肺腺癌患者癌组织中SMC2的表达及其对预后影响的分析

目的探讨SMC2在肺腺癌中的表达情况以及其在临床预后中的价值。方法收集我院207例肺腺癌患者的石蜡包埋组织样本进行免疫组织化学分析,检测SMC2蛋白的表达情况。利用TCGA数据库分析肺腺癌样本及癌旁组织SMC2 mRNA的表达数据。分析且探讨SMC表达与临床分期和生存预后的关系。结果免疫组化分析确认,肺腺癌组织中SMC2蛋白高表达,且与肿瘤分期密切相关,是不良预后的危险因素。肺腺癌组织中SMC2 mRNA表达亦显著增高且高于癌旁正常组织,并与肿瘤的TNM分期正相关;Kaplan-Meier分析显示SMC2 mRNA表达较高的患者生存期明显较短。结论SMC2高表达可能作为肺腺癌患者的危险预测因子,为肺腺癌的诊断和治疗提供了新的研究方向。

真核生物集缩素SMC2/SMC4异二聚体的结构解析研究进展

真核生物集缩素(condensin)的主要作用是在细胞周期过程中调控染色体的动态变化。它是一种含5个亚基的蛋白质,由1个起核心催化作用的SMC2(structure maintenance of chromosomes 2)/SMC4异二聚体和3个起调节作用的非SMC亚基组成。目前,关于集缩素中SMC2/SMC4异二聚体的体内构象和分子作用机制仍不清楚。最近,对SMC2/SMC4异二聚体的结构解析取得许多新进展。该文在简要介绍SMC蛋白的基本结构、真核生物集缩素的发现、真核生物集缩素的结构组成的基础上,对近年来SMC2/SMC4异二聚体的结构解析的研究进展作一综述,以期为相关研究提供参考。

生物信息学方法筛选与宫颈鳞癌预后相关的关键基因

目的:运用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选与宫颈鳞癌(squamous carcinoma of the cervix,SCC)预后相关的关键基因。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和基因综合表达(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载SCC转录组及临床数据。R语言分别筛选TCGA、GEO数据库中SCC相关的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)和枢纽基因模块。DEGs与枢纽基因模块取交集找到差异共表达基因并进行通路富集分析。STRING数据库对共表达基因行蛋白互作分析并筛选与SCC相关的核心Hub基因行预后分析。免疫组织化学对预后相关Hub基因蛋白表达进行验证。结果:WGCNA示与SCC相关性较高的基因模块分别是TCGA的绿黄色模块(r=0.24,P<0.01)和GSE52903数据集中的青绿色模块(r=0.86,P<0.01)。分别从TCGA、GSE52903数据集中得到3066和934个DEGs。模块基因与DEGs取交集得到80个差异共表达基因。功能富集发现差异共表达基因主要与细胞核分裂、细胞器分裂、染色体分离相关。通路富集示主要与细胞周期、DNA复制、同源重组信号通路相关。蛋白互作网络筛选出与SCC最相关的20个Hub基因。预后分析发现SMC2基因低表达与患者的总体生存期和无病生存期缩短相关,差异有统计学意义(P<0.05)。免疫组织化学验证显示,SMC2基因在SCC组织中的蛋白表达低于NC组织。结论:通过生物信息分析发现了20个与SCC密切相关的Hub基因,其中SMC2在SCC组织中表达下调且与预后不良相关。SMC2可能作为SCC发病的风险基因和潜在治疗靶点。