.08,其二级结构以无规则卷曲为主要结构成分,而其三级结构却以β-折叠为主要结构成分;Vg-2蛋白存在268个磷酸位点,20个糖基化位点,无信号肽和跨膜结构域,拥有58个B细胞优势抗原表位和8个T细胞优势抗原表位。【结论】在饱血状态雌性微小扇头蜱体内含有383个microRNA,受miR-275调控的Vg-2蛋白为结构不稳定的亲水性酸蛋白,具有良好的抗原性与免疫源性。

矢车菊不同颜色花瓣酵母cDNA文库的构建

【目的】矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制尚不明晰。本研究采用Gateway技术构建了矢车菊6个不同花色品种花瓣的酵母cDNA文库,以期进一步通过酵母单杂交或双杂交技术筛选参与调控花瓣呈色的关键互作蛋白。【方法】本研究以白色、粉色、红色、蓝色、紫色和墨色矢车菊花瓣为材料,提取总RNA后分离和纯化mRNA,合成双链cDNA后依次进行BP重组反应和LR重组反应,分别获得初级和次级文库。最后将次级文库质粒转化酵母Y187,获得矢车菊不同颜色花瓣的酵母cDNA文库。【结果】质量鉴定结果显示:初级文库的库容量为1.3×10^(7) CFU,重组率为100%,且插入片段长度均在1000 bp以上;次级文库的库容量为1.6×10^(7) CFU,重组率为100%,且插入片段长度均在1000 bp以上。酵母文库的滴度为3.5×10^(7) CFU/mL,随机挑选的24个单克隆经PCR检测后均扩增出明亮条带,重组率为100%,插入片段长度均大于1000 bp。【结论】本研究构建的矢车菊不同颜色花瓣酵母cDNA文库的质量较高,能满足酵母文库筛选的试验要求,为后续探究矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制提供了材料基础。

基于Fosmid文库筛选山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因及其表达验证

【目的】利用Fosmid文库功能筛选法,获得山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因并进行原核表达。【方法】利用功能底物筛选法从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选具有蛋白酶活性的克隆子,对其进行Illumina二代测序,对预测到的基因进行功能注释,根据基因丰度结果确定后续研究的功能基因。利用大肠杆菌BL21(DE3)对功能基因进行诱导表达,对表达产物进行酶活性测定。通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,将密码子优化后的功能基因分别敲入枯草芽孢杆菌C6基因组ctc位点并进行表达验证。【结果】从Fosmid文库1700个克隆子中筛选到1个具有蛋白酶活性的阳性克隆Pro4-C5。通过二代测序技术,鉴定出3个潜在的蛋白酶基因gene0833(内肽酶,EC编号:EC3.4.21.53)、gene0196(金属内肽酶,EC编号:EC3.4.24)和gene0585(羧肽酶,EC编号:EC3.4.17.14)以及1个L-天冬酰胺酶基因(gene0683,EC编号:EC3.5.1.1)。以pET-28a(+)为表达载体,通过大肠杆菌BL21(DE3)原核诱导表达发现,gene0585和gene0196未表达;gene0833表达的蛋白分子质量为87 ku,蛋白酶活性为10.45 U/mL;gene0683表达的蛋白分子质量为37 ku,L-天冬酰胺酶活性为88.52 U/mL,同时发现该蛋白也具有蛋白酶活性,酶活性为5.25 U/mL。将密码子优化后的gene0683和gene0833定点敲入枯草芽孢杆菌C6基因组中表达发现,gene0833未表达,gene0683表达的蛋白酶活性为109.72 U/mL,相比原始菌株(100.97 U/mL)显著提高了8.67%(P<0.01);L-天冬酰胺酶活性为31.63 U/mL,相比原始菌株(22.79 U/mL)显著提高了30.06%(P<0.01)。【结论】从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选和鉴定出了2个具有蛋白酶活性的功能基因(gene0833和gene0683),均来源于微小杆菌属(Exiguobacterium),其中gene0683在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的表达产物具有较高的蛋白酶和L-天冬酰胺酶酶活性。

