为研究荷斯坦牛隐性遗传缺陷的SNP单倍型检测方法准确性,并探索在实际生产中应用单倍型检测结果的策略,本研究共选取500头中国荷斯坦母牛进行基因组芯片检测和单倍型分析,并利用分子直接检测方法进行验证。通过单倍型检测发现86头牛疑...为研究荷斯坦牛隐性遗传缺陷的SNP单倍型检测方法准确性,并探索在实际生产中应用单倍型检测结果的策略,本研究共选取500头中国荷斯坦母牛进行基因组芯片检测和单倍型分析,并利用分子直接检测方法进行验证。通过单倍型检测发现86头牛疑似携带8种不同的遗传缺陷,进而以ARMS-PCR(Amplification Refractory Mutation System PCR)分子检测结果作为参考标准,对这些单倍型携带者以及随机选取的64头非单倍型携带者进行了验证。结果表明,HH1和HH4位点的单倍型检测与ARMS-PCR结果完全吻合,而对于HH2、HH3、HH5、HH6、HCD和CVM缺陷,单倍型检测出现了一定数量的假阳性和假阴性结果,其中HH2和HCD的阳性预测值仅有62.5%和60.0%。研究结果证明单倍型检测对于奶牛遗传缺陷的鉴定尚存在技术局限性,在实际应用中应将单倍型检测与直接分子检测结合,建立高效、准确且低成本的奶牛遗传缺陷筛查策略。展开更多
文摘为研究荷斯坦牛隐性遗传缺陷的SNP单倍型检测方法准确性,并探索在实际生产中应用单倍型检测结果的策略,本研究共选取500头中国荷斯坦母牛进行基因组芯片检测和单倍型分析,并利用分子直接检测方法进行验证。通过单倍型检测发现86头牛疑似携带8种不同的遗传缺陷,进而以ARMS-PCR(Amplification Refractory Mutation System PCR)分子检测结果作为参考标准,对这些单倍型携带者以及随机选取的64头非单倍型携带者进行了验证。结果表明,HH1和HH4位点的单倍型检测与ARMS-PCR结果完全吻合,而对于HH2、HH3、HH5、HH6、HCD和CVM缺陷,单倍型检测出现了一定数量的假阳性和假阴性结果,其中HH2和HCD的阳性预测值仅有62.5%和60.0%。研究结果证明单倍型检测对于奶牛遗传缺陷的鉴定尚存在技术局限性,在实际应用中应将单倍型检测与直接分子检测结合,建立高效、准确且低成本的奶牛遗传缺陷筛查策略。
文摘目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标签SNPs(haplotype tag SNPs,htSNPs);中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果:共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论:首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。
