DNA修复基因ERCC2rs50871遗传多态性的实时荧光定量PCR检测

目的应用ABI7300实时荧光定量PCR-单核苷酸多态(SNP)等位基因分型技术建立准确、快速、经济、适应大样本检测SNP等位基因分型的改良方法。方法采用缩小反应的体系(由推荐的25μlPCR反应体系降至为10μl),降低探针的浓度和自动软件SNP分型方法,检测我国东北地区321例汉族无亲缘关系健康个体DNA样品的DNA修复基因ERCC2 rs50871遗传多态性。结果经改良方法检测获得了理想的等位基因分型,与DNA测序结果一致。ERCC2rs50871T等位基因频率为0.749,G等位基因频率为0.251,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(χ2=0.003,df=1,P=0.96)。该位点等位基因频率分布与NCBI dbSNP数据库中中国北京汉族(HCB)群体的分布相似(P=0.06);但与HapMap-CEU(CEPH样品:祖先为北西欧人的犹他州居民)及HapMap-YRI(尼日利亚伊巴丹的约鲁巴人)的分布差异有统计学意义(均P<0.001)。结论本实验建立的改良方法经济实用,适合人类群体遗传学及流行病学大样本调查。