黄瓜单性结实果实酵母双杂交文库的构建及CsCML25互作蛋白的筛选

为研究黄瓜单性结实形成的分子调控机制,以黄瓜单性结实自交系‘EC1’为材料,分别取开花前1 d至开花后4 d的子房,提取RNA后等量混合,采用SMART方法构建酵母双杂cDNA文库。结果表明,构建的文库总克隆数为1.16×107 CFU,平均插入片段长度≥1000 bp,阳性率为100%,符合建库的标准,可用于后续的酵母双杂交筛选。以黄瓜单性结实关键调控因子CsCML25为诱饵,构建pGBKT7-CML25诱饵蛋白表达载体,经自激活活性分析及不同浓度3AT对诱饵蛋白自激活活性抑制效果分析,使用SD-TLH+20 mM 3AT平板可完全抑制诱饵蛋白自激活活性。利用酵母双杂交筛选构建的黄瓜单性结实果实cDNA文库,得到96个初始阳性克隆。利用DNA测序、BLAST分析以及酵母回转验证等方法,最终获得27个可能与CsCML25相互作用的候选蛋白,为从分子水平探究CsCML25调控黄瓜单性结实的机制提供了理论基础。

高通量测序文库质量控制技术研究进展

作为生命科学和医学领域中的关键性支撑技术,高通量测序已得到快速发展并日趋成熟。该技术工作流程可分为核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是承上启下的关键步骤,文库构建的效果受制于上游样品质量,同时会对测序数据产出后的数据分析造成影响。对文库构建质量控制技术的选择和实施是提高结果可靠性、降低测序数据误差的重要保证。本文对文库构建质量控制技术进行深入综述,总结评价其原理、优缺点、适用范围,并对实际应用场景中相关技术的选择进行了论述,以期为科研人员、疾病预防控制人员等在选择文库质量控制技术时提供理论依据与参考,从而促进高通量测序工作的质量和效率。

番石榴果实酵母cDNA文库构建及评价

酵母文库是研究蛋白互作及转录调控的重要基础,构建番石榴果实酵母cDNA文库,是研究番石榴果实采后成熟复杂分子机制的重要途径。首先提取高质量番石榴mRNA,接着合成双链cDNA文库,再通过Gateway位点特异性重组手段将cDNA文库构建至酵母pGADT7-DEST表达载体上。检测结果显示,次级酵母cDNA文库库容量约为1.56×10^(7)cfu,插入cDNA片段长度为0.85~5.00kb,平均长度大于1.00 kb,且多态性丰富,表明文库质量较好。该酵母cDNA文库的构建为获取与果实成熟关键转录因子和系统性研究果实功能基因转录调控机制奠定了基础。

麦根腐平脐蠕孢cDNA文库的构建及BsTup1互作蛋白筛选

【目的】深入探究麦根腐平脐蠕孢(Bipolaris sorokiniana)生长发育及致病力的分子作用机制,并鉴定BsTup1的互作蛋白。【方法】利用麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)孢子和不同时期的菌丝体为材料,构建酵母双杂交cDNA文库,以BsTup1基因为诱饵来筛选酵母双杂交文库,确定与BsTup1相互作用的蛋白。【结果】1)利用SMART(switching mechanism at 5′end of the RNA transcript)技术首次成功构建了麦根腐平脐蠕孢(B.sorokini-ana)分生孢子和菌丝体的混合cDNA文库。文库鉴定结果表明,构建的cDNA文库库容为4.8×10^(7) cfu·mL^(-1),文库插入片段重组率达100%且平均大小为1000 bp。2)构建了pGBKT7-BsTup1诱饵载体,无自激活活性。3)使用诱饵蛋白载体pGBKT7-BsTup1对麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)酵母双杂交cDNA文库进行筛选,经测序、序列比对和酵母回转验证,获得38个与BsTup1相互作用的候选蛋白。【结论】成功构建了麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)的cDNA文库,并鉴定出38个与BsTup1相互作用的候选蛋白。

不同DNA提取方法对大曲基因组DNA提取效果及扩增子文库的影响

大曲是中国传统白酒典型的“多酶多菌”的发酵剂。免培养的分子生物学方法已经成为大曲微生物群落研究的常规方法。通过评估不同DNA提取方法对大曲基因组DNA提取效果及扩增子文库的影响,选择适合用于大曲DNA提取的最佳方法。该研究选择4种DNA提取方法分别对2种大曲进行大曲微生物DNA的提取,结合DNA提取质量、qPCR定量结果、细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因扩增子文库的Illumina Miseq测序结果,评估大曲基因组DNA不同提取方法的效果。从DNA得率和生物量的综合分析表明,SDS-based提取法的DNA得率高于试剂盒提取法,其中原位SDS-based提取法DNA得率高达5.46×10^(4)ng/g,但DNA纯度较低;SDS-based提取法的qPCR定量结果比试剂盒提取法高10^(1)~10^(6)量级,其中洗脱加SDS-based提取法的微生物生物量最高,比原位SDS-based提取法的生物量高10^(1)~10^(3)量级;试剂盒提取法的微生物生物量最低,细菌和真菌的生物量只有10^(2)~10^(4)copies/g。扩增子文库间Shannon多样性指数的比较结果表明,不同DNA提取方法在真菌ITS扩增子文库间存在显著差异,而在细菌16S rDNA扩增子文库间差异不显著。洗脱处理样本的真菌扩增子文库Shannon指数要高于原位处理的样本。通过对扩增子文库间存在显著性差异操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)的比较可以看出,在细菌16S rDNA扩增子文库中,多数OTUs存在丰度差异,但它们大多数能在不同DNA提取方法中检测到;然而在真菌ITS扩增子文库间,少数OTUs在不同DNA提取方法中检测不到,说明DNA提取方法对部分真菌微生物基因组的提取存在显著影响,且洗脱处理有利于真菌基因组DNA的提取。综合对比4种DNA提取方法,洗脱加SDS-based提取法最适合用于大曲微生物的定量和群落结构分析。

简体字本古籍出版的价值及其实现路径——以“中华国学文库”为例

近年来,大量采用新式标点的简体字本古籍被出版。以中华书局“中华国学文库”为代表的简体字本古籍的出版实践证明,简体字本古籍整理与出版,契合广大读者的阅读需求,可产生良好的社会和经济效益。建设一个包括简体字本在内的“中华古籍世界”是文化建设的迫切需要,可以分阶段实施。第一个阶段,出版经典的简体字本;第二个阶段,扩大简体字本品种规模;第三个阶段,在持续扩大品种规模的同时,大力推进简体字本古籍的数字化,最终形成一个传统、数字出版并重,繁体、简体字本并存的“中华古籍世界”。简体字本古籍出版的关键环节和当务之急是制定《繁简字对照总表》。

东洋文库藏学研究史概述

本文利用文献研究法,搜集了有关东洋文库藏学发展的资料,将东洋文库的藏学研究活动分为1940—1961年初创期、1961—1989年繁荣期、1989年至今的稳步发展期三个时期。在此基础上,分析其藏学研究活动的特点和影响,指出东洋文库宝贵的藏文资源、丰富的藏学研究成果及其藏学发展过程对我国藏学研究发展的借鉴意义。

当代中国马克思主义的构建及其意义——评《当代马克思主义研究文库》

马克思主义是历史发展的产物,在21世纪的今天仍然闪烁着耀眼的思想光芒。为系统梳理马克思主义的研究成果,反映马克思主义的研究现状,推进马克思主义的理论创新,由陈先达、袁贵仁教授任顾问,杨耕教授任总主编,北京师范大学出版社出版的《当代马克思主义研究文库》(以下简称《文库》)皇皇100卷,涵盖11个系列,4000余万字,从宏观整体的高度审视马克思主义的理论体系,从多维的视角呈现马克思主义的观点和学说,包罗马克思主义经典著作、马克思主义发展史、马克思主义基本问题研究等,可谓是一部综合性的鸿篇巨制。马克思主义博大精深,具有显著的时代特点和深刻的实践本性。把马克思主义基本原理同中国具体实际相结合、同中华优秀传统文化相结合,使马克思主义中国化,成为具有中国特色、中国风格与中国气派的理论形态,建构面向21世纪的中国化的马克思主义,是当代中国学者的使命。因此,汇集当代学者尤其是中国学者马克思主义研究的理论成果,再现马克思主义研究的基本观点及热点问题,反映马克思主义研究的新进展和新成果,具有深远的理论价值与现实意义。

对《大中华文库》的客观、严谨、全景式展示——《汉英对照〈大中华文库〉书目提要》评介

国家重大对外出版工程《大中华文库》(下文简称《文库》)启动于1994年,共计出版了112种汉英对照中国古代典籍。《文库》在我国对外文化交流中产生了重大影响,是中华文化走出去的标志性成果之一。《汉英对照〈大中华文库〉书目提要》(下文简称《提要》)基于《文库》传播与接受过程中的实际问题